贵州桐梓何首乌rDNA ITS序列分析

以改进的CTAB法对何首乌总基因组DNA进行提取,采用通用引物对不同来源的何首乌rDNA ITS序列进行PCR扩增、测序和序列分析.结果表明,何首乌rDNA完全序列片段长度共约652 bp,其中ITS1的长度为202 bp,5.8S的长度为161 bp,ITS2长度为232 bp,与其近缘种ITS序列间存在明显差异.其rDNA ITS序列在分子水平上为鉴别何首乌提供了参考依据.     

不同居群栽培牡丹rDNAITS区序列分析及鉴别

对我国四个地区牡丹主要栽培品种rDNA ITS区序列进行测定,研究各居群rDNA ITS序列特征及差异,建立不同地区主要牡丹栽培品种的区域性分子标记,参照GeneBank信息(登录号:U27692)利用Clustal X、MEGA 3.1分子进化遗传分析软件对测序结果排序.牡丹ITS全序列长度为652 bp,相对于GenBank中牡丹rDNA ITS全序列在448位少一个C碱基,其中ITS1为267 bp,5.8 S为163 bp,ITS2为222 bp,GC含量为55.7%～56.9%,共有30个变异位点,主要发生在ITS1、ITS2区,5.8S区也存在多个位点的变异.牡丹rDNA ITS区序列特征(SNPs)可用于不同地区主要牡丹栽培品种的鉴别.     

韩国赫坎按蚊复合体3成员种核糖体DNA内转录间隔2区的比较(英文)

本文对韩国中华按蚊、雷氏按蚊和八代按蚊核糖体DNA (rDNA)内转录间隔 2区 (ITS2 )序列进行了比较研究。用PCR扩增的rDNA ITS2片段直接测序 ,每种蚊测定 3个个体 ,结果显示 :韩国中华按蚊、雷氏按蚊和八代按蚊的rDNA ITS2序列长度分别为 4 6 8bp、 4 51bp和 4 53bp ,GC含量分别为 4 4 .87%、 4 6 .2 %和 4 5.7% ,3种按蚊序列差异范围为 12 .16 %— 30 .74 %。研究表明 ,rDNA ITS2序列差异可用于韩国中华按蚊、雷氏按蚊和八代按蚊的分子鉴别。     

福建青梅rDNA ITS区克隆与序列分析

利用PCR法对青梅ITS1、5.8S、ITS2序列扩增后克隆测序,用软件DNAMAN和MEGA3.1分析测序结果,研究18个福建青梅样品的核糖体ITS碱基序列差异。获得青梅18个样品rDNA中的ITS和5.8S完全序列,ITS1、5.8S和ITS2序列长度分别为223~224bp、164bp和241~246bp,5.8S较为保守。根据测序结果,以UPGMA法建立系统发生树,从分子水平说明18个样品间的变异程度,并将福建青梅差异较大的14条rDNA ITS序列登录GenBank,获得登录号:EF523482-EF523493、EF529435和EF529436。     

甘肃本地产当归、黄芪和大黄的rDNA ITS序列分析

本研究采用改良CTAB法分别提取18份甘肃本地产当归、黄芪和大黄基因组DNA,并用PCR分别扩增其ITS1-5.8S-ITS2序列、直接测序并作序列同源性比对分析。双向测序分析结果表明,甘肃6个不同产地当归rDNA的ITS1、5.8S和ITS2序列一致,片段长度分别为215bp、162bp和223bp;供试的黄芪ITS1、5.8S和ITS2序列分别为228bp、164bp和210bp;大黄ITS1、5.8S和ITS2序列分别为160bp、159bp和164bp。供试材料的ITS1-5.8S-ITS2核苷酸序列已提交GenBank。本研究为提供甘肃当归、黄芪和大黄指纹图谱鉴别的分子标记、其道地性药材的分子鉴定和品质评价提供参考。     

