乙脑病毒持续感染株preM区序列分析

为了研究乙型脑炎病毒持续感染株preM区域基因序列变异及其意义,我们将两种乙脑病毒野生株(JaGAr-01株和Nakayama株)分别感染人肝癌KN73细胞,经过多次细胞传代后建立乙脑病毒持续感染模型,收集感染细胞经反复冻融获取变异病毒.利用preM区特异引物进行RT-PCR法得到两种病毒的preM区基因片段,应用基因测序反应进行序列分析,并对两种病毒株preM区序列进行比较.preM区基因测序结果显示,与JaGAr-01野生株比较,JaGAr-01持续感染变异株(JaG-per)有1个核苷酸上碱基发生变异(第26位U→G)并导致相应氨基酸发生置换(第9位亮氨酸→精氨酸);Nakayama持续感染变异株(Nak-per)与其野生株相比则有11个核苷酸上碱基存在差异(第26位U→G,第37位G→A,第39位C→U,第45位U→C,第51位U→C,第99位U→C,第126位U→C,第165位C→U,第189位C→U,第195位C→U,第198位U→C),但仅有其中第26位、第37位、第39位的碱基变异引起相应编码的氨基酸发生置换(第9位亮氨酸→精氨酸及第13位缬氨酸→异亮氨酸).对比还发现变异后的JaGAr-01持续感染株与Nakayama持续感染株的基因序列相同.认为乙脑病毒持续感染变异株preM区存在基因变异,这种变异可能与该区参与病毒持续感染及维持病毒生物学特性有关.     

脂蛋白脂酶基因的克隆、序列测定及定点突变

 以人的脂肪组织总RNA为模板 ,参考已报道的脂蛋白脂酶 (lipoproteinlipase ,LPL)cDNA设计引物 ,利用RT PCR方法扩增得到了LPLcDNA ,并经序列测定证实其序列是正确的 .在冠心病患者LPL基因第 5外显子的 830位碱基处发现了G→A的转换 ,该变异导致LPL基因第 192位的密码子CGA被CAA取代 ,使LPL第 192位精氨酸改变为谷氨酰胺 .在变异碱基附近设计合成两条引物 ,其中一条包含所要改变的碱基 ,利用基于PCR的定点突变技术和体外重组的方法获得了G830A变异的LPLcDNA     

HLA-B*2736等位基因的序列分析

使用FLOW-SSO、PCR-SSP以及测序等分型技术, 发现一个与HLA-B*270401基因相关的未知基因。设计基因特异性引物单独扩增B*27基因的外显子2-5, 包括内含子2-4, 并进行双向测序, 分析与B*270401基因序列的差异。该基因的扩增产物为1 815 bp。与B*270401相比在外显子3和4共有10个碱基的改变, 从而使相应氨基酸发生错义或同义突变。碱基634 A→C (密码子130丝氨酸→精氨酸); 670 A→T (密码子142苏氨酸→丝氨酸); 683 G→T (密码子146色氨酸→亮氨酸); 698 A→T (密码子151谷氨酸→缬氨酸); 774 G→C (密码子176谷氨酸→天冬氨酸); 776 C→A (密码子177苏氨酸→赖氨酸); 781 C→G (密码子179谷氨酰胺→谷氨酸); 789 G→T (密码子181丙氨酸同义突变); 1 438 C→T (密码子206甘氨酸同义突变); 1 449 G→C (密码子210甘氨酸→丙氨酸)。在IMGT/HLA数据库中B*27组只有3个基因（B*270502 / 2706 / 2732）提交了内含子序列。该未知基因的内含子2序列与B*2706相同, 显示了与B*27组基因的同源性, 但其同源性在内含子3、4均未得到支持, 与B*27组基因相比, 内含子3的第106个碱基C→G, 碱基168缺失, 碱基179 G→A, 碱基536 G→A; 内含子4中碱基82 T→C。但其内含子3、4序列却与B*070201完全相同。该基因序列已提交GenBank, 编号为被DQ915176, 被WHO确认为HLA-B*2736等位基因。     

猪H-FABP基因多态片段的序列分析

利用PCR-RFLP方法在猪H-FABP基因内确定了3个变异酶切位点,分别为5′-上游区HinfI-RFLP、内含子2的HaeIII-RFLP和HinfI*-RFLP（HinfI和HinfI*代表不同区域的HinfI酶切反应）。对每个多态片段进行克隆测序分析,结果表明,5′-上游区HinfI-RFLP是由于1324位的碱基T→C的突变引起;在内含子2中,HaeIII-RFLP变异酶切位点在1811位,发生了C到G的突变;HinfI*-RFLP是由于1970位发生T→C的碱基替换。 Abstract:Three variant restriction sites of porcine H-FABP gene,including HinfI-RFLP in 5′-upsream,HaeIII-RFLP and HinfI*-RFLP in intron 2,were confirmed by PCR-RFLP method.The polymorphic fragments were cloned and sequenced.The results revealed a single nucleotide substitution of T→C at position 1324 for HinfI-RFLP,C→G at position 1811 for HaeIII-RFLP and T→C at position 1970 for HinfI*-RFLP,respectively.     

