土壤微生物总DNA的提取和纯化

本文建立了从土壤中提取总DNA的方法,并通过改进使适合于对革兰氏阳性菌的提取。用9种性质不同的土壤进行验证,均提取到了DNA,每克干土的DNA提取量从3.30μg～13.41μg,通过透析袋回收进行纯化,纯化回收率达到65.34%,纯化后的土壤DNA可以直接扩增出16S rDNA。9种土壤的提取率从60.51%～93.45%,可以从每g干土添加362个菌体的土壤中扩增到目的条带。     

平稳小波变换在冬小麦SPAD高光谱监测中的应用

在2010与2011年度冬小麦生长季通过大田小区试验,利用ASD便携式野外光谱仪和SPAD 502叶绿素计实测冬小麦冠层的高光谱反射率与SPAD值.分析不同SPAD值下的冬小麦冠层光谱特征,建立了基于归一化植被指数（NDVI）与比值植被指数（RVI）、小波能量系数的不同生育期冬小麦SPAD估算模型.结果表明： 随着SPAD值的增大,“绿峰”与“红谷”特征愈加明显.在冬小麦返青期、拔节期、抽穗期、灌浆期NDVI估算SPAD的效果较好,估算模型的R²分别为0.7957、0.8096、0.7557、0.5033.小波能量系数回归模型可以提高冬小麦SPAD的估算精度,在返青期、拔节期、抽穗期、灌浆期以高频、低频小波能量系数为自变量的冬小麦SPAD估算模型的R²分别达到0.9168、0.9154、0.8802、0.9087.     

狭叶坡垒基因组总DNA的提取和纯化方法研究

以狭叶坡垒叶片为材料,对基因组总DNA的提取和纯化方法进行了研究,并对改良CTAB法、高盐低pH法和改良SDS法进行比较.结果表明,改良的CTAB法更适合狭叶坡垒基因组总DNA的提取,且硅胶干燥30 d的叶样和新鲜叶样所得的DNA几乎没有区别.再对改良CTAB法的水浴时间进行探索,发现150 min是较为合适的水浴时间.对比酚纯化法和试剂盒纯化法,发现试剂盒纯化损失的DNA少,得率高,是一种简便、快速、安全的纯化方法.     

红豆杉属植物三种不同总DNA提取方法的分析比较

红豆杉属植物均为濒危物种,也是国家一级保护植物.以红豆杉属植物叶片为材料,利用三种不同的DNA提取方法提取总DNA,用分光光度计和琼脂糖凝胶电泳方法检测所得总DNA的得率和纯度,用PCR扩增的方法检测所得总DNA的质量,并对三种不同提取方法的结果进行了比较分析.结果表明:CTAB法提取的DNA纯度和得率均较高,可直接用...     

厌氧颗粒污泥微生物总DNA的提取

目的:为了从分子水平上了解厌氧颗粒污泥中微生物的种类和数量,研究一种高效提取环境微生物DNA的方法。方法:厌氧颗粒污泥样品经液氮速冻、沸水浴融化、溶菌酶处理和SDS裂解后,琼脂糖凝胶电泳检测所提取的DNA,以提取的总DNA为模板,进行细菌核糖体小亚基16S rDNA基因V8、V9区的PCR扩增。结果:经检测,其DNA片段约为20 kb,样品D260nm/D280nm值为1.88,扩增结果理想,与OMEGA公司提供的试剂盒提取效果基本一致。结论:为薯类酒糟厌氧发酵污泥中微生物群落的分子生态学研究提供了一种简便、可靠的DNA提取方法。     

两种提取肠道微生物总DNA方法的比较

目的比较肠道微生物总DNA两种提取方法的优缺点。方法采用苯酚-氯仿抽提法和试剂盒法提取肠道微生物总DNA,比较其作为模板扩增细菌16S DNA的优缺点。结果两种方法提取的细菌DNA均能用于后续PCR扩增的模板。酚-氯仿抽提法经济可靠,但提取的DNA量及纯度较低试;剂盒法提取方便,操作简单,质量稳定,易标准化,但成本高。结论两种方法各具优缺点,应根据实验室条件和实验要求进行选择。     