基于ITS序列分析钩苞大丁草九个居群的亲缘关系

该研究对我国西南地区钩苞大丁草(Gerbera delavayi)9个居群rDNA ITS序列进行PCR的扩增和检测序列,并以非洲菊(G.jamesonii)的ITS序列作为外类群,比较了序列之间的差异,同时分析了钩苞大丁草不同居群在地理距离与遗传距离之间的关系,构建了NJ系统发育树。结果表明:(1)钩苞大丁草9个居群的ITS序列全长介于600~700 bp之间,平均长度约为657 bp,其中,ITS1长度为243~246 bp,(G+C)含量为45.67%~46.80%之间,5.8S长度191~193 bp,(G+C)含量为58.60%~58.61%之间,ITS2长度为220~221 bp,(G+C)含量为57.00%~57.45%之间;ITS序列共有22个变异位点,ITS1序列(17个)、5.8S序列(2个)以及ITS2序列(3个)上均有变异。(2)地理距离与遗传距离有正相关(r2=0.652),序列间遗传分化距离为0.001 1~0.024 3,其中普洱居群与其他居群间遗传距离最大。(3)钩苞大丁草9个居群分成三个分支,普洱居群单独成支,丽江和洱源居群聚为一支,富源、武定、德昌、石林、新平和开远6个居群聚为一支。rDNA ITS序列可以用于钩苞大丁草群体遗传研究的分析,该研究结果为其保护性开发提供了参考依据。     

窄叶鲜卑花(Sibiraea angustata)nrDNA ITS和cpDNA trnL-F序列分子进化特点的分析

应用PCR产物直接测序法分析了窄叶鲜卑花居群间nrDNA(核糖体DNA)ITS序列和cpDNA(叶绿体DNA)trnL-F的碱基差异,并与cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步研究两套植物基因组的变异速率。采用改良的CTAB法从硅胶干燥的窄叶鲜卑花叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS和cpDNAtrnL-F区域进行扩增、纯化、测序。nrDNA ITS序列共有601 bp,有变异位点3处,变异位点百分率为0.05%,(G+C)含量为41.4%。cpDNAtrnL-F序列共有927 bp,有变异位点1处,变异位点百分率0.01%,(G+C)含量为32.6%,两种序列的核苷酸多样性非常低。比较发现,窄叶鲜卑花nrDNA ITS区域较cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列保守,变异速率较慢,比cpDNAtrnL-F序列变异速率稍快。通过对ITS序列单倍型(haplotype)进行分析发现,窄叶鲜卑花现有分布范围经历了居群近期范围扩张,与叶绿体基因组(trnS-G和rpl20-rps12序列)得出的结论一致。因此,窄叶鲜卑花nrDNA ITS序列适合该种的谱系地理学研究。     

枇杷属内栽培种和部分野生种ITS序列分析

对不同栽培区的25种普通枇杷品种以及7种枇杷属野生种的ITS序列进行扩增并测序,采用邻接法和最大简约法进行系统发育树的构建并对枇杷属内不同种间的遗传关系进行了分析。结果表明:枇杷属植物ITS序列ITS1+5.8S rDNA+ITS2总长度为592 bp或594 bp,长度变化发生在ITS2。所有样本的ITS1和5.8S rDNA长度一样,都是223 bp和168 bp;而ITS2为201 bp或203 bp。5种枇杷属野生种的ITS序列长度为594 bp,包括栎叶枇杷、大渡河枇杷、南亚枇杷、南亚枇杷窄叶变种和大瑶山枇杷;其余2种枇杷属野生种(麻栗坡枇杷、小叶枇杷)和普通枇杷栽培种的ITS序列长度都为592 bp。所有样本ITS序列的GC含量为64.2%~64.5%,其中ITS1为64.1%~65.5%,ITS2为68.1%~72.6%。对所有样本的ITS序列比对产生44个可变位点,其中38个为简约信息位点,其中11个位于ITS1,5个位于5.8S rDNA,22个位于ITS2。最大的种间序列差异为7.7%,最小的种间差异发生在麻栗坡枇杷和小叶枇杷之间,仅为0.2%。普通枇杷种内的ITS序列差异很低,25种普通枇杷栽培种之间的序列差异为0~1.5%。所研究的枇杷属植物可分为3个分支。分支Ⅰ包括所有普通枇杷品种,分支Ⅱ包含5种野生枇杷种,包括栎叶枇杷、大渡河枇杷、南亚枇杷、南亚枇杷窄叶变种和大瑶山枇杷;分支Ⅲ由2个野生枇杷种(麻栗坡枇杷、小叶枇杷)组成。该研究结果表明ITS序列对枇杷种间鉴定和系统发育分析具有一定意义,但对普通枇杷栽培种间的鉴定作用不大。     

