16S rRNA基因和COI基因序列分析在石斑鱼物种鉴定中的应用

对台湾海峡常见的8种石斑鱼进行了16S rRNA基因和COI基因的序列测定,并通过GenBank和BOLD两个数据库进行鱼种鉴定.序列分析表明,COI基因较16S rRNA基因有更大的分辨率;两个基因序列在GenBank中的搜索结果和COI基因序列在两个数据库的搜索结果大部分一致,但仍有部分差异.建议同时使用COI和16S rRNA两种保守基因,进行序列测定,然后在GenBank和BOLD SYSTEMS数据库进行搜索,选择一致的鉴定物种作为鉴定结果.     

利用mtDNA 16S rRNA 序列差异鉴定江西青岚湖的河蚌物种

对从青岚湖采集的10属14种河蚌的19个样本进行了16S rRNA的序列测定,并同CenBank中鄱阳湖流域相同物种河蚌的序列比较,分析了基于Kimura 2-parameter模型参数得到的遗传距离,并构建了它们的UPGMA树。结果显示,所有用于比较的河蚌种间遗传距离变化范围在0．0274—0．2290,平均为0．1325,种内遗传距离在0．0034—0．0068之间,平均为0．0045,种间遗传距离远大于种内距离。表明以16S rRNA作为遗传标记,可以在物种水平上对青岚湖的河蚌进行准确的鉴定。     

基于16S rRNA和Cyt b基因序列的鰶亚科系统发育研究

对鰶亚科4属5种鱼类的线粒体基因组16S rRNA和Cyt b基因片段序列进行序列比较和系统发育关系分析。结果显示:5种鰶亚科鱼类的16S rRNA和Cy tb基因片段同源序列长度分别为525 bp和402 bp,序列联合后的序列总长度为927 bp,其中多态位点178个,简约信息位点123个。选取太平洋鲱Clupea pallasii和大西洋鲱C.harengus为外类群,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)分别对2个基因片段序列进行了聚类分析,并联合2个基因片段利用邻接法、最大简约法和贝叶斯法进行分析。系统发育分析显示:斑鰶Konosirus punctatus与花鰶Clupanodon thriss亲缘关系最近,分布于美洲大陆的真鰶属Dorosoma鱼类与印度洋、太平洋分布的斑鰶属、花鰶属和海鰶属Nematalosa鱼类亲缘关系较远。     

中国原产石蒜属植物的数量分类和主成分分析

应用数量分类学方法对中国原产石蒜属13种2变种的35个性状进行Q、R聚类分析和主成分分析,探讨国产石蒜属植物种间的亲缘关系,并对分类性状进行评价。研究结果显示,Q型聚类可分为2个大类和8小类,安徽石蒜与长筒石蒜的亲缘关系很近,认为将其作为长筒石蒜的变种更为合适,同时支持玫瑰石蒜、红蓝石蒜、乳白石蒜、江苏石蒜、稻草石蒜的杂交起源观点。R型聚类可分为7个组;经主成分分析,35个性状可综合为5个主成分,其累积贡献率达82.55%,根据这5个主成分与性状间的相关性,选出影响比较大的16个性状,其中鳞茎形状、花被片宽和雄蕊长/花被片长的比值最为重要,可作为大类群划分的依据,而花被片是否具条纹、花丝颜色、花色、花葶粗、幼叶尖端及边缘颜色、种子有无等可作为物种划分的重要依据。     

基于主成分分析的音乐事件相关脑电变化研究

目的:对在不同音乐背景下获取的脑电数据进行主成分分析.方法:在受测者闭眼欣赏喜欢音乐,闭眼欣赏不喜欢音乐,安静闭眼期间获得脑电数据,并对其进行主成分分析,提取第一主成分,主成分荷载,得出在不同条件和不同事件下主成分的变化规律以及影响主成分变化脑电极的变化规律.数据处理和统计分析采用独立设计的脑电图分析工具箱和主成分分析程序.结果:脑电图数据经过主成分分析后,第一主成分贡献率变化就有比较明显的规律,在闭眼欣赏喜欢音乐时,第一主成分贡献率明显比欣赏不喜欢音乐和安静闭眼时高.在前头部,欣赏喜欢音乐时和欣赏不喜欢音乐时,影响第一主成分的脑电极分别在右前头部和左前头部脑电信号比较强.结论:在不同音乐背景下,大脑左右前头部会受不同音乐所影响,同时也会对人的感觉,情感,情绪等会产生重要的影响.     

