基于支持向量机的人类5’非翻译区剪接位点识别

基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5’非翻译区中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5’非翻译区剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在非翻译区的性能不太理想。文章采用了基于支持向量机的方法对5’非翻译区中的剪接位点进行识别。为了提高识别精度,采用了基于矩阵相似性度量的核函数参数选取方法,它能够简单快速地确定合适的核函数参数,进而提高核函数的识别性能。通过实验验证,经过参数选择后的支持向量机能够较好地识别5＇非翻译区剪接位点。     

果蝇非经典剪接位点的生物信息学预测

目的:计算识别果蝇中新的非经典剪接位点,以探索未知的剪接机制。方法:基于黑腹果蝇表达序列标签(EST)与其基因组序列比对数据重构基因结构,从中发现非经典的剪接位点,并采用Weblogo软件分析非经典剪接位点上下游序列,以期发现剪接相关的特异性元件。结果:共得到265个非经典的剪接位点,这些剪接位点落在195个蛋白编码基因上。结论:应用生物信息学方法在果蝇中发现了上百个非经典剪接位点,为研究非经典剪接机制奠定了基础。     

基于贝叶斯网络的DNA序列剪接位点预测

采用基于贝叶斯网络的建模方法,预测真核生物DNA序列中的剪接位点．分别建立了供体位点和受体位点模型,并根据两种位点的生物学特性,对模型的拓扑结构和上下游节点的选择进行了优化．通过贝叶斯网络的最大似然学习算法求出模型参数后,利用10分组交互验证方法对测试数据进行剪接位点预测。结果显示,受体位点的平均预测准确率为92．5％,伪受体位点的平均预测准确率为94．0％,供体位点的平均预测准确率为92．3％,伪供体位点的平均预测准确率为93．5％,整体效果要好于基于使用独立和条件概率矩阵、以及隐Markov模型的预测方法．表明利用贝叶斯网络对剪接位点建模是预测剪接位点的一种有效手段．     

用神经网络法预测mRNA的剪接位点

用神经网络预测了mRNA的剪接位点,比较了在各种不同的情况下,神经网络的学习与预测的情况,讨论了能反映真实剪接位点预测情况的有效预测成功率,指出它可达64%,而且总的预测成功率可达98%.预测的相关系数为0.66.     

果蝇内含子3＇剪接位点的选择机制

从７２２个果蝇基因中,选出了３２４个内含子作为分析３＇剪接位点的选择机制的研究对象。结果表明Ｓｍｉｔｈ的扫描选择机制表述为″３′剪接位点是一致阅读基架（ＯＲＦ）上分支点和多嘧啶区下游的优势ＡＧ″更合理。对于ＯＲＦ约束在生物学操作上的含义作了必要的讨论。     

果蝇内含子3＇剪接位点的选择机制

从７２２个果蝇基因中,选出了３２４个内含子作为分析３＇剪接位点的选择机制的研究对象,结果表明Ｓｍｉｔｈ的扫描选择机制表述为＇＇３＇剪接位点是一致新闻记者基架上分支点和多嘧啶区下游的优势ＡＧ＇＇更合理,对于ＯＲＦ约束在生物学操作上的含义作了必要的讨论。     

基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件

完整基因结构的预测是当前生命科学研究的一个重要基础课题,其中一个关键环节是剪接位点和各种可变剪接事件的精确识别.基于转录组测序（RNA-seq）数据,识别剪接位点和可变剪接事件是近几年随着新一代测序技术发展起来的新技术策略和方法.本工作基于黑腹果蝇睾丸RNA-seq数据,使用TopHat软件成功识别出39718个果蝇剪接位点,其中有10584个新剪接位点.同时,基于剪接位点的不同组合,针对各类型可变剪接特征开发出计算识别算法,成功识别了8477个可变剪接事件（其中新识别的可变剪接事件3922个）,包括可变供体位点、可变受体位点、内含子保留和外显子缺失4种类型.RT-PCR实验验证了2个果蝇基因上新识别的可变剪接事件,发现了全新的剪接异构体.进一步表明,RNA-seq数据可有效应用于识别剪接位点和可变剪接事件,为深入揭示剪接机制及可变剪接生物学功能提供新思路和新手段.     

