东方鲀属和暗纹东方鲀的学名问题

叙述了东方纯属建立的历史和暗纹东方纯的命名历史。阿部宗明在1952年建议成立东方纯属并以“Fugu”命名时,已于1949年先行在圆纯属（Sphoeroides）下建立了6个亚属。基于亚属与属具有同等有效的地位,根据国际动物命名法规中优先律的原则,应该以1949年建立的亚属之一融缸舭作为东方纯属的学名,而不用“Fugu”这个名称。早在1844年,McCHand根据采自浙江宁波、舟山一带的标本命名了暗纹东方纯,按照国际动物命名法规中优先律的原则,分布于我国长江中下游和近海的暗纹东方纯学名应该恢复为：Takfugu fasciatus（McClland,1844）。纯鱼类已经被列入人类基因组学研究的模式动物,而且一些纯鱼类的国内外贸易量日益增加,有关东方纯属和暗纹东方纯的学名问题应及时正本清源,使其更符合科学研究历史的本来面貌,有利于学术交流。     

暗纹东方鲀线粒体COI及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了线粒体细胞色素氧化酶I亚基（COI）及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆了暗纹东方鲀COI基因1546bp及其5′端上游的tRNATyr基因和3′端下游的tRNASer基因序列共1766bp。用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中10个目13种鱼类的COI序列进行比较分析,显示暗纹东方鲀与这些鱼类的COI基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方鲀的同源性最高为97.6%,与同目不同科的矛尾翻车鲀和翻车鲀的同源性为76.5%和75.4%。根据暗纹东方鲀与其他13种鱼的COI基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。推定的这二种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构。     

暗纹东方鲀线粒体COⅡ及两侧tRNA基因的克隆和序列分析

用细胞色素氧化酶第二亚基基因(COⅡ)特异性引物对暗纹东方(Takifugu fasciatus)的线粒体DNA(mtDNA)进行PCR扩增,克隆并测定了COⅡ及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,COⅡ基因691 bp和5′端上游的tRNAAsn基因及3′端下游的tRNALys基因序列共890 bp。用DNA分析软件比较暗纹东方与GenBank中9个目11种鱼类的COⅡ序列,显示暗纹东方与这些鱼类的COⅡ基因具有较高的同源性;其中与同属红鳍东方(T.rubripes)的同源性最高为99.0%。暗纹东方COⅡ基因的核苷酸组成中,A T含量为56%,与其他11种鱼类的A T含量(55%~62%)相近。鱼类COⅡ序列组成对A T核苷酸的偏倚程度比较低。根据暗纹东方与其他11种鱼的COⅡ基因序列同源性所建立的分子进化树,与传统的分类地位基本吻合。推定的tRNA二级结构为典型的三叶草型结构。     

家化暗纹东方鲀全人工繁殖

在家化环境下对暗纹东方纯进行全人工繁殖。运用人工调控环境因子和使用适宜的促熟与催产的方法,能诱导雌雄亲鱼性腺发育同步,平均受精率为80．9％,平均孵化率为76．3％。在不同温度下胚胎发育速度有明显区别。本研究技术可为全面开展暗纹东方纯人工繁殖和育苗提供必要的参考。     

暗纹东方鲀苗种同类相残的研究

暗纹东方(Takifu guobscurus Abe)俗称江河豚,隶属于统形目、纯科,是一种海江洞游性鱼类。其内脏器官含剧毒,宰杀烹调不慎可致食者于死地,但肉味极为腴美,故民间素有“拼死吃河豚”之说。国外较早开展了东方纯属鱼类的养殖,在从苗种到成鱼的各个生长阶段中,河纯,特别是苗种阶段的同类相残较严重,成为苗种生产的主要限制因素。为探讨河纯同类相残的原因并采取有效防范措施,作者于1995年4月30日至6月20日,在人工培育暗纹东方统苗种期间,对其同类相残的现象进行了观察研究,现将研究结果作如下总结。       