中国地鼠线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及分子系统发育研究

目的通过克隆分析中国地鼠16S基因的部分序列,对中国地鼠16S基因的结构和功能进行初步探索和揭示。方法从GenBank中已报道的啮齿动物16S基因保守区设计一对引物,进行PCR扩增,测序。用Blastn与GenBank中七种啮齿类动物的16S基因进行序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法(NJ)、非加权组平均法(UPGMA)构建分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和其他啮齿类动物的进化关系,对中国地鼠的种属地位进行了进一步验证。结果获得了中国地鼠线粒体16S基因的部分序列,其碱基组成A、T、C、G分别为40.5%、24.5%、18.7%、16.3%,与其他七种啮齿类动物的碱基含量相比,各碱基含量基本相似。NJ进化树表明,中国地鼠、金黄地鼠与欧洲仓鼠先聚为一支,小鼠与大鼠先聚为一支,东方田鼠、台湾田鼠与东欧田鼠先聚为一支。结论中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与传统的分类地位基本吻合。     

用于昆虫分类鉴定的人工神经网络方法研究:主成分分析与数学建模

为探讨人工神经网络(ANN)在昆虫分类上的可行性,本文提出利用主成分分析和数学建模等方法相结合改进ANN,并以鳞翅目夜蛾科6种蛾类昆虫为样本进行了验证.首先利用Bugshape1.0特征提取软件获取6种蛾180个右前翅样本的13项数学形态特征数据,再运用主成分分析对蛾翅数学形态特征变量重新组合生成新的综合变量,然后结合主成分分析建立BP神经网络分类器.主成分分析结果表明,前5个主成分的累积贡献率为85.52%,已基本包含了全部特征变量具有的信息.在主成分分析的基础上,建立具有5个输入层节点,12个隐含层节点和1个输出层节点的三层BP神经网络分类器.每种蛾20个样本共120组特征数据对分类器进行训练和仿真,其余60组特征数据对分类器进行验证,仿真输出值与目标值的相关系数R=0.997,分类正确率达到了93.33%.较之未经过主成分分析而单独使用BP神经网络建立的分类器,基于主成分分析的BP神经网络分类器具有更优的性能和更准确的分类能力.研究结果表明本文提出的方法具有很好的分类和鉴别作用,为蛾种类的鉴别提供了一种可行的方法.     

基于18S rRNA和线粒体16S rRNA基因序列的柳蚕进化分析

为探讨柳蚕Actias selene Hübner与鳞翅目昆虫的系统发育关系,本研究利用PCR扩增获得了柳蚕核糖体18S rRNA和线粒体16S rRNA基因的部分序列,长度分别为391bp和428bp。并采用邻近距离法(NJ)、最大简约法(MP)、类平均聚类法(UPGMA)构建系统进化树。结果表明,柳蚕线粒体16SrRNA基因序列与大蚕蛾科昆虫的16SrRNA基因序列均表现出偏好于碱基AT的倾向。柳蚕与所研究的其它蚕类的遗传距离介于0.016至0.140之间,其中与温带柞蚕Antheraea roylii的遗传距离最小,与野桑蚕Bombyx mandarina的遗传距离最大。而基于鳞翅目昆虫18S rRNA基因部分序列的进化分析显示,柳蚕与柞蚕Antheraea pernyi之间的遗传距离最小(0.010),与蓖麻蚕Samia ricini的遗传距离最大(0.017)。     

