基于16S rRNA和HSP60基因序列分析粘细菌孢囊杆菌亚目形态分类的种属之间的亲缘关系

[目的]利用16S rRNA和HSP60基因分子标记分析鉴定形态分类特征不稳定的粘细菌种属.[方法]利用粘细菌的传统分离纯化方法从土壤中分离粘细菌,根据菌株的形态特征进行分类,PCR方法扩增菌株的16S rRNA和HSP60基因序列并进行系统发育关系分析.[结果]根据形态特征,分离得到的15株粘细菌菌株归入孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)的2个科3个属.其中11株粘细菌具有典型的所在种属的子实体结构,而菌株0085-4、0121-3、NM03和Myx9736的子实体结构发生了不同程度退化.15株粘细菌的16S rRNA基因序列的相似性在95.4%到99.5%之间.而HSP60基因序列差异较大.[结论]在属水平上,粘细菌形态分类特征和16S rRNA基因系统进化关系具有很好的一致性;在揭示粘细菌种间系统发育关系中,HSP60基因序列更为适用.     

基于16S rRNA部分序列中国蝙蝠科蝙蝠系统发生分析

蝙蝠科蝙蝠遍布全世界,是蝙蝠中种类最多的一个科.尽管从形态学、胚胎学和分子生物学等方面认为蝙蝠科内长翼蝠亚科应该提升到科、鼠耳蝠属应该提升到亚科的分类地位,但是其科内的系统关系长期以来一直处于争议之中.本文对蝙蝠科11种38个标本线粒体16S rRNA部分序列进行了测序,并结合以前报道的13种(属于7科13属)蝙蝠的线粒体16S rRNA部分序列构建了系统树,结果表明:长翼蝠亚科可以提升到科的分类地位、鼠耳蝠属提升到亚科的分类地位,这与前人报道的结果一致;相对于由鼠耳蝠亚科、彩蝠亚科和管鼻蝠亚科构成的分支,蝙蝠亚科和Antrozoinae是一个并系群.蝙蝠亚科内的亲缘关系也进行了进一步的讨论.     

基于生物信息学对部分鸡形目鸟类系统发生关系的研究

本研究从GenBank下载了31种鸡形目鸟类、2种雁形目鸟类、1种戴胜目鸟类、1种佛法僧目鸟类和1种犀鸟目鸟类的线粒体16SrRNA基因的部分序列。经比对后序列长度为1384bp,其中有400个变异位点。A+T平均含量为54.2%,C+G平均含量为45.8%。贝叶斯系统发生分析揭示出鸡形目和雁形目分别形成单系。研究表明:(1)珠鸡科是鸡形目中较为原始的一个类群;(2)传统分类中的雉亚科和鹑亚科并非分别形成单系;(3)吐绶鸡科和松鸡科与雉科的亲缘关系较近;(4)孔雀属、Francolinus和Bambusicola之间的亲缘关系较近;山鹑属与多个雉亚科的亲缘关系较近;(5)雉科内各个属的属内分化主要发生于后中新世-更新世期间。     

石鲈科鱼类的系统发育分析兼论髭鲷属的分类地位

通过线粒体16S rRNA基因部分序列分子标记,分析了石鲈科7属15种鱼的分子系统发育关系,并通过对部分种类16S rRNA基因片段的RNA二级结构的分析,对髭鲷属分类地位进行了探讨.结果表明:15种石鲈科鱼类分为3个类群,石鲈属Haemulon、Xenistius和Anisotremus属组成类群1,矶鲈属和胡椒鲷属组成类群2,髭鲷属组成类群3;在亲缘关系上类群1和类群2较近,它们与类群3相对较远;在遗传差异上,髭鲷属与其它6个属的遗传差异接近甚至超过其与外类群笛鲷科、鲷科和隆头鱼科种类的遗传差异.在NJ和MP系统发育树中,髭鲷属与外类群笛鲷科、鲷科和隆头鱼科种类聚集在一起,石鲈科鱼类未能构成单一分支类群;同时,横带髭鲷为代表的髭鲷属鱼类16S rRNA基因长度74bp的基因片段的RNA二级结构与其余石鲈科种类存在明显的结构差异.因此,研究结果支持将髭鲷属从石鲈科中独立出来形成髭鲷科Haplogeniidae的观点.     

