双重条形码技术在临床组织样本库标准化管理中的应用

双重条形码的应用改变了临床组织样本库传统的记录模式,具有信息录入、储存、浏览、检索以及数据维护、管理等功能,并具有安全、高效、操作方便等优点。可准确、动态地反映储存于组织样本库中的样本信息,从而大大提高组织样本库的样本管理效率和质量。     

基于复杂生物体系的噬菌体随机肽库筛选

近年来,噬菌体肽库生物淘筛方法又取得了新的进展,出现了以活细胞、病毒及组织器官等复杂生物体系,代替纯化的抗原、抗体或受体分子等作为筛选靶标的方法,并取得了较好的应用效果. 其中,以肿瘤组织筛选噬菌体肽库获得的短肽能选择性富集于肿瘤组织,在肿瘤靶向性治疗中具有潜在的应用前景.     

基于基因表达谱的肿瘤特异基因表达模式研究

基于肿瘤基因表达谱, 利用生物信息学的方法, 从肿瘤与正常组织的样本分类入手就肿瘤特异表达基因的发现及其表达模式问题进行了分析和研究, 进而探讨了肿瘤在基因表达上的特点. 首先, 在分析肿瘤基因表达谱特点的基础上, 提出了基于Relief算法的样本分类特征基因选取策略; 然后, 以支持向量机为分类工具进行样本类型的识别, 以分类错误率为标准选取样本分类特征基因, 并对其中反映肿瘤与正常样本组织构成特点的组织特异表达基因进行排除以突出肿瘤样本真实的类别特征; 最后结合统计学方法, 从信息学的角度论证了分类特征基因在肿瘤组织中特异表达的确实性和普遍性, 并对这些基因在肿瘤组织中呈现出的特异的表达模式进行了分析.     

常用肿瘤基因分析方法及基于TCGA数据库的分析应用

随着二代测序技术的快速发展,数据量不断累积,肿瘤学家的目光逐渐由多物种测序转移至高通量测序数据的分析和比对。基因数据分析方法层出不穷,高通量的组学分析手段不断优化和创新,基因数据的挖掘和分析工作正处于飞速发展的时期。以肿瘤病人样本为核心的数据库The Cancer Genome Atlas (TCGA)由此应运而生,该数据库全方位记录了从临床肿瘤病人样本得到的基因数据如DNA序列、转录本信息、表观遗传学修饰等。本文主要从数据分析方法、TCGA数据库及其应用实例等3个方面详细介绍了肿瘤相关基因数据的深入挖掘和生物信息学分析方法的最新研究进展,以期为研究人员利用大数据发现肿瘤防治相关的新靶点提供借鉴和参考。     

肿瘤免疫组库研究促进癌症疫苗研究

人体免疫系统是抵御病原菌侵犯、防止肿瘤发生最重要的保卫系统。针对免疫系统中T/B淋巴细胞的免疫组库研究,找出肿瘤与TCR或BCR之间的关系,发现肿瘤特异性标志物,从而推动肿瘤特异性诊断、治疗及预后评估等的发展,特别是在肿瘤免疫组库研究基础上衍生出的癌症疫苗,可以在患者体内实现诱导定向肿瘤免疫反应,为肿瘤患者的治疗带来新希望。现从肿瘤免疫组库、癌症疫苗的研究进展等方面来阐述。     

传染病医院血清标本库系统建设

血清标本库是组织库的一种,血清样本是十分重要的临床病例原始资料,对病例回访追踪、科研教学都是重要的资源,尤其是对传染病医院来说,在确认疫情性质、追踪传染病的来源、明确潜在的传染源、为感染者寻找有效的治疗措施等方面发挥着重要的作用,很多新发突发传染病的血清标本本身就是极其重要的第一手临床资料,因此,建设、完善和管理专业的血清标本库对医院甚至对国家来说都是具有战略意义的.我们根据我院自身情况,基于网络数据技术在原有血清库的基础上自行开发研制了血清标本库系统,包括外部浏览使用和内部管理两大部分,在冰箱管理、数据同步、外部浏览方面较前做了很大改进,可以快捷地管理、查询、取用血清标本,本文就其设计、使用及特点等方面做简单介绍.     

