云南野生稻中Xa21基因外显子Ⅱ的分离及序列分析

Xa21是已经分离克隆的一个具有广谱抗性的水稻白叶枯病抗性基因,根据已克隆的白叶枯病抗性基因Xa21外显子Ⅱ序列设计特异性引物对云南3种野生稻及其他稻种进行PCR扩增.结果表明,只有普通野生稻(景洪普通野生稻和元江普通野生稻)及长雄野生稻中扩增到了长400bp的目的片段,而疣粒野生稻和药用野生稻及栽培稻中均没有扩增到目的片段.通过序列比较发现所克隆的序列同长雄野生稻的氨基酸序列变化是随机的.     

猪Mx1基因第14外显子多态性分析及新突变位点的 发现

采用PCR-RFLP方法对国内外7个猪种Mx1基因第14外显子的多态性进行分析, 共检测到3个等位基因, 6种基因型。其中杜洛克中仅存在AA基因型, 苏太猪中存在全部基因型, 只有在梅山猪和具有梅山猪血统的苏太猪中出现基因型BB。所有猪种中, 只有在地方猪种和培育猪种中出现等位基因B, 所有猪种除松辽黑猪外均以A为优势等位基因。卡方检验结果表明, 不同猪种间基因型分布差异较大, 梅山猪和松辽黑猪与其他所有猪种的基因型频率差异极显著(P＜0.01) , 苏太猪与除皮特兰猪外的所有猪种的基因型频率差异也极显著(P＜0.01) , 淮猪与杜洛克和约克夏这两个国外猪种基因型频率差异不显著(P＞0.05), 而与皮特兰和其他地方猪种的基因型频率均存在极显著差异(P＜0.01) 。通过测序在扩增片段中新发现了3种类型的碱基突变, 前2个分别导致了Thr和Glu向Ala和Arg的替换, 最后一个突变不引起氨基酸的变化, 且后两个突变位点为BB基因型所特有。     

乌龟MHCⅡ类B基因第二外显子的克隆及序列分析

利用一对兼并性引物扩增了乌龟MHCⅡ类分子B基因第二外显子的部分片段,并对PCR产物进行了克隆和测序,结果得到8种长度为166 bp的不同序列。经分析,序列中有84个变异位点,核苷酸的非同义替换(dN)多于同义替换(dS),造成39个位点氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定的抗原结合位点附近。利用MEGA、PAUP软件分别构建NJ树和MP树,两种树极为相似,均分为两支。同一个体中出现有多种序列,提示乌龟MHCⅡ类分子B基因可能存在着座位重复。研究表明:乌龟MHCⅡ类分子B基因第二外显子有较高的多态性,有利于乌龟野生种群的遗传保护。     

猪肥胖基因5′调控区与内含子1的测序分析及其两个新微卫星的发现

根据猪肥胖基因(Obese gene,Ob)部分序列设计引物,并通过Southern杂交和杂交阳性片段的克隆进行测序,首次得到猪Ob基因内含子1和5′调控区16．4kb序列,将外显子1定位在起始密码子上游11．1kb处,同时在内含子1中发现了两个新的微卫星,命名为SW200和SW160。调控区潜在的调控元件分析显示,-1～-300bp区间包含了C／EBP和两个Sp1,可能更直接高效的调节其转录。为研究SW200和SW160与一些重要经济性状的关系,分析了等位基因和基因型频率,用SAS8．2软件分析显示,两个微卫星多态仅对二花脸猪的头胎总产仔数有显著的效应。     

水稻矮化小穗突变d18新等位基因的发现及生理功能分析

株高和穗型是决定水稻产量密切相关的农艺性状.本研究从粳稻品种台北309经甲基磺酸乙酯诱变的群体中分离出一个能稳定遗传的矮化小穗突变体,主要表现矮化、粒长增加而宽度变小和穗型变小等特点.遗传分析表明,该突变体受单隐性核基因控制.定位于水稻第1号染色体的Indel标记P4和P5之间,物理距离约为20 kb.由于该区间只有一个已经克隆的矮化基因Dwarf18(d18),其功能编码赤霉素3β-羟化酶(GA3ox2).所以,表明突变基因与d18可能等位.测序比对发现,该突变基因的第2个外显子发生了1个碱基(G)的缺失,造成无义突变,实时荧光定量PCR结果显示,OsGA3ox2基因在突变体中表达量显著下降.因此,将该突变基因暂命名为d18-1.组织切片观察结果显示,与野生型相比,突变体的茎部倒三节间纵向细胞长度显著变短,但细胞数目增多.生理功能结果分析表明,突变体对外源激素GA更敏感,但对外源激素BR不如野生型敏感.检测与GA和BR生物合成与信号传导途径相关基因的表达结果发现,与野生型相比,在突变体中参与GA失活基因OsGA2ox3出现了下调表达,GA生物合成相关基因OsGA20ox2和OsGA3ox2也出现了下调表达,GA信号传导途径中的关键基因都没有明显的差异表达变化.另外,参与BR的合成或者信号传导途径的大部分相关基因在突变体中的表达都出现了下调.由此证明,突变体矮化是由于GA激素的不能正常合成所导致,并且对外源活性BR的响应通路受损而造成对BR激素的低敏感反应.另外,对孕穗期的野生型和突变体的幼穗进行转录组测序分析表明,与野生型相比,突变体检测到1497个差异表达基因,这些差异基因涉及苯丙素的生物合成、糖代谢和碳代谢等.因此,推测突变体中的OsGA3ox2基因发生了无义突变影响了GA和BR生物合成与信号传导途径以及穗型发育相关调控途径,这为更深入研究调控水稻矮化以及穗型的遗传网络提供了新的信息.     

