基于TCGA数据库结肠癌RBL1基因甲基化水平的诊断与预后分析

视网膜母细胞瘤样蛋白1(RBL1/p105)是视网膜母细胞瘤蛋白质家族的成员之一,RBL1通常被认为是抑癌基因,在细胞增殖、凋亡、分化中发挥重要作用。该文探讨RBL1基因在结肠癌诊断和预后中的作用和可能的机制。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的结肠癌病例资料和芯片数据,筛选RBL1基因差异甲基化位点,并通过Cox回归模型研究甲基化位点与结肠癌患者预后之间的关系。该研究发现,待研究的癌组织RBL1基因启动子甲基化水平高于癌旁组织(0.120±0.012 vs 0.113±0.008, P=0.000 04)。随后,研究者采用受试者工作特征(ROC)曲线来评价RBL1基因启动子甲基化水平的诊断价值,用曲线下面积(AUC)作为诊断价值的评判标准。研究发现,启动子区甲基化的AUC达到0.732,对应的灵敏度为80.5%、特异度为55.3%。Cox多因素分析结果发现, cg04086771高甲基化是结肠癌患者预后的独立危险因素(P=0.002)。该研究通过对TCGA数据库的挖掘,发现RBL1基因启动子区甲基化均值可能与结肠癌发病风险有关,同时RBL1基因的甲基化位点的甲基化水平对结肠癌的预后有影响。     

基于DNA甲基化模式筛选评估结肠腺癌预后的标记物

为了通过分析DNA甲基化谱识别出与预后相关的结肠腺癌亚型。从TCGA数据库获取了结肠腺癌患者的甲基化数据,通过差异甲基化分析和构建COX比例风险回归模型筛得与预后显著相关的CpG位点,并通过一致性聚类识别出7个亚型。生存分析和临床特征检验显示7个亚型间预后差异显著且亚型特征可由多种临床特征反映。此外,用7个亚型间识别出的差异甲基化位点构建的基于SMO(序列最小最优化)的预测模型在各亚型上都有较高的AUC值,并用检验集进行了验证。综上,本研究利用生物信息学算法识别了7个预后差异的结肠腺癌亚型并挖掘了它们的特异性甲基化标记。该研究结果或可使得结肠腺癌预后被更精准地评估,为早期诊断及治疗方案提供新思路。     

人肝细胞癌预后不良相关基因的生物信息学分析及其临床意义

目的:筛选肝细胞癌(HCC)预后不良相关基因,并探讨其临床意义。方法:在基因表达综合数据库(GEO)中获取符合分析条件的肝细胞癌全基因组表达谱数据并分析得到差异表达基因(DEGs),再运用生物学信息注释及可视化数据库 (DAVID) 和蛋白相互作用数据库 (String) 分别进行功能富集分析和蛋白质互作用网络的构建。利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)和Cox比例风险回归模型对相关差异基因进行预后分析。结果:找到一个符合条件的人类HCC数据库 (GSE84402),共筛选出1141个差异表达基因(DEGs),其中上调基因720个,下调基因421个。基因功能富集分析和蛋白质互作用分析结果显示CDK1、CDC6、CCNA2、CHEK1、CENPE 、PIK3R1、RACGAP1、BIRC5、KIF11和CYP2B6为HCC预后的关键基因。TCGA数据库和Cox回归模型分析显示CDC6、PIK3R1、RACGAP1和KIF11的表达升高,CENPE的表达降低与HCC预后不良密切相关。结论:CDC6、CENPE、PIK3R1、RACGAP1和KIF11可能和HCC的预后不良相关,可作为未来HCC预后研究的参考标志物。     

一种新的泛素化-铁死亡相关基因特征用于肝细胞癌患者预后分析

本研究通过筛选泛素化-铁死亡相关基因构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)预后模型,并探究泛素化-铁死亡相关基因对HCC预后的影响。使用R包DESeq2对TCGA-LIHC数据集进行差异分析,获取HCC差异表达基因(HCC＿DEGs)。将HCC＿DEGs、泛素化相关基因(ubiquitination related genes, URGs)和铁死亡差异表达基因(ferroptosis＿differentially expressed genes, FERR＿EDGs)取交集获得泛素化和铁死亡相关基因(UBFE＿EDGs),将UBFE＿EDGs依次进行LASSO回归分析、单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析以筛选出最佳独立预后基因用于构建HCC预后模型(ubiquitination and ferroptosis-related prognostic model, UBFE)。由生存曲线、 ROC曲线和校正曲线评估UBFE的预测准确性。单因素Cox回归分析、多因素Cox回归分析评估UBFE风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并构建列线图模型。...     

