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相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 156 毫秒
1.
分子互作技术通过检测蛋白质和其他物质相互作用的特性,如亲和力常数等探究分子间相互作用的机制。其中,等温滴定微量热技术(isothermal titration calorimetry,ITC)和微量热泳动技术(micro scale thermophoresis,MST)在分子互作定量检测中广泛应用。本文以一种磷酸甘油酸激酶1(phosphoglycerate kinase 1,P1)和药物分子盐酸特拉唑嗪(terazosin hydrochloride,TZ)之间的相互作用检测为例,运用ITC和MST技术顺利获得实验结果并可相互验证,同时对两种检测技术的优势和不足进行了深入探讨,为不同条件下检测方法的选择提供了新的思路。  相似文献   

2.
在生命科学领域中,生物分子间的相互作用具有非常重要的作用。通过分子间相互作用分析不仅可阐明细胞生物学事件,而且为疾病发生机制和药物发现提供基础。MST技术是一种基于检测在温度梯度中的生物分子电泳迁移率的变化而检测生物分子间结合、解离过程,获取分子间相互作用的模式和动力学常数等方面信息的新技术,是近年来发展的研究生物分子相互作用的强有力工具,已广泛应用于生命科学领域研究。本文综述了MST的技术原理、分析方法及其在生命科学领域的应用进展。  相似文献   

3.
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing, NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。  相似文献   

4.
简要综述了FRET方法在活细胞生理条件下研究蛋白质-蛋白质间相互作用方面的最新进展.蛋白质-蛋白质间相互作用在整个细胞生命过程中占有重要地位,由于细胞内各种组分极其复杂,因此一些传统研究蛋白质-蛋白质间相互作用的方法,例如酵母双杂交、免疫沉淀等可能会丢失某些重要的信息,无法正确地反映在当时活细胞生理条件下蛋白质-蛋白质间相互作用的动态变化过程.荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer, FRET)是近来发展的一项新技术,此项技术的应用,为在活细胞生理条件下对蛋白质-蛋白质间相互作用进行实时的动态研究,提供一个非常便利的条件.  相似文献   

5.
研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法主要有酵母双杂交、噬菌体展示、免疫共沉淀、谷光苷肽巯基转移酶沉淀、细胞内共定位、亲和印迹、病毒铺覆蛋白结合技术、表面等离子共振、荧光共振能量转移等技术。检测蛋白质-核酸相互作用的方法主要包括酵母单杂交、染色质免疫沉淀、电泳迁移率实验、DNA-蛋白质印迹、报告基因、免疫共沉淀、谷光苷肽巯基转移酶沉淀、噬菌体展示等技术。在我们实验室对人肠道病毒A71型(EV-A71)的研究中经常会用到这些方法,但在该研究领域尚未有中文综述发表,因此本文对EV-A71研究中这些方法的应用进行了综述,该综述对蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸在其他病毒研究中的应用同样具有重要启示。  相似文献   

6.
蛋白质与蛋白质的相互作用参与生命体内的许多生物学过程,关于蛋白质相互作用的研究是人们了解蛋白质功能、揭开生命奥秘的关键所在。牵出(pull-down)技术作为一种简单、经济、行之有效的一种体外验证蛋白质与蛋白质之间的相互作用的实验技术,近几年受到了科研人员的青睐。本文阐述了该技术的基本原理和技术特点,总结了近年来牵出技术在生命科学领域中的应用情况,以及由此衍生的新技术的研究进展。  相似文献   

7.
大规模蛋白质相互作用研究的主要实验技术包括酵母双杂交技术、串联亲和纯化技术和蛋白质芯片技术,随着这些技术的不断发展和完善,科学家们在模式生物、哺乳动物、病原微生物中展开了大规模的蛋白质相互作用组研究,并进行了药物研发方面的研究,绘制了多种生物的蛋白质相互作用连锁图,揭示了多种蛋白质的新功能,为全面研究蛋白质(群)的分子作用机制、药物研发和疾病的临床预防与治疗等提供了崭新的线索。  相似文献   

