circRNAs在成骨细胞分化中的调控作用

环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)是一类新型内源性非编码RNAs,在调节生长发育、疾病发展等方面具有重要的生物学功能。新近研究证实,circRNAs参与调控牙周膜干细胞和骨髓干细胞等的成骨细胞分化。该文就当前circRNAs在成骨细胞分化中的最新研究进展作一综述,以帮助开发骨科疾病新疗法。     

CircR2Disease v2.0: An Updated Web Server for Experimentally Validated circ RNA–disease Associations and Its Application

With accumulating dysregulated circular RNAs(circRNAs) in pathological processes,the regulatory functions of circRNAs, especially circRNAs as microRNA(miRNA) sponges and their interactions with RNA-binding proteins(RBPs), have been widely validated. However, the collected information on experimentally validated circRNA–disease associations is only preliminary.Therefore, an updated CircR2Disease database providing a comprehensive resource and web tool to clarify the relationships between circRNAs...     

Circ_0001666通过靶向miR-330-5p/HMGA2轴促进非小细胞肺癌细胞的增殖并抑制凋亡

许多研究表明环状RNA(circular RNAs,circRNAs)在肿瘤的整个生物过程中发挥着关键的调控作用.本研究旨在探讨circ_0001666在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)细胞中的生物学功能及其分子机制,以期为NSCLC的早期诊断和治疗提供新的靶点.在公共基...     

Hsa＿Circ＿0000826 inhibits the proliferation of colorectal cancer by targeting AUF1

Many circular RNAs(circRNAs) are reported to be abnormally expressed during the progression of various tumors, and these circRNAs can be used as anti-tumor targets. Therefore, it is important to identify circRNAs that can be used effectively for the clinical diagnosis and treatment of colorectal cancer(CRC).Here, we report that hsa＿Circ＿0000826(Circ＿0000826), a circ RNA with significantly reduced expression level in CRC tissues, is associated with a poor prognosis in patients. The silencing of C...     

环状RNA及其在生态毒理学研究中的应用进展

环状RNA（circular RNAs,circRNAs）是一类共价闭合环状非编码RNA,具有进化上保守、结构上稳定、组织特异性表达等特点。CircRNAs可作为miRNAs海绵影响其对基因的调控,还可与RNA结合蛋白（RNA binding proteins,RBPs）相互作用,也有研究表明某些circRNAs还具有被翻译成蛋白质的潜能。CircRNAs已被证实对某些疾病具有特异性、稳定性和调节功能,如癌症、糖尿病、心血管疾病、神经退行性疾病等,其可作为潜在的诊断、预后生物标志物和治疗靶点。最近,有研究发现circRNAs参与了环境化学污染物诱导的毒性效应发生及发展的过程。目前,生态毒理学研究中评价环境化学污染物和毒效应之间关系的毒性终点通常会受遗传多态性和表观遗传学影响,考虑到经环境化学污染物暴露后生物体内circRNAs差异性表达的现象,或许在生态毒理学研究中circRNAs也有作为生物标志物的可能性。基于此,对circRNAs的生物合成与降解、生物学功能、分析方法及其目前在生态毒理学研究中的应用展开综述,并对其作为分子生物标志物在环境污染物暴露早期诊断和生态风险评价中的应用进行了展望,以期为生态毒理学研究和环境风险评价提供参考。     

环状RNA作为潜在治疗靶点在子宫内膜异位症中的调控机制

环状RNA (circular RNAs, circRNAs)属结构稳定的非编码RNA,具有miRNA海绵、与蛋白质互作等生物学功能。近年,子宫内膜异位症(endometriosis, EMs;简称内异症)中的circRNAs逐渐得到广泛研究。诸多学者通过多种生物信息学方法预测分析出EMs中差异表达的circRNAs、miRNAs及相关信号通路,并对已知的差异表达的circRNA进行敲除或过表达来探究其在上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT)、雌激素介导细胞侵袭、细胞自噬与凋亡、缺氧等生物学过程中的具体调控作用。该文以差异表达的circRNAs为起点,从ceRNA轴出发,在circRNA-miRNA-mRNA网络中对参与EMs发病的相关信号通路进行全面综述,强调了circRNAs作为子宫内膜异位症潜在治疗靶点的作用,以期为内异症临床治疗提供新思路。     

