一种新的基因注释语义相似度计算方法

基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题。但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决。本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本质上是基于基因的生物学特性,其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关,只与结点在GO图的位置有关,语义相似度可被重复利用。它既考虑了基因所映射的GO结点深度,又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响。文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验,实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度。     

一种新的分子遗传相似度计算方法

指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异相似程度程度的一种距离系数或相似系数,与个体间亲缘程度没有必然联系。根据亲缘系数的定义,提出新的遗传相传相似计算公式即rA(x,y)=2N^2xy/NxNy或rA(x,y)=N^2/NxNy。并通过实例验证了该公式可用于判断个体间亲缘程度方面。     

基于语义的疾病表型相似性

已知一种药物可用于治疗某疾病,则该药物可能对与该疾病具有相似表型的其他疾病有疗效。因此,大规模地计算疾病表型相似性可辅助发现的疾病新的治疗方法。我们从OMIM下载了3742种疾病的表型信息,从Mesh词库下载13721个关联解剖学和疾病症状的注释词。我们将以上的Mesh词逐一在3742种疾病的表型信息文本中搜索,得到每种疾病涉及的Mesh词汇列表,进而基于语义分析的方法系统地计算了疾病表型的两两相似性矩阵。我们发现疾病关联生物通路最多的有肿瘤生物通路,胰岛素信号通路,肥大心肌病通路和细胞粘附通路等。随疾病对表型相似度的增加,其更涉及相同KEGG生物通路的概率亦增加,证明了本文方法的可靠性。疾病表型相似性可作为疾病在基因水平相似性的补充,有望为药物发现研究提供一条新途径。     

一种新的分子遗传相似度计算方法

指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离系数或相似系数,与个体间亲缘程度没有必然联系.根据亲缘系数的定义,提出新的遗传相似度计算公式即rA(x,y)=(2N2xy)/(NxNy)或rA(x,y)=(N2xy)/(NxNy).并通过实例验证了该公式可用于判断个体间亲缘程度方面。 Abstract:Nei's genetic similarity was only described as a kind of distance coefficient for binary system variables and it have not positive connection with the relationship between individuals.According to the definition of the relationship coefficient,a new formula which is about genetic similarity is put forward as following:rA(x,y)= It is verified by an example that this formula can be used to judge the relationship between individuals.     

基于轮廓相似度的土壤肥力时空变异性判别

采用几何轮廓相似度模型,分别对彰武县境内柳河流域所辖乡村1985年与2009年土壤肥力等级进行判别．结果表明：研究区所辖43个乡村土壤肥力普遍处于中下等水平;与1985年相比,2009年有15个乡村土壤肥力级别降低即土壤肥力变差,9个乡村土壤肥力级别升高即土壤肥力变好,19个乡村土壤肥力级别未发生变化．该模型可在缺乏多标度数据分布信息或小样本条件下难以估计统计特征的应用问题中,通过分析多标度数据的几何特征对数据进行判别;且模型采用了凹函数求平均值,从而减小了一些突变型数据对判别的干扰．因此,采用几何轮廓相似度模型判别土壤肥力时空变异性准确且简便可行．     

T SPOT TB技术用于结核的辅助诊断

近年来,我国结核病的发病率有上升趋势,临床上经常会遇到一些症状不典型的结核病和肺外结核病,而目前可用于诊断结核病的方法有限,同时又缺乏快速敏感的实验室技术,为结核病的早期诊断与治疗带来困难.酶联免疫斑点法(enzyme-linked immunospot assay,ELISPOT)技术是一种新型的免疫酶技术,从单细胞水平检测分泌抗体细胞或分泌细胞因子细胞[1].由ELISPOT发展而来的T SPOT TB(结核感染T细胞斑点试验)技术用于检测结核感染后特异性T细胞分泌的γ干扰素(IFN-γ),并据此结果判断是否感染结核.     

