基于知识发现的生物信息学

生物信息学的研究热点及方向的基本工具是知识发现,而知识发现是计算机科学近期研究的热点,具有一定的理论基础,基于知识发现的生物信息学是理论、应用相结合的必由之路 。     

生物信息学数据库研究文献引文与热点分析

以Web of Science为数据源,简要概括生物信息学数据库研究的发展趋势。利用Cite Space可视化工具展现生物信息学数据库研究的知识基础和研究热点图谱,为开展生物信息学数据库领域相关的理论研究和实践活动提供借鉴,以便推动生物信息学数据库研究的发展。研究表明：1990年Altschul SF发表的＂局部比对搜索工具——BLAST＂是生物信息学数据库研究的重要知识来源文献;热点主题集中在序列库、基因组数据库、分类数据库、蛋白质数据库、数据库更新、集成系统等。     

共词分析国内外生物信息学领域研究态势

生物信息学作为自然科学领域中多学科交叉的新兴学科,其发展研究得到了众多学者的关注。为了解生物信息学在国内外的研究态势,以CNKI中文数据库和Web of science外文数据库中生物信息学领域期刊论文为研究对象,利用R语言编程工具,文献计量和共词分析归纳了国内外生物信息学领域的研究现状、热点及趋势。结果表明:国内外生物信息学研究均处于高速发展期,文献量呈逐年增长趋势,研究领域也在不断拓宽;国内外研究热点均聚焦在基因挖掘、蛋白质结构与功能预测、miRNA分析等,但国内偏向于理论研究,而国际更注重其在疾病治疗、药物设计等方面的应用研究。     

生物信息学软件研究的可视化分析

以Web of Science数据库为数据来源,利用Cite Space和UCINET软件对发表在Nucleic Acids Research期刊上有关生物信息学软件研究的文献做了可视化分析,揭示了该领域的研究力量、作者团队与高被引作者、知识基础、期刊分布、研究热点与前沿,为生物信息学软件的研究和发展提供必要的参考依据。     

生物信息学在工业生物催化研究中的应用

随着石油等不可再生资源的日益减少以及环境污染问题的日益严重,应用工业生物催化技术改造或取代传统化工工艺已经成为新世纪化学工业可持续发展的研究热点。工业生物催化技术的研究对象是生物催化剂及其催化过程。近来,利用生物信息学技术进行工业生物催化研究已经越来越受到人们的重视。随着工业生物催化的发展,生物信息学将直接指导并加快新型高效生物催化剂的发现及功能改造进程。     

生物信息学创新教学模式初探

生物信息学是生物科学中一门新兴的前沿学科。针对目前国内生物信息学教学现状,基于其他学科的成功教学模式,结合生物信息学课程特点,提出“以知识为中心,理论教学与实验教学有机结合”的教学模式。     

基于共词分析的国内生物信息学热点领域研究

利用共词分析和可视化方法对生物信息学的关键词进行聚类分析,探讨该研究领域的学科分类和热点内容.以中国知网、中华医学会数据库中期刊论文为统计来源,对1998～2013年间的5 707篇生物信息学相关文献进行计量分析,提取出40个高频关键词.利用ROST软件得到关键词共词矩阵,在此基础上利用SPSS进行因子分析、聚类分析和多维尺度分析.结合因子分析和聚类分析将生物信息学领域主要研究内容分为7类,结合多维尺度分析对研究热点及变化趋势进行了初步探讨.研究结果较为客观地反映了当前生物信息学领域的学科分类和研究热点,为科研人员进行生物信息学研究提供一些思路.     

国际生物信息学研究的可视化分析

利用当前主流的信息可视化分析软件Cite Space对2005~2014年间SCI收录的生物信息学的5种高影响力外文期刊所刊载论文的题录数据进行统计和可视化分析,绘制该领域的关键词共现、膨胀词共现、经典文献共现、高被引文献共现和关键节点文献共现的网络可视化图谱,试图揭示生物信息学领域的研究热点、研究前沿以及知识基础,以期帮助研究人员了解该领域在国际范围内的研究态势。     

小立碗藓LysM型类受体激酶基因家族生物信息学分析

植物LysM型类受体激酶(lysin motif receptor-like kinase,LYKs)是植物中发现的一类重要的RLK,在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用,是植物中基因功能的研究热点.为更好地了解小立碗藓中的LYK基因,该文利用生物信息学的方法对小立碗藓(Physcomitrella p...     

