2013‒2015年浙江地区哨点医院H3N2甲型流感病毒 感染患者临床特点与流行病学特征

摘要：目的 分析2013?2015年浙江地区哨点医院监测纳入的H3N2甲型流感病毒感染患者的临床特点及流行病学特征。方法 对2013年1月至2015年12月浙江地区8家哨点医院纳入的符合急性呼吸道感染（acute respiratory infection,ARI）定义的病例进行流行病学和临床信息调查,采集呼吸道标本进行流感病毒核酸检测。按检测结果将病例分为H3N2阳性组和流感阴性组,分析两组病例流行病学和临床特征。结果 2013?2015年浙江地区8家哨点医院共纳入7 602例急性呼吸道感染,其中实验室确诊H3N2病例490例（占6.4%）。浙江地区连续3年的监测共出现3次发病高峰,分别是2013年12月?2014年3月、2015年1?3月和2015年7?8月。H3N2病例年龄中位数为50岁,其中男性占62%,慢性基础性疾病史、恶性肿瘤病史及吸烟史的患者在H3N2阳性组的比例高于流感阴性组,差异有统计学意义（其中慢性基础疾病史?2=6.600、7.519、3.875、53.719、3.997、31.086、63.789、21.309和53.95;恶性肿瘤史?2=55.316;吸烟史?2=14.418,P值均<0.05）。H3N2阳性组出现排痰性咳嗽、咯血、X线/CT表现异常和肺部听诊异常的比例较流感阴性组高,而H3N2阳性组白细胞总数和血小板总数较流感阴性组低,差异均有统计学意义（排痰性咳嗽?2=82.703,咯血?2=104.807,X线/CT表现异常?2=5.114,肺部听诊异常?2=11.823;白细胞总数t =?2.602、血小板总数t=?3.488,P值均<0.05）。结论 浙江地区H3N2流感多发生在冬春季和夏季,具有慢性基础疾病及肿瘤等病情的患者是感染的高危人群。     

甲型H1N1流感病毒快速核酸检测技术的建立

美国、墨西哥等国家相继发生甲型H1N1流感疫情后,即刻引起全球关注。WHO日前宣布目前为流感大流行第五期,预示又一次流感大流行可能逼近。正确检测和鉴定病毒是必须解决的首要问题。我们开展了甲型H1N1流感病毒快速核酸检测技术的研制工作,目前已经建立了甲型H1N1流感病毒核酸RT-PCR检测技术,并将其及时用于临床样本的检测。     

2009年中国流行的甲型流感病毒（H1N1）血凝素特征分析

目的研究甲型流感病毒（H1N1）暴发流行以来中国各地甲型流感病毒血凝素（HA）的特征。方法搜索甲型流感病毒（H1N1）暴发流行以来中国各地报道的血凝素（HA）的氨基酸序列,比较当年不同时期血凝素（HA）的氨基酸序列的变化,并比较2009年报道的血凝素（HA）的氨基酸序列和2008年、2007年报道的血凝素（HA）的氨基酸序列作比较,以分析和前2年血凝素（HA）氨基酸序列相比所发生的变化。结果2009年中国各地甲型流感病毒（H1N1）的血凝素（HA）的氨基酸序列（人源）的同源性为99%-100%,但和2008年以及2007年的同源性非常低,分别为70%-77%和71%-90%。结论2009年暴发流行的甲型流感病毒（H1N1）的血凝素氨基酸序列较往年发生了很大程度的变异,这可能是今年甲型流感病毒（H1N1）暴发流行的主要原因。     

2010‒2013年杭州地区甲型流感H3N2分子流行病学分析

摘要: 目的 对2010?2013年杭州地区甲型流感H3N2进行分子流行病学调查分析。方法 收集2010至2013年杭州地区H3N2监测样本数据,对样本数据按年份、性别以及年龄进行分组,比较各组之间的差异。查询、整理GenBank中的中国H3N2序列并建立数据集,并对国内H3N2的HA基因及2010?2013年杭州地区H3N2病毒HA、NA序列进行系统生物进化分析。结果 2010?2013年杭州地区H3N2感染率分析,不同年度间H3N2感染率差异具有统计学意义（χ2=14.004,P<0.05）,不同性别和年龄组间差异无统计学意义（χ2=3.552,χ2=2.691,P>0.05）。杭州地区2010年与2012、2013年H3N2感染病毒株,在系统进化树上分布存在两个不同分支,且HA序列进化属于广东省H3N2进化的不同时间点的两个分支,在国内H3N2系统进化树上存在一类未见人类感染的病毒分支。结论 H3N2感染无性别选择性及年龄差异,不同年度的感染率存在差异;杭州及我国多省市流行的H3N2感染存在广泛迁徙的现象,今后仍然具有引起高致病性大规模流行的能力,因此应加强各地监测及信息共享,做到早发现和及时防控。 关键词：甲型流感H3N2;流行病学;系统进化分析     

