真核生物转座子鉴定和分类计算方法

重复序列是真核生物基因组的重要组成成分,根据其序列特征及在基因组中的存在形式,可以进一步分为串联重复、片段重复和散在重复。其中,散在重复大多起源于转座子。根据转座介质的不同,转座子又可分为DNA和逆转录转座子。转座子的转座和扩增对基因的进化和基因组的稳定具有显著的影响;同时与其他类型的重复序列相比,转座子的结构和分类更为复杂多样,使得对转座子的鉴定和分类更为复杂和困难。鉴于此,文章简要概括了转座子的功能及分类,总结了真核生物转座子鉴定、分类和注释的3个步骤:(1)重复序列库的构建;(2)重复序列的校正和分类;(3)基因组注释。着重介绍了每一步骤所采用的不同计算方法,比较了不同方法的优缺点。只有把多种方法结合起来使用才能实现全基因组转座子的精确鉴定、分类和注释,这将为转座子的全基因组鉴定和分类提供借鉴意义。     

真核生物的增强子

真核生物的转录调控与原核生物相似,在转录起始位点上游大约30bp处有一个TATA box,它是基本的启动子成份。除TATAbox外,在-70bp处还有一个CCAAT box或 GGGCGG motif,它对基因的有效转录也是重要的。进一步的研究表明,真核基因的转录效率不仅由近端的启动子决定而且受远端调控元件的控制。增强子(enhancer)就是一个重要的调控元件。     

真核生物的操纵子

真核生物的操纵子关键词真核生物,线虫,操纵子人们已知,细菌基因是组成操纵子并转录成多顺反子ｍＲＮＡ的,真核生物基因则受各别调控并转录成单顺反子ｍＲＮＡ。但ＴｏｍＢｌｕｍｅｎｔｈａｌ领导的研究组于１９９３年宣称,线虫Ｃａｅｎｅｒｈａｔｄｉｔｉｓｅｌｅｇ...     

最原始的真核生物——源真核生物的核骨架

利用选择性抽提 ,结合DGD包埋 去包埋剂和整装制样两种电镜技术以及Westernblot技术 ,对现存最原始的真核生物———源真核生物 (Archezoa)的核骨架进行了研究 .结果显示此类生物已具有了核骨架结构 ,其胞质中也具有了发达的中间纤维 ,且像高等真核细胞一样 ,此两者的纤维互相联系成一个统一的结构体系 ;但不具核仁骨架 ,其核纤层不典型或不发达 ,且只由一种相当于高等真核细胞核纤层B型成分所组成 .据以上并结合其他研究结果 ,认为随着“真核型”染色质的起源形成 ,核骨架在真核细胞起源进化的极早时期也已起源 ,且此两者的共同起源应是原核进化成真核的重要前提条件 ;核纤层蛋白 (基因 )家族的进化应是最先起源形成B型(基因 ) ,在此基础上再分化出A型 (基因 ) .     

植物转座子

在简要介绍转座子的种类、结构和特性的基础上,综述了利用转座子诱变、基因标签和克隆方面的研究进展。     

转座子与转座子相关的非编码小RNA

转座子是一种在真核生物基因组中大量存在的可移动DNA序列。非编码小RNA具有广泛的生物学功能,能够在不同层面影响基因的表达。在许多真核生物基因组中,转座子是非编码小RNA的重要来源。最近的一些研究发现,转座子和其衍生非编码小RNA在基因调控中发挥着重要作用,但是国内相关的综述却较少。所以该文从转座子与其衍生的非编码小RNA的关系,这些小RNA在基因组和生物进化中扮演的角色两方面,对现阶段关于转座子和非编码小RNA的相关研究成果进行综述。     

真核生物转录的发现

转录过程是遗传信息传递过程中一个非常重要的阶段,是生命研究中一个重要方面.该文阐述真核转录的研究进程,重点介绍卢德(Roeder RG)在此过程中发挥的重要作用,以熟悉这位科学家的贡献和真核转录发现的历史过程.     