研究报告：精神分裂症断裂基因1启动子的高甲基化增加阿尔茨海默病的发病风险

目的 基因的表观修饰与阿尔茨海默病（AD）的发生密切相关,精神分裂症断裂基因1 (disrupted in schizophrenia1,DISC1)是AD的候选基因。然而DISC1启动子甲基化与AD发生的关系尚不清楚。方法 采用亚硫酸氢盐转化后焦磷酸测序分析的方法检测中国汉族51例AD患者和63例健康对照者血液样本中DISC1的甲基化水平。采用标准方法检测血样中各生化指标。结果 AD组DISC1的甲基化水平显著高于健康对照组（P=0.002）。载脂蛋白A (apolipoprotein A,ApoA)、血清脂蛋白（lipoprotein A,Lp(a)）和DISC1 CpG3甲基化之间发现了显著的关联。其中,女性AD患者中DISC1甲基化与血浆ApoA水平呈正相关（P=0.010,P=0.003）。男性AD患者中DISC1甲基化与血浆Lp(a)水平呈正相关（P<0.000 1）。DISC1启动子甲基化的曲线下面积（area under curve,AUC）为0.726 (95%CI:0.626～0.827),灵敏度和特异度分别为0.569和0.869。结论 外周血DISC1启动...     

高血压患者CBS基因启动子低甲基化增加缺血性脑卒中的风险

通过比较高血压患者与并发缺血性脑卒中的高血压患者的胱硫醚β合成酶(cystathionine beta-synthase,CBS)基因启动子区域甲基化率,探讨CBS基因启动子甲基化与脑卒中的关系。选取243名高血压患者(高血压组)和132名高血压并发缺血性脑卒中患者(脑卒中组),采用甲基化特异性实时定量聚合酶链反应技术检测CBS基因启动子区域甲基化率。结果发现:脑卒中组的同型半胱氨酸为21.13±18.56μmol/L,高于高血压组的16.97±12.89μmol/L (P=0.01);脑卒中组甲基化率为38.05%,低于高血压组的50.61%(P0.01)。在校正多种危险因素后,与最低三分位数(Q1)相比, CBS甲基化最高三分位数(Q3)与脑卒中的优势比(odds ratio, OR)在总人群、男性、女性中分别为0.26 (95%CI:0.14～0.47)、0.14 (95%CI:0.06～0.36)、0.48 (95%CI:0.19～1.20)。CBS甲基化率每增加5%对脑卒中的OR (95%CI)在总人群、男性、女性中分别为0.91 (0.86～0.95)、0.87 (0.81～0.93)、0.93(0.86～0.99)。此外,男性高血压患者中CBS甲基化率与缺血性脑卒中的受试者工作特征曲线下的面积为0.69(95%CI:0.62～0.76)。以上结果初步表明脑卒中患者中CBS基因启动子呈低甲基化状态,且高血压人群中CBS低甲基化增加脑卒中的发病风险。     

基于生物信息学筛选宫颈癌血管生成基因及构建预后模型

利用生物信息学方法筛选与宫颈癌发生、发展和预后相关的血管生成相关基因(angiogenesis related gene,ARG),并进行相关预后风险模型的构建与验证。首先,从TCGA数据库中检索宫颈癌患者的表达谱和临床特征,并提取差异表达的ARG;其次,采用Lasso Cox回归筛选预后ARG,构建相关预后模型;再次,使用GSE52903和GSE44001数据集进行外部验证;最后,利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)探讨宫颈癌预后机制。筛选结果显示,共获得15个预后ARG,分别为EFNA1、ITGA5、EPHB4、NRP1、CDH5、PLAU、BMP6、DLL4、JUN、CA9、MMP1、BAIAP2L1、SERPINF1、F2RL1和FGFR2。GSE52903和GSE44001数据集的Kaplan-Meier生存曲线显示,高风险组的总生存期(overall survival, OS)(P=0.005)和无病生存期(disease-free survival, DFS)(P<0.001)显著低于低风险组。受试者操作特征(r...     

