中国盐生植物系统发育多样性及省域差异性

植物系统发育多样性研究服务于区域植被历史、演化规律、生物多样性保护,盐生植物作为区域植被演化的独特类群和未来农业种质资源开发的重要物质基础,其区域系统发育多样性对于揭示区域环境变化、盐生植物种质资源保护、区域开发具有重要意义,但目前为止,这方面的研究匮乏。本文应用植物系统发育多样性理论和方法,以省级行政区为单位,系统评价中国盐生植物系统发育多样性和差异性,构建65科484种,17变种,8亚种盐生植物系统发育树;净谱系亲缘关系指数大于0的只有新疆维吾尔自治区、宁夏回族自治区、甘肃省、青海省、陕西省、内蒙古自治区和北京市;系统发育多样性与科、属、种级物种丰富度相关性依次为67.01%、91.20%和96.99%;根据盐生植物分类学组成相似性和系统发育组成相似性把中国盐生植物分为4大区域。本文结果对于省级行政区域盐生植物资源评估、盐生植物种质资源收集和中国盐生植物分区具有重要的指导意义。     

土壤细菌DNA提取及多样性分析的T-RFLP方法

获得高质量的土壤总DNA是土壤细菌生态学的关键步骤之一.实验通过综合应用两个试剂盒(Soilmaster kit和DNA IQTM系统)的优点进行土壤样品总DNA的提取,结果证明该方法是一种快速、有效、灵敏、稳定的土壤DNA提取方法.另外尝试将16S rDNA序列和T-RFLP(Terminal restriction fragment 1ength polymorphism)技术引入土壤细菌DNA群落多样性的研究中,证明T-RFLP是一种有力的土壤细菌多样性分析工具.     

费氏中华根瘤菌（Sinorhizobium fredii）的多样性研究

用大豆品种Willimas和黑龙33从多年种植大豆未接种根瘤菌的土壤中集大豆极瘤菌,从分离株中选出50株费氏中华根瘤菌,对供试菌株的培养特性,生长速度,耐酸,耐碱性,生长最终pH值,天然抗药性,CN源利用,刚果红吸收强度,产黑色素能力和质粒图谱类型进行了系统的比较研究,并通过聚类分析得到树状图谱,证实了不同土壤中费氏中华根瘤菌的多样性。     

Stochastic niche structure and diversity maintenance in the T cell repertoire

The reliability of the immune response to pathogenic challenge depends critically on the size and diversity of the T cell repertoire. We study naïve T cell repertoire diversity maintenance by a stochastic model that incorporates the concept of competition between T cells for survival stimuli emanating from self-antigen presenting cells (APCs). In the mean field approximation we show that clonotype extinction is certain and compute mean extinction times. We introduce the concept of mean niche overlap and show that clones with a mean niche overlap greater than one have a short repertoire lifespan. This selection differential induces minimal recognition commonality between T cell receptors (TCRs) resulting in a diverse T cell repertoire.     

甘草内生细菌多样性研究

以分离培养的方法对内蒙古鄂尔多斯市甘草基地野生及栽培甘草内生细菌的多样性进行了初步研究.结果表明,野生及栽培甘草植株内存在大量种群丰富的内生细菌.经ERIC-PCR指纹图谱分析,共分离到120株内生细菌,野生及栽培甘草均表现出根和叶部位的内生细菌数量多于茎部.对其中82株进行16S rDNA片段测序分析,结果表明这些内生细菌分别与GenBank中α、β、γ-Proteobacteria、Firmicutes、Actinobacteria五类细菌中的19个已知属相似性达到97%～100%.内生细菌的主要优势种群为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、泛菌属(Pantoea sp.)和沙雷氏菌属(Serratia sp.).     

甘草内生细菌多样性研究

以分离培养的方法对内蒙古鄂尔多斯市甘草基地野生及栽培甘草内生细菌的多样性进行了初步研究。结果表明, 野生及栽培甘草植株内存在大量种群丰富的内生细菌。经ERIC-PCR指纹图谱分析, 共分离到120株内生细菌, 野生及栽培甘草均表现出根和叶部位的内生细菌数量多于茎部。对其中82株进行16S rDNA片段测序分析, 结果表明这些内生细菌分别与GenBank中α、β、γ-Proteobacteria、Firmicutes、Actinobacteria五类细菌中的19个已知属相似性达到97％～100%。内生细菌的主要优势种群为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、泛菌属( Pantoea sp.)和沙雷氏菌属(Serratia sp.)。     

Stochastic Approximation Boosting for Incomplete Data Problems

Summary Boosting is a powerful approach to fitting regression models. This article describes a boosting algorithm for likelihood‐based estimation with incomplete data. The algorithm combines boosting with a variant of stochastic approximation that uses Markov chain Monte Carlo to deal with the missing data. Applications to fitting generalized linear and additive models with missing covariates are given. The method is applied to the Pima Indians Diabetes Data where over half of the cases contain missing values.     