8.
研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法主要有酵母双杂交、噬菌体展示、免疫共沉淀、谷光苷肽巯基转移酶沉淀、细胞内共定位、亲和印迹、病毒铺覆蛋白结合技术、表面等离子共振、荧光共振能量转移等技术。检测蛋白质-核酸相互作用的方法主要包括酵母单杂交、染色质免疫沉淀、电泳迁移率实验、DNA-蛋白质印迹、报告基因、免疫共沉淀、谷光苷肽巯基转移酶沉淀、噬菌体展示等技术。在我们实验室对人肠道病毒A71型(EV-A71)的研究中经常会用到这些方法,但在该研究领域尚未有中文综述发表,因此本文对EV-A71研究中这些方法的应用进行了综述,该综述对蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸在其他病毒研究中的应用同样具有重要启示。  相似文献   

9.
计算方法在蛋白质相互作用研究中的应用   总被引:2,自引:1,他引:2  
计算方法在蛋白质相互作用研究的各个阶段扮演了一个重要的角色。对此,作者将从以下几个方面对计算方法在蛋白质相互作用及相互作用网络研究中的应用做一个概述:蛋白质相互作用数据库及其发展;数据挖掘方法在蛋白质相互作用数据收集和整合中的应用;高通量方法实验结果的验证;根据蛋白质相互作用网络预测和推断未知蛋白质的功能;蛋白质相互作用的预测。  相似文献   

10.
化学交联技术在蛋白质相互作用研究中的应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
蛋白质相互作用是生命科学研究的一个重要领域.随着生物质谱的出现,利用化学交联技术研究蛋白质的相互作用已经成为切实可行的策略.文章介绍了化学交联反应的相关内容,及其在蛋白质相互作用研究中的应用,并简单探讨了甲醛作为交联剂的应用价值.  相似文献   

11.
构建原核表达质粒pGST-HBc,真核表达质粒pFLAG-NIRF,表达并纯化GST-HBc蛋白,表达FLAG-NIRF蛋白,利用GST pull down技术鉴定HBc与NIRF蛋白的相互作用。利用PCR技术分别扩增HBc编码框和NIRF基因全长,并将其分别插入到原核表达载体pGEX-4T-1和真核表达载体p3*FLAG-CMV-10中,构建出pGST-HBc及pFLAG-NIRF。pFLAG-NIRF转染HEK293,培养48 h,收获前10 h加入MG132抑制蛋白酶体,收获细胞,经NP40裂解后离心收集上清pGST-HBc转化BL21(DE3)细菌,优化培养条件使GST-HBc在上清中大量表达,然后用GST4Bgel亲合纯化该蛋白,结合有GST-HBc蛋白与含FLAG-NIRF的细胞上清孵育后,离心收集GST 4Bgel,经洗脱液洗脱后蛋白电泳,western blotting分析。构建了pGST-HBc及pFLAG-NIRF,在上清中成功表达GST-HBc并纯化该蛋白,在细胞中成功表达FLAG-NIRF,GST pull down结果显示两者存在体外相互结合。HBc与NIRF能够在细胞外发生相互结合。  相似文献   

12.
Gastric cancer is one of the most common and lethal cancers worldwide. However, despite its clinical importance, the regulatory mechanisms involved in the aggressiveness of this cancer are still poorly understood. A better understanding of the biology, genetics and molecular mechanisms of gastric cancer would be useful in developing novel targeted approaches for treating this disease. In this study we used protein-protein interaction networks and cluster analysis to comprehensively investigate the cellular pathways involved in gastric cancer. A primary immunodeficiency pathway, focal adhesion, ECM-receptor interactions and the metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 were identified as four important pathways associated with the progression of gastric cancer. The genes in these pathways, e.g., ZAP70, IGLL1, CD79A, COL6A3, COL3A1, COL1A1, CYP2C18 and CYP2C9, may be considered as potential therapeutic targets for gastric cancer.  相似文献   