计算机辅助超声诊断提高卵巢癌诊断的准确性

目的:评估应用计算机辅助阴式超声诊断卵巢癌是否优于单独阴式超声诊断。方法:收集2013年9月-2015年3月在我院进行手术切除的卵巢肿块患者的术前阴式超声(TVS)图像资料,共124例(病理诊断良性80例,恶性44例),平均年龄54.2±9.7岁。建立的图像样本库,每名患者取4幅超声图像,共有496幅图像被分析。首先对图片库内的超声图像进行多模式序列超声识别系统的处理,应用灰度共生矩阵法,获得肿块的各种特征,将感兴趣区域分类为正常组织,良性肿块和恶性肿瘤。两名超声医生人工肉眼对卵巢肿块的原始阴式超声图片进行分析诊断,随后两名医师对计算机辅助诊断(CAD)处理后的图片再次分析诊断,以病理诊断为金标准,利用ROC曲线下肿块区域的面积参数评价单独TVS和TVS结合CAD诊断卵巢癌的准确度差异。比较应用CAD前后的特异性、敏感性、阳性预测值,阴性预测值等指标的差异。结果:TVS结合CAD诊断准确度高于单独TVS,单独TVS诊断ROC曲线下面积(Az)为0.791,95%可信区间[0.725-0.857],TVS结合CAD诊断Az为0.927,95%可信区间[0.883-0.970];TVS结合CAD组诊断卵巢癌的精确度(0.774 vs 0.919,P0.05)、特异性(0.738 vs 0.933,P0.05)及阳性预测值(0.650 vs 0.889,P0.05)较单独TVS诊断明显提高。结论:计算机辅助诊断技术可以辅助超声医师提高卵巢癌诊断的准确度。     

一种防治稻飞虱的喷雾辅助装置

介绍一种防治稻飞虱喷药时的辅助装置,使用该装置可在确保药剂防治效果的前提下提高工效,并节省用药量。     

基于改进的模糊C均值聚类的肺结节计算机辅助诊断算法研究

目的:研究基于改进的模糊C均值聚类计算机辅助诊断算法对肺结节的诊断价值,降低对肺结节的漏诊率,提高病人的生存率.方法:基于模糊C均值聚类的算法,利用直方图统计特性对数据进行优化,在此基础上利用像素的邻域特性,将数据样本对各聚类中心约束条件为1,改变为隶属度之和为样本总数.用改进的FCM对肺实质图像进行分割,将分割后的图像应用区域标记算法去除小面积区域.利用肺结节的关键特征,提取可疑区域.结果:运用改进算法后,区域分割效果更好.仿真结果证明算法很好的将"线"形或分枝状结构的血管去除.结论:改进的FCM有很好的实时性和对噪声的鲁棒性,分离血管后,将可疑区域在原图标记出来,使医生的工作更加明确.     

一侧肺野透亮度下降的医学影像学诊断

在我国基层卫生院,由于设备条件简陋,患者就医承受能力不足,经常造成疾病的漏诊,增加了患者的就医负担,延误了疾病的诊断和治疗。为提高基层卫生院的诊断率,及时发现疾病的异常征象至关重要。医学影像学在基层医院的使用较普遍,现就一侧肺野透亮度下降的医学影像学征象结合病因及医学影像学诊断要点进行探讨如下。     

一种计算疾病遗传度的简便方法

根据闭值模型和正态分布的特点,作者对Falconer公式进行了转换,借助于“正态分布表”来计算遗传度。该方法既精确又简便易行。     

一种基于本体集成的生物医学数据库中语义映射维护方法研究

生物医学数据库到生物医学本体的语义映射是基于本体集成生物医学数据库系统的一个重要环节.而生物医学本体随着学科的发展不断演化,造成了集成系统不稳定.针对这个问题,本文在本体演化条件下,分析并发现了语义映射的变化规律,设计了对应的维护流程和维护方法,并通过计算维护收益率证明了该方法对映射的维护是有效性的,从而增强了集成系统在本体演化条件下的稳定性.     

一种基于本体集成的生物医学数据库中语义映射维护方法研究

生物医学数据库到生物医学本体的语义映射是基于本体集成生物医学数据库系统的一个重要环节。而生物医学本体随着学科的发展不断演化,造成了集成系统不稳定。针对这个问题,本文在本体演化条件下,分析并发现了语义映射的变化规律,设计了对应的维护流程和维护方法,并通过计算维护收益率证明了该方法对映射的维护是有效性的,从而增强了集成系统在本体演化条件下的稳定性。     

Signal-LMS:一种局部序列匹配相似度预测信号肽的方法

信号肽预测是蛋白质功能预测中最重要的问题之一。为了避免使用滑动窗口造成的样本不平衡等问题,序列比对方法被有效地运用到了信号肽预测中。考虑到信号肽是蛋白质序列局部片段所体现的生物特性,本文提出一种局部序列匹配相似度的方法来预测信号肽,在采用氨基酸相对疏水性编码方案的基础上,搜索蛋白质局部匹配子序列,根据替换矩阵BLOSUM62来度量两个蛋白质的相似性,最后采用k最近邻思想进行分类。在目前广泛使用的SwissProt数据集上进行实验,结果表明该方法具有一定的高预测率。     

