思茅松毛虫四龄幼虫肠道好氧细菌的ARDRA分析及鉴定

从思茅松毛虫Dendrolimu kikuchii Matsumura4龄幼虫肠道环境中分离、纯化、培养,获得11株好氧细菌菌株。以细菌基因组DNA为模板,用细菌通用引物(27f、1492r)对模板进行PCR扩增,并用4种限制性内切酶HaeⅢ、HindⅢ、HinfⅠ、TaqⅠ对PCR产物进行ARDRA(amplified rDNA restriction analysis)多态性分析,在84%的相似水平上可分成6大类群,多样性丰富。对6大类群的代表菌株进行16SrDNA序列测定,分析表明:分离到的11株好氧细菌中4N05、4N08和4N11归属克雷伯氏杆菌属(Klebsiellasp.),4N02归属Lysinibacillus属;4N03和4N09确定到种,分别是γ-变形杆菌(Gamma proteobacterium)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis strain);4N04、4N06、4N07和4N01、4N10也可以确定到种,其中前3株是短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevisstrain),后2株是沼泽短芽孢杆菌(Brevibacillus limnophilusstrain),并且这5株菌都归属短芽孢杆菌属(Brevibacillus sp.)。通过研究,既可以为松毛虫的生物防治提供微生态理论依据,又丰富了微生物资源库。     

刺槐掌舟蛾的生物学特性及防治

刺槐掌舟蛾是为害刺槐的重要食叶害虫。在山东荣成市１年发生１代,以蛹在土中越冬。每年６～９月为害,各虫态极不整齐。本文记述了该虫的生活年史、发育历期、生活习性、发生与环境的关系及天敌情况,提出了防治建议。     

一株产纤维素酶细菌的筛选、鉴定及产酶条件优化

目的：筛选1株产纤维素酶的细菌。方法：通过对从腐烂朽木及其附近土壤中得到的样品进行富集培养、分离纯化得到16株纤维素分解菌,经刚果红染色鉴定和液体发酵培养后对其进行了菌种初步鉴定及产酶条件的初步优化。结果：获得1株纤维素酶分泌量较高的细菌LT3。结论：LT3为革兰氏阳性菌,菌体成杆状,经发酵优化培养后,较适产酶条件为甘蔗渣20g/L,pH7.0、30℃培养120h,CMC酶活为71.17U/mL,滤纸酶活为33.37U/mL。通过克隆其16S rDNA序列,对其进行系统进化分析,鉴定为蜡状芽孢杆菌。     

16S rDNA-RFLP分析六氯苯好氧降解菌群的结构及其多样性

从某化工厂排水沟底泥中取样,经2个月的富集驯化得到六氯苯好氧降解菌群。通过测定该微生物菌群在降解六氯苯过程中累积耗氧量、微生物生长曲线及Cl-浓度的变化,证明在好氧条件下该微生物菌群能够以六氯苯为唯一碳源和能源生长。当培养温度为30℃,pH为7.0时,该菌群能在18d内将无机盐培养基中浓度为4.5mg/L的六氯苯降解55%以上,降解速率达到137.5μg/(L.d)。对降解菌群提取总DNA,选择性扩增细菌16S rDNA片段,建立克隆文库。通过限制性内切酶(限制性内切酶HaeⅢ和RsaⅠ)分析,得到9种不同的谱型,其中3种谱型是主要谱型。对主要谱型的克隆子测序,结果表明,它们分别与Alcaligenes和Azospirillum菌属相似性最高。该菌群在去除环境中难降解的有机氯污染物方面具有应用前景。     

珠江口沉积物好氧反硝化细菌的筛选及鉴定

研究首次于珠江口沉积物中分离出多株好氧反硝化细菌,从中筛选出一株反硝化性能最强的菌株A14-1。综合其生理生化及分子生物学鉴定的结果确定此菌株为红球菌属Rhodococcus aetherivorar。此菌株可在48 h内将培养基中的硝酸盐含量从157.91mg·L^-1降低至32.07mg·L^-1,反硝化效率高达26.20 mg·L^-1·h^-1,且不会产生亚硝酸盐的明显积累。以细菌总基因组DNA为模板成功扩增出亚硝酸还原酶基因nirS,说明亚硝酸还原酶可能参与了此菌株的好氧反硝化过程,将亚硝酸盐进一步还原,从而不会造成水体亚硝酸盐的积累。菌株A14-1在珠江口多个站点均有分布,环境适应能力强,且不会对环境造成危害,因此有望应用于污水的生物脱氮处理中。     