13.
14.
Targeting Hsp90-Cdc37 protein-protein interaction (PPI) is becoming an alternative approach for future anti-cancer drug development. We previously reported the discovery of an eleven-residue peptide (Pep-1) with micromolar activity for the disruption of Hsp90-Cdc37 PPI. Efforts to improve upon the Pep-1 led to the discovery of more potent modulators for Hsp90-Cdc37 PPI. Through the analysis of peptides binding patterns, more peptides were designed for further verification which resulted in Pep-5, the shortest peptide targeting Hsp90-Cdc37, exerting the optimal structure and the most efficient binding mode. Subsequent MD simulation analysis also confirmed that Pep-5 could perform more stable binding ability and better ligand properties than Pep-1. Under the premise of retentive binding capacity, Pep-5 exhibited lower molecular weight and higher ligand efficiency with a Kd value of 5.99 μM (Pep-1 Kd = 6.90 μM) in both direct binding determination and biological evaluation. The optimal and shortest Pep-5 might provide a breakthrough and a better model for the future design of small molecule inhibitors targeting Hsp90-Cdc37 PPI.  相似文献   

15.
Structural data as collated in the Protein Data Bank (PDB) have been widely applied in the study and prediction of protein-protein interactions. However, since the basic PDB Entries contain only the contents of the asymmetric unit rather than the biological unit, some key interactions may be missed by analysing only the PDB Entry. A total of 69,054 SCOP (Structural Classification of Proteins) domains were examined systematically to identify the number of additional novel interacting domain pairs and interfaces found by considering the biological unit as stored in the PQS (Protein Quaternary Structure) database. The PQS data adds 25,965 interacting domain pairs to those seen in the PDB Entries to give a total of 61,783 redundant interacting domain pairs. Redundancy filtering at the level of the SCOP family shows PQS to increase the number of novel interacting domain-family pairs by 302 (13.3%) from 2277, but only 16/302 (1.4%) of the interacting domain pairs have the two domains in different SCOP families. This suggests the biological units add little to the elucidation of novel biological interaction networks. However, when the orientation of the domain pairs is considered, the PQS data increases the number of novel domain-domain interfaces observed by 1455 (34.5%) to give 5677 non-redundant domain-domain interfaces. In all, 162/1455 novel domain-domain interfaces are between domains from different families, an increase of 8.9% over the PDB Entries. Overall, the PQS biological units provide a rich source of novel domain-domain interfaces that are not seen in the studied PDB Entries, and so PQS domain-domain interaction data should be exploited wherever possible in the analysis and prediction of protein-protein interactions.  相似文献   

16.
细胞中的生理活动主要是通过蛋白质 - 蛋白质之间的相互作用来调控完成 . 详尽细致的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的解析对于理解细胞中复杂的调控、代谢和信号通路有重要的意义 . 近年来,关于新的蛋白质 - 蛋白质相互作用预测领域进展快速,这里,利用贝叶斯算法结合关联的 GO (Gene Ontology) ,来预测蛋白质的相互作用 . 利用非冗余的蛋白质相互作用数据来观察 GO 对的特性,得到 GO 关联的概率 . 通过阳性的和阴性的标准对照数据证实这个新方法可以很好地区别这两类不同的数据,显示出较好的灵敏度和非常低的假阳性预测率 . 通过与已知的高通量的实验数据比较,这个方法具有灵敏度高、速度快的优点 . 而且,运用这个新方法可以提供一些新的关于细胞内蛋白质之间相互作用的信息,为进一步的实验提供理论依据 .  相似文献   

17.
蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究进展   总被引:1,自引:0,他引:1  
赵亚雪  唐赟 《生命科学》2007,19(5):506-511
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞活动和生命过程中扮演着非常重要的角色。基因调节、免疫应答、信号转导、细胞组装等等都离不开蛋白质-蛋白质的相互作用。近几年,靶向蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究也逐渐成为研究的热点;但是蛋白质复合物相互作用界面的一些特点和性质,如相互作用界面较大、结合界面较为平坦等,使蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究充满了挑战。本文主要总结了蛋白质-蛋白质相互作用界面的一些性质和特点,分析了界面特性与其抑制剂设计的关系,并讨论了蛋白质-蛋白质相互作用的理论预测方法及其抑制剂的类型和特点,最后又通过实例说明了如何进行蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂的设计。  相似文献   

18.
Functional protein microarray is an important tool for high-throughput and large-scale systems biology studies.Besides the progresses that have been made for protein microarray fabrication,significant ...  相似文献   

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