彩色多普勒超声应用于乳腺癌诊断及其新辅助化疗疗效评价的临床价值研究

目的:探讨彩色多普勒超声对乳腺良恶性肿瘤的鉴别诊断价值以及其对乳腺癌患者新辅助化疗疗效的评估价值。方法:选取2017年1月到2018年11月期间在我院接受治疗的乳腺癌患者88例作为乳腺癌组,另选取同期在我院接受治疗的乳腺良性肿瘤患者60例作为良性对照组,良性对照组在治疗前,乳腺癌患者在化疗前后采用彩色多普勒超声进行检查,记录所有患者的二维超声表现、彩色多普勒超声表现。结果:乳腺癌组的形态不规则、边界不清晰、内部回声不均匀、后方回声异常的比例均高于良性对照组,差异有统计学意义(P<0.05),两组患者的血流分级分布情况整体比较差异有统计学意义(P<0.05),乳腺癌组的血流阻力指数(RI)高于良性对照组(P<0.05)。化疗后,治疗有效组的乳腺肿瘤体积小于治疗无效组,治疗有效组的形态不规则、边界不清晰、内部回声不均匀、后方回声异常的比例低于治疗无效组(P<0.05),治疗有效组的血流分级分布情况及RI与治疗无效组比较差异亦有统计学意义(P<0.05)。结论:彩色多普勒超声对乳腺良恶性肿瘤具有较高的鉴别诊断价值,同时也可用于乳腺癌患者新辅助化疗疗效的评估。     

一种辅助病毒依赖型腺病毒载体的构建及其在小鼠体内的应用

腺病毒载体具有在离体细胞和动物体内高效转移和表达外源基因的优点,但由于第一代腺病毒载体能在靶细胞内表达病毒结构蛋白,并诱导机体的细胞和体液免疫反应,影响了目的基因在体内的稳定表达。为了克服这一缺点,构建了一种辅助病毒依赖型腺病毒载体ＨＡｄＩ－ｈＦＶＩＩ。该载体去除了病毒基因组的ｌ３、Ｌ１、Ｌ２、ＶＡＩ－ＶＡＩ、ｐＴＰ等基因序列。在第一代重组病毒ＡｄＩ－ｈＦＶＩＩ辅助下,能在２９３细胞包装和扩增。经氯化铯梯度超速离心后,能与辅助病毒有效分离。小鼠体内研究表明,该载体能在体内高效转移和表达ｈＦＶＩＩ基因。与笫一代腺病毒载体比较,外源基因表达稳定性明显提高,提示该载体在体内具有较低的免疫原性。     

一种间接估计阿根廷城市湿地海狸鼠多度的方法

我们设计了一种利用洞穴大小和空间散布来估计海狸鼠(Myocastor coypus)绝对数量的间接方法,并使用个体移除法对绝对数量的估计进行了检验。利用参数相关和效能检验对这两种方法的方程式斜率差异进行了检验,两者间存在高度正相关(r=0·963 ,P=0·002)。以洞穴大小和空间散布估计海狸鼠数量的方程斜率与1·0没有显著性差异(P=0·05) ,其差异检出效能为93 %。因此,利用洞穴大小和空间散布估计海狸鼠绝对数量的这种间接数量估计方法既不影响动物又不扰乱生境,其结果精确且易于实施。     

细菌性阴道炎诊断的一种新方法-BV Blue试验

采用传统的细菌性阴道炎 (BV)诊断方法检查 5 0例 BV患者 ,同时采用美国 Gryphus Diagnos-tics公司生产 IBX4 0 4 1药盒行 BV Blue试验加以对比。结果表明 :采用传统的诊断方法 ,5 0例 BV患者胺试验、p H>4 .5及线索细胞均为阳性 ,阴道液匀质稀薄者 4 6例 ,占 92 %。 BV Blue试验阳性 4 5例 ,占 90 % ,阴性 3例 ,占 6 % ,可疑阳性 2例 ,占 4 %。P值 >0 .0 5 ,两组间差异无显著性。BV Blue试验可作为诊断 BV简便而快速准确的方法。     

用于蛋白质结构预测的一种改进模拟退火算法的研究

将一种模拟退火算法的改进方法——作用遗传交叉算子的并行模拟退火算法PSA／GC,用于蛋白质结构预测的能量最小化问题,通过对三个蛋白质的实际测试,证实了PSA／GC比SA和PSA具有更强的寻优能力,能得到能量值更低的构象。通过对PSA／GC的交叉间隔和交叉手法进行了探讨,得到了有益的结论。