中华通草蛉越冬成虫肠道可培养好氧细菌多样性分析

本研究以昆虫微生态学原理为指导探究中华通草蛉Chrysoperla sinica(Tjeder)的肠道菌群构成,为中华通草蛉的营养生理研究及人工繁殖利用提供理论依据和技术基础。采用无菌解剖及纯培养分离检测技术,从雌、雄成虫肠道环境中分离、纯化、培养,获得10个细菌菌株,对菌体形态、染色反应、培养形状、生理生化反应进行系统研究。结果表明,上述10个菌株分别属于摩根氏菌属(Morganella)、短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)、地杆菌属(Terrabacter)、爱德华氏菌属(Edwardsiella)、色杆菌属(Chromobacterium)、热黄杆菌(Flavobacterium thoupophilum)、放线杆菌属(Actinobacillus)、棍状杆菌属(Clavibacter)、邻单胞菌属(Plesiomonas)、预研菌属(Yokenella);越冬期雌、雄成虫肠道细菌的种类和数量存在较大差异,可能与雌、雄成虫不同的营养和生理需求有关,两者关系还需进一步研究。     

家蚕肠道产蛋白酶细菌的分离筛选与分子鉴定

目的肠道细菌对家蚕具有重要的生理作用,探明家蚕肠道产蛋白酶细菌菌群对家蚕肠道细菌的高效开发与利用具有十分重要的意义。方法从菁松×皓月品种4龄家蚕肠液中分离与纯化肠道细菌,获得一株产高活力蛋白酶细菌,对该菌菌落进行形态学鉴定及菌体的显微镜检并结合16S rDNA方法进行了鉴定。结果该菌为革兰阴性杆菌,属于嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophom onas maltophilia)。结论该产蛋白酶细菌产酶能力较高,可进一步开发研究并用作微生态制剂。     

黄脊竹蝗种群肠道微生物的多样性分析

昆虫肠道微生物是昆虫与自然环境互作的直接反应者。为探究不同地区黄脊竹蝗Ceracris kiangsu Tsai肠道微生物多样性和性别及环境因子的关系,本研究利用Illumina NovaSeq测序平台对新入侵地区和国内常发地区的黄脊竹蝗肠道微生物进行16S rDNA基因测序和分析。结果表明,地理位置和性别对黄脊竹蝗肠道菌群均存在影响,其中地理位置影响最为显著,其次为性别因素。通过Beta多样性分析发现采自湖南省邵阳市新宁县和云南省普洱市江城县的黄脊竹蝗肠道微生物差异性最大,3个地区不同性别样品的肠道菌群只有属水平组成和丰富具有显著差异。其中,湖南省益阳市桃江县的雌、雄样品优势菌属分别为乳球菌属Lactococcus（9.0%）和肠杆菌属Enterobacter（5.9%）,云南省普洱市江城县的雌、雄样品优势菌属均为肠杆菌属（27.9%、27.0%）,湖南省邵阳市新宁县的雌、雄样品优势菌属分别为肠杆菌属（29.9%）和乳球菌（12.0%）。所选取的8个环境因素中蒸发量、相对湿度和平均气压可能会影响黄脊竹蝗的肠道菌群多样性。研究结果从共生微生物和环境因子角度解析了黄脊竹蝗的环境适应性,为研制地理溯源技术和开发微生物制剂提供了科学依据。     

产有机酸采油菌的筛选及产酸情况的分析

目的:从大庆油田原油样品中筛选出2株产有机酸量较高的菌株,并对其产物进行分析.方法:根据形态特征、生理生化性质和16S rDNA序列分析对菌株进行鉴定,并运用GC/MS法对发酵液进行分析.结果:经鉴定这两株为枯草芽孢杆菌,菌株T10 -3的发酵液中含有乙酸11.407％,异丁酸9.375％,丁二醇79.217％;菌株DH -2 -l发酵液的中含有异丁酸41.56％,丁二醇46.619％,异戊酸4.138％,异庚酸10.680％.结论:这两株细菌在微生物采油方面均有良好的应用前景.     

