生物信息学软件研究的可视化分析

以Web of Science数据库为数据来源,利用Cite Space和UCINET软件对发表在Nucleic Acids Research期刊上有关生物信息学软件研究的文献做了可视化分析,揭示了该领域的研究力量、作者团队与高被引作者、知识基础、期刊分布、研究热点与前沿,为生物信息学软件的研究和发展提供必要的参考依据。     

生物信息学跨学科研究

目的:研究生物信息学起源、发展趋势,与其他学科相互交叉渗透关系的发展及强度。方法:利用美国《科学引文索引》(SCI)数据库web of science,运用文献计量学方法对8种权威生物信息学期刊2001年至2010年于2011年1月15日之前上传至webof science的全部文献进行统计及分析。通过研究生物信息学相关论文的主题分类,被引情况及施引文献的分类,寻找其跨学科的趋势及相关研究领域的进展情况、主要内容。结果:生物信息学的相关文献数在2001-2010间逐年增加,在2009-2010年达到高峰。跨学科领域广泛,并以生物化学、分子生物学、计算生物学、微生物学、数学、统计学等学科为主要交叉学科。各交叉学科与生物信息学之间跨学科研究的文献数也呈逐年递增趋势。结论:生物信息学的跨学科范围广泛,发展迅速。     

共词分析国内外生物信息学领域研究态势

生物信息学作为自然科学领域中多学科交叉的新兴学科,其发展研究得到了众多学者的关注。为了解生物信息学在国内外的研究态势,以CNKI中文数据库和Web of science外文数据库中生物信息学领域期刊论文为研究对象,利用R语言编程工具,文献计量和共词分析归纳了国内外生物信息学领域的研究现状、热点及趋势。结果表明:国内外生物信息学研究均处于高速发展期,文献量呈逐年增长趋势,研究领域也在不断拓宽;国内外研究热点均聚焦在基因挖掘、蛋白质结构与功能预测、miRNA分析等,但国内偏向于理论研究,而国际更注重其在疾病治疗、药物设计等方面的应用研究。     

数据挖掘在生物信息学中的应用——文献计量学视角

基因组和蛋白质结构与功能方面已积累了海量数据。如何从海量数据中获取有效信息成为生物信息学迫切要解决的问题。本文以相关主题词检索文献,分析了该领域历年文章数量、发文最多的机构和作者、被引用频次居前论文、期刊载文量,并对关键词和被引用频次居前论文的作者进行共现分析。我们发现,生物信息学中运用数据挖掘方法的文献逐年增多,该领域30.1%的文献发表在十个期刊上,分类、聚类、特征选择和支持向量机等数据挖掘方法使用较多。本研究描绘了生物信息学与数据挖掘这一交叉领域的研究概况,为后续数据挖掘方法与生物信息学研究相结合提供帮助。     

生物信息学在微生物中的应用

生物信息学是建立在生命科学和计算机数学基础上的综合学科，其本质是信息技术在生物学中的应用。对于微生物领域而言，生物信息学对数据的整理和应用可以极大地提升微生物研究的质量。因此，文章采用文献研究的方法，积极搜集生物信息学在微生物中的应用研究，首先概述了生物信息学的组成部分，然后对微生物学的建立与发展进行了详细说明，最后探讨了生物信息学在微生物生态学、环境微生物、农业微生物、微生物药物合成设计以及微生物致病基因5个方面的应用。     

生物信息学数据库研究文献引文与热点分析

以Web of Science为数据源,简要概括生物信息学数据库研究的发展趋势。利用Cite Space可视化工具展现生物信息学数据库研究的知识基础和研究热点图谱,为开展生物信息学数据库领域相关的理论研究和实践活动提供借鉴,以便推动生物信息学数据库研究的发展。研究表明：1990年Altschul SF发表的＂局部比对搜索工具——BLAST＂是生物信息学数据库研究的重要知识来源文献;热点主题集中在序列库、基因组数据库、分类数据库、蛋白质数据库、数据库更新、集成系统等。     

生物信息学的研究现状及其发展问题的探讨

结合生物信息学产生的历史条件,对生物信息学的定义进行了介绍;归纳总结了现代生物信息表述、采集、储存、传递、检索的表现形式-生物学数据库的分类与分布;着重介绍了生物信息学的主要研究内容和基本的分析方法,阐明了生物信息的分析和解读模式;强调了生物信息学与其他相关学科的相关性,提出了生物信息学发展的一些亟待解决的问题及其相应的解决方案。     