2009甲型H1N1流感病毒研究进展

2009年3月在美国和墨西哥爆发的新型甲型H1N1流感在很短的时间内便扩散到世界多个国家,形成了流感的大流行,引起世界卫生组织和各国的高度重视。综述新型甲型H1N1流感病毒的基因组来源、目前主要的检测手段,并对预防和治疗的方法进行简单介绍。     

某高校甲型H1N1流感确诊病例流行病学分布特征分析

目的：通过了解某高校甲型H1N1流感病例的流行病学分布特征,为预防和控制流感在高校的蔓延提供依据。方法：以某高校2009年11月6日至2009年11月24日发病并确诊的74例甲型H1N1流感病例为研究对象,分析并比较病例的年龄、性别、学历层次、年级、专业、发病时间和临床症状。结果：74例甲型H1N1流感确诊病例均为学生,罹患率为1．63％,其中男性占94．6％,女性占5．4％;病例平均年龄为20．5岁±2．2岁;94．6％的病例为本科生;本科生罹患率（4．03％）显著高于研究生（0．14％）;2006级见习期本科生罹患率（11．05％）显著高于其他年级学生;疫情的流行全距为19天,发病高峰为2009年11月13日至2009年11月18日;病例以发热、咳嗽、乏力、头疼等临床症状为主。结论：该高校甲型H1N1流感确诊病例多为22岁以下的男性学生。本研究提示加强见习学生的监测和管理、设立隔离宿舍、接种疫苗等有针对性的措施能够有效控制流感疫情在高校蔓延。     

某高校甲型H1N1 流感确诊病例流行病学分布特征分析

目的：通过了解某高校甲型H1N1 流感病例的流行病学分布特征,为预防和控制流感在高校的蔓延提供依据。方法：以某高 校2009 年11 月6 日至2009 年11 月24 日发病并确诊的74 例甲型H1N1 流感病例为研究对象,分析并比较病例的年龄、性别、 学历层次、年级、专业、发病时间和临床症状。结果：74 例甲型H1N1 流感确诊病例均为学生,罹患率为1.63 %,其中男性占94.6 %,女性占5.4 %;病例平均年龄为20.5 岁± 2.2 岁;94.6 %的病例为本科生;本科生罹患率（4.03%）显著高于研究生（0.14%）;2006 级见习期本科生罹患率（11.05 %）显著高于其他年级学生;疫情的流行全距为19 天,发病高峰为2009 年11 月13 日至2009 年 11 月18 日;病例以发热、咳嗽、乏力、头疼等临床症状为主。结论：该高校甲型H1N1 流感确诊病例多为22岁以下的男性学生。本 研究提示加强见习学生的监测和管理、设立隔离宿舍、接种疫苗等有针对性的措施能够有效控制流感疫情在高校蔓延。     

2009−2015年中国甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

【目的】为了解中国地区2009?2015年甲型H1N1流感病毒流行态势,分析血凝素(Hemagglutinin,HA)基因的变异情况及其遗传进化特征。【方法】汇集国家流感中心2009?2015年流感周报的流感流行数据,分析甲型H1N1流感的流行病学特征;从全球共享禽流感数据倡议组织数据库及美国国家生物技术中心数据库下载甲型H1N1流感病毒HA基因序列,采用生物学软件进行系统进化和遗传特性的分析。【结果】2009?2015年全国共发生4次甲型H1N1流感的流行高峰。2009?2015年毒株与参考毒株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因同源性逐年降低。遗传进化分析显示同一年份的毒株在系统进化树上基本呈现集中分布,2011年的毒株独立形成2个分支。分子特征表现为HA基因的4个抗原决定簇氨基酸位点均有变异,其中Ca区的203位、Sa区的163位和Sb区的185位氨基酸位点逐渐替换为新的氨基酸。除2010年与2012年,其他年份的毒株通过不同模型均得到正向压力选择HA氨基酸位点240。【结论】甲型H1N1流感在中国地区成为主要流行的亚型之一。HA基因与其编码的氨基酸逐年变异,未来进一步的流感监测能力还需加强。     