猪肥胖基因5'调控区与内含子1的测序分析及其两个新微卫星的发现

根据猪肥胖基因(Obese gene,Ob)部分序列设计引物,并通过Southern杂交和杂交阳性片段的克隆进行测序,首次得到猪Ob基因内含子1和5'调控区16.4 kb序列,将外显子1定位在起始密码子上游11.1 kb处,同时在内含子1中发现了两个新的微卫星,命名为SW200和SW160.调控区潜在的调控元件分析显示,-1～ -300 bp区间包含了C/EBP和两个Sp1,可能更直接高效的调节其转录.为研究SW200和SW160与一些重要经济性状的关系,分析了等位基因和基因型频率,用SAS8.2软件分析显示,两个微卫星多态仅对二花脸猪的头胎总产仔数有显著的效应.     

枯草杆菌碱性蛋白酶Ki 2基因的序列测定及M222A定点突变

含有枯草杆菌碱性蛋白酶Ｋｉ-２基因的１.９ｋｂＤＮＡ片段用限制酶切成几个小片段,将这些片段分别插入Ｍ１３ｍｐ１８或Ｍ１３ｍｐ１９中,用通用测序引物测得全序列。所得全序列与蛋白酶Ｅ相比较,在结构基因部分仅有８个碱基不同,由此而导致两个氨基酸的差异。此１.９ｋｂ的片段插入枯草杆菌大肠杆菌穿梭质粒Ｐｂｅ-２,得到的重组质粒转化蛋白酶缺陷型的枯草芽孢杆菌ＤＢ１０４,结果表明枯草杆菌碱性蛋白酶Ｋｉ-２基因在ＤＢ１０４中能利用自身的调控元件表达并分泌到胞外。将Ｋｉ-２蛋白酶的２２２位甲硫氨酸突变成丙氨酸,突变后的Ｋｉ-２蛋白酶具有抗氧化性,但比活性比野生型的约低１倍     

中国人Ⅱ型MPS家系IDS基因的一种新突变的鉴定

为了研究粘多糖贮积症Ⅱ型(MPSⅡ)患者发病的分子遗传学机制, 以便为今后的产前基因诊断等创造必要的前提条件, 文章先采用尿糖胺聚糖(GAGs)定性检测法对疑似MPSⅡ的先证者进行初诊, 然后采用PCR、PCR 产物直接测序法对先证者及其家系成员进行突变检测。在检出IDS基因c.876del2新突变后, 对随机采集的120例正常对照和其他非II型MPS患者包括MPSⅠ, Ⅳ, Ⅵ三型的病人共15例的IDS基因exon 6进行序列分析, 同时采用不同物种突变点序列的保守性分析法, 以及直接测定患儿及其家庭相关成员IDS酶活性的方法对该新突变进行致病性分析。结果显示: 先证者尿检呈强阳性(GAGs +++); 其IDS基因exon 6编码区内存在c.876-877 del TC新缺失突变, 为半合子突变, 而其母、其姐为杂合突变; 正常对照和其他非II型MPS患者的IDS基因exon 6的检测结果均未发现该突变; 不同物种氨基酸序列的同源性比对显示: c.876-877 del TC突变所在的位置即p.292-293的苯丙氨酸(F)谷氨酰胺(Q)高度保守; 酶活性测定的结果显示: 先证者的IDS酶活性仅为2.3 nmol/4 h/mL, 大大低于正常值, 而其父的为641.9 nmol/4 h/mL, 其母的血浆酶活性为95.8 nmol/ 4h/mL, 其姐的为103.2 nmol/4 h/mL。说明所发现的c.876-877 del TC缺失移码突变是一种新的病理性突变, 是该MPSⅡ患儿发病的根本内因。     