生物样本库的建立与管理

目的:探讨医学研究中样本库的建库条件,样本的采集、保存和质量控制,以及样本库的信息化管理等问题。方法:流行病学现场采集人群的全血、血浆等标本,按分子生物学实验要求分装处理,于液氮或-80℃低温冷冻保存;建立了一套信息管理软件应用于样本库的管理。结果:2004年7月至2009年12月收集维吾尔族、哈萨克族、汉族人群的各类样本达2万余份,并且已应用于新疆民族高发性疾病的研究,效果良好。结论:生物标本库的建立,有利于合理有效地利用资源。     

5例前列腺癌T细胞受体β链CDR3的多样性分析

T淋巴细胞受体(TCRs)在抗原识别免疫应答中作用重要,其多样性与宿主免疫反应及肿瘤预后判断密切相关。目的:采用高通量测序技术研究前列腺癌组织和癌旁组织中T细胞受体(TCR)克隆多样性及其克隆序列。方法:收集5例PC患者的癌组织和癌旁组织,提取DNA后经多重PCR技术对TCRβ链CDR3区进行扩增。用Illumina MiSeq进行测序,经过数据处理和比对分析,比较前列腺癌组织TCR CDR3组库的组成特征。结果:前列腺癌组织具有更高程度的克隆百分比和较高的高度扩增克隆比HEC(HEC:频率样本总读数的0. 5%的TCR克隆),并获得了24对在癌组织样本中差异表达的V-J基因组合、16对在癌旁组织样本中差异表达的V-J基因组合。结论:前列腺癌组织与癌旁组织均存在差异性的V-J基因组合以及高克隆表达的HEC,其中癌组织样品具有更高的HEC。PC发生发展对免疫学研究提供了新的数据,对PC免疫监视、T细胞受体变异标志等研究提供了参考,对以后继续研究打下了基础。     

转化医学与生物样本库现状

转化医学(translational medicine)是近10年来国际生物医学领域出现的新概念和重点研究方向,其为一种倡导实验室与临床研究双向转化的模式,而这种模式的核心意义之一便体现在协作与资源共享方面。这便促使生物样本库成为了转化医学的战略资源。本文在分析发达国家促进转化医学发展政策的同时分析了生物样本库建设的现状、趋势和问题,旨在为我国制定转化医学发展战略,建设生物样本库,促进转化医学发展提供参考。     

VEGF、P-ACC、LKB1在非小细胞肺癌组织中的表达及意义

目的:探究非小细胞肺癌组织中血管内皮生长因子(VEGF)、磷酸化乙酰辅酶A羟化酶(P-ACC)、肝激酶B1(LKB1)表达及其与肿瘤血管生成的关系。方法:将我院收治的83例非小细胞肺癌(NSCLC)患者作为研究对象,取其NSCLC病理组织样本进行研究,同时取其远离肿瘤的外周正常肺组织作为对照。采用免疫组化法测定其NSCLC病理组织样本和正常组织样本VEGF、P-ACC、LKB1的表达情况,分析比较NSCLC病理组织的VEGF、P-ACC、LKB1表达情况与其病理特征及肿瘤血管生成的关系。结果:NSCLC组织样本的VEGF阳性表达率为72.29%,明显高于癌旁正常组织样本(22.89%)(P0.05);同时,其P-ACC、LKB1阳性表达率分别为31.33%、61.45%,明显低于癌旁正常组织样本(分别为75.90%、90.36%)(P0.05)。NSCLC组织VEGF阳性表达与N分期、临床分期以及肿瘤微血管密度(MVD)有关,P-ACC阳性表达与T分期、临床分期以及MVD有关,LKB1阳性表达与N分期、临床分期、分化程度以及MVD有关(P0.05)。在样本中,VEGF阳性NSCLC组织的MVD水平明显高于VEGF阴性样本,而P-ACC、LKB1阳性NSCLC组织的MVD水平明显低于阴性样本(P0.05)。结论:非小细胞肺癌组织中VEGF在呈高表达,P-ACC、LKB1呈现低表达。VEGF、P-ACC、LKB1的表达与NSCLC临床病理特征及肿瘤血管生成均存在密切联系,对于预测NSCLC癌细胞的生长、浸润和转移具有重要意义。     