一起农村小学甲型H3N2流感暴发流行的调查分析

目的了解甲型H3N2流感暴发流行特征,为制定预防措施提供依据。方法对和温村小学239名学生流感发病及流感疫苗接种情况进行调查,对发病者逐一个案调查登记,采集患者咽拭子标本送百色市疾病预防控制中心实验室检测确诊。结果该校学生流感发病33例,发病率为13.81%,学前班及1~6年级共7个班均有病例发生,发病班级为100%。发病者中,男性18例,女性15例,男女性别比为1.2∶1,男女发病率分别为14.52%(18/124)、13.04%(15/115),(χ2=0.11,P0.05),男女发病率差异无统计学意义。患者咽拭子标本5人份,经实验室检测甲型H3N2流感病毒核酸阳性率为100%。结论该校学生无流感疫苗免疫接种史,易感人群积累,是本次甲型H3N2流感暴发流行的根本原因。应在每年秋冬流感流行季节前一个月,加强中小学校学生流感疫苗接种,提高易感人群免疫力,防止甲型H3N2流感扩散蔓延。     

云南省2009～2014年甲型H1N1流感病毒HA及NA基因特征分析

了解云南省2009~2014年甲型H1N1流感病毒的流行趋势,研究HA和NA基因进化特征。对云南省近6年来上报的流感监测病例数据进行病原谱总结,挑选出23株甲型H1N1流感毒株进行HA及NA基因分析。利用MEGA 5.0软件对测序结果构建进化树分析基因同源性。2009~2014年云南省共监测到4次甲型H1N1流感流行高峰,核酸检测结果中甲型H1N1流感占检出总量的28.8%。测序结果显示,HA与NA基因均分为3个类群,检测到一株具有H275Y突变位点的毒株。甲型H1N1流感是导致本省流感流行的重要亚型之一,2009~2014年间分离的毒株主要有Goup1、Gourp7和Gourp6三个支系,绝大部分甲型H1N1流感毒株仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

Epidemic Status of Swine Influenza Virus in China

As one of the most significant swine diseases, in recent years, swine influenza (SI) has had an immense impact on public health and has raised extensive public concerns in China. Swine are predisposed to both avian and human influenza virus infections, between that and/or swine influenza viruses, genetic reassortment could occur. This analysis aims at introducing the history of swine influenza virus, the serological epidemiology of swine influenza virus infection, the clinical details of swine influenza, the development of vaccines against swine influenza and controlling the situation of swine influenza in China. Considering the elaborate nature of swine influenza, a more methodical surveillance should be further implemented.     

海口市2013-2019年流行性感冒流行病学特征和病原学构成

海口市2017年至2019年流感暴发疫情呈持续增长,为了解海口市流行性感冒病原构成以及流行特征及趋势,特收集2013-2019年海口市2家国家级流感哨点医院流感样病例(ILI)监测数据,采用实时聚合酶链反应(realtime PCR)方法进行流感病毒核酸检测。研究分析显示海口市2013-2019年平均流感样病例就诊比例(ILI%)为2.97%,在ILI中0~岁组占比最大为49.44%;流感网络实验室共检测ILI标本14764份,检出流感病毒阳性数2577份,总检出率为17.45%;流感流行呈双峰分布,春夏季3-7月和秋冬流行峰10月-次年1月;流感病毒B型,新甲H1型和季H3型占比分别为35.04%、32.52%和32.21%;各监测年度优势毒株分别为新甲H1型和B型占79.55%、新甲H1型和季H3型占83.15%、季H3型和B型占98.71%、B型和季H3型占71.89%、季H3型和B型占86.38%、B型和新甲H1型占97.27%、B型和季H3型占76.04%;流感暴发疫情均发生在学校,以季H3型为主,占41.38%,暴发疫情起数呈逐年上升趋势(趋势线分析R2=0.79)。结果表明海口市流感流行呈春夏、秋冬双峰分布特征;各年度优势毒株不一,流感病毒亚型毒株呈现混合交替流行态势;流感的活动水平呈逐年上升趋势,疫情形势日趋严峻;学校是海口市流感防控重点场所;应加强学校流感监测和提高学生流感疫苗的接种率,以利于海口市流感疫情的有效防控。     