真核生物mRNA非翻译区结构特征与mRNA翻译

真核生物中蛋白质合成通常在翻译水平受到调控,而mRNA非翻译区与mRNA翻译之间关系密切。真核生物mRNA非翻译区长度、mRNA二级结构、GC含量、顺式作用元件与反式作用因子、mRNA帽端结构和多聚腺苷酸尾等结构对翻译具有重要的调控作用。本文就真核生物mRNA非翻译区结构特征对其翻译的影响做一综述。     

Alu中剪接位点的研究

对Alu剪接位点双碱基的类型、分布进行了分析,发现非标准剪接（不满足GT-AG规则）占很大优势。而且非标准剪接的分布频率会随不同的染色体而变化,在Alu剪接较多的11、12、17号染色体上分布最多。通过对Alu及其剪接住点碱基关联的计算分析,说明在Alu中剪接位点双碱基的这种异常使用主要是由Alu中二联体的关联压力造成的,从而表明这种重复序列对生命活动的多样化起着重要作用。     

基于支持向量机(SVM)的剪接位点识别

剪接位点的识别作为基因识别中的一个重要环节, 一直受到研究人员的关注。考虑到剪接位点附近存在的序列保守性,已有一些基于统计特性的方法被用于剪接位点的识别中,但效果仍有待进一步改进。支持向量机（Ｓｕｐｐｏｒｔ Ｖｅｃｔｏｒ Ｍａｃｈｉｎｅｓ） 作为一种新的基于统计学习理论的学习机,近几年有了很大的发展,已被应用在模式识别的许多问题中。文中将其用于剪接位点的识别中,并针对满足ＧＴ－ ＡＧ 规则的序列样本中虚假剪接位点的样本数远大于真实位点这一特性, 提出了一种基于ＳＶＭ 的平衡取小法以获得更好的识别效果。实验结果表明,应用支持向量机进行剪接位点的识别能更好地提取位点附近保守序列的统计特征,对测试集具有更好的推广能力,并且使用上更加简单。这一结果为剪接位点的识别提供了一种新的方法,同时也为生物大分子研究中结构和位点的识别问题的解决提供了新的线索。     

中国人苯丙氨酸羟化酶基因的一个新的切接位点突变的鉴定

本文鉴定了苯丙氨酸羟化酶基因355位密码子上的一个新的错义突变Q355 H, 此突变异致谷氨酰胺变成了组氨酸。此突变位点恰位于外显子10和内含子11的交界处, 因此将引起mRNA形成过程中的剪接错误而产生异常的mR NA。Q355H的鉴定为一例苯丙酮尿症胎儿的产前诊断提供了理论依据。 Abstract:A novel missense mutation at code 355 of phenylalanine hydroxlase gene was identified,this mutation caused the substitution of Gln 355 for His 355.The mutant site was at the boundary of exon 10 and intro 11 and might cause splicing errors during RNA processing,Which could result in abnormal mRNA.Identification of Q355H provided a theortic evidence for prenatal diagnosis of a fetus with PKU.     

一个新的蛋白质剪切系统及其剪切条件的研究

将含麦芽糖结合蛋白－内蛋白子－几丁质结合区（简称ＭＹＢ）基因的重组质粒ｐＭＹＢ１２９转入Ｅ．ｃｏｌｉ２４２６,在ＬＢ培养基中发酵,ＩＰＴＧ低温诱导表达,菌体超声破碎,离心,上清液经直链淀粉糖亲和层析,获得ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳纯的前体蛋白ＭＹＢ．ＭＹＢ中内蛋白子的Ｎ端可被还原剂ＣｙＳＨ、ＤＴＴ、β－巯基乙醇等诱导发生剪切反应．结果表明,三种还原剂中以ＤＴＴ为最佳．同时对剪切过程中温度、ｐＨ值等影响进行了研究     