乳白石蒜rDNA-ITS序列分析及种内系统发育研究

对来源于不同产地的11个乳白石蒜(Lycoris albiflora Koidz.)种源的rDNA-ITS序列进行了扩增、纯化、克隆、酶切和测序,并对各种源的rDNA-ITS序列长度、G+C含量、碱基差异和遗传距离进行了比较分析,构建了系统发育树.结果表明,乳白石蒜11个种源的rDNA-ITS序列具有较高的同源性,但不同种源间的ITS序列长度和碱基变异较大;乳白石蒜rDNA-ITS序列总长度约为700 bp,共有318个变异位点;ITS1、ITS2和5.8S rDNA片段长度分别为222～245、240～252和163 bp;ITS序列中的G+C含量均明显高于A+T含量,ITS1和ITS2片段中的G+C含量分别为53.8%～70.5%和63.4%～73.4%;碱基变异类型多为颠换、转换、插入和缺失.种源间的遗传距离差异较大,其中浙江天目山种源(TM3)与浙江宁波种源(NB2)的遗传距离最小(0.000),其他种源间遗传距离为0.067～0.323.基于ITS序列分析结果可将11个乳白石蒜种源聚为3大类,第1类包括采自浙江天目山(TM1和TM2)和浙江宁波(NB3)的3个种源,花和花丝多为白色;第2类包含来源于不同产地的7个种源,花多为乳白色或乳黄色;第3类仅有采自浙江兰溪(LX)的1个种源,花色变异较大.研究结果表明,乳白石蒜种内有丰富的遗传变异,种源间的ITS序列差异与花的特征变化一致,但与地理分布并不相关;rDNA-ITS序列分析可用于乳白石蒜的亲缘关系、物种鉴别和遗传多样性研究.     

羌活(Notopterygium incisum)nrDNAITS和cpDNA rpl20-rps1序列分子进化特点的分析

应用PCR产物直接测序法分析了羌活居群间nrDNA(核糖体DNA)ITS序列和cpDNA(叶绿体DNA)rpl20-rps12的碱基差异,从而初步研究两套植物基因组的变异速率。采用改良的CTAB法从硅胶干燥的羌活叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS和cpDNA rpl20-rps12区域进行扩增、纯化、测序。nrDNAITS序列共有635 bp,有变异位点17处,变异位点百分率为2.68%,(G+C)含量为57.83%。cpDNA rpl20-rps12序列共有767 bp,有变异位点35处,变异位点百分率4.56%,(G+C)含量为33.06%。比较发现,羌活nrDNAITS区域较cpDNA rpl20-rps12序列保守,变异速率较慢。通过对ITS和rpl20-rps12序列单倍型(haplotype)进行分析发现,两者得出的结论一致,即现有分布范围经历了居群近期范围扩张。因此,羌活nrDNA ITS序列适合该种的谱系地理学研究。     

帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究

根据18SrDNA、5．8SrDNA和28SrDNA保守序列设计引物,应用聚合酶链式反应（PCR）扩增了文蛤（Meretrix meretrix L．）、青蛤（Cyclina sinensis G）、硬壳蛤（Mercenaria mercenaria L．）和江户布目蛤（Protothaca jedoensis L．）4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区（ITS1）和第二内转录间隔区（ITS2）序列,并进行了测序。结果表明,文蛤、青蛤、硬壳蛤和江户布目蛤的ITS1扩增产物大小分别为978bp、663bp、757bp和942bp,GC含量分别为61．55％、60．78％、62．48％和64．86％～64．97％,其中ITS1序列长度分别为900bp、585bp、679bp和864bp,是迄今已报道双壳贝类中变化范围最大的,GC含量分别为61．67％、61．03％、63．03％和65．51％～65．62％,江户布目蛤种内ITS1序列有个体差异;ITS2扩增产物大小分别为644bp、618～620bp、593bp和513～514bp,GC含量分别为61．18％、61．29％～61．81％、62．73％和61．48％61．60％,其中ITS2序列长度分别为412bp、386～388bp、361bp和281～282bp,GC含量分别为65．29％、65．21％～66．06％、67．87％和67．38％～67．62％,青蛤和江户布目蛤种内ITS2序列有个体差异。4种蛤ITS1和ITS2序列种间差异很大,有明显的长度多态性,ITS2种间序列相似度73．0％～89．1％,与ITS1的种间序列相似度48．7％～81．5％相比略高。此外,在4种蛤ITS1和ITS2序列中各发现2个与rRNA加工有关的保守区。通过对ITS1和ITS2序列的组装获得了4种蛤5．8SrRNA基因完整序列,序列长度都是157bp,GC含量57．96％～58．60％,4种蛤5．8SrRNA基因相对保守,种间序列差异度0-6．0％,共有10个变异位点,其中转换4处,颠换6处,硬壳蛤和江户布目蛤5．8SrRNA基因序列完全相同。以ITS2序列（包含5．8SrRNA和28SrRNA基因部分序列）为标记,调用北极蛤科的Arctica islandica相应序列数据作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示江户布目蛤与硬壳蛤亲缘关系最近,青蛤与其他3物种的亲缘关系最远。     