非编码RNAs在心肌细胞增殖与心脏再生中的作用

心肌梗死以高发病率、高致死率的特点严重影响人类健康,并造成了极大的社会经济负担。促进心肌细胞增殖与再生是修复缺血导致的心脏损伤的关键。越来越多的研究表明,非编码RNAs参与调控心肌细胞的增殖与再生。该文总结了小RNAs(microRNAs,miRNAs)、长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)以及环状RNAs(circular RNAs,circRNAs)参与调控心肌细胞增殖与再生、修复损伤心脏及其相关的分子机制。此外,该文还展望了非编码RNAs促进心肌细胞增殖的潜在治疗作用以及心脏损伤后应用RNA治疗进行再生修复的前景。     

DEBKS: A Tool to Detect Differentially Expressed Circular RNAs

Circular RNAs(circRNAs) are involved in various biological processes and disease pathogenesis. However, only a small number of functional circRNAs have been identified among hundreds of thousands of circ RNA species, partly because most current methods are based on circular junction counts and overlook the fact that a circ RNA is formed from the host gene by backsplicing(BS). To distinguish the expression difference originating from BS or the host gene, we present differentially expressed back-s...     

内源小RNAs在植物病原体抗性反应中的作用

内源小RNAs是动植物基因表达的重要调节分子,它们可以通过指导mRNA的降解、抑制翻译或染色体修饰等机制,在转录水平或转录后水平或两个水平沉默基因.内源小RNAs在植物生长发育和生物和非生物胁迫适应反应中具有重要作用,其中3种内源性的小RNAs参与了植物基本免疫反应和对病原体的特异性免疫反应.内源小RNAs的发现为植物抗菌和抗病研究开辟了新思路,就这几种内源性的小RNAs的产生和它们在植物抗病原体反应中的作用做一概述.     

小鼠正常黑素细胞和小鼠B16黑素瘤细胞的环状RNAs表达谱

黑素瘤是一种多发于皮肤的恶性肿瘤,因其侵袭性强,预后差等特点一直是科研人员关注的热点。环状RNAs(circRNAs)是一种新型内源性非编码RNA,广泛参与动物生长发育、细胞分化和信号转导等生理过程,但circRNAs在黑素瘤细胞内的分子机制尚未被充分解析。本研究以小鼠(C57BL/6J)正常黑素细胞及B16黑素瘤细胞为研究对象,采用二代测序技术分析两种细胞间circRNAs表达特性。测序结果显示,小鼠正常黑素细胞和黑素瘤细胞中共有851个circRNAs,其中195个差异表达circRNAs(DECs)。GO及KEGG数据库注释发现,DECs的来源基因主要参与细胞周期(cell cycle)、紧密结合(tight junction)、Rap1信号通路(Rap1 signaling pathway)、TGF-beta信号通路(TGF-beta signaling pathway)等与细胞增殖、迁移相关的信号通路;探究发现,黑素瘤细胞中显著性高表达的circE2F5(circ-3:14578602|14606309)通过上调E2F5的表达促进黑素瘤细胞增殖。circRNA靶基因预测发现,...     

MicroRNAs研究方法与技术

MicroRNAs简称miRNAs(微小RNAs),是真核生物、原核生物以及病毒中由非编码蛋白基因转录的初级microRNAs加工成的调控因子.在转录后水平和蛋白质翻译水平,microRNAs通过降解或翻译抑制甚至激活来调控靶mRNA.实验和计算机方法已应用于microRNAs和靶基因的鉴定.大规模测序技术使得microRNAs在不同物种的多样性分析得以实现.着重介绍microRNAs、靶基因及其功能研究的实验技术和计算机方法,以及基于microRNAs的保守性,借助模式生物中已知的microRNAs,研究其在其他生物中的功能和作用.     