菊黄东方鲀、暗纹东方鲀及其杂交F1代肌肉营养成分的比较分析

为了了解菊黄东方鲀(Takifugu flavidus)、暗纹东方鲀(T.obscurus)及其杂交F1代的肌肉营养特征,利用生物化学方法,从每类实验样本中取9尾对其肌肉中的粗蛋白、粗脂肪、水分、粗灰分和氨基酸成分进行了测定和分析。结果显示:(1)杂交F1代在生长方面具有明显的杂交优势,与亲本之间存在着显著差异(P0.05),杂交F1代的体重为其亲本的1.48~1.77倍;(2)杂交F1代肌肉水分含量与其母本含量相近,但粗脂肪含量均较亲本少(P0.05),粗蛋白含量则与亲本差异不显著(P0.05);(3)除色氨酸和胱氨酸外,16种氨基酸均在肌肉样本中被检测到,除甲硫氨酸外,其余15种氨基酸间含量均存在着显著性差异(P0.05)。菊黄东方鲀(♀)×暗纹东方鲀(♂)杂交F1代的总氨基酸含量最高,而暗纹东方鲀(♀)×菊黄东方鲀(♂)F1代总氨基酸含量则介于两亲本之间。对其必需氨基酸总量进行分析发现,菊黄东方鲀与其正反杂交F1代之间均存在显著性差异(P0.05),而暗纹东方鲀与其正反杂交F1代之间差异不显著(P0.05);(4)肌肉营养品质评价结果表明,菊黄东方鲀(♀)×暗纹东方鲀(♂)杂交F1代的鲜味氨基酸含量为26.68%,明显高于双亲样本(菊黄东方鲀22.28%、暗纹东方鲀25.20%),而暗纹东方鲀(♀)×菊黄东方鲀(♂)F1代的鲜味氨基酸总量(23.30%)较其父本偏高,但低于其母本。研究结果表明,杂交东方鲀的肌肉营养综合了双亲的优良特性,特别是是菊黄东方鲀(♀)×暗纹东方鲀(♂)杂交F1代,拥有最高的鲜味氨基酸含量,具有推广价值。     

鳙的线粒体基因组核苷酸全序列分析

对采集自我国长江的鳙的线粒体DNA全序列进行了测定.结果表明,鳙的线粒体DNA全长为166221 bp,其碱基因组成为A=31.6%;C=27.1%;G=16.0%;T=25.3%,A+T含量为56.9%.鳙线粒体基因组的排列、结构和组成与其它鲤科鱼类相似,包括37个基因,即13个蛋白质编码基因,2个rRNA基因,22个tRNA基因和一个非编码控制区(D-loop).在13个蛋白编码基因中,除ND6由轻链编码外,其余12个基因均由重链编码.COI基因的起始密码子为GTG,而其它12个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG.     

利用SRAP标记研究四个暗纹东方鲀群体的遗传多样性

利用相关序列扩增多态性SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)分子标记首次对4个暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)群体(1个长江捕捞群体、1个放流群体和2个养殖群体)进行了遗传多样性分析。从49对引物组合中筛选出18对扩增条带清晰、稳定的引物组合对4个群体进行扩增,共获得231个位点,其中多态位点数为156个,总多态位点百分率为67.53%。4个群体内多态位点比例为54.98%—58.87%,群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.1992—0.2005,群体Shannon多样性指数(I)为0.2953—0.3016,群体间基因流(Nm)为4.1291。长江捕捞群体的多态位点比例、基因多样性指数、Shannon多样性指数均略高于其他三个群体。采用UPGMA法对4个群体进行聚类分析显示,上海养殖群体单独聚为一类,其余3个群体聚为另一类。AMOVA结果表明遗传变异主要来源于群体内,占总遗传变异的87.40%。以上结果表明,4个暗纹东方鲀群体具有较高的遗传多样性,群体间相似性较大,并且存在一定的基因交流。     

暗纹东方鲀应激胀气行为功能形态学观察

该文以四齿鲀科(Tetraodontidae)的暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)为对象,采用形态学解剖、X光透视和骨骼神经染色等方法,对其胀气行为的功能形态学进行研究。其结果发现,暗纹东方鲀腹部受到刺激后,口腔小幅高频将水或空气吞咽进入由食道腹壁特化成的气囊里,气囊与消化道的前后结合处由括约肌控制,腹壁肌呈束状,与此同时,高弹性的皮肤、脊柱和神经都会发生相应的位移变化,以保证胀气行为的快速完成。通过对暗纹东方鲀胀气行为及其吸、排水机制的深入了解,为进一步研究胀气行为的神经机理奠定基础,也将会丰富动物警戒逃避行为的理论。     

暗纹东方鲀年龄鉴定的研究

用耳石、脊椎骨、鳃盖骨等识别和鉴定暗纹东方鲀(Takifugu obscurusAbe)的年龄,在描述其轮纹特征基础上,比较其在判读暗纹东方鲀年龄和生长特征上的异同与准确性。结果表明,耳石磨片上的轮纹特征明显、清晰且规律性强,是最好的年龄鉴定材料;脊椎骨轮纹也很清晰,但测量时有一定难度,也是较好的年龄鉴定材料;鳃盖骨上年轮较难判定,只能作为辅助材料。本文还对牙齿能否作为年龄鉴定材料进行了观测。       