Study on Sequences of Ribosomal DNA Internal Transcribed Spacers of Clams Belonging to the Veneridae Family (Mollusca: Bivalvia)

The first and second internal transcribed spacer (ITS1 and ITS2) regions of the ribosomal DNA from four species, Meretrix meretrix L., Cyclina sinensis G., Mercenaria mercenaria L., and Protothaca jedoensis L., belonging to the family Veneridae were amplified by PCR and sequenced. The size of the ITS1 PCR amplification product ranged from 663 bp to 978 bp, with GC contents ranging from 60.78% to 64.97%. The size of the ITS1 sequence ranged from 585 bp to 900 bp, which is the largest range reported thus far in bivalve species, with GC contents ranging from 61.03% to 65.62%. The size of the ITS2 PCR amplification product ranged from 513 bp to 644 bp, with GC contents ranging from 61.29% to 62.73%. The size of the ITS2 sequence ranged from 281 bp to 412 bp, with GC contents ranging from 65.21% to 67.87%. Extensive sequence variation and obvious length polymorphisms were noted for both regions in these species, and sequence similarity of ITS2 was higher than that of ITS1 across species. The complete sequences of 5.8S ribosomal RNA gene were obtained by assembling ITS1 and ITS2 sequences, and the sequence length in all species was 157 bp. The phylogenetic tree of Veneridae clams was reconstructed using ITS2-containing partial sequences of both 5.8S and 28S ribosomal DNA as markers and the corresponding sequence information in Arctica islandica as the outgroup. Tree topologies indicated that P. jedoensis shared a close relationship with M. mercenaria and C. sinensis, a distant relationship with other species.     

高GC含量的鳜鱼rRNA基因家族的克隆

动物rRNA基因是一种GC含量较高、结构复杂的重复序列。该研究结合亲缘生物法生物信息学技术,经反复摸索后选用LA PCR法即LA PCR Taq酶结合GC缓冲液来扩增鳜鱼复杂的rRNA基因重复序列,经测序鉴定最终克隆了鳜鱼的3个rRNA基因及其2个间隔序列。分析了鳜鱼与相关动物的rRNA基因序列的同源性和进化关系。探索了克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用、循环参数的调整等措施。     

Cryptic long internal repeat sequences in the ribosomal DNA ITS1 gene of the dinoflagellate Cochlodinium polykrikoides (dinophyceae): a 101 nucleotide six-repeat track with a palindrome-like structure

Extremely long PCR fragments were generated by PCR amplification of ITS and 5.8S rDNA from Cochlodinium polykrikoides against other dinoflagellates. These patterns were consistent among geographically different isolates of C. polykrikoies. DNA sequencing reactions revealed that the PCR products were 1,166 bp in length and consisted of 813 bp of ITS1, 160 bp of 5.8S rDNA and 193 bp of ITS2. Thus, the long length was caused mainly by the long ITS1 sequence. Cryptically, the ITS1 contained a tract of 101 bp that occurs six times in tandem. The six repeated elements had identical nucleotide sequences. ITS1, therefore, separated three distinct regions: the 5' end (122 bp), the six parallel repeats (606 bp), and the 3' region (85 bp). Interestingly, both the single and six-repeat sequences should be palindrome-like sequences. In inferred secondary structures, both repeat sequences formed a long helical structure. This is the first reported discovery of comparatively long internal repeats in the ITS1 of dinoflagellates.     