好氧反硝化聚磷菌的筛选及菌群构建优化

【背景】近年来,随着海水养殖规模的扩大,养殖产品产生的排泄物与残留的饲料大量积累,导致养殖水域的氮磷元素含量上升,水体富营养化加剧并对环境造成危害。【目的】从红树林人工湿地中筛选出好氧反硝化聚磷菌株并研究各菌株的最佳除氮除磷效率,随后通过响应面法构建菌群,进一步强化菌株去除污染物的能力。【方法】将前期筛选出的5株耐盐异养硝化-好氧反硝化菌通过异染颗粒染色和聚-β-羟基丁酸(poly-β-hydroxybutyricacid,PHB)染色进行好氧反硝化聚磷菌的筛选,通过单因素试验明确各菌株的最佳除氮除磷条件,并利用Design-Expert软件和Box-Benhnken响应面法进行配比试验。【结果】经过筛选获得3株耐盐好氧反硝化聚磷菌,分别为肺无色杆菌(Achromobacter pulmonis) strain E43、氧化木糖无色杆菌(Achromobacterxylosoxidans)strainJ1和食油假单胞菌(Pseudomonasoleovorans)strain F2,发现菌株E43具有聚磷功能,确定了耐盐好氧反硝化聚磷菌群的最优降解投加比例为E43:J1:F2=1:1:...     

基于16S rDNA基因序列的泽兰实蝇幼虫肠道细菌多样性分析

【目的】探究泽兰实蝇 Procecidochares utilis 幼虫肠道细菌的多样性。【方法】利用Illumina HiSeq技术对泽兰实蝇幼虫肠道细菌的16S rDNA-V6变异区序列进行测序,应用USEARCH和QIIME等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（operational taxonomic unit, OTU）数量,分析物种的丰度和Alpha多样性。【结果】共获得1 593 506 对reads,拼接为1 579 372条tags,经过滤后得到的1 572 860条tags聚类为1 341个OTU。总共注释到13个门,4个纲,6个目,7个科,10个属和4个种。其中变形菌门(Proteobacteria)的细菌为优势菌,占99%;在属分类阶元上,沃尔巴克氏体属 Wolbachia 占45%,是优势属。【结论】泽兰实蝇幼虫肠道细菌多样性丰富。相关的种类和丰度信息为后期研究揭示肠道细菌介导泽兰实蝇寄主植物专化性奠定了基础。     

16S-ARDRA, a tool for identification of lactic acid bacteria isolated from grape must and wine

Lactic acid bacteria (LAB) are found in a great variety of habitats, including grape must and wines. There is a close relationship between the species of LAB which develop during fermentation and the eventual quality of the wine. For these reasons analytical techniques allowing fast and reliable identification of wine LAB are needed. In this work a simple and accurate protocol for identifying species of LAB isolated from grape must and wine is presented. This protocol is based on the amplification, directly from colony, of 16S rDNA and later digestion with one of the following restriction enzymes BfaI, MseI and AluI. A sequential use of the three enzymes is proposed to simplify LAB wine identification, first MseI, then BfaI and finally, if necessary, AluI digestion. The technique was able to discriminate 32 of the 36 LAB reference species tested and allowed the identification of 342 isolates from musts and wines. The isolates belonged to the species: Lactobacillus brevis, L. collinoides, L. coryniformis, L. bilgardii, L. mali, L. paracasei, Leuconostoc mesenteroides, Oenococcus oeni, Pediococcus parvulus and P. pentosaceus.     