淋巴结组织术中快速冷冻切片的优化

目的优化淋巴结组织术中快速冷冻切片的条件,以期提高淋巴结组织冷冻切片的时效性,改善冷冻切片的质量。方法收集厦门大学附属第一医院病理科2018年1月至2019年7月接收的120例术中淋巴结组织标本。根据组织取材大小不同分为3组,每组随机抽取一定数量的冷冻头,从组织冷冻前是否运用"吸水吸油法"、小淋巴结组织的摆放方式及冷冻切片机样本头的温度设置3个方面分别进行对比实验,比较不同条件对淋巴结组织的冷冻制片时间及切片质量(无皱褶、无裂隙、无冰晶3个指标)的影响。结果冷冻前先将淋巴结组织进行"吸水吸油"操作、将多枚小淋巴结组织并列排列、设置冷冻切片机样本头温度为-20℃的条件下淋巴结组织冷冻切片制片时间最短,无皱褶、无裂隙、无冰晶3个指标得分最高,切片质量最佳。结论优化淋巴结组织"吸水吸油"操作、小淋巴结组织的摆放方式、冷冻切片机样本头的温度设置等条件,可以显著缩短淋巴结组织冷冻制片时间,提高切片质量,值得推荐。     

赛默飞展示端到端的生物样本库和生物储存库解决方案

整体式生物样本库解决方案保障了生物样本的质量,提高了效率并促进了信息共享 中国上海,2011年11月16日——全球科学服务领域的领导者赛默飞世尔科技（以下简称：赛默飞）于11月16-19日期间在法国马赛举行的ESBB2011上展示其整体式生物样本库解决方案。这一综合性解决方案保障了生物样本质量,并涵盖了完整的生物样本库工作流程,包括样本收集、处理、     

盐酸水解暴露抗原促进免疫组织化学反应的研究

盐酸水解暴露抗原促进免疫组织化学反应的研究熊正文,胡海霞,李春光,苏红,李自强,田玉旺,邓永江（张家口解放军第２５１医院病理科．张家口０７５０００,北京军区总医院病理科．北京１００７００）免疫组织化学技术已广泛应用于临床病理诊断、神经解剖、组织胚胎等...     

生物样本库是生物医学研究的重要基础

在生物医学研究飞速发展的今天,随着对健康和疾病认识的不断深入,传统的单病因、单基因研究模式已难以胜任复杂疾病的研究.医学科学的发展需要一种能提供疾病相关的、具有普遍意义的、全局式的分子信息数据库.生物样本库在其中所能发挥的关键作用得到了越来越多的重视.它从最初的小作坊模式经过100多年,尤其是近30年的快速发展已经演化成为科研院所和政府支持的生物样本库、商业化生物样本库及以人口为基础的生物银行等多种模式.伴随存储样本数据信息的复杂度不断快速增加,生物样本库除了收集样本相关的基本数据和诊断信息外,还延伸到配套信息,包括参加人和病人的多种表型,到目前已经迅速扩展到基因组学、蛋白质组学及其他的组学信息.如何科学地建设和管理这种大型复杂模式的生物样本库成为医学科学领域亟待规范、解决的问题.本文将从生物样本库的发展入手重点讨论其建设、管理和应用.     

冰冻切片染色方法的改进

冰冻切片染色方法的改进熊正文,胡海霞,苏红,商磊岩（张家口解放军二五一医院病理科,０７５０００）冰冻切片是肿瘤病理快速诊断不可缺少的手段,目前,常用的固定染色方法存在着对组织结构、核染色质颗粒不清晰等缺点,针对上述缺点,经参考有关文献,对ＡＡＦ液进行...     