浙江省新型冠状病毒疫情空间扩散特征及影响因子探究

2020年新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球200多个国家蔓延,对世界公共卫生环境、民众生命健康安全与社会经济带来了巨大影响。为了解病毒传播的时空特征及驱动因子对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)防控的重要意义,本研究基于2020年1月21日~2020年3月10日浙江省各县、市(区)的COVID-19疫情数据,按照病例数的变化情况将疫情时期分为迅速增长期、高位回落期、控制减少期和稳定期,发现省外输入病例主要确诊于迅速增长期和高位回落期,省内扩散病例主要确诊于控制减少期和稳定期。利用ArcGIS软件进行数据可视化,总结了两种病例类型在浙江省各县、市(区)分布的时空变化特征,发现浙江省新冠肺炎疫情在温州最为严重,其次是杭州、宁波和台州;并利用地理探测器方法探究了各因子的作用,发现社会经济因子和城市建设因子影响较大,自然环境因子影响较小。     

Phylogeography of Highly Pathogenic H5 Avian Influenza Viruses in China

Virologica Sinica - The spread of H5 highly pathogenic avian influenza viruses poses serious threats to the poultry industry, wild bird ecology and human health. Circulation of H5 viruses between...     

Genetic Characteristics of 2009 Pandemic H1N1 Influenza A Viruses Isolated from Mainland China

A total of 100 H1N1 flu real-time-PCR positive throat swabs collected from fever patients in Zhejiang, Hubei and Guangdong between June and November 2009, were provided by local CDC laboratories. After MDCK cell culture, 57 Influenza A Pandemic (H1N1) viruses were isolated and submitted for whole genome sequencing. A total of 39 HA sequences, 52 NA sequences, 36 PB2 sequences, 31 PB1 sequences, 40 PA sequences, 48 NP sequences, 51 MP sequences and 36 NS sequences were obtained, including 20 whole genome seq...     

Detection and Genetic Characteristics of H9N2 Avian Influenza Viruses from Live Poultry Markets in Hunan Province,China

H9N2 avian influenza viruses (AIVs) are highly prevalent and of low pathogenicity in domestic poultry. These viruses show a high genetic compatibility with other subtypes of AIVs and have been involved in the genesis of H5N1, H7N9 and H10N8 viruses causing severe infection in humans. The first case of human infection with H9N2 viruses in Hunan province of China have been confirmed in November 2013 and identified that H9N2 viruses from live poultry markets (LPMs) near the patient’s house could be the source of infection. However, the prevalence, distribution and genetic characteristics of H9N2 viruses in LPMs all over the province are not clear. We collected and tested 3943 environmental samples from 380 LPMs covering all 122 counties/districts of Hunan province from February to April, 2014. A total of 618 (15.7%) samples were H9 subtype positive and 200 (52.6%) markets in 98 (80.3%) counties/districts were contaminated with H9 subtype AIVs. We sequenced the entire coding sequences of the genomes of eleven H9N2 isolates from environmental samples. Phylogenetic analysis showed that the gene sequences of the H9N2 AIVs exhibited high homology (94.3%-100%). All eleven viruses were in a same branch in the phylogenetic trees and belonged to a same genotype. No gene reassortment had been found. Molecular analysis demonstrated that all the viruses had typical molecular characteristics of contemporary avian H9N2 influenza viruses. Continued surveillance of AIVs in LPMs is warranted for identification of further viral evolution and novel reassortants with pandemic potential.     

Reassortment Patterns in Swine Influenza Viruses

Three human influenza pandemics occurred in the twentieth century, in 1918, 1957, and 1968. Influenza pandemic strains are the results of emerging viruses from non-human reservoirs to which humans have little or no immunity. At least two of these pandemic strains, in 1957 and in 1968, were the results of reassortments between human and avian viruses. Also, many cases of swine influenza viruses have reportedly infected humans, in particular, the recent H1N1 influenza virus of swine origin, isolated in Mexico and the United States. Pigs are documented to allow productive replication of human, avian, and swine influenza viruses. Thus it has been conjectured that pigs are the “mixing vessel” that create the avian-human reassortant strains, causing the human pandemics. Hence, studying the process and patterns of viral reassortment, especially in pigs, is a key to better understanding of human influenza pandemics. In the last few years, databases containing sequences of influenza A viruses, including swine viruses, collected since 1918 from diverse geographical locations, have been developed and made publicly available. In this paper, we study an ensemble of swine influenza viruses to analyze the reassortment phenomena through several statistical techniques. The reassortment patterns in swine viruses prove to be similar to the previous results found in human viruses, both in vitro and in vivo, that the surface glycoprotein coding segments reassort most often. Moreover, we find that one of the polymerase segments (PB1), reassorted in the strains responsible for the last two human pandemics, also reassorts frequently.