北京鸭线粒体基因组全序列测定和分析

线粒体DNA作为遗传标记,已在家鸡(Gallus gallus)和家鹅(Anser anser)的研究中取得了重大进展,而对家鸭(Anas platyrhychos domesticus)的研究却很少.本研究参照近源物种线粒体基因组序列设计15对引物,通过PCR扩增、测序、拼接,获得北京鸭(A.platyrhychos)线粒体基因组全序列,初步分析其特点和各基因的定位.结果显示,北京鸭线粒体基因组全长16 604 bp,碱基组成为29.19%A、22.20%T、15.80%G、32.81%C,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区(D-loop),基因组成及排列顺序与其他鸟类相似.基于线粒体D-loop区全序列,用N-J法构建了7种雁形目鸟类系统进化树,结果表明,北京鸭与绿头鸭(A.platyrhychos)系统进化关系较近.     

李氏大足蝗线粒体全基因组序列分析

采用长距PCR 扩增及保守引物步移法测定并注释了李氏大足蝗( Aeropus licenti Chang)的线粒体基因组全序列。结果表明,李氏大足蝗的线粒体基因组全长15 597 bp,A+T 含量为74.8%,37个基因位置与飞蝗的一致,基因间隔序列共计17处105 bp,间隔长度从1～21 bp不等;有10对基因间存在58 bp重叠,重叠碱基数在1～17 bp之间。13个蛋白质编码基因中找到4种可能的起始密码子;有12个基因在基因3'端找到完全的TAA或TAG 终止密码子,只有ND5基因终止密码子为不完整的T。除tRNA^Ser（AGN）外,其余21个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。tRNA^Ser（AGN）的DHU臂缺失,在相应的位置上只形成一个环。预测的lrRNA二级结构总共有6个结构域（结构域Ⅲ缺失）,47个茎环结构;预测的srRNA的二级结构包含3个结构域,31个茎环结构。A+T 丰富区长度为712 bp。     

社鼠（Niviventer confucianus）线粒体基因组全序列分析

社鼠（Niviventer confucianus）属于啮齿目（Rodentia）、鼠科（Muridae）、白腹鼠属（Niviventer）,关于该物种的分子系统学研究极少。为获取社鼠线粒体基因组全序列,提取其基因组总DNA,参照近缘物种线粒体基因组全序列设计34对特异性引物,利用PCR扩增全部片段后进行测序,之后对其基因组组成及结构特点进行了初步分析。结果表明,社鼠线粒体基因组全序列长16 281 bp（GenBank收录号：KJ152220）,包含22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区;基因组核苷酸组成为34.0%A、28.6%T、24.9%C、12.5%G。将所得序列与社鼠近缘物种（川西白腹鼠、小家鼠、褐家鼠）的线粒体全基因组进行比较,结果显示,四个物种的线粒体基因组虽然在基因组大小、部分tRNA二级结构、部分蛋白质编码基因的起始或终止密码子及控制区长度和碱基组成上有差异,但基因组结构和序列特征方面都具有较高的相似性。四个物种线粒体全基因组间的遗传距离显示,社鼠与川西白腹鼠距离最近,而与小家鼠距离最远。该研究为利用线粒体全基因组信息进行啮齿类分子系统学研究提供了有价值的资料。     

广西华珊瑚蛇线粒体基因组全序列测定与分析

本研究对眼镜蛇科广西华珊瑚蛇（Sinomicrurus peinani）线粒体基因组序列进行测定与分析,并探究其与近缘种的系统发育关系。结果表明,广西华珊瑚蛇线粒体基因组是一条全长19 477 bp的环状DNA,基因组碱基构成为A（33.4%）、T（28.1%）、C（26.6%）和G（11.9%）。共编码38个基因,包含2个核糖体RNA（rRNA）基因、22个转移RNA（tRNA）基因、13个蛋白质编码基因及1个线粒体基因控制区（D-loop）。13个蛋白质编码基因均采用AUG作为起始密码子,UAA和UGA作为终止密码子;蛋白质编码基因编码频率较高的氨基酸分别为亮氨酸（Leu）、异亮氨酸（Ile）、苏氨酸（Thr）和丝氨酸（Ser）;相对密码子使用度（RSCU）频率最高的4个密码子依次是CGA、UGA、CUA和CCA。22个tRNA,除tRNASer（一臂两环）外其他均可形成典型三叶草结构。基于眼镜蛇科线粒体基因组系统发育分析结果表明,与广西华珊瑚蛇关系最密切的是中华珊瑚蛇（Sinomicrurus macclellandi）,其次是孟加拉眼镜蛇（Naja kaouthia）与眼镜王蛇（Ophiophagus hannah）。     

