香蕉束顶病植原体16S rDNA片段的RFLP和序列分析

香蕉束顶病（ＢＢＴ）是一种发生有蕉类作物的严重病害,从带有典型香蕉束顶病症状的香蕉植株中按照检测植原体的方法提取ＤＮＡ,扩增患病植株中植原体１６ＳｒＤＮＡ片段,证明香蕉束顶病中有植原体存在,对此扩增片段进行限制性酶切片长度多态性（ＲＦＬＰ）分析和核酸序列分析,并与已知植原体的序列进行同源性比较,构建进化树,结果显示该片段与Ｇｒ１的亲缘关系最近。     

西北地区天蓝苜蓿根瘤菌16S rDNA RFLP分析

利用RFLP和序列测定方法,对分离自西北地区的67株天蓝苜蓿根瘤菌16S rDNA进行了分析研究。结果表明:所有供试菌株分别归属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobac-terium)。以CCNWNX0042-2为代表的大部分天蓝苜蓿根瘤菌属于草木樨中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti),其余菌株在分群上表现出了较为明显的地域特征。     

糖单孢菌16S rDNA的PCR RFLP分析

PCRRFLP分析适用于种和种间水平的多相分类研究。文章对PCRRFLP方法应用于糖单孢菌属分类的具体方法进行了探讨;报道了一组适于糖单孢菌属PCRRFLP分析的限制性内切酶,并用这组酶对6株糖单孢菌属分离株进行了研究,进一步探讨了实验菌株在该属的分类地位。同时指出了PCRRFLP方法应用中应注意的问题。     

泰安枣疯病植原体的分子鉴定

【目的】对3个枣疯病病原物泰安株系进行分子鉴定。【方法】采用植原体通用引物对R16F2n/R16R2,通过直接PCR技术,扩增枣疯病植原体16S rDNA基因,通过16S rDNA基因序列分析和在线模拟16S rDNA-RFLP分析,并将其16S rDNA基因序列提交到GenBank数据库。【结果】3个枣疯病病原物16S rDNA基因片段与16SrⅤ-B亚组中枣疯病植原体(AB052876和AF279272)、樱桃致死黄化植原体(AY197659)及杏卷叶植原体(FJ572660)的同源性高达99.5%99.7%,分别命名为枣疯病植原体泰安圆铃1号株系(Jujube witches’-broom phytoplasma strain Yuanling1,JWB-Yuanling1,TA)、枣疯病植原体泰安鲁北冬枣株系(Jujube witches’-broom phytoplasma strain Lubeidongzao,JWB-Lubeidongzao,TA)和枣疯病植原体泰安大白铃株系(Jujube witches’-broom phyto-plasma strain Dabailing,JWB-Dabailing,TA),基因登录号分别为:HM989946、HM989947和HM989948。【结论】3个枣疯病植原体泰安株系均归属于16SrⅤ-B亚组。     

假臭草从枝病植原体鉴定与多样性分析

研究假臭草丛枝病植原体的多样性,并确定其分类地位,对于利用假臭草丛枝病植原体对假臭草进行生物防治具有重要的意义.本研究采集了海南省8个地区的假臭草丛枝病样品,采用PCR以及巢式PCR方法扩增了假臭草丛枝病植原体的16S rDNA序列片段,进一步选用AfaⅠ、Alu Ⅰ、EcoR Ⅰ、HaeⅢ、HpaⅡ、HhaⅠ、HinfⅠ、Kpn Ⅰ、Sau3A Ⅰ、Taq Ⅰ和Xsp Ⅰ等11种限制性内切酶对巢式PCR产物进行酶切分析(RFLP),并对16S rDNA序列进行测序,确定假臭草丛枝病植原体多样性和生物学地位.结果发现:假臭草丛枝病的病原确为植原体;8个地区的假臭草丛枝病植原体的酶切图谱基本一致,与已知植原体的相似度为0.26～0.97;8个地区假臭草丛枝病植原体的序列同源性均在99.4％以上,应为同种植原体;假臭草丛枝病植原体与16S rRNAⅡ-A组的花生丛枝病(PnWB)的同源性最高达到99.1％,说明假臭草丛枝病植原体在分类学地位上应归属于植原体16S rRNAⅡ-A组.     