Stochastic model of an influenza epidemic with drug resistance

A continuous-time Markov chain (CTMC) model is formulated for an influenza epidemic with drug resistance. This stochastic model is based on an influenza epidemic model, expressed in terms of a system of ordinary differential equations (ODE), developed by Stilianakis, N.I., Perelson, A.S., Hayden, F.G., [1998. Emergence of drug resistance during an influenza epidemic: insights from a mathematical model. J. Inf. Dis. 177, 863-873]. Three different treatments-chemoprophylaxis, treatment after exposure but before symptoms, and treatment after symptoms appear, are considered. The basic reproduction number, R(0), is calculated for the deterministic-model under different treatment strategies. It is shown that chemoprophylaxis always reduces the basic reproduction number. In addition, numerical simulations illustrate that the basic reproduction number is generally reduced with realistic treatment rates. Comparisons are made among the different models and the different treatment strategies with respect to the number of infected individuals during an outbreak. The final size distribution is computed for the CTMC model and, in some cases, it is shown to have a bimodal distribution corresponding to two situations: when there is no outbreak and when an outbreak occurs. Given an outbreak occurs, the total number of cases for the CTMC model is in good agreement with the ODE model. The greatest number of drug resistant cases occurs if treatment is delayed or if only symptomatic individuals are treated.     

小麦族中间鹅观草不同居群的形态多样性分析

小麦族（Triticeae）植物的野外调查、收集通常是以形态学为依据的。为了探讨小麦族植物在野外调查、收集的科学取样策略,本项研究以小麦族具有自花授粉习性的3个中间鹅观草（Roegneria sinica. var. media Keng）居群、每个居群30个单株为材料,对11个形态学性状的多样性进行了分析。结果表明,3个居群的总遗传多样性指数为1.991,遗传多样性主要集中于居群内（91.76%）,而居群间的遗传变异（8.24%）相对较小;不同取样梯度下的遗传多样性指数随单株取样数目的增加呈现增大趋势,但当取样数目达到18株时,遗传多样性指数达到最高值。上述结果说明,对于小麦族自花授粉植物野外调查、收集时,应以居群为单位,而且每一居群至少应调查、收集18个单株,才能代表居群的遗传多样性。以形态学为依据的取样策略的建立,对于指导野外调查、收集具有现实意义。     

小麦族中间鹅观草不同居群的形态多样性分析

小麦族（Triticeae）植物的野外调查、收集通常是以形态学为依据的。为了探讨小麦族植物在野外调查、收集的科学取样策略,本项研究以小麦族具有自花授粉习性的3个中间鹅观草（Roegneria sinica．vat．media Keng）居群、每个居群30个单株为材料,对11个形态学性状的多样性进行了分析。结果表明,3个居群的总遗传多样性指数为1．991,遗传多样性主要集中于居群内（91．76％）,而居群间的遗传变异（8．24％）相对较小;不同取样梯度下的遗传多样性指数随单株取样数目的增加呈现增大趋势,但当取样数目达到18株时,遗传多样性指数达到最高值。上述结果说明,对于小麦族自花授粉植物野外调查、收集时,应以居群为单位,而且每一居群至少应调查、收集18个单株,才能代表居群的遗传多样性。以形态学为依据的取样策略的建立,对于指导野外调查、收集具有现实意义。     

曲阜孔林土壤动物多样性研究

对曲阜孔林土壤动物进行了调查研究。共获标本5456只,隶属于5门11纲24目,其中优势类群3类,常见类群8类,占总捕量的95.12%.4种生境土壤动物种类组成极为相似,在垂直分布上具有明显的表聚性。在多样性分析中,H、E指标在各生境表现为杂木林>侧柏林>麻栎林>林缘草地;在整个孔林中大型土壤动物H、E远大于中小型土壤动物.     