基于18S rRNA的中国大陆沿海石磺科贝类分类的初步分析

对采自上海崇明、福建宁德、海南海口等沿海地区9个群体的石磺科贝类进行外部形态特征差异分析和内部结构比较,在初步分类基础上利用核糖体小亚基18S rRNA基因部分序列对9个群体进行系统发育分析,以菊花螺为外群,结合GenBank上石磺科4个18S rRNA基因序列构建系统发生树来探讨我国大陆沿海石磺科属种间的亲缘关系.结果显示:我国石磺科贝类南方沿海种类多于北方沿海;除报道的瘤背石磺(Onchidium struma)和石磺(O.verruculatum)外,可能还有新记录5种:Onchidium属1种、Platevindex属2种、Peronia属1种和Paraoncidium属1种.分子系统发生树显示,我囝大陆沿海石磺科9个群体可分为4个亚群,分别为Onchidium、Platevindex、Paraoncidium、Peronia,其中Peronia亚群的置信度较高;Onchidium verruculatum应更名为Peronia verruculata.     

八门湾红树林土壤小单孢菌的分离及其多样性

采用平板稀释法从海南八门湾红树林潮间带、木果榄和海莲红树根际土壤样品中分离和筛选小单孢菌科放线菌,对其分离方法进行了评价和比较,并通过16S rRNA基因测序探索了八门湾红树林小单孢菌科放线菌的多样性。采用4种预处理方法和5种分离培养基,经过排除重复菌株后共得到115株放线菌。16S rRNA基因测序结果显示,这些放线菌分布在5个科、9个属。其中小单孢菌科的菌株约占全部菌株的90%(105株),主要分布于3个属:Micromonospora(85%),Jishengella(9.5%)和Verrucosispora(5.5%),与其亲缘关系最近的菌株的相似性分布于98.5%~100%之间。     

基因序列在金龟总科(Scarabaeoidea)分子系统学研究中的应用

基因序列分析是揭示金龟总科系统发育关系的重要工具。统计了应用于金龟总科中13个科的线粒体和核基因序列,综述了COⅠ、16S rRNA、28S rRNA、18S rRNA等基因序列在金龟总科分子系统学研究的新进展,探讨了不同基因序列在分类鉴定、隐存种发现、系统发育关系重建等方面的作用,对未来研究趋势进行了展望,为进一步阐明金龟总科系统发育机制奠定基础。     

从rRNA基因序列探讨云斑蛛属Cyrtophora的系统发生地位

由于云斑蛛属Cyrtophora蜘蛛所织的网形态上较为特殊,所以该属分类地位长期以来有异议.为从分子水平探讨该属系统发生地位,本文对相关的11种蜘蛛线粒体12S rRNA基因和核18S rRNA基因部分序列进行了测定.基于12S rRNA和18S rRNA基因序列联合数据进行的分子系统发生分析结果表明云斑蛛属属于园蛛科,该结果提示在园蛛总科分类实践中以蛛网形态特征为分类依据时要慎重考虑其可靠性.     

Application of gene sequences to the molecular systematics of the Scarabaeoidea

基因序列分析是揭示金龟总科系统发育关系的重要工具.统计了应用于金龟总科中13个科的线粒体和核基因序列,综述了CO Ⅰ、16S rRNA、28S rRNA、18S rRNA等基因序列在金龟总科分子系统学研究的10新进展,探讨了不同基因序列在分类鉴定、隐存种发现、系统发育关系重建等方面的作用,对未来研究趋势进行了展望,为进一步阐明金龟总科系统发育机制奠定基础.     

盐地碱蓬内生中度嗜盐菌的分离与系统发育多样性分析

为了了解东营滨海盐地碱蓬植株内生中度嗜盐菌的多样性,采用传统分离鉴定技术和基于16S rRNA序列分析对样品中可培养细菌的多样性进行研究。根据其生理生化特征、16S rRNA序列测定和系统发育分析,分离获得的15株内生菌可分为4个类群,涉及Halomonadaceae科的Chromohalobacter属、Kushneria属、Halomonas属以及Bacillaceae科的Bacillus属。类群I中4菌株的16S rRNA序列与Chromohalobacter israelensis的最高相似性为95%。类群II共7株菌,归属于Kushneria属,是碱蓬内生中度嗜盐菌中的优势类群。类群III菌株的16S rRNA序列与一株尚无明确分类地位的Gammaproteobacteria亚门耐盐固氮细菌Haererehalobacter sp.JG11的相似性为99%。类群IV中的芽孢杆菌的16S rRNA序列与已知细菌的相似性为96%,很可能代表了Bacillus属的新种。各种水解酶类的分析表明,在分离的15株菌中有3株菌产蛋白酶,14株产酯酶,8株产DNA酶,11株产半乳糖苷酶,14株产脲酶。研究结果揭示,盐地碱蓬中存在较为丰富的中度嗜盐菌多样性和系统发育多样性,并且潜藏着较多的新的微生物类群。     