基于微阵列数据构建基因调控网络

随着微阵列数据的快速增长, 微阵列基因表达数据日益成为生物信息学研究的重要数据源。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络也成为一个研究热点。通过构建基因调控网络, 可以解读复杂的调控关系, 发现细胞内的调控模式, 并进而在系统尺度上理解生物学进程。近年来, 人们引入了多种算法来利用基因芯片数据构建基因调控网络。文章回顾了这些算法的发展历史, 尤其是其在理论和方法上的改进, 给出了一些相关的软件平台, 并预测了该领域可能的发展趋势。     

肿瘤表观基因组学、生物芯片和生物信息学

肿瘤的分子生物学研究一直是生命科学和医学研究的热点,随着科学技术的发展,高通量的分析方法在分子生物学研究中的广泛应用,使其成为肿瘤研究的一种高效手段,同时表观基因组学和生物信息学也促进了肿瘤学的发展,本文就表观基因组学、生物芯片和生物信息学方法在肿瘤研究中的应用进行综述,并对未来的发展和展望进行了讨论。     

后基因组时代的基因组功能注释

基因组功能注释是后基因组时代功能基因组学研究的热点领域.从基因组功能注释的研究内容与研究手段出发,重点综述了生物信息学在该领域方法学上的研究进展,并展望了今后的发展前景.     

微生物必需基因的理论研究现状

必需基因是生物体在优化条件下生长不可缺少的基因。近年来,对必需基因的研究已逐渐成为微生物学、基因组学和生物信息学研究领域的热点。文章首先描述了已经实验确定必需基因的微生物物种。然后,对必需基因的理论研究现状进行了综述。从进化保守性和序列组成两方面比较必需基因和非必需基因的差异,到必需基因的理论预测及必需基因在染色体上的分布等。最后,对这一重要研究领域的进展进行了总结和展望。     

生物信息学及其研究现状

生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究生命科学中各种生物信息的表达、采集、储存、传递、检索、分析和解读的科学,是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科相互渗透而高度交叉形成的一门新兴前沿学科.对生物信息学的起源、研究内容、研究热点及应用等进行了综述,并展望了其今后的发展前景.     

利用生物信息学技术研究蛋白功能的几种方法

阐明基因的功能是后基因组计划的主要任务。生物信息学为解决这一难题提供了有力手段,生物信息学是用数理和信息学的观点,理论,方法研究生命现象,组织和分析呈指数增长的生物学数据的一门新型学科,本文介绍4种应用生物信息学技术研究蛋白功能的方法。     

工业生态学研究足迹迁移——基于Citespace II的分析

由于工业发展与环境关系愈发恶化,可持续发展问题日益突出,有必要通过回顾工业生态学研究来寻找理论指导。利用引文空间分析工具Citespace Ⅱ,通过绘制工业生态学知识图谱,以定量与定性结合方法,系统梳理国内外工业生态学研究成果,挖掘工业生态学的知识基础、发展脉络和研究热点。研究发现:工业生态学是一门交叉性学科,涉及环境科学、生态学、管理学和经济学;生态工业园仍为工业发展重要方向,需要结合生态系统理论与工业流程重构对其加以改善;城市、农业、共生成为当前研究热点;生命周期评估、投入产出分析和工业代谢仍为重要分析工具;我国工业生态问题将成为未来关注重点。     

数据挖掘在生物信息学中的应用

借助各种应用数学和计算机技术 ,将大量积累并急需处理的生物信息数据利用起来 ,探索生物信息中的规律 ,是当前国内国际生物信息学研究的热点和重点。其中数据挖掘技术在生物信息研究中发挥着巨大的作用。     

蛋白质组学关键技术及其在茶树研究中的应用

蛋白质组学是后基因组时代的研究热点,相对于基因组学来说,能更直接、更准确的解释生命现象。对蛋白质组学关键技术如双向凝胶电泳、生物质谱、蛋白质芯片、生物信息学等及其在茶树上的应用作一介绍。     

植物microRNA的生物信息学预测与分析

microRNAs(miRNAs)是一类广泛存在于真核生物中调控基因转录后表达的非编码小分子RNA。大量研究表明,miRNA在调节多种生物途径中起着重要的作用,采用生物信息学方法预测与分析miRNA是当前发现和鉴定植物miRNA的重要策略之一。研究内容总结了生物信息学预测植物miRNA及其靶基因的方法策略,阐述了生物信息学在植物miRNA研究中的重要作用,为今后的研究奠定了基础。