国际生物信息学研究的可视化分析

利用当前主流的信息可视化分析软件Cite Space对2005~2014年间SCI收录的生物信息学的5种高影响力外文期刊所刊载论文的题录数据进行统计和可视化分析,绘制该领域的关键词共现、膨胀词共现、经典文献共现、高被引文献共现和关键节点文献共现的网络可视化图谱,试图揭示生物信息学领域的研究热点、研究前沿以及知识基础,以期帮助研究人员了解该领域在国际范围内的研究态势。     

基于共词分析的国内生物信息学热点领域研究

利用共词分析和可视化方法对生物信息学的关键词进行聚类分析,探讨该研究领域的学科分类和热点内容.以中国知网、中华医学会数据库中期刊论文为统计来源,对1998～2013年间的5 707篇生物信息学相关文献进行计量分析,提取出40个高频关键词.利用ROST软件得到关键词共词矩阵,在此基础上利用SPSS进行因子分析、聚类分析和多维尺度分析.结合因子分析和聚类分析将生物信息学领域主要研究内容分为7类,结合多维尺度分析对研究热点及变化趋势进行了初步探讨.研究结果较为客观地反映了当前生物信息学领域的学科分类和研究热点,为科研人员进行生物信息学研究提供一些思路.     

生物信息学数据库调查分析及其利用研究

从生物信息学数据库利用的角度调查分析生物信息学数据库的现状,为我国科研人员利用网上生物信息学数据库以及生物信息中心的开发提供科学依据和参考价值。研究采用网上调查的方法,对法国生物信息中心Infobiogen建立维护的生物信息学数据库目录DBcat中收录的511个数据库进行调查统计,分析其类型分布、国家分布、更新频率和获取方式;在此基础上。进一步利用欧洲分子生物学信息网(EMBnet)中30个成员国节点对生物信息学数据库利用现状进行统计分析。     

中国昆虫学发展透视

2006—2010年5年来,我国昆虫学工作者获得了国家自然科学基金736项、国家科技支撑计划2项19个课题,公益性行业科研专项34项,"973"项目6项;共发表与昆虫有关的学术论文13772篇,其中SCI收录论文2625篇,Science6篇,Nature1篇,PNAS6篇,Annual Review of Entomology1篇,Nature Bioteachnology4篇;获得了国家科技进步奖二等奖13项。本文分析了2006—2010年我国昆虫学研究项目、研究成果在不同昆虫学分支学科和不同研究区域的分布特征,透视了我们昆虫学研究前沿,旨在为制定我国昆虫学未来发展战略提供基础信息。     

基于科技计量学的全球真菌学研究态势分析

目的 对全球真菌学研究态势进行分析.方法 检索SCI-Expanded数据库2004～2013年全球真菌学研究研究相关文献,采用Web of Science自带软件及Excel 2007等软件进行定量分析,指标包括文献量、被引频次、h指数等.结果 全球真菌学研究近年来呈上升趋势,美国具有绝对领先,中国、德国、日本也是主要的贡献国家.中国真菌学研究排名第2,但论文整体被引频次偏低;主要贡献来自于2007年以后（98.79％）,中国高校是主要的研究机构,国家自然科学基金是最主要的资助来源.结论 2007年以来中国真菌学研究正处于较好的发展时机,但研究水平仍有待提高.     

A Bibliometric Study of the Trend in Articles Related to Risk Assessment Published in Science Citation Index

In this study, a bibliometric method was used to evaluate the global scientific production of risk assessment research for the last 16 years and provide insights into the characteristics of the risk assessment research activities and tendencies that may exist in the papers. Data were obtained on the online version of SCI, Web of Science from 1992 to 2007. Two important respects of the paper characteristics were analyzed: (i) performance of publication and (ii) research tendency and hotspots. The main results were as follows: English-language articles took the majority of all the publications. Number of articles in this field increased from 1 in 1968 to 1037 in 2007. Human and Ecological Risk Assessment published the most papers in this field, taking 3% of all. Research tendency was investigated by statistically analyzing the distribution of paper title, author keyword, and keyword plus. Furthermore, a new method named “word cluster analysis” was successfully applied to find the research hotspots of this field. Research hotspots of risk assessment mainly focused on three subject categories: environmental science, ecology, and epidemiology. This new bibliometric method can help relevant researchers realize the panorama of global risk assessment research, and establish the further research direction.     