真核生物多肽链的延伸

真核生物多肽链的延伸于长春（四平师范学院生物系,吉林四平１３６０００）关键词　肽链延伸,延伸因子在大多数真核生物中,翻译时肽链的延伸需两种延伸因子（ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃｅｌｏｎｇａｔｉｏｎｆａｃｔｏｒ,ｅＥＦ）,即ｅＥＦ－１和ｅＥＦ－２。ｅＥＦ－１是...     

真核生物DNA的进化

真核生物ＤＮＡ的进化刘振山（河北省张家口市教委科学研究室０７５０３１）生物在进化过程中的演变都是由ＤＮＡ的自发改变开始的,当生物从简单形式进化到较复杂的形式后,基因组无论是在遗传物质ＤＮＡ的含量上,还是在基因的数目上都有所扩大,遗传物质的这种量和质的...     

真核生物的信号传导

真核生物的信号传导王钧（中国科学院上海植物生理研究所上海２０００３２）１导官生物的生长发育,对环境的适应都涉及外源（光、温度、气味、盐、各种营养物、毒素、病原激发子、重力、触摸等）和内源（激素、神经递质、细胞因子等等）信号对体内特定部位细胞作用,引起...     

真核生物起源研究进展

作为重大进化谜题,真核生物起源的研究对于解码真核基因组、阐释真核细胞内部结构之间的关系有重要启示作用。在1977年美国微生物学家Carl Woese发现古细菌并提出三域生命之树之后,大量研究显示古细菌与真核生物在进化上存在着密切联系。21世纪以来,系统发育分析方法不断改进,泉古菌门(Crenarchaeota)、广古菌门(Euryarchaeota)之外与真核生物更加相似的新古细菌门类也相继被发现,这些证据更加支持将真核生物与古细菌合并为一域,形成二域生命之树。目前,通过宏基因组技术发现的Asgard古细菌是与真核生物进化距离最近的原核生物。然而,真核生物祖先的身份以及线粒体起源的时间等核心问题仍是学术界争论的焦点。本文结合近年来国内外研究成果,从生命之树的形态变化与真核生物演变的具体机制两个角度梳理了目前对真核生物起源的认知过程、现有水平和研究前景,以期为揭示真核生物起源进程的后续研究提供参考与指引。     

原核生物与真核生物

由于科学技术的不断发展,人们对事物的认识也在不断深化,并有了新的认识。对生物学来说也是这样。就拿整个生物界的分类来说,也有人提出了新的分类。他们根据实验资料,发现动物和植物的生化、代谢过程,遗传和细胞内结构等方面都是极其相似的,而这些高等生物的特征跟细菌、蓝绿藻等低等生物相比     

真核生物DNA甲基化的演化

以色列科学家制造出一种能够预测陌生气味是否愉悦的电子系统，在该研究中，科学家证明了对气味愉悦性的知觉与气味分子结构之间具有内在的刚性联系。     

肌动蛋白与真核生物的进化

以肌动蛋白氨基酸取代与真核生物进化年代呈线性关系为依据，收集原生生物界，真菌界，植物界和动物界等四界７４种生物的１２８个肌动蛋白序列，通过对其氨基酸序列同源性进行比较，制作出肌动蛋白的分子进化树，并依此进化树从分子水平对真核生物的进化进行一些探讨，从总体上看，肌动蛋白分子进化树较地地反映了真核生物间的进化关系，为确定某些生物的进化位置及进化关系提供了分子证据。     

真核生物DNA甲基化的演化

DNA甲基化是最早发现的修饰途径之一,它能引起DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而控制基因表达。科学家通过一种可披露DNA甲基化模式的测序技术,分析了5种植物、5种真菌和7种动物基因组中DNA甲基化的情况,结果显示,与通过有性繁殖的陆地植物及动物（它们的DNA广泛存在甲基化）不同,可无性生殖的单细胞动物和真菌很少或没有DNA甲基化。