中国流行性乙型脑炎病毒分子生物学特性研究

为了从分子水平了解中国流行性乙型脑炎(乙脑)病毒与国外分离株的差异,对1949年以来在中国乙脑主要流行地区分离的19株乙脑病毒的PrM-C区及E蛋白基因区的核苷酸序列进行了对比研究,以期了解不同时间不同地区在中国流行的乙脑病毒的分子差异.结果显示:病毒生物学初步鉴定显示,病毒感染BHK细胞后56h所有细胞均发生病变,约50%以上细胞脱落(CPE( ));3日龄乳鼠接种病毒72h之内死亡;所有病毒均与乙脑病毒(A2株)抗血清发生阳性反应,但反应强度不同,提示所有病毒均为乙脑病毒.病毒PrM-C(456～695)区核苷酸序列与各个国家及地区、各个基因型以及各个年代的73株乙脑病毒相应序列,用Woan-Ru Chen建立的方法进行基因分型分析,结果显示,所有19株中国分离的病毒均属于基因型Ⅲ型,与国外相关文献所报道的乙型脑炎病毒中国分离株的基因型相符.以乙型脑炎病毒疫苗株P3株为标准,对各病毒E蛋白500个氨基酸序列进行分析.各毒株核苷酸差异在0和4.2%之间,氨基酸差异在0和4.0%之间.所有核苷酸差异均为碱基的替换,无论核苷酸或氨基酸均无插入或丢失.大多数核苷酸变异在氨基酸编码的第三位,属于沉默突变,不引起氨基酸变化.18株病毒E蛋白活性结构域与疫苗株P3株相比共有247个氨基酸的差异,平均每株病毒有12.35个氨基酸的差异,有11株病毒(SA14、TLA、CZX、CBH、G35、GSS、LYZ、SH-3、YLG、YN、ZMT)在该区的差异数低于这个平均值.而在超过这一平均数的7个病毒株(A2、HA-3、47、CH-13、CTS、LFM、ZSZ)中,LFM、ZSZ、47与疫苗株相比较分别有16～20个氨基酸的差异,相对其它17株病毒而言,差异较为明显.以上线索提示,现有的乙型脑炎灭活疫苗在理论上可以覆盖包括现存病毒在内的毒株.     

辽宁省2008～2011年流行性腮腺炎野病毒SH蛋白基因特征分析

本研究用Vero/Slam细胞从辽宁省2008～2011年流行性腮腺炎暴发和散发患者的临床标本中分离到13株流行性腮腺炎野病毒(Mumps virus,MuV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)针对MuV分离株的SH基因的316个核苷酸片段进行扩增,并对该产物进行序列测定。将这13株MuV与从GenBank下载的世界卫生组织(WHO)MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究。结果提示:除2011-015株外,辽宁省2008～2011年12株MuV分离株均属于F基因型,核苷酸和氨基酸同源性为94.9%～100%和83.3%～100%。与F基因型参考株序列相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.4%～97.2%和96.5%～84.2%。表明2008～2011年辽宁省流行的F基因型MuV发生较大的型内变异。另外还发现F基因型MuV在SH基因上存在着特异性突变(CNt65,CNt105,G Nt137,C Nt192,C Nt239,GNT262),而其它基因型MuV在这些位点上均未发生改变。F基因型MuV在SH基因编码的氨基酸保守位点也发生变化。如:第2位上由S→P,第6位上由P→L,第23位上由T→N,第48位上由L→P/R。与基因分型有关的氨基酸三联体,2008-01-007毒株也发生了改变,由IML变为TMP。2011-015株病毒与F基因型参考株平均核苷酸和氨基酸同源性分别为87.5%和79.8%,与G型参考株平均核苷酸和氨基酸同源性分别为96.8%和97.4%,属于G基因型。该基因型为中国内地首次发现。     