一种快速提取肠道微生物总DNA的方法

采集的兔肠道内容物及其粪便样品,通过分散浸泡、震荡洗涤、分级离心、滤器过滤、DNA提取试剂盒提取纯化,可以获得纯度很高的DNA样品。经0.8%琼脂糖凝胶电泳检测和紫外分光光度计测定,样品A260/A280的比值为1.72±0.02。分别以提取的DNA样品为模板,通过设计的细菌特异引物,对其16S rDNA基因进行PCR扩增,获得了1.6 kb大小特异性很好的预期条带。这为肠道微生物群落的分子生态学研究提供了一种简便、可靠的DNA提取方法。     

沼气池污泥微生物总DNA提取方法的比较

沼气发酵系统是一个复杂的生态系统,其污泥微生物超过99%是不可培养的。为了优化沼气池纤维素的转化效率、沼气的产率和开展污泥微生物多样性研究,本研究采用化学裂解法、溶菌酶裂解法和QIAampDNA Stool Mini Kit提取了沼气池污泥样品中微生物的总DNA,对三种方法的DNA得率、纯度、大片段提取效果以及是否含有PCR反应抑制剂进行了研究,最后对16S rRNA基因V3区的扩增产物进行了PCR变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析。与化学裂解法和QIAamp DNA Stool Mini Kit法相比,溶菌酶裂解法得到的DNA量大、片段长、片段分布广、PCR扩增效率高;同时PCR-DGGE图谱显示,溶菌酶裂解法可更好地展示沼气池污泥中微生物的多样性。该结果为进一步提高沼气池中纤维素的转化效率和沼气生产优势菌种的质和量打下了一定的前期基础。     

模式小鼠总DNA三种提取方法比较

目的：建立简便、快捷、经济的模式小鼠总DNA提取方法,以快速鉴定大批量模式小鼠基因型。方法采用苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法提取同种模式小鼠总DNA,对比DNA纯度、得率、耗费时间,并比较基因型鉴定结果。结果苯酚抽提法得率最高,异丙醇沉淀法最低;而纯度则按照苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法顺序递减;在耗时上鼠耳煮沸法最短。三种方法提取的DNA均可做模版用于基因型鉴定。结论鼠耳煮沸法操作简单、成本最低,快速、基因型鉴定结果可靠,可用于规模化的基因型鉴定实验中。     

五种DNA提取方法对鱼加工制品DNA提取效果的比较

比较5种DNA提取方法对各种鱼加工制品的DNA提取效果,为后续检测提供更加有效的DNA提取方案。以11种不同加工方式和加工程度的鱼制品为样本,采用5种DNA提取方法——CTAB法以及4种常用市售试剂盒进行DNA提取。对DNA的提取质量、浓度和用于PCR扩增的效果及方法的可操作性等方面进行比较研究。结果显示,5种方法均可用于大多数鱼加工制品的DNA提取,但每种方法各有利弊。因此认为没有一种DNA提取试剂盒可以广泛地对所有类型鱼制品样品均有非常好的提取效果。     

青海三江源地区风沙土养分及微生物区系

采用常规方法研究了青海三江源地区风沙土的养分状况及微生物区系.结果表明,从流动、半固定风沙土到固定风沙土的演化过程中,土壤有机质含量明显增加,固定风沙土的有机质含量分别为流动和半固定风沙土的5.9和3.8倍;土壤氮素和磷素含量的变化趋势与有机质基本一致,均呈递增趋势;土壤钾素含量和土壤pH无明显变化规律.随着植被发育、流沙固定及土壤养分状况改善,风沙土中的微生物数量和区系组成也发生了显著变化.固定和半固定风沙土中的细菌、真菌及放线菌数量均明显高于流动风沙土,其细菌数量分别约为流动风沙土的4.0和2.8倍,真菌数量分别约为19.6和6.3倍,放线菌数量分别约为12.4和2.6倍;真菌种类数明显增加,放线菌区系组成也变得复杂.即随着风沙土由流动变为固定,土壤微生物生态系统中微生物的生物多样性增强,微生物组成趋于多样化.风沙土中的微生物数量与土壤有机质、全氮、速效氮及速效磷含量显著或极显著相关,与土壤全磷、全钾、速效钾含量及土壤pH之间相关性未达显著水平.     