主成分分析法用于西洋参样品分类研究

建立西洋参药材分类方法;采用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)法对12个西洋参样品中的15种无机元素的含量进行测定,用高效液相色谱(HPLC)法测定上述样品中的7种人参皂苷的含量,用蒽酮-硫酸法测定其中多糖的含量;进而采用主成分分析法(PCA)对所测得的西洋参样品的23个变量进行分类研究;12个西洋参样品能得到合理的分类,而各人参皂苷的含量是决定西洋参样品分类的第1关键因素,元素Mn、Cu、As、Ni、Mo以及多糖的含量是第2关键因素;主成分分析法是西洋参分析分类的有效方法。     

基于主成分分析的双对比光学投影断层成像

目的 本文提出了一种基于主成分分析（PCA）的双对比光学投影断层成像（DC-OPT）方法,以获得活体中血流网络和骨骼的三维可视化。方法 使用主成分分析方法来提取吸收图像和血流图像,原始图像序列的第一主成分用于获取吸收图像;通过计算每个像素的调制深度来获得流动图像。不同投影位置的流动和吸收对比图像被用于三维血流网络和骨骼的同步重建。结果 采用PCA和OPT相结合的方法,通过将动态血流信号和静态背景信号分离,实现了对微生物样本的血流网络和骨骼的三维成像。结论 本文研究的新颖之处在于通过同一光学系统获得了快速、同步、双对比的血流网络和骨骼三维图像。实验结果可用于活体生物的生理发育研究。     

秋海棠（Begonia grandis）的种内表型多样性

《中国植物志》和Flora of China关于秋海棠（Begonia grandis）的种内分类存在争议,根据两者的分类依据在实践中无法操作,显然该种的种内单元分类还存在问题。为了全面理解秋海棠的种内多样性,在此基础上对其种内单元进行合理分类,以39个秋海棠居群为研究材料,对33个表型性状进行多样性及数量分类分析。通过数量性状变异分析、质量性状遗传多样性分析、主成分分析和R形聚类分析从33个性状中筛选出主要性状进行Q型聚类分析。结果显示：秋海棠的表型多样性丰富,数量性状变异系数为0.077~0.441,质量性状多样性指数为0.287~1.483。主成分分析结果表明：33个性状可综合为6个主成分,其累计贡献率达72.28%。R型聚类分析结果表明：除叶形和花形大小指标相关外,各性状相对独立。Q型聚类结果显示：39个秋海棠居群按雄花大小、叶片大小、植株大小和叶色分为四组,同Flora of China将该种分成3个亚种处理不一致。因此,对秋海棠的种内单元的划分今后有必要综合分子生物学方面的证据来讨论才更合理。有趣的是发现日本秋海棠的自然化居群的祖先极可能为浙江天目山居群。     

虎耳草表型特征多样性分析

为了全面理解虎耳草（Saxifraga stolonifera）的种内多样性,探讨种下分类的可能性,为资源保护及创新利用提供参考,对全国43个虎耳草居群的33个性状进行观察记录,通过数量性状变异和质量性状多样性分析、相关性分析、主成分分析和聚类分析等方法探讨该种的表型性状多样性。结果表明：（1）数量性状变异系数为0.05~0.67,质量性状多样性指数为0.19~1.39,居群间斑纹分布式样和叶色多样性水平高,匍匐茎分枝数和叶长宽比分别为最不稳定和最稳定的性状。（2）数量性状和导出性状变异系数普遍较大、质量性状的多样性指数普遍较高及各主成分的贡献率较分散,因此不宜仅仅依靠形态特征对该种进行种下分类。（3）虎耳草居群间各性状相关性存在差异,叶长和叶宽、下长花瓣长和下短花瓣长、下长花瓣宽和下短花瓣宽等性状相关性显著。（4）基于形态聚类结果可将国产虎耳草分为3个分支,并表现出一定的地域性,其中分支Ⅰ由8个西南居群、2个华东居群和3个西北居群组成;分支Ⅱ由4个华东居群、4个华中居群、4个西南居群和1个西北居群组成,这一类表型的虎耳草分布广泛;分支Ⅲ由10个华中居群、6个西南居群和1个华东居群组成。     

