酵母内含子在基因序列中的分布对基因转录效率的影响

对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析,显示两类内含子的序列结构有差异,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点,由此推测内含子可能参与基因转录的调控.这个结论有待更多的数据证实.对内含子和外显子在两组基因序列中的分布（长度、位置等）进行详细比较分析后显示,高效转录基因内含子和低效转录基因内含子的长度有比较明显的界限.两组基因中外显子长度的均值虽然有些差异,却没有明显的界限.基因序列长度与外显子长度的情况相似.虽然内含子的相对位置在两类基因中都很靠近5′端,但是从实际位置看,高效转录基因中比较多的内含子很靠近基因的5′端,有些则位于5′-UTR区域.这些结果提示,基因的转录效率与内含子的长度有关,与外显子及基因序列的长度无关,内含子的位置也可能影响转录效率,内含子对基因转录的调控可能与基因上游的转录调控有关联,或者是上游调控的延续.     

Eukaryotic initiator tRNA: Finely tuned and ready for action

The initiator tRNA must serve functions distinct from those of other tRNAs, evading binding to elongation factors and instead binding directly to the ribosomal P site with the aid of initiation factors. It plays a key role in decoding the start codon, setting the frame for translation of the mRNA. Sequence elements and modifications of the initiator tRNA distinguish it from the elongator methionyl tRNA and help it to perform its varied tasks. These identity elements appear to finely tune the structure of the initiator tRNA, and growing evidence suggests that the body of the tRNA is involved in transmitting the signal that the start codon has been found to the rest of the pre-initiation complex.     

真核生物启动子研究概述

启动子是调控基因表达的重要基因元件,它的调控作用是多层次多因素共同作用的结果。通过启动子的调控能够控制基因表达的水平、部位及方式。深入研究启动子对于了解生物的生长发育、防御系统、疾病等都有非常重要的意义。本文综述了启动子克隆、生物信息学分析和预测的方法,比较了两种启动子分析方法,介绍了启动子甲基化、多态性和合成启动子的研究进展,以期能够为启动子的研究提供参考。     

真核生物基因组转录诱导融合基因的研究进展

真核生物的基因组由基因和基因间区组成.基因转录时,从转录起始点开始到该基因的转录终止点结束,形成独立的转录单元.然而有少量的文献表明,转录有时会通读基因间区,产生包含上游基因、基因间区和下游基因的融合基因转录本.融合转录本经基因间剪接而成为有功能的成熟转录本.对真核生物转录诱导融合基因的基因间剪接方式、产生机制和意义进行了综述.     

L1.LtrB内含子编码蛋白反转录结构域关键催化位点分析及功能验证

【目的】筛选影响Ll.LtrB内含子编码蛋白(Intron encoded protein,IEP)反转录功能的关键催化位点,并获得无反转录活性的IEP突变体。【方法】首先,利用NCBI数据库,通过序列比对及同源建模方法筛选影响IEP反转录功能的关键氨基酸催化位点;然后,对筛选获得的关键催化位点进行定点突变,同时以Targetron载体为模板,构建无反转录功能的突变型Targetron打靶系统;最后,以大肠杆菌lacZ基因为例,体内验证IEP突变体的功能及其对Ⅱ型内含子"归巢"效率的影响。【结果】筛选到C164和G214两个位点是影响内含子编码蛋白反转录功能的关键氨基酸残基,并获得C164K和G214W两个突变体。体内功能分析表明,此两个位点突变完全失活了Ⅱ型内含子的"归巢"功能。【结论】筛选并获得了失活反转录功能的Ll.LtrB内含子编码蛋白突变体,为深入研究Ⅱ型内含子的结构和"归巢"机理奠定了基础。     

Identity Elements of Archaeal tRNA

Features unique to a transfer-RNA are recognized by the correspondingtRNA-synthetase. Keeping this in view we isolate the discriminatingfeatures of all archaeal tRNA. These are our identity elements.Further, we investigate tRNA-characteristics that delineatethe different orders of Archaea.