春兰根中可分泌吲哚乙酸的内生细菌多样性

植物内生细菌可通过分泌吲哚乙酸(Indole-3-aceticacid,IAA)等方式促进植物生长。本研究以温室盆栽春兰(Cymbidium goeringii)为材料,采用分离培养方法对春兰根中可分泌IAA的内生细菌多样性进行了研究。从春兰根组织中共分离纯化得到了256株内生细菌,其中57株具有分泌IAA的能力,占总菌数的22.3%。根据ARDRA(amplified ribosomal DNA restriction analysis)及16SrDNA系统发育分析结果,将57株内生细菌划分为25个组,分属于6大类群,分别为变形菌门的α-变形菌纲(35.1%)、γ-变形菌纲(14.0%)和β-变形菌纲(8.8%)、厚壁菌门(33.3%)、放线菌门(7.0%)及拟杆菌门(1.8%)。其中变形菌门的α-变形菌纲和厚壁菌门为优势类群,类芽孢杆菌属(Paenibacillus)为优势菌属,且为高产IAA的主体菌属。另外,测序结果显示有4个菌株的序列与已知细菌的最高序列相似性低于97.0%,可能为潜在的新种或新属。研究结果表明春兰根中分泌IAA的内生细菌具有丰富的多样性。这一结果可为研究和开发植物促生细菌提供基础资料...     

半褶织纹螺(Nassarius semiplicatus)及其生活环境中分离培养的细菌毒性测试与种类分析

在中国沿海地区,因食用织纹螺导致的中毒事件时有发生.最近的研究表明,河豚毒素及其衍生物是织纹螺中主要的致毒成分.但是,对于织纹螺中河豚毒素的来源还不清楚.[目的]本研究尝试分离、培养和鉴定织纹螺及其生活环境中的细菌,并对其毒性进行分析,为探明织纹螺中河豚毒素的可能来源提供科学依据.[方法]先后于2006年6月13日和19日在江苏省盐城采集织纹螺样品,应用小鼠生物法对织纹螺样品的毒性进行了测试;从织纹螺体内及其生活环境中分离细菌,并选择部分菌株进行了室内培养;以直接竞争酶联免疫分析方法(ELISA)对培养菌株中的河豚毒素进行了检测;通过对细菌16S核糖体DNA(rDNA)部分序列的测定,对有毒菌株进行了初步的种灯分析.[结果]实验结果表明,采集的织纹螺为半褶织纹螺,两次采集样品的毒性分别为247 MU(mouse unit,小鼠单位)和270MU/100g组织(湿重).对14个菌株进行了毒性检测,其中有毒细菌9株.产毒菌株的毒性普遍较低,毒性范围为15～96 ng/g.有毒菌株核糖体序列与弧菌(Vibrio)、希瓦氏菌(Shewanella)、动性球菌(Planococcus)、海单胞菌(Marinomonas)、发光杆菌(Photobacterium)等菌属有较高的相似性,可能具有较近的亲缘关系.[结论]研究发现半褶织纹螺体内及其生活环境中存在能够产生河豚毒素的细菌,说明织纹螺中的河豚毒素可能与其体内及其生活环境中的细菌有关,有必要进行深入研究.     

健康人肠道中溶血菌的调查与分子鉴定

目的 调查无临床症状健康人肠道内有无溶血菌的存在,并利用分子方法对溶血菌进行鉴定。方法 通过血平板分离培养,对17例无临床症状个体肠道内溶血菌的存在情况做了3周的动态调查,对分离到的溶血菌的16SrDNA进行ARDRA（Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis）酶切分型,将溶血菌分为不同类型,最后利用ERIC—PCR指纹图谱技术对不同类型的溶血菌进行菌株水平的鉴定。结果17例个体中发现5例个体能检测到溶血菌,其中4例个体（A～D）只有1次样品检测到溶血菌,而个体E在3周的5次采样中均能检测到溶血菌。根据ARDRA酶切图谱将溶血菌分为2种类型,Ⅰ型16SrDNA全长测序后与蜡状芽胞杆菌（Bacillus cereus ATCC 10987）序列同源性达99％,Ⅱ型与大肠埃希菌菌（Escherichia coli CFT 073）的16SrDNA序列同源性达99％。结论 在健康个体肠道内也有溶血菌的存在,且溶血菌的存在可能与机体的疲劳程度和饮食情况有关。     