叶用芥菜种质表型性状的遗传多样性分析

为有效利用叶用芥菜种质资源,对筛选出的24份叶用芥菜品系资源的11个表型性状,应用相关系数、聚类分析和主成分分析等多元统计方法进行遗传多样性分析。结果表明:叶用芥菜种质资源具有丰富的遗传多样性;11个表型性状平均变异系数为44.74%,叶片数的变异系数最大,为150.80%;净菜率变异系数最小,仅为9.54%。通过系统聚类,将参试的24份品系分为3个类群,第Ⅰ类群有14份材料,第Ⅱ类群有5份材料,第Ⅲ类群有5份材料,各类群性状之间的差异较明显,明确了品系类群间存在的亲缘关系。在主成分分析中,可选取方差累计贡献率为86.62%的前5个主成分来评价24份叶用芥菜品系资源。本研究揭示了叶用芥菜不同品系的表型特异性和遗传多样性,筛选出一些特异品系资源,为高产优质叶用芥菜新品种(系)的选育提供重要的科学依据。     

披碱草属野生居群表型多样性及其与环境关系研究

以来自8省区38个披碱草属野生居群的22个表型性状为调查对象,利用变异系数及多样性指数法对性状内和性状间及种间的表型变异进行分析,并对表型性状与地理气象因子间的关系进行相关性分析,用平均聚类法对38个居群进行分类,以揭示不同来源披碱草属种质资源表型多样性。结果显示:(1)营养器官性状中旗叶至穗基部长变异系数最高(44.695%),穗部性状中的每穗小穗数变异系数最高(77.005%)。(2)披碱草、麦宾草、圆柱披碱草与老芒麦这4个种间总体平均多样性指数为0.920～1.560,披碱草最高,麦宾草次之,圆柱披碱草最低。(3)表型性状变异受海拔、经度及年均温的影响较大。(4)UPGMA聚类结果将所有材料分成4组,披碱草属植物性状的表型特征没有严格按地理距离而聚类。研究表明,披碱草属植物野生种质材料具有丰富的表型多样性,表型性状与环境之间关系密切,采集过程中应尽量保持居群的完整性,最大程度地保护中国披碱草属牧草的遗传多样性。     

Markovian models for the developmental study of social behavior

Behavioral development involves changes in the probabilities of both social and nonsocial activities and the sequential pattern of activities over time. A number of methods have been offered for the analysis of these patterns of behavioral sequences. However, there continue to be problematic issues, including the analysis of nonstationary data; accommodation of changes in patterns within an observation period, or over repeated observations or age; and identification of differences in pattern changes between individuals or groups, and the factors responsible for these differences. In this work, we analyze data from 15 young monkeys (Macaca nemestrina) using classification and Markovian methods, including a new approach to nonstationary data called the double-chain Markov model (DCCM). These methods allowed us to identify differences in behavior patterns that differentiate between normal subjects and those presenting developmental anomalies.     

42份武夷名丛茶树资源生化成分多样性分析

对武夷山茶区42份武夷名丛茶树资源的主要生化成分进行了评价鉴定和遗传多样性分析。结果发现,武夷山茶树资源的生化成分存在丰富的多样性和变异,平均遗传多样性指数达到2.06%,平均变异系数达到22.01%。通过多变量的主成分分析,前3个主成分代表了茶树生化成分多样性的89.02%的信息。基于生化成分,把42份武夷名丛聚类划分为3个类群。3个类群除了咖啡碱含量差异不显著外,其他各生化成分均存在显著差异。第Ⅰ、Ⅱ类群大部分为适制乌龙茶的资源,第Ⅲ类群大部分为适制绿茶的资源。并从中筛选出一批生化成分特异的资源。     

黄淮麦区小麦品种(系)品质性状多样性分析

本文以黄淮麦区 100个小麦品种(系)为材料,对19个蛋白质品质和淀粉品质性状进行了多样性分析.结果表明,100个小麦品种(系)存在丰富的多样性.蛋白质性状的多样性指数(H′)为1.44～2.33,其中蛋白质含量性状(GMP含量、蛋白质含量、干和湿面筋含量)的H′均大于2;变异系数为10.18%～101.13%,其中粉质仪参数的变异系数均在70%以上.淀粉性状的多样性指数为0.86～2.96,其中直链淀粉含量、降落值、稀懈值的H′均大于2;变异系数为4.26%～25.28%,其中降落值、低谷粘度和稀懈值的变异系数超过20%.采用离差平方和聚类法,根据蛋白质性状和淀粉性状将100个品种(系)分别划分为具有不同特点的4个类别,为小麦品质改良提供了参考.