环状RNA与人类疾病

环状RNA(circular RNAs, circRNAs)是一类广泛存在于各种生物细胞中具有调控基因表达功能的非编码RNA,具有结构稳定和组织特异性表达等特征. 有些circRNA分子富含微小RNA结合位点,可通过充当竞争性内源RNA的角色来发挥作用,如CDR1as对miR-7的海绵作用与肺癌、乳腺癌、胶质瘤及肌萎缩性脊髓侧索硬化等疾病发生相关. cANRIL可通过影响多梳家族参与动脉粥样硬化的发生. 大量circRNA的发现及其结构和功能的阐明不仅可以使我们更加深入地了解疾病的发生机制,而且为相关疾病的预防、诊断和治疗提供了新的方向.     

microRNAs功能相似性计算方法研究进展

microRNAs(mi RNAs)是一类非编码小RNA分子,在生命过程中发挥着广泛而又重要的调控功能。迄今只有极少数mi RNAs具有明确功能,通过计算mi RNAs功能相似性推测mi RNAs调控功能已成为mi RNAs研究中的一个热点,在mi RNAs功能识别研究中发挥着重要作用。本文综述了计算mi RNAs功能相似性方法的研究进展,总结了各种主流计算方法的算法思想和优缺点,探讨了该领域的进一步发展方向。     

植物小RNAs的研究进展

小RNAs(长度小于40 nt)是nc-RNAs重要的一部分,现在植物中已发现了多种小RNAs,如小干扰RNAs(siRNAs)、微小RNAs(miRNAs)、反式作用的小干扰RNAs、天然反义转录小干扰RNAs、异染色质小干扰RNAs、长小片段小干扰RNAs、天然反义转录的微小RNAs及其一些未命名的小RNAs.成熟的小RNAs聚集相关的蛋白质因子,可以抑制转录,导致转录水平的基因沉默(TGS);或介导目标mRNA的剪切,抑制翻译,导致转录后水平基因沉默(PTGS).就这些植物小RNAs产生及其作用的研究进展作一概述     

环RNA研究概况

在1976年就已经发现RNA可以具有环形形式。但是长期以来对环形RNA(circRNAs)主要是作为一些特例加以研究。随着高通量RNA测序技术以及生物信息学的发展,近几年的研究发现circRNAs在真核生物中普遍存在,并且具有一定的保守性和细胞特异性。越来越多的证据指明circRNAs不是剪切噪音,而是具有一定生物学功能,可能与一系列调控甚至疾病的发生和发展相关。     

circRNAs在植物中的研究进展

circular RNA(circRNA)是一类具有闭合环状结构的内源性非编码RNA,广泛存在于多种真核生物中,具有结构稳定、序列保守、表达特异性等特征。研究表明circRNAs可作为海绵(sponge)吸附microRNA(miRNA)并参与其表达调控过程,也可通过与蛋白互作调控基因表达等生物过程;发现circRNAs不仅参与植物激素信号转导等生理过程,而且还能在植物响应逆境胁迫中起到重要作用。该文主要对近年来国内外有关circRNAs的类型、形成机制、功能及其在植物生长发育过程中的研究进展进行了综述,并讨论了circRNAs的研究意义及存在的问题,为进一步研究circRNAs在植物中的作用机制及其基因调控网络提供参考。     

长链非编码RNA与脑衰老的研究进展

长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lnc RNAs)参与调控诸多生命过程,与大脑发育、脑衰老以及脑衰老相关疾病的发生与发展密切相关。因此,发现lnc RNAs,预测并研究lnc RNAs的特征、结构、功能和作用机制,有助于我们更加系统、深入地了解lnc RNAs参与调控生命发育、衰老和疾病发生发展等过程的功能机理,促进lnc RNAs的相关成果向临床治疗转化。现就lnc RNAs和脑衰老相关lnc RNAs的研究现状和研究思路进行综述。     

长链非编码RNAs(LncRNAs)在人类乳腺癌中的研究现状

长链非编码RNA(long non-coding RNAs,Lnc RNAs)的发现改变了我们对转录和转录后调控的认识。随着高通量测序等新技术的发展,Lnc RNAs已成为癌症研究的焦点,Lnc RNAs的生物学功能逐渐得到了解,多项研究表明,Lnc RNAs可直接或间接地调节基因表达以及细胞生物学功能。Lnc RNAs的组织特异性表达特征可用于区分正常组织与乳腺癌组织以及肿瘤发展的不同阶段,提示Lnc RNAs有望为乳腺癌的早期诊断、疗效预测以及治疗提供新的分子靶标。因此,该文就Lnc RNAs的功能以及在乳腺癌中的研究现状进行综述。