全基因组甲基化差异分析发现OSBPL5甲基化异常可能在Silver-Russell综合征中有致病作用

Silver-Russell综合征(SRS)是一组临床和遗传异质性疾病.主要临床表现为低出生体重、严重矮小、极低BMI、三角脸、肢体不对称等. SRS是表观遗传疾病的典型代表. 38%~62%患者有染色体11p15 IGF2-H19基因簇印记控制区1 (ICR1)低甲基化, 7%~10%患者有第7号染色体母源单亲二倍体(UPD7(mat)).另有约40%病因不清.本研究通过Illumina Methylation 450K芯片检测全基因组甲基化差异分析,旨在了解是否存在与SRS致病性相关的未知基因或印记基因,以及能否通过全基因组甲基化检测精细定位SRS低甲基化位置.选取临床确诊的7例SRS患儿,其中MLPA方法发现甲基化异常2例、未发现异常5例.年龄匹配的正常儿童5例作对照,通过Illumina 450K Infinium Methylation BeadChip芯片检测全基因组甲基化位点,并用经典的焦磷酸盐测序及数字PCR定量2种方法进行验证.甲基化位点探针筛选差异位点的标准同时满足:Adjust Pval≤0.05,如果Adjust Pval≥0.05,则参考校正之前的Pval,该数值需要≤0.05; case vs. control Beta-Difference不小于0.2.即|Beta-Difference|≥0.2.在484821个探针位点中共筛选出116个差异性甲基化位点.通过GO Pathway功能分析,本芯片研究再次证实经典的H19/IGF2低甲基化特征是SRS主要的表观遗传改变.并且发现1个位于染色体11p14印记基因OSBPL5的cg25963939位点,在实验组与正常对照组有最显著的甲基化差异(P=0.023,β值-0.243).经用经典焦磷酸盐测序及数字PCR定量分析两种方法进行验证,证实实验组与对照组OSBPL5的cg25963939位点的甲基化存在差异,提示与SRS致病性相关.本研究还发现, TGFβ3, HSF1, GAP43, NOTCH4, MYH14上述5个基因在实验组与对照组存在明显的甲基化差异,通过GO pathway功能分析,有可能与SRS致病相关.本研究通过全基因组甲基化芯片检测,焦磷酸盐测序及数字PCR定量两种方法验证,发现11p14的印记基因OSBPL5 5′UTR区cg25963939位点,有可能为SRS发病机制之一.本研究通过Illumina 450K Infinium高密度微阵列甲基化水平检测,再次证实SRS最主要的表观遗传甲基化改变最主要定位于11p1区.     

HDAC4基因甲基化对hMSCs向汗腺样细胞诱导转分化的影响

目的：探讨在诱导人骨髓间充质干细胞（hMSCs）转分化为汗腺样细胞过程中,组蛋白去乙酰化酶4（HDAC4）甲基化的改变及其对诱导转分化过程的影响。方法：选取人骨髓间充质干细胞系体外培养、扩增后,取第三代hMSCs与热休克处理的汗腺细胞进行Transwell+诱导因子的共培养。收集诱导后实验组的汗腺样细胞和同期对照组的hMSCs,采用甲基化特异性PCR（MSP）和飞行质谱（Mass Array）法检测HDAC4基因启动子区CpG岛甲基化状态的变化,随后采用甲基化抑制剂5-氮杂-2'-脱氧胞苷（5-aza-CdR,10 μmol/L）处理实验组hMSCs,对照组为同期培养的hMSCs,RT-PCR测定两组细胞HDAC4基因和癌胚抗原（CEA）基因的mRNA表达量。结果：诱导前hMSCs中HDAC4基因整体甲基化水平较高,探针cg2463009处CpG位点甲基化程度为0.901,诱导转分化后汗腺样细胞中HDAC4基因整体甲基化水平下降37%,甲基化程度为0.531;探针cg14823429处CpG位点甲基化程度由诱导前的0.687下降到0.386。5-aza-CdR处理48 h后,实验组HDAC4基因mRNA表达水平上调,与诱导转分化相关的CEA mRNA同期表达量也增强,与对照组相比差异有统计学意义（P<0.05）。结论：HDAC4基因的甲基化参与了hMSCs转分化为汗腺样细胞过程的调控。     

铜胁迫对不同抗性种群海州香薷酸性转化酶基因启动子甲基化的影响

采用亚硫酸氢盐测序技术,检测了Cu胁迫对海州香薷（Elsholtzia haichowensis Sun） Cu抗性和非抗性种群酸性转化酶基因启动子甲基化的影响。结果表明,海州香薷液泡转化酶基因（vINV）和细胞壁转化酶基因（cwINV）的启动子在CG位点分别表现出超甲基化和低甲基化的现象。酸性转化酶基因启动子CHG和CHH位点的甲基化状态受Cu胁迫影响较大。Cu胁迫下,vINV和cwINV启动子分别有1个CHG和6个CHH位点的甲基化状态在Cu抗性种群和非抗性种群之间表现出较大差异。抗Cu种群中这些甲基化差异位点对Cu胁迫不敏感,但在非抗性种群中这些位点的甲基化水平在Cu胁迫后出现大幅上升或下降。有些甲基化差异位点位于或者临近预测的启动子顺式作用元件区域,可能参与Cu胁迫下酸性转化酶基因的表达调控。     