生物信息学课程“开放式、研究性”教学模式的探讨

生物信息学是20世纪分子生物学和计算机科学交叉结合产生的新学科,是目前生命科学最具活力的前沿领域之一。根据生物信息学的学科特点及对国外医学生物信息学教育特点的分析,结合现代教育技术,就构建一种复合的开放式（问题探究型、小组协作探究型）、研究性（“招标式小组”、“因才施教”的专题研究型）生物信息学课程教学模式进行探讨,为我国生物信息学课程改革和与国际接轨提供指导。     

Seahawk: moving beyond HTML in Web-based bioinformatics analysis

Background  

Traditional HTML interfaces for input to and output from Bioinformatics analysis on the Web are highly variable in style, content and data formats. Combining multiple analyses can therfore be an onerous task for biologists. Semantic Web Services allow automated discovery of conceptual links between remote data analysis servers. A shared data ontology and service discovery/execution framework is particularly attractive in Bioinformatics, where data and services are often both disparate and distributed. Instead of biologists copying, pasting and reformatting data between various Web sites, Semantic Web Service protocols such as MOBY-S hold out the promise of seamlessly integrating multi-step analysis.     

中国森林生物多样性监测网络(CForBio)的研究态势与热点: 基于文献计量分析

中国森林生物多样性监测网络(CForBio)作为我国生物多样性科学综合研究平台, 其发展过程和研究成果对促进我国生物多样性研究具有重要意义, 掌握其研究态势与热点变化可为CForBio的长远发展以及其他生态监测研究提供参考。本文对2007-2017年间CNKI数据库和Web of Science核心合集数据库中CForBio发表的论文进行了较为全面的文献计量分析。结果表明: 2007年以来, CForBio发表论文的数量整体上呈快速上升趋势, 从2007年的3篇增长到2017年的55篇, 其中SCI收录论文的增长较为明显(从2007年的1篇增长到2017年的34篇)。金光泽(70篇)、马克平(68篇)、郝占庆(68篇)等学者发表论文数量较多, 中国科学院的植物研究所(104篇)、沈阳应用生态研究所(67篇)、华南植物园(59篇)等是CForBio中相对活跃的研究机构, 但各样地负责机构和学者间的合作仍较少, 跨机构间的协同研究还有待提高。CForBio的研究热点主要体现在树木空间分布格局、植物功能性状、树木密度制约、群落系统发育等方面, 为揭示我国不同气候带森林群落构建机制提供了大量的理论依据。未来CForBio的研究应加强国内外机构间的合作创新并建立数据共享途径, 注重近地面遥感、多源数据融合等新技术的应用, 在生物多样性格局的多尺度与多维度解析、植物-土壤反馈机制、树木冠层和根系的结构与功能等方向持续开展深入研究。     

基于Web of Science分析的生态创新研究进展

生态创新是实现绿色发展的重要举措。为了深入了解生态创新的研究进展,基于Web of Science引文数据库,系统收集了2007—2018年间615篇符合生态创新主题的论文,采用文献计量、内容分析等方法对文献进行了科学和系统分析,构建了生态创新研究的整合框架。结果发现:生态创新的研究基础围绕“基础理论、竞争优势、环境政策工具”三个方面,其研究热点包括生态创新的绩效评估、生态创新与企业绩效的关系,以及生态创新的驱动因素。最后,基于分析结果,本研究勾勒出了生态创新领域未来的研究方向。     

珊瑚礁生态系统模型研究现状及热点分析

以Web of Science数据库中的Web of Science ~(TM)核心合集和中国期刊全文数据库为数据源,对2018年10月前国内外发表的珊瑚礁生态系统模型研究相关文献进行计量分析,评估该领域的研究现状及热点。研究表明:国外珊瑚礁生态系统模型研究起始于1974年,相关文献的发文量整体呈大幅度增长趋势;国内研究于1997年起步,发文量增长较缓慢,近三年显著增加。高频关键词统计分析可以看出,国外对于珊瑚礁中生活的各种生物及其生态分布研究较为广泛,生态系统的生物群落多样性是该领域的研究热点,关于珊瑚礁生态系统风险、威胁、胁迫和修复的模型研究近几年有所起色,在今后一段时间内将是该领域的主要研究趋势。国内相关研究局限于珊瑚礁地质环境与波浪传播等方面,应在扩大研究范围的同时,将重点放在珊瑚礁生态系统退化诊断与修复的探究上。