胃癌细胞中Ras 基因的表达、突变分析及新剪接型Kras△E2 的发现

目的：传统Ras家族由Kras,Hras 和Nras 基因组成,这类基因的点突变经常在人类肿瘤中发现,突变热点位于12,13,61 位 密码子。ERas 基因是2003 年在鼠胚胎干（ES）细胞中发现的,其cDNA编码的蛋白与Kras,Hras 和Nras分别有46%,43%和47% 的相似性,故属于新的Ras 家族成员,近几年发现ERas 基因的表达与胃癌密切相关,而传统Ras 基因在胃癌细胞中的表达及突 变情况系统报道较少,本文旨在研究传统Ras基因Kras,Hras,Nras及其家族新成员ERas 基因在胃癌细胞中的表达和突变情况。 方法：选用7 株不同来源不同分化程度的胃癌细胞系,利用RT-PCR 及real-timePCR 检测Ras基因在这些胃癌细胞系中的表达, 并通过测序对传统Ras基因突变热点12,13,61 位密码子及ERas 基因全长进行突变分析。结果：①Ras基因在这些胃癌细胞系中 均有不同程度的表达,其中Hras 和Nras 基因在各株细胞中表达水平均一,而Kras 和ERas 基因则呈差异性表达;②在这些胃癌 细胞中传统Ras基因突变热点12,13,61位密码子不存在突变,ERas基因全长亦未检测到突变．③发现Kras 基因一新的剪接型, 特点为第一、三外显子直接拼接,缺失第二外显子,命名为Kras△E2。结论：与在其他肿瘤中不同,传统Ras 基因在胃癌细胞中不 存在突变热点,家族新成员ERas 基因全长亦无突变,在国际上首次报道新剪接型Kras△E2,从而得出创新性结论：Ras基因家族 在胃癌细胞中并不是通过热点突变导致持续活化而致癌,而可能是通过ERas 基因表达量的调节或形成新的剪接型Kras△E2 而 致癌。另外,Kras 基因是一被受国际关注的肿瘤基因,新剪接型的发现可能会对Kras 基因致癌机制产生新的认识,意义重大。     

胃癌细胞中Ras基因的表达、突变分析及新剪接型Kras△E2的发现

目的：传统Ras家族由Kras,Hras和Nras基因组成,这类基因的点突变经常在人类肿瘤中发现,突变热点位于12,13,61位密码子。ERas基因是2003年在鼠胚胎干（ES）细胞中发现的,其cDNA编码的蛋白与Kras,Hras和Nras分别有46％,43％和47％的相似性,故属于新的Ras家族成员,近几年发现ERas基因的表达与胃癌密切相关,而传统Ras基因在胃癌细胞中的表达及突变情况系统报道较少,本文旨在研究传统Ras基因Kras,Hras,Nras及其家族新成员ERas基因在胃癌细胞中的表达和突变情况。方法：选用7株不同来源不同分化程度的胃癌细胞系,利用RT—PCR及real-timePCR检测Ras基因在这些胃癌细胞系中的表达,并通过测序对传统Ras基因突变热点12,13,61位密码子及ERas基因全长进行突变分析。结果：QRas基因在这些胃癌细胞系中均有不同程度的表达,其中Hras和Nms基因在各株细胞中表达水平均一,而Kras和ERas基因则呈差异性表达;②在这些胃癌细胞中传统Ras基因突变热点12,13,61位密码子不存在突变,ERas基因全长亦未检测到突变．③发现Kras基因一新的剪接型,特点为第一、三外显子直接拼接,缺失第二外显子,命名为Kras△E2。结论：与在其他肿瘤中不同,传统Ras基因在胃癌细胞中不存在突变热点,家族新成员ERas基因全长亦无突变,在国际上首次报道新剪接型Kras△E2,从而得出创新性结论：Ras基因家族在胃癌细胞中并不是通过热点突变导致持续活化而致癌,而可能是通过ERas基因表达量的调节或形成新的剪接型KrasAE2而致癌。另外,Kras基因是一被受国际关注的肿瘤基因,新剪接型的发现可能会对Kras基因致癌机制产生新的认识,意义重大。     

1个新巨胚等位基因的鉴定与表达分析及其性状考察

该研究以‘超2-10’水稻和‘上师大5号’巨胚水稻为材料,分析了2种水稻的胚重、胚与糙米质量比、巨胚性状的遗传,克隆和分析了其巨胚基因(GE)序列,并对巨胚基因进行了表达分析。结果显示:(1)‘上师大5号’的胚重、胚与糙米质量比均极显著大于‘超2-10’,且‘超2-10’的胚重接近或大于一些已报道的巨胚水稻;(2)‘上师大5号’巨胚表型由1对隐性基因控制,并与韩国巨胚稻‘M-2-565-11-3-B(ge)’属于相同的等位基因突变;(3)‘超2-10’、‘上师大5号’和‘M-2-565-11-3-B(ge)’3种水稻各自具有1个新的GE等位基因,它们的突变位点分别位于启动子、启动子及编码链、编码链;(4)‘上师大5号’启动子及编码链都有突变的GE等位基因(gec),在开花后4~7d的颖果中表达量持续增加,完全不同于只有编码链突变的GE等位基因呈持续下降的表达模式。该研究首次报道了突变在启动子、突变同时发生在启动子及编码链2种新型巨胚等位基因。     

绿色鞭毛藻类的新变种及中国新记录种(Ⅱ)

报道了团藻目(Volvocales)4个属的10个种和变种,其中包括3个新变种：单胞衣藻分离变种Chlamydomonas monadina stein var．separntis,假球四鞭藻穿孔变种Carteria pseudoglobosa Ettl var．perforata,戈利翼膜藻钟形变种Ptermonas golenkiniana Pascher var．campariformis,5个中国新记录种和2个中国新记录变种。