1,3βD葡聚糖与抗白假丝酵母生殖管抗体对侵袭性假丝酵母菌病诊断价值评估

目的评估1,3-β-D-葡聚糖和白假丝酵母生殖管抗体试验对侵袭性假丝酵母菌病的早期诊断价值。方法于PubMed、Cochrane library、知网(CNKI)、WanFang(万方)、VIP(维普)和CBM(中国生物信息学)数据库对截止2019年4月中英文文献进行检索,并对文献质量进行评价。结果共纳入6个研究,合计359例患者,1,3-β-D-葡聚糖试验:敏感性为0.75(95%CI 0.67-0.82),特异性为0.75(95%CI 0.68-0.80),阳性似然比为3.18(95%CI 1.76-5.75),阴性似然比为0.34(95%CI 0.21-0.56),SROC曲线面积AUC=0.824 3;抗白假丝酵母生殖管抗体试验:敏感性为0.57(95%CI 0.48-0.65),特异性为0.78(95%CI 0.72-0.83),阳性似然比为3.07(95%CI 1.47-5.65),阴性似然比为0.59(95%CI 0.47-0.75),SROC曲线面积AUC=0.754 4;联合诊断:敏感性为0.93(95%CI 0.86-0.98),特异性为0.72(95%CI 0.64-0.80),阳性似然比为3.44(95%CI 1.63-7.29),阴性似然比为0.12(95%CI 0.06-0.25),SROC曲线面积AUC=0.928 3。结论 1,3-β-D-葡聚糖和抗白假丝酵母生殖管抗体单独检测对侵袭性假丝酵母菌病的诊断价值无明显差异,但二者联合检测时诊断价值比抗白假丝酵母生殖管抗体单独检测高。     

基于卷积神经网络的超声影像肝癌自动分类

目的 针对从原发性肝癌中检测肝细胞癌（HCC）的灵敏度不高和诊断结果高度依赖放射科医生的专业性和临床经验，本文利用深度卷积神经网络（CNN）的方法自动学习B超和超声造影（CEUS）图像中的特征信息，并实现对肝癌的分类。方法 建立并验证基于CNN的多个二维（2D）和三维（3D）分类模型，分别对116例患者（其中100例HCC和16例非HCC）的B超和CEUS影像进行定量分析，并对比分析各个模型的分类性能。结果 实验结果表明，3D-CNN模型的各方面性能指标都优于2D-CNN模型，验证了3D-CNN模型能同时提取肿瘤区域的2D影像特征及血流时间动态变化特征，比2D-CNN模型更适用于HCC与非HCC分类。其中3D-CNN模型的AUC、准确率和敏感度值最高，分别达到了85%、85%和80%。此外，由于HCC和非HCC样本不均衡，通过扩充非HCC样本的数量可以提升网络的分类性能。结论 本文提出的3D-CNN模型能够实现快速、准确的肝癌分类，有望应用于辅助临床医师诊断与治疗肝癌。     

利用甲基化特异性引物高通量检测DNA甲基化

建立一种基于甲基化特异性引物和SAGE技术的高通量DNA甲基化定量检测新方法（MSP-SAGE）,首先利用亚硫酸氢钠对基因组DNA进行处理,使未甲基化的C转变为U,而甲基化的CpG不变.将处理和未处理的DNA双链变性后用随机引物PNNNNCG对存在含有CG的单链进行延伸,而无甲基化CG的单链处则不能延伸;将差异延伸的单链序列和频次信息经过系列分子操作后,引入PCR扩增模板;对中间带有未知序列的PCR扩增产物进行串连克隆测序.将来自于未处理组和处理组的某一CpG位点的序列出现的次数定义为［Tags］A和［Tags］B,将标准系列的实际甲基化水平和［Tags］B/［Tags］A之间建立线性回归方程.根据每一CpG位点的［Tags］B/［Tags］A比值可反推该位点的甲基化水平.MSP-SAGE具有良好的线性,基于标准系列的［Tags］B/［Tags］A与其实际甲基化水平的标准曲线方程为y＝1.455x（R²＝0.984,P<0.01）.MSP-SAGE的回收率在95%到110%之间,精确度位于4.2％和10.5%,检测限在3％左右,单次检测通量可达24个CpG位点.MSP-SAGE是一种很有应用前途的高通量DNA甲基化定量检测方法.     