荒川库蠓rDNA ITS2的序列测定与分析

库蠓种类繁多,给人畜健康带来巨大危害.荒川库蠓(Culicoides arakawae)是卡氏住白虫的重要传播媒介,引起鸡的卡氏住白虫病,导致蛋鸡产蛋量下降、肉鸡体重下降甚至死亡(Li et al.,2000),给养鸡业带来巨大经济损失.如何对各种媒介库蠓进行正确的区分或鉴定,是摆在各位寄生虫学家面前的具体问题.目前,寄生虫的分类鉴别主要依据形态学特征,一旦遇到形态学相似的近缘种就非常棘手.     

中国野生稻及栽培稻核糖体DNA第一转录间隔区序列分析及其系统学意义

用 PCR技术从产于我国的 3种野生稻和亚洲栽培稻的 2个亚种中特异地扩增和测序了 r DNA的第一转录间隔区。普通野生稻 (Oryza rufipogon)、药用野生稻 (O.officinalis)、疣粒野生稻 (O.granu-lata)和栽培稻的两个亚种 (O.sativa ssp.indica,O.sativa ssp.japonica)的 ITS1序列为 1 93bp、1 94bp、2 1 8bp、1 94bp和 1 94bp,它们的 G/ C含量为 69.3%～ 72 .7% ,序列中位点趋异率为 1 .5%～ 1 0 .6%。序列的相似性比较和简约性分支分析的结果表明 ,普通野生稻与栽培稻的两个亚种之间的亲缘关系最为密切 ;药用野生稻与普通野生稻和与栽培稻的两个亚种的相似性都为 82 % ,说明它与 AA基因组有一定的亲缘关系 ;疣粒野生稻与普通野生稻、药用野生稻和栽培稻两个亚种的亲缘关系相对较远 ,它在稻属中可能是一个系统地位较独特的类群。以 ITS1序列构建的 3种野生稻和 2个栽培稻亚种的系统发育关系与前人用同工酶、叶绿体 DNA、线粒体 DNA和核 DNA资料重建的稻属的系统发育关系基本一致     

ITS1 Sequences of Nuclear Ribosomal DNA in Wild Rices and Cultivated Rices of China and Their Phylogenetic Implications

he first internal transcribed spacer (ITS1) of nuclear ribosomal DNA of three wild rice species and two subspecies of cultivated rice, which are distributed in China, was amplified using PCR technique and sequenced with automated fluorescent sequencing. The sequences of ITS1 ranged from 193 bp to 218 bp in size and G/C content varied from 69.3%to 72.7%. In pairwise comparison among the five taxa, sequence site divergence ranged from 1.5 % to 10.6%. Phylogenetic analysis of ITS1 sequences using Wagner parsimony generated a single well-resolved tree, which revealed that Oryza rufipogon was much more closely related to cultivated rice species than to the other two wild species. Oryza granulata was less closely related to either cultivated rice species or the other two wild species, and might be a unique and isolated taxon in the genus Oryza. The phylogenetic relationships of the three wild rice species and two cultivated rice subspecies inferred from ITS1 sequences is highly concordant with those based on the molecular evidence from isozyme, chloroplast DNA (cpDNA), mitochondrial DNA (mtDNA) and nuclear DNA (nDNA) of the genus Oryza.     

不同产区太子参的rDNA ITS区序列的比较

使用1对引物18SPl和26SP2对采自14个产区的太子参[Pseudostellaria heterophylla(Miq．)Pax ex Pax et Hoffm．]进行ITS基因的PCR扩增和测序。序列分析结果表明,14个产区太子参的ITSl片段长度为219—222bp,ITS2片段长度为235～236bp,5．8S片段长度为155—157bp.除江苏宜兴,江苏句容马梗,江苏南京老鹰山和江苏溧阳等4个产区的ITS序列碱基完全一致外,其他10个产区的ITS序列则有不同的变异,碱基变异数目(包括5．8S编码区)为1—17个。使用UPGMA法重建系统发生树,从分子生物学角度说明了它们的变异程度,为利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的太子参提供了依据。