克氏光唇鱼线粒体基因组测定及光唇鱼属的系统发育分析

根据侧条光唇鱼(Acrossocheilus parallens)线粒体基因(mt DNA)序列设计引物,采用引物步移和PCR扩增产物测序,获得了克氏光唇鱼(A.kreyenbergii)的mt DNA全序列。结构分析表明,克氏光唇鱼mt DNA为首尾闭合的环状基因,全长16 596 bp,编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个t RNA基因、2个r RNA基因和两段非编码区(D-loop和轻链复制起点OL),碱基组成具有明显的A+T偏好和反G偏倚现象。13个蛋白编码基因中,除COⅠ的起始密码子是GTG,其余基因的起始密码子均为ATG;终止密码子包括完全的终止密码子TAA(38.46%)和TAG(7.69%),不完全的终止密码子TA(15.38%)和T(38.46%)。在D-loop区的811~837 bp区间发现了一段"TA"短串联重复序列。从蛋白编码基因所包含的信息量、变异位点和变异率看,ND5、ND4、COⅠ和ND2最适合作为光唇鱼属种间系统发育分析的分子标记。采用贝叶斯法利用13个蛋白编码基因所构建的系统发育树显示,光唇鱼属和白甲鱼属(Onychostoma)的24种鱼类各自没有聚为单系群,相互间不能明确区分。     

赤狐线粒体全基因组及系统发育分析

测定了赤狐的线粒体基因组全序列,总长度为16 723 bp,碱基组成为：31.3% A、26.1% C、14.8% G、27.8% T。和大多数哺乳动物一样,赤狐的线粒体全基因组包含13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因和1个控制区。除ND3基因起始密码子为不常见的ATT外,赤狐与北极狐、狼、家犬、郊狼的线粒体蛋白质编码遵循相同模式。在控制区的保守序列区段1和2之间发现一段较长的富含AC的随机重复序列。为了验证赤狐与其他犬科动物的系统发育关系,利用12个重链蛋白质编码基因,分别通过邻接法和最大简约法构建了系统发育树。结果表明：赤狐与北极狐是姐妹群,它们在犬科中都属于赤狐型分支,而灰狼、家犬和郊狼则属于狼型分支,与现有的系统进化研究结果一致。     

中华鳖线粒体基因组序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列,设计17对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得中华鳖线粒体基因组全序列.初步分析其基因组特点和各基因的定位,用pDRAW32软件预测12种限制性酶对其的酶切图谱.结果表明,中华鳖线粒体基因组全长17364bp,核苷酸组成为35.23%A、27.26%T、25.73%C、11.78%G,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区.基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ法和MP法构建系统进化树,分析6种龟鳖类动物之间的亲缘关系,与传统的系统分类基本一致,初步确定淡水龟科与海龟科的亲缘关系比与龟科的亲缘关系要近.     

节肢动物线粒体基因组与系统发生重建

对mt基因组的比较研究是探讨节肢动物系统发生的有效手段之一。基因的排列和DNA序列可以为重建节肢动物的系统发生提供有用的信息。目前,已测定mt基因组全序列的节肢动物已增加到44种。归纳、总结了节肢动物mt基因组的基本特征、基因顺序、基因重排的发生和机制等。简要评述基于mt基因组的节肢动物系统发生研究。     

The Mitochondrial Genome of Chlorogonium elongatum Inferred from the Complete Sequence

The 22,704-bp circular mitochondrial DNA (mtDNA) of the chlamydomonad alga Chlorogonium elongatum was completely cloned and sequenced. The genome encodes seven proteins of the respiratory electron transport chain, subunit 1 of the cytochrome oxidase complex (cox1), apocytochrome b (cob), five subunits of the NADH dehydrogenase complex (nad1, nad2, nad4, nad5, and nad6), a set of three tRNAs (Q, W, M), and the large (LSU)- and small (SSU)-subunit ribosomal RNAs. Six group-I introns were found, two each in the cox1, cob, and nad5 genes. In each intron an open reading frame (ORF) related to maturases or endonucleases was identified. Both the LSU and the SSU rRNA genes are split into fragments intermingled with each other and with other genes. Although the average A + T content is 62.2%, GC-rich clusters were detected in intergenic regions, in variable domains of the rRNA genes, and in introns and intron-encoded ORFs. A comparison of the genome maps reveals that C. elongatum and Chlamydomonas eugametos mtDNAs are more closely related to one another than either is to Chlamydomonas reinhardtii mtDNA. Received: 3 November 1997 / Accepted: 12 January 1998