中国二头孢盘菌属的分类研究（英文）

提供了中国二头孢盘菌属的分类研究概况和已知种类。对属的概念进行了修订;基于形态学特征和序列分析的结果,将兰斯盘菌属的3个种转入二头孢盘菌属,建立3个新组合(黄二头孢盘菌、黄山二头孢盘菌、暗丝二头孢盘菌);描述了一新种(缩孢二头孢盘菌)。该属目前已知的10个种中,在我国分布9个种。编制了该属世界已知种的分种检索表。     

基于多元比例分析研究4种潜蝇姬小蜂(膜翅目：姬小蜂科)的形态特征差异——附2中国新纪录种

潜蝇姬小蜂Diglyphus属膜翅目Hymenoptera姬小蜂科Eulophidae,其分布广泛,种类多样,是潜叶蝇的优势寄生性昆虫;潜叶蝇是危害水稻和蔬菜等经济作物的重要害虫。同形潜蝇姬小蜂D.isaea(Walker, 1838)和波氏潜蝇姬小蜂D.poppoea Walker, 1848,安纳潜蝇姬小蜂D.anadolucus Doganlar, 1982,卡布潜蝇姬小蜂D.chabrias(Walker, 1844)的外形相似,需进一步挖掘4种小蜂在形态结构上的种间差异,为其在形态分类及系统发育研究提供更为详细的基础资料。本研究采用非参数检验和多元比例(multivariate ratio analysis, MRA)对40头标本的25个形态特征的测量数据进行分析,研究4种小蜂种间形态差异,筛选出了多个具有分类学意义的特征。非参数检验结果表明,在25个形态特征中,4种小蜂种间差异显著;主成分分析结果发现,前翅(fw.l),后翅(hw.l, hw.w)和体长(b.l)是主成分1和2的代表指标;线性判别分析结果显示b.l∶c.l、hw.w∶ptl.l、hw.w∶mst.l和ppd...     

康定湍蛙物种界定

: 康定湍蛙Amolops kangtingensis依据多地混合标本订立,其分类地位一直存在争议。本文从居群水平出发,涵盖其多个模式产地及分布区,联合染色体核型、形态数量性状、分子系统发育分析,对其有效性及物种进行界定。结果表明,以新都桥为模式产地的康定湍蛙成立,分布区域大致界定于折多山以西雅砻江流域,海拔3000 m及以上高原地区,而原康定湍蛙大渡河流域各居群应划归四川湍蛙A. mantzorum物种之中。     

The genus Poa in Patagonia (Argentine): a phenetic analysis of species of Poa subgenus Poa

Fifty-eight quantitative and qualitative exomorphological characters were recorded on 48 herbarium specimens belonging to rhizomatous species belonging to the genus Poa. These were treated as OTUs and analysed, together with the data from caespitose species treated in a previous paper, using cluster analysis, principal component analyses and stepwise discriminant analyses. The following hypotheses are proposed and discussed. (1) There is no evidence supporting the hypothesis that growth habit characterizes supraspecific entities. (2) P. trivialis, P. secunda, P. subenervis and probably P. compressa seem to be well defined species; those remaining are not discriminated through phenetic analysis. (3) There are no phenetic gaps between the rhizomatous species included in the P. oligeria—P. yaganica-P. chrysantha complex and the caespitose P. hachadoensis it is not clear that this single character supports its segregation. (4) The obscurity of the pattern of the species related to P. pratensis-P. nemoralis is probably explained by the capability of P. pratensis to introgress with taxonomically distant species and by the possibility of seasonal intraindividual variation of some characters. (5) The geographical origin of some species postulated as introduced seems to be doubtful.     

寄生于裂褶菌上的菌寄生属一新种

安徽天马自然保护区一种植物的树干被裂褶菌Schizophyllum sp. 寄生,而裂褶菌的子实体又被另一真菌寄生。这一重寄生真菌的子囊壳为橙黄色,埋生或者半埋生于橙黄色的菌丝层中,菌丝层在3% KOH水溶液中变为紫色;该种的子囊孢子近梭形,具一个分隔,表面被疣状纹饰,13–16.5×3.2–4μm。它与近似种在形态学和rDNA ITS片段的序列上差异显著,是菌寄生属的一个新种,被命名为中国菌寄生Hypomyces sinicus。