线粒体COⅠ和16S rRNA片段确定近江蛏和缢蛏属的分类地位

对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellus attenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析, 并结合GenBank中其他竹蛏超科和樱蛤超科物种COⅠ和16S rRNA片段, 计算种间遗传距离, 构建系统发育树, 探讨近江蛏及缢蛏属的分类地位。结果表明, 5个物种COⅠ和16S rRNA片段A+T含量均远高于G+C含量, 近江蛏与缢蛏之间的碱基序列差异和遗传距离均已达到种间差异水平, 确定近江蛏为缢蛏属的一个种。分别构建COⅠ(砂海螂为外群)和16S rRNA片段(密鳞牡蛎为外群)的Neighbor-Joining系统树, 两者的拓扑结构都明确显示, 缢蛏属为灯塔蛤科一个属, 灯塔蛤科录属于竹蛏超科, 而不录属于樱蛤超科。       

辽宁沈阳发现韩国林蛙

2021年11月在沈阳市辽中区蒲河湿地公园（41°30′55″ N,122°78′30″ E,海拔30 m）采集到2号无尾两栖类标本,经形态特征比较确认为无尾目（Anura）蛙科（Ranidae）蛙属（Rana）物种,基于线粒体16S rRNA基因对蛙属19个物种的亲缘关系及系统发育进行分析,其与韩国及中国山东文登昆嵛山分布的韩国林蛙（R. coreana）遗传距离最近,并在最大似然树中聚为一支,应属种内关系。综合形态分析和系统发育比较,确定采集到的标本为韩国林蛙,系辽宁省两栖动物分布新记录种。本次发现将辽宁省分布的蛙属物种增至5种。     

梧桐科分类学研究评述

梧桐科(Sterculiaceae)是锦葵目中的一个多型科,主要分布于热带和亚热带地区,只有少数种可分布到温带地区。由于该科植物的形态特征较为多样化,至今对于它的范围和所包含的属种数目在各国学者间仍没有达成共识。该文从梧桐科的分类地位和系统关系、属的分类地位和亲缘关系以及分类学新特征在梧桐科分类中的应用3个方面入手,分析了梧桐科分类学研究的历史、现状和存在的问题,特别是把来自分子资料的研究结果与传统分类进行了比较分析,试图为梧桐科的分类学研究提供更多的帮助。     

基于16S rRNA基因序列对织纹螺属的分子系统学分析

研究利用线粒体16S rRNA基因序列片段,对织纹螺属6亚属11种动物进行分子系统学分析。结果显示,种内遗传距离(0～0.007)与种间遗传距离(0.019～0.088)无重叠,这表明线粒体16S rRNA基因能较好地反映织纹螺种间的亲缘关系; 而亚属内遗传距离(0.018～0.031)与亚属间遗传距离(0.028～0.083)存在重叠,表明线粒体16S rRNA基因不能对一些贝壳形态相似的亚属进行区分。同时,确定了疑难种灰白织纹螺Nassarius(Zeuxis)canaliculatum的分类地位,并与相似种西格织纹螺N.(Z.)siquijorensis进行了对比; 确认了秀丽织纹螺Nassarius(Hima)festivus应属于Hima亚属;建议保留单型亚属Varicinassa的有效性。     

三种琥珀螺(Succineidae)基于DNA条形码技术的分类分析

琥珀螺科的传统分类研究主要基于形态特征,由于壳相特征的趋同性以及比较形态解剖学研究基础的不足,中国琥珀螺科系统分类有待深入研究,已报道属种有待厘定。本研究运用DNA条形码技术,对新疆11个地点3种琥珀螺(Succinea daucina, Oxyloma wujiaquensis, Oxyloma sp.)的线粒体COⅠ与16S rRNA基因序列进行分析,并对三者的分类关系进行探讨。通过测序共获取COⅠ(640 bp)与16S rRNA (418 bp)基因序列各69条,其碱基组成均显示出较高的A+T比例(COⅠ:67.91%, 16S rRNA:73.15%),与目前已知琥珀螺线粒体DNA序列特征相符。基于Kimura双参数模型计算:3种琥珀螺的COⅠ基因序列(640 bp)平均种间遗传距离为0.135 6～0.171 3,平均种内遗传距离为0.006 8～0.009 2;16S rRNA基因序列(418 bp)平均种间遗传距离为0.079 3～0.148 1,平均种内遗传距离为0.003 4～0.008 9;3种琥珀螺COⅠ与16S rRNA基因的种间遗传变异均远大于种内遗传变异,存在明显的间隔。采用最大似然法构建分子系统树,结果显示本研究中不同地点的3种琥珀螺分别聚为置信度较高的分支,均有大于95%的支持度。本研究基于DNA条形码技术的分类研究结果与形态学研究结果一致。综上结果表明,COⅠ与16S r RNA基因适用于琥珀螺的物种鉴定。     