中国-越南柑桔黄龙病病原16S rDNA片段的序列分析

采集广西、广东和越南的8个柑桔黄龙病样品,利用黄龙病的特异引物OI1/OI2c对其16S rDNA片段进行PCR扩增,将其扩增产物纯化、回收,进行序列测定。利用DNAstar软件、clustalw2软件和MEGA4.0软件进行同源性分析与系统发育分析。结果表明,越南黄龙病株系(Vietnam-0901和Vietnam-0905)与除广西样品GX-1001和广东样品GD-1002外所有亚洲种柑桔黄龙病病原的同源性都很高(97.6%～100.0%),而与非洲种、美洲种和土豆斑马条纹病的同源性相对较低(分别为96.0%/97.7%,94.7%/96.4%和96.2%/97.6%)。表明我国广东、广西和越南发生的HLB病原均属亚洲种,但在亚洲种之间不同地区的黄龙病病原也发生了一定变异,广西样品GX-1001和广东样品GD-1002与其它亚洲种柑桔黄龙病病原的同源性较其它亚洲种株系偏低,但聚类还是归在一个类群,表明相同地域内的黄龙病病原菌还存在一定差异。     

狗牙根白化病植原体16S rDNA序列

[目的]狗牙根(草坪草的一种)白化病是狗牙根的一种重要病害,在全世界均有分布.为了确定中国大陆狗牙根白化病病原,进一步与世界其他地区的病原相比有无特异性.[方法]采用植原体16S rDNA PCR扩增、序列分析、Southern分子杂交等技术对狗牙根健康植株及白化病患病植株进行研究.[结果]仅白化病植株扩增获得1.3 kb的特异片段,序列分析表明特异片段与CandidatusPhytoplasm Cynodontis有99%同源性.Southern杂交有特异条带,大小在预期范围之内.证实了在中国大陆发生的狗牙根健株型白化病病原含有植原体.[结论]大陆狗牙根白化病病原中含有植原体,为该病病原的进一步鉴定与防治奠定了基础.     

新疆小叶白蜡丛枝病植原体的鉴定及16S rRNA基因序列分析

【目的】对新疆小叶白蜡丛枝病植原体进行检测,通过其16S rRNA基因分析确定其分类地位。【方法】利用苯胺蓝和4′,6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)染色,在荧光显微镜下观察新疆小叶白蜡嫩茎横切片;采用植原体16S rRNA基因的通用引物对P1/P7和R16F2n/R16R2进行直接和巢式PCR扩增,对得到的16S rRNA基因的序列进行RFLP和构建系统进化树分析。【结果】表现丛枝病症状的新疆小叶白蜡中存在植原体,暂命名为Fraxinus sogdianaBunge witches’broom phytoplasma(Fraxinus sogdianaBunge WB);其16S rRNA基因的序列GenBank登录号为KF061042,RFLP图谱与16Sr V-B亚组的枣疯病植原体相同,系统进化地位与枣疯病菌株AB052876相同。【结论】新疆小叶白蜡丛枝病植原体为16Sr V-B亚组成员。     

内蒙古11种主要草原蝗虫16S rDNA序列分析

测定了内蒙古11种主要草原蝗虫的线粒体基因组16S rDNA序列,并构建了其分子系统树。在获得的505 pb序列中,G+C占302%,A+T占698%,表现出A/T偏向性。在505 bp个碱基中检测到156个多态性位点,占碱基总数的309%。156个多态性位点中包括50个单变异多态性位点（占总位点数的321%）和106个简约信息位点（占总位点数的679%）。分别采用NJ、ME、MP和UPGMA聚类方法构建系统发生树。结果表明,4科的17种蝗虫共聚为6支,其中槌角蝗科、斑腿蝗科与网翅蝗科3个科的蝗虫先聚在一起,再与斑翅蝗科相聚。4种聚类方法中UPGMA聚类法更为符合传统的以形态学为基础的分类体系。     