施用泥炭对风沙土改良及蔬菜生长的影响

通过盆栽试验比较了施用不同剂量的泥炭(0％、2％、5％、8％及10％)对风沙土改良的效果和对白菜生长及产量的影响。结果表明,泥炭能增强风沙土的持水能力,降低土壤的pH值,增加土壤中有机质、全氮、速效氮和速效磷等的含量;白菜根系长度、生物量、高生长和地上部分的生物量均有增加,其中8％泥炭处理为最佳,其根系长度、根鲜重、干重、高生长、地上部分鲜重、干重依次比对照增加71％、402％、464％、107％、847％和1001％;同时施用泥炭还有利于提高白菜干物质的积累及其品质。     

A rapid,cost-effective procedure for the extraction of microbial DNA from soil

Here we describe a DNA extraction method that is based on a simple, rapid polyvinylpolypyrrolidone–calcium chloride precipitation to release microorganisms from the soil combined with lysozyme–proteinase–SDS lysis of the microbial community. The extracted DNA is of high quality and allows direct detection of specific genes by the polymerase chain reaction (PCR) as well as cloning of indigenous microbial DNA. This method facilitates the extraction of 36 500-mg soil samples simultaneously in a 2-h period by one person. The procedure is safe, inexpensive, and does not require specialized equipment or generate hazardous wastes.     

松突圆蚧基因组DNA提取方法的比较

分别采用醋酸钾(KAc)法、十二烷基硫酸钠-蛋白酶K(SDS-PK)消化法、十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法及DNA提取试剂盒(吸附柱型)对单只松突圆蚧的基因组DNA进行提取。同时针对盾蚧科昆虫的特点,在提取前利用氯仿和解剖针去除样品表面的介壳。结果表明,用同种提取方法提取的经氯仿处理与未经处理样本的提取效果无明显差异,而采用解剖针去除介壳的样本提取效果较好。所采用的4种提取方法均能从新鲜标本中提取出DNA,其中CTAB法提取的DNA量较多,而SDS-PK法提取的DNA质量较好。     

Amplification and sequencing of 16/18S rDNA from gel-purified total plant DNA

We describe here methods and strategies for amplifying and sequencing the genes encoding the small subunits (16/18S) of nuclear and chloroplast ribosomal DNA (rDNA) from total plant DNA. These methods were developed in response to technical difficulties we encountered in our molecular systematic work with members of various plant families. These protocols have proved useful when the amount of tissue available for study is limited and when the tissues have high concentrations of undesirable secondary metabolites which are often co-isolated with nucleic acids.     

土壤微生物总DNA提取方法的优化

【目的】土壤中未培养微生物约占总量的99%,这就意味着绝大多数微生物资源还未得到开发和利用。本研究通过优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得较高质量的DNA,为后期研究土壤微生物的多样性及构建大插入片段的宏基因组文库奠定基础。【方法】通过综合比较已报道的微生物DNA提取方法的优缺点,我们设计出一种新的提取方案。对提取过程中的几个关键步骤进行了优化,包括联合使用SDS-CTAB和溶菌酶一起来破细胞,利用氯仿除蛋白,使用PVPP柱纯化DNA等。比较分析了优化后的方法和3种已报道方法所获得的土壤总DNA的产量、纯度及片段大小。【结果】优化后的方法所获得的土壤DNA质量明显有所提高:每克土壤最高能提取95μg DNA,A260/A280和A260/A230比值更接近理想水平,PCR扩增能够得到明显的目标条带,DNA片段最大能达到100 kb左右。【结论】通过比较分析,最终确立了一种较理想的土壤微生物总DNA提取方法,为更好地开发利用土壤未培养微生物资源提供了有力工具。