2010年山东省环境污水中脊髓灰质炎病毒的监测及其基因特征分析

本研究在山东省开展了脊髓灰质炎病毒(Poliovirus,PV)的外环境监测,从济南、临沂两地采集污水标本,浓缩处理后进行病毒分离,对分离到的PV采用中和试验进行血清定型,并对其VP1及3D区进行序列测定,分析其基因突变和重组情况。2010年,共采集污水标本32份,PV阳性10份,阳性率31.3%;分离到18株PV(PV1型3株,PV2型9株,PV3型6株),均为疫苗相关株,VP1完整编码区核苷酸变异数在0~4个之间,在3株PV2型病毒和4株PV3型病毒的基因组中发现重组;对VP1区影响神经毒力的减毒位点分析发现,PV1型病毒中有1株在nt 2 749发生突变(A→G),PV2型病毒中有1株在nt2 908发生A→G突变,3株在nt2 909发生U→C突变,6株PV3型病毒全部在nt2 493发生C→U突变。环境污水中可以分离到PV,其基因重组率和主要减毒位点的回复突变率较高,未发现脊灰野毒株和疫苗衍生株脊灰病毒(Vaccine-derived poliovirus,VDPV)。     

大豆品种北农103早花性状的遗传解析

为明确大豆品种北农103的早花性状的遗传特性,以北农103为父本和晚花品种海系13为母本,构建了F_2分离群体和F_5重组自交系群体。通过F_2分离群体研究其早花性状的遗传方式,利用极端性状混池重测序结合分子标记加密方法定位早花性状基因,并对候选基因进行序列分析。结果显示,北农103的早花性状主要由1对隐性基因控制。该基因位于6号染色体(C2)上,在Satt557和XH2_11标记之间,遗传距离均为1.0 c M。基因序列分析表明,该基因为已知的E1的等位隐性基因el,DNA序列中第218位碱基由E1中的G变为C,导致核苷酸由精氨酸(AGG)变为苏氨酸(ACG),由于北农103的e1基因中单个碱基变异导致光周期的敏感性发生了改变,产生早开花现象。经系谱分析推测,北农103中的e1基因来源于美国品种Century,可在改良大豆品种的成熟期和株高方面发挥作用。     

重组hIL—12病毒在Sf9细胞传代中遗传稳定性的研究

将含重组白细胞介素12(hIL—12)的杆状病毒(Ac—hIL12)经空斑纯化后,在草地贪夜蛾Sf9细胞中进行连续无稀释传代到P55代,收集被P15、P25、P35、P45、P55代重组病毒感染的细胞,抽提胞内病毒(ICV)DNA。根据重组病毒构建的原理,在P35cDNA和P40 cDNA的3′末段设计一对引物进行PCR,扩增出了包括P35cDNA、Polyhedrin启动子、P10启动子和P40 cDNA序列在内的全长约2．0kb片段,克隆至T Vector进行序列测定后发现,在第PmP25和P35代所扩增出的序列没有发生任何突变。但在P45代,P35 cDNA中就有3个碱基发生了点突变(461T→C,517A→G以及630C→T),Polyhedrin启动子的 1位后插入了一个碱基T,P40 cDNA与P10启动子区(230bp)没有变化;而第P55代除了以上碱基突变以外,P10启动子区—168位的G替换突变为T,—136与—135位之间插入一个碱基T,以及—122位缺失一个碱基T。以上结果表明杆状病毒在体外细胞连续传代过程中可导致外源基因本身的突变。     

马立克氏病病毒38 kd磷蛋白H19-和T65-抗原表位分析及鸡对该抗原表位点突变病毒的免疫反应

对马立克氏病病毒(MDV)38 kd 磷蛋白(pp38)基因的编码序列的测定表明, 所有在间接荧光抗体试验(IFA)中与单抗H19反应的10个不同致病型MDV毒株, 在第320位碱基为“A”, 相应第107位氨基酸是谷氨酰胺, 而在IFA中不与单抗H19反应的疫苗株CVI988相应位点分别是“G”和精氨酸. 另一方面, 在IFA中能与另一个单抗T65反应的毒株, 在第326位碱基是“G”, 第109位氨基酸是甘氨酸, 而其他不与单抗T65反应的毒株, 相应位点碱基和氨基酸分别是“A”和谷氨酸. 通过比较CVI988及其在pp38基因的第320和326位的单一或双碱基点突变病毒CVI988/rpp38(AG)和CVI/rpp38(AA)对H19和T65的反应性, 证明了在第107和109位的谷氨酰胺和甘氨酸分别对pp38上的H19和T65两个抗原表位起关键作用. 比较CVI988及其点突变株CVI/rpp38(AG)在SPF鸡诱发的抗体反应表明, 接种了点突变株CVI/rpp38(AG)鸡的抗体反应出现得比天然株抗体反应明显延缓且显著降低. 进一步对MDV不同抗原成分的相应抗体水平比较表明, 该功能区内可能存在着第3个特异性抗原表位, 它决定于CVI988株pp38第107位的精氨酸, 而且天然CVI988株及其点突变株诱发的抗MDV抗体水平间的显著差异可能正与这个抗原表位相关.     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.