用AFLP技术和16S rDNA PCR\|RFLP分析毛苜蓿根瘤菌的遗传多样性

采用选择性扩增片断长度多态性(简称AFLP)DNA指纹技术对采自我国云南省与西藏交界的高山地区的野生型豆科植物毛苜蓿根际土样分离的291株毛苜蓿(Medicago edgeworthii)根瘤菌进行遗传多样性的研究。从AFLP图谱中,揭示出毛苜蓿根瘤菌有较显著的遗传多样性,从291株中选择出90个代表株用计算机进行树状图的分析。结果表明,所分析的菌株在79%的相似性水平上聚类成3个群。对这90个代表株进行多聚酶链反应(PCR)扩增的16S rDNA的4种限制性内切酶长度多态(简称16S rDNA PCR\|RFLP)分析,得出2个不同的16S rDNA PCR\|RFLP类型的菌株。分别选出这2个类型的代表菌株与各种根瘤菌的参比菌株进行16S rDNA PCR\|RFLP分析,再进行树状图的分析,初步得出了它们在根瘤菌系统分类中的地位。分析结果表明：毛苜蓿根瘤菌与根瘤菌属中的Rhizobium mongolense的相似性很高。     

香蕉束顶病毒的纯化及理化特性

从具有典型香蕉束顶病(BBTD)症状的香蕉病组织中提纯了香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)。电镜下可观察到直径为18nm的球形病毒颗粒。最高紫外吸收在255nm,最低紫外吸收在240nm,A_(260)/A_(280)为1.30。用标准BBTV抗体通过ECL-Western转印法测定其外壳蛋白分子量为21kDa。其核酸经DNaseI、RNaseA和Mung Bean Nuclease分析,表明是约1kb的ssDNA。结果与国外文献报道一致。     

香蕉束顶病毒基因克隆和序列分析

对香蕉束顶病毒（ＢＢＴＶ）中国分离株ＤＮＡ组份Ｉ（ＤＮＡ－１）、外壳蛋白（ＣＰ）和运转蛋白（ＭＰ）基因进行了克隆和序列分析。ＢＢＴＶＤＮＡ－１含有１１０３个核苷酸,与南太平洋和亚洲分离株分别有８７％－８８％ ９６．９－９８％的核苷酸序列同源性。由ＤＮＡ－１编码的复制酶含有１８６个在酸残基。与南太平洋和亚洲分离株分别有８４．４％－９５．８％和９７．６％、９８．０％的氨基酸序列同源性。外壳蛋白基因由５     

鸡眼草根瘤菌的１６SrDNA全序列分析

Based on the previous studies on numerical taxonomy, SDS-PAGE of whole-cell protein and DNA hybridization, the rhizobial strains isolated from Kummerowia sp. in semi-arid area of North-west constituted a new subgroup, the 16S rDNA sequence of representative strain SH714 were tested. The unrooted phylogenetic tree was produced. In this tree, the strain SH714 with Sinorhizobium xinjiangensis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga constituted a branch of Sinorhizobium. Within this branch, the similarity valuse of 16S rDNA sequence between strain SH714 and S. xinjiangesis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga were 97.4%, 97.5%, 96.8%, 96.7%, 97.2% and 95.6% respectively, the values were more than 95%, this indicated that these known species should belong to the same genus. The values of DNA homology between type strains of these species were less than 70%. Thus, the strain SH714 represented a new rhizobial species, and there were some diversity between SH714 and known rhizobial species in phenotypic feature and composition of protein.     

产蓝色素放线菌细胞化学组分及16S rDNA序列分析

对分离自南京土壤中的一株高产水溶性蓝色素的放线菌菌株Streptomyces sp.进行了细胞化学组分及16S rDNA序列分析。细胞化学组分分析结果表明待定菌株的细胞壁含LL－DAP及甘氨酸,全细胞水解物含葡萄糖及核糖,全细胞脂肪酸组分主要为14－17碳的脂肪酸,其中anteiso-15和iso-16为主要组分,应归入链霉菌属。基于16S rDNA序列的聚类结果表明所选菌株基本分成9个分支,能够产生可溶性蓝色素的菌株聚成其中两个分支,即以S.coelicolor为代表的分支和以S.cyaneus为代表的分支,待定菌株与Streptomyces in-digocolor的相似性为99.4%,属于S.cyaneus分支。     