A New Method for Strain Identification of Rhizobium trifolii in Nodules

An indirect haemagglutination test has been developed for the detection of strains of Rhizobium trifolii in nodules of subterranean clover plants. Preserved sheep red blood cells, coated with isolated specific rhizobial lipopolysaccharide, were used as the indicator of agglutination; these cells were agglutinated by specific antilipopolysaccharide antibody. Detection of lipopolysaccharide antigen in a suspension of nodular tissue was carried out by reacting the suspension with antilipopolysaccharide antibody prior to the addition of coated red blood cells. The presence of antigen in the suspension was indicated by an inhibition of agglutination. The test was more sensitive than agglutination and immunodiffusion in the detection of rhizobial lipopolysaccharide antigens, and could be used for the rapid screening of large numbers of nodules.     

A New Method for Identification of Heterocysts and Proheterocysts in Morphologically Complex Cyanobacteria

A new light microscopic method for identifying heterocysts and proheterocysts in morphologically complex cyanobacteria was evaluated for reliability and usefulness. Mature heterocysts and proheterocysts could be distinguished readily from vegetative cells in 0.25 µm sections of fixed and embedded material after staining with toluidine blue. Examination by light and electron microscopy of the same specimens indicated that the staining reactions which served to differentiate these cell types were both reproducible and accurate. Light microscopic analysis of serial sections stained with toluidire blue greatly facilitated localization of heterocysts and proheterocysts in the complex, branching cyanobacterium, Mastigocla-dus laminosus, even when its filaments of cells were intertwined in thick mats.     

A New Histochemical Method for Localization of the Site of Monoterpene Phenol Accumulation in Plant Secretory Structures

A new method is reported for the histochemical localizationof monoterpene phenols in essential oil secretory structures.The method was adapted from a spot test originally devised forin vitro detection of phenolic compounds in organic analyses.Plant subjects were the Lamiaceae species Thymus vulgaris L.,Oreganum vulgare L. and Mentha x piperita L., which accumulateessential oil in glandular trichomes. A reagent consisting of4-nitrosophenol in conc. H₂SO₄was applied to sample leaves ofeach species. A positive test for phenol was indicated by theproduction of coloured indophenols. Using this method, monoterpenephenols were identified in the trichomes of T. vulgaris(thymol)and O. vulgare(carvacrol), indicated by colour changes to redand green respectively. No phenol was detected in trichomesof M. x piperita. Results were confirmed by GC-MS analysis ofleaf volatile extracts from each species, and in vitro testswith thymol and carvacrol. The method could be used in fieldsurveys for rapid identification of potential medicinal plantsand bioactive compounds. Copyright 2001 Annals of Botany Company Histochemistry, secretory structures, glandular trichomes, Lamiaceae, Thymus vulgaris, Oreganum vulgare, Mentha x piperita, essential oil, aromatic monoterpenes     

小鼠Mater基因选择性剪接变异体的鉴定和分析

位于小鼠第7号常染色体的Mater(Maternal antigen that embryos require)编码一个卵母细胞特异的自身抗原,与小鼠自免疫性卵巢退化疾病密切相关。在发现Mater基因存在选择性前切现象的基础上,通过RT．PCR技术,在3个近交品系小鼠(CBA／J、SWR／J、B6)中发现并初步验证了Mater基因mRNA的4种选择性剪接变异体,分别命名为B、E、F、G型。其中B型与以前报道的一致,具有Mater mRNA的全部外显子,E、F、G为新发现的剪接变异体,其选择性剪接位点都位于阅读框内。E变异体缺失了外显子6,F变异体保留了部分内含子8并且缺失了外显子10,G变异体缺失了部分外显子14,它们所有的内含子与外显子结合处的DNA序列都遵循“GT-AG”剪接规则。B、E、F在B6、CBA／J和SWR／J小鼠品系中均存在,G仅存在于SWR／J。根据新发现的3种剪接变异体的cDNA序列推导出对应的预期蛋白异形体的氨基酸序列,并对这些蛋白产物的可能功能进行预测。