台湾海峡鱼类绦虫的分子系统学研究

利用DNA测序技术对台湾海峡部分鱼类绦虫的16S rRNA和18S rRNA基因片段序列进行了分析。使用PAUP4·0b10软件构建的进化树显示,目前关于绦虫二叶目、锥吻目、假叶目、盘头目和四叶目的划分是比较合理的,绦虫进化基本遵循了头节形态从简单到复杂的进化规律。报道了国内首次发现的双叶目绦虫,进化树结果初步支持了巨槽属和棘头属的划分。此外,结果也支持了前孔属绦虫的分类地位。但是,对耳槽属绦虫与阶室属绦虫的形态学划分与分子系统学相矛盾,利用16S rRNA基因对盘头目各种的进化树分析与形态学差异很大,这些问题都需要更多研究来进行深入分析。     

16S rRNA及rpoC1基因用于螺旋藻、节旋藻系统发育的比较北大核心CSCD

【目的】利用16S rRNA和rpoC1基因分子标记研究螺旋藻、节旋藻的系统发育关系,并对其区分能力进行比较。【方法】以84株螺旋藻、节旋藻为研究对象,对其进行16S rRNA、rpoC1基因序列的扩增、测序及分析,并对构建的系统发育树进行对比。【结果】rpoC1基因序列保守位点所占比例49.7%、平均G+C百分含量47.7%和序列相似度76%–100%明显低于16S rRNA基因序列的79.4%、55.6%和91%–100%,其变异程度高于16S rRNA基因;基于16S rRNA、rpoC1基因构建的系统发育NJ树拓扑结构基本一致,84株实验藻株分为2个属3个类群,其中仅F-351、F-904-2、F-1070和TJBC14-1藻株为螺旋藻,其余均为节旋藻;虽然2个基因都不能区分形态种和地理种,但rpoC1基因NJ树的置信度(100%)高于16S rRNA基因(99%),属内分群效果也明显优于16S rRNA基因。【结论】支持了螺旋藻、节旋藻为两个不同属的结论,且在属内分类时rpoC1基因比16S rRNA基因具有更高的区分度。     

大头蛙和脆皮大头蛙线粒体3个基因的测定及两栖类亲缘关系研究

现存的两栖类系统发生关系一直存在争议,特别是3个目间的亲缘关系。本文设计了5对引物,扩增和测定了大头蛙和脆皮大头蛙线粒体12S和16S rRNA基因和Cytb基因的全序列。在对所测序列进行分析的同时,基于3个基因全序列的相加数据,运用MEGA 3.1和PHYLIP 3.64软件中的NJ法、MP法和ML法,对两爬类17个物种,以鱼类非洲肺鱼为外群,重建出3个树形完全一致的分子系统树。研究结果显示:现存两栖类中无尾目和有尾目为姐妹群关系,并推断有尾目内小鲵科和隐鳃鲵科亲缘关系较近。此外,在研究两栖类系统发生关系方面,作者分析前人研究中产生两种不同观点的可能原因,同时总结了在此类研究中产生偏差的几种影响因素。     

从12S rRNA基因第三结构域序列分析探讨蜘蛛若干重要类群的亲缘关系

本文将12S rRNA基因序列分析应用于研究若干重要蜘蛛类群的系统关系,以对传统的分类研究结论进行验证和补充,并且探讨12S rRNA基因序列分析在蜘蛛系统发生研究中的适用性。根据12S rRNA基因第3结构域构建的分子系统树得出结论:1.圆网类(即妖面蛛总科与园蛛总科)并非单系;2.隙蛛与暗蛛较漏斗蛛具有更近的亲缘关系;3.壁钱和拟壁钱并不近缘;4.有筛器类蜘蛛为复系类群;5.12S rRNA基因第3结构域片段对推断近缘科属间的系统发生关系是有效的遗传标记。     

舟山群岛海域沉积物厌氧氨氧化细菌多样性

通过构建16S rRNA基因文库和克隆测序研究了舟山海域沉积物中厌氧氨氧化细菌(AAOB)的多样性。从5个克隆文库中共获得297条16S rRNA基因序列,包含16个操作分类单元(OTUs)。离岸距离较近的3个站具有相似的群落结构,且与离岸较远的2个站具有明显差异。系统发育结果显示,Scalindua属是该海域AAOB的优势类群,95.3%的序列与Scalindua属AAOB具有较近的亲缘关系;1条序列与Kuenenia属具有较近的亲缘关系;此外还有15条序列与已知的AAOB相似性较低。相关性分析表明沉积物有机碳含量与多样性指数具有显著正相关,可能是该海域AAOB多样性变化的重要影响因子。