商洛多花胡枝子根瘤菌16S rDNA-RFLP分析及系统发育研究

利用16S rDNA-RFLP和全序列测定方法,对分离自商洛地区5个分布点的59株多花胡枝子根瘤菌进行了RFLP分析和系统发育研究.结果表明:(1)42株供试菌株归属根瘤菌属(Rhizobium)、11株归属中华根瘤菌属(Sinorhizobium).其余6株非根瘤菌中3株是嗜麦芽黄单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)、3株是解淀粉类芽孢杆菌(Paenibacillus amylolyticus),说明胡枝子根瘤内生菌较为丰富且类型多样.(2)结合供试菌株的地理生境分析,发现来自不同采集点的菌株有些具有同样的遗传类型,而来自同一采集点的菌株遗传类型却有差异,证明胡枝子根瘤菌在分群类别上与地理环境之间没有明确的对应关系,地理环境并非根瘤菌多样性形成的主要因素.建议今后对根瘤菌多样性研究应从根瘤菌与寄主植物物之间的共生选择进化,特别是对共生体系中基因的横向转移方面进行深入探讨.     

新疆地区盐湖的中度嗜盐菌的16S rDNA PCR-RFLP分析*

对来自新疆地区艾丁湖、艾比湖和玛那斯盐湖等盐湖的２８株中度嗜盐菌与９株相关的参比菌株, 进行了１６Ｓ ｒＤＮＡ ＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析,这些菌株是革兰氏阴性杆菌,能在０～２５％ＮａＣｌ中生长。在实验中, 选用４种限制性内切酶ＡｌｕＩ、ＨｉｎｆＩ、ＲｓａＩ和ＨａｅⅢ,将供试菌株的１６Ｓ ｒＤＮＡ的ＰＣＲ产物进行酶切,用３％ 的琼脂糖电泳分析酶切产物。结果表明,在７４％的相似性水平上分为３群。群Ⅰ包括新分离的菌株ＣＩ和　　参比菌株死海色盐杆菌（Ｃｈｒ     

基于16S rDNA序列探讨十种臂尾轮虫的系统关系和分类地位

通过对角突臂尾轮虫、尾突臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫、剪形臂尾轮虫、方形臂尾轮虫、壶状臂尾轮虫、红臂尾轮虫、镰肜臂尾轮虫、萼花臂尾轮虫和十指臂尾轮虫等十种臂尾轮虫和大肚须足轮虫的线粒体16s rDNA进行扩增和序列测序,结合Genebank 中十指臂尾轮虫的16S rDNA序列,使用MAGE软件构建了NJ(neighbor-joining method)树,使用mrbayes软件构建了贝叶斯树,探讨了十种臂尾轮虫之间的系统关系.结果表明,本研究所涉及的轮虫16S rDNA序列差异百分比均值为14.6%,可作为分子标记应用于轮虫属内种间系统关系研究;系统树均支持将十指臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫隶属于臂尾轮属;壶状臂尾轮虫和红臂尾轮虫是两个独立的种.此外,还依据16S rDNA序列变异百分比推测了十种臂尾轮虫的分化时间.     

西部某些根瘤菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP分析

选用61株分离自我国西北地区的野豌豆、棘豆、苜蓿和草木樨根瘤菌和4株已知参比菌株,进行了营养利用、抗生素抗性和耐逆性等13个表型性状研究,通过MINTS软件分析,得到了数值分类树状图,发现全部供试菌株在79％的相似性水平上,分为5个群。对57株未知菌株和10株参比菌株16SrDNAPCR－RFLD分析,发现共具有20个遗传图谱类型,聚类分析树状图表明所有菌株共分为5个系统发育分支,与数值分类结果有较好的一致性。     

慢生根瘤菌16S—23S rDNA IGS的RFLP分析

本文对慢生根瘤菌属（Bracyrhizobium）3个已知种及从10种豆科植物中分离的32株慢生根瘤菌进行了16S—23SrDNAIGS的RFLP分析。IGS的PCR产物电泳只出现一条rDNA片段,但表现在长度上菌株间有一定差异,大小在930～1050bp之间,可大致划分为IGSa、IGSb和IGSc3种。用4种四碱基识别序列的限制性内切酶AluI、HaeIII、HinfI和MspI酶解IGSrDNA,综合得到26种IGS－RFLP类型．每一种酶可产生6—12种不同的酶切图谱．结果表明这一方法能很好区分、鉴别慢生根瘤菌,也支持该技术是一种快速、简单、准确及重复性好的微生物鉴定手段．