稻纵卷叶螟肠道细菌群落结构与多样性分析

【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis(Guenée)幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QIIME软件整理和统计样品序列数和操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析4龄幼虫肠道细菌的物种组成、丰度和多样性。【结果】稻纵卷叶螟4个数量不同的4龄幼虫样本(1,2,3和5头)共得165 386条reads,在97%相似度下可将其聚类为604个OTUs。总共注释到22个门,43个纲,82个目,142个科,204个属,244个种。其中在门水平上,主要优势菌为变形菌门(Proteobacteria)(相对丰度26%~34%)和放线菌门(Actinobacteria)(23%~32%);在纲水平上,主要优势菌为放线菌纲(Actinobacteria)(相对丰度23%~32%)、酸杆菌纲(Acidobacteria)(9%~11%)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)(10%~13%)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)(6%~8%)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)(6%~12%);在科水平上,共有优势菌为类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、黄单胞菌科(Xanthomonadaceae)、鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)和芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae)等。在属水平上,4个样本前5位优势属中,类诺卡氏属Nocardioides和鞘脂单胞菌Sphingomonas为共有优势属。稻纵卷叶螟肠道细菌Simpson指数、Shannon指数、Ace指数和Chao指数分别为0.16~0.65,0.94~3.22,212~488和210~490。【结论】稻纵卷叶螟幼虫肠道细菌多样性比较丰富,个体间微生物群落结构和多样性有差异。不同数量样本数据与总体数据有助于综合反映稻纵卷叶螟种群肠道微生物状况。本研究结果为进一步研究稻纵卷叶螟肠道微生物的功能及其在防治中的应用奠定了基础。     

Cellulose-degrading potentials and phylogenetic classification of carboxymethyl-cellulose decomposing bacteria isolated from soil

In a previous study, culturable carboxymethyl-cellulose (CMC) decomposing soil bacteria isolated from different sampling positions across an agricultural encatchment have been classified into 31 pattern groups by digestion of amplified 16S rDNA using a single restriction enzyme (Ulrich and Wirth: Microb. Ecol. 37, 238-247, 1999). In order to reveal relationships between phylogenetic diversity and phenotypic functions, a further differentiation of two selected site-specific pattern groups (I and H) was performed, resulting in a sub-classification of four and three ARDRA groups, respectively. Based on sequencing a representative isolate of each ARDRA group, the isolates were assigned to the genus Streptomyces. The ARDRA groups were dispersed across various clades of the genus with a direct affiliation to species known for cellulolytic activity in one group, only. The isolates differed in potentials to degrade colloidal, native or highly crystalline cellulose derivatives. Out of 39 isolates, 11 were capable of degrading all substrates, 17 were restricted to degrade CMC only, and 11 were active decomposers of exclusively both CMC and colloidal cellulose. In most cases, the genetic classification of the isolates corresponded with groupings based on cellulose degrading capabilities. Thus, isolates of four ARDRA groups were restricted to the degradation of CMC, while two further isolates which efficiently degraded all cellulose derivatives formed two separate ARDRA groups. The major ARDRA group, however; displayed a high variability of degradation capabilities. The study of additional phenotypic features revealed a broad potential to decompose a set of various carbon substrates, which matched the phylogenetic classification in several cases.     

养虾池好氧反硝化细菌新菌株的分离鉴定及特征

利用间歇曝气选择性富集并对所获菌株的好氧反硝化活性进行检测。筛选到一株亚硝酸盐去除活性较高的好氧反硝化细菌。在溶解氧（D0）为3.80-5．21mg／L的培养条件下。该菌株10h内将亚硝态氮由26．18mg／L降至0;在盐度为0—25之间20h内均可达到同样的去除效果。通过形态学特征、生理生化反应及部分长度16SrDNA序列分析对筛选菌株进行鉴定,初步判定它为嗜麦芽寡养单胞菌Stertotrophomonas maltophilia。亚硝酸盐还原酶基因分析结果表明。该菌株只含亚硝酸盐还原酶nitS基因,其序列与Alcaligenes faecalis A15（后来被重新鉴定为Pseudomonas stutzeri）的nirS基因序列相似。