关于食管癌亚型食管基底细胞样鳞癌的基因芯片数据分析

分析食管基底细胞样鳞癌(basaloid squamous cell carcinoma of the esophagus,BSCCE)的组织样本基因表达情况,探讨其病理学过程和肿瘤免疫逃逸机制,同时对BSCCE独特的肿瘤微环境及潜在的临床指标在对其远期预后的病理基础进行讨论,以期为临床工作中更好的治疗BSCCE提供一定的理论基础。利用临床术中获取的组织样本及其基因芯片数据,进一步获取BSCCE组织样本与同体正常组织样本的基因差异表达情况(log|FC|≥2,p0.05),其中BSCCE组织相对于正常组织的上调表达差异表达基因共489个,下调差异表达基因922个,利用DAVID在线分析系统对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路分析获取对BSCCE组织病理情况相关的分析结果,进一步利用STRING-OL工具对差异表达基因的可信度(可信度≥0.4)进行筛选,获取差异表达基因的蛋白质相互作用分析(protein-protein interaction,PPI)结果,进一步利用Cytoscape软件对筛选后的PPI结果制作相应的基因相互作用网状图,并进一步筛选核心表达的差异基因。在上调差异基因的KEGG分析中获得了88个结果,如p53signaling pathway、Cytokine-cytokine receptor interaction pathway、Toll-like receptor signaling pathway等,在下调的差异基因KEGG分析中获得了125个结果,如Drug metabolism-cytochrome P450 pathway、MAPK signaling pathway、Calcium signaling pathway、Cytokine-cytokine receptor interaction pathway等,这些相关的信号通路对进一步理解BSCCE的肿瘤微环境变化及肿瘤病理相关机制有重要意义,通过PPI分析,我们筛选出了一些与肿瘤远期生存率(overall survival,OS)相关的基因:CDC6、CDC20、TOP2A、NEK2、CDC25A等,这为我们进一步研究BSCCE及其肿瘤病理标志物和远期生存的关系提供了理论基础。     

国内生物样本库建设现状分析与对策探讨

?????? 生物样本库既包括生物样本实体也包括样本的相关信息,生物样本库的建设逐渐被全球所重视。中国拥有庞大的临床样本资源,如果能把这些宝贵的资源收集起来,合理利用,势必能为医学研究创造无限价值。文章描述了国内外生物样本库的建设情况,提出了关于我国生物样本库建设的一些建议。

     

消化道微生态标准化样本库共识

正生物样本库主要是指标准化收集、处理、储存和应用健康和疾病生物体的器官、组织、细胞、血液、体液、分泌物、排泄物及生物大分子衍生物等各种生物样本,以及与这些样本相关的临床、检验、病理、影像、治疗、随访、患者知情同意等信息,包括质量控制、信息管理与应用系统。人类消化道生存着众多微生物,包括细菌、古生菌、真菌、病毒和原虫等[1]。肠道微生物与宿主     

噬菌体展示技术体内筛选的研究进展

噬菌体展示技术体内筛选是直接将噬菌体肽库注射到动物体内,筛选与活体内某些器官或组织有特异结合活性的小肽。噬菌体展示技术的体内筛选在血管靶向肽的筛选、肿瘤组织靶向肽的筛选、免疫反应的研究和相关疾病治疗、监测方面都有广泛的应用前景。     

生物样本库及其伦理问题简介

随着分子和基因组信息对流行病学影响的增加,无数遗传流行病学研究和后人类基因组计划的研究都越来越依赖人类生物样本库的使用。生物样本库的范围也已横跨学术或者医院环境下的小数量收集到大规模的全国性储藏。尽管生物样本库的概念并不新,但是在基因组研究和后人类基因组计划的背景下,伴随它们十几年极大发展的是无数待解决的伦理挑战。从生物样本库的概念着手,介绍了其与一般遗传数据库的区别以及建立生物样本库的意义;然后介绍并比较国际上已有的生物样本库,以及其伦理问题和伦理法律框架的发展趋势。