益生菌辅助牙周非手术治疗对中重度牙周炎在不同随访周期下疗效的meta分析

目的 系统评价益生菌辅助牙周非手术治疗（non-surgical periodontal treatment,NSPT）对中重度牙周炎在不同随访周期下的疗效及安全性。方法 计算机全面检索PubMed、Cochrane Library、Embase、Clinical Trial gov.、中国知网、万方、维普、中国生物医学数据库中关于益生菌联合NSPT对中重度牙周炎疗效的随机对照试验。使用Cochrane质量评分标准,对纳入的文献进行质量评价,用Stata 14.0软件进行meta分析。结果 纳入22项随机对照研究,涉及747例患者,试验组369例,对照组378例。Meta分析显示,在1个月和3个月的随访周期,试验组的探诊深度（PD）和临床附着水平（CAL）显著下降[1个月,PD:MD=0.38 (95%CI:0.08～0.68),P<0.05;CAL:MD=0.30 (95%CI:0.07～0.53),P<0.05。3个月,PD:MD=0.21 (95%CI:0.05～0.37),P<0.05;CAL:MD=0.18 (95%CI:0.06～0.29),P<0....     

微生态制剂联合标准三联疗法根除幽门螺杆菌感染Meta分析

目的系统评价微生态制剂联合标准三联疗法能否提高H.pylori根除率,减少根除过程中的不良反应。方法从常用电子数据库检索标准三联疗法联合与未联合微生态制剂根除H.pylori的随机对照临床试验,Meta分析各项研究的根除率和不良反应发生率的合并OR值,以漏斗图检测发表偏倚。结果共15项随机临床试验符合纳入标准。三联疗法联合与未联合微生态制剂,根除率分别为79.7%（95%CI：77.1%～82.3%）和69.5%（95%CI：66.5%～72.5%）,合并OR值为1.75（95%CI：1.40～2.18）,总不良反应发生率分别为27.7%（95%CI：24.5%～30.9%）和53.0%（95%CI：49.4%～56.6%）,合并OR值为0.35（95%CI：0.21～0.60）。结论微生态制剂联合标准三联疗法可显著提高H.pylori根除率,降低根除过程中的不良反应发生率。     

支气管肺泡灌洗液半乳甘露聚糖检测对侵袭性肺曲霉病诊断价值的meta分析

目的通过系统评价分析支气管肺泡灌洗液(BALF)半乳甘露聚糖(GM)检测对侵袭性肺曲霉病(IPA)的诊断准确性并确定最佳诊断界值。方法检索Pubmed、EMBASE、OVID、Cochrane Library、中国知网(CNKI)、万方、中国生物医学(CBM)等数据库,自建库至2018年10月31日的相关数据,不限制语言,纳入符合标准的26个研究(71组数据),对其进行质量评价、异质性分析,然后分析计算每个诊断界值的合并指标,绘制受试者工作特征曲线,最终确定最佳诊断界值。结果 BALF-GM(诊断界值为0.5时)诊断IPA(确诊和临床诊断IPA)的合并灵敏度为0.87(95%CI 0.84～0.89),合并特异度为0.79(95%CI 0.77～0.81),合并阳性似然比为4.60(95%CI 3.49～6.05),合并阴性似然比为0.19(95%CI 0.14～0.25),合并诊断比值比为38.84(95%CI 22.99～52.81),集成受试者工作特征(SROC)曲线下面积(AUC)为0.92(95%CI 0.90～0.95)。在BALF-GM诊断界值为1.0时,受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)最大为0.94(95%CI 0.93～0.97)。结论 BALF-GM易于检测,对IPA的诊断准确性高,可以对IPA进行早期诊断,早期治疗,降低病死率,目前建议BALF-GM最佳诊断界值为1.0。     

肝细胞癌患者自噬相关基因的预后作用

构建由自噬相关基因组成的预后模型,预测肝细胞癌(HCC)患者的生存预后情况,为其个性化诊疗和临床研究提供依据.利用TCGA数据库中HCC的测序信息与人类自噬数据库联合,筛选差异表达的自噬相关基因,对其进行GO富集与KEGG通路分析;通过单因素与多因素Cox分析筛选与患者生存预后明显相关的风险基因,构建预后风险评分模型;...     

基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型

[目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。[方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征基因构建预后模型,根据独立预后因素构建列线图,GSE83300作为外部验证集。基于风险评分中位数将患者分组,比较两组生存差异。[结果]通过scRNA-seq得到492个分化差异基因,经过回归分析得到基于6个基因(PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81)的预后模型。其1、3、5年ROC曲线下面积均大于0.7;KM分析显示高低风险组预后存在差异(P<0.001),GSE83300验证结果与TCGA一致。多因素Cox回归分析表明年龄和风险评分可以作为独立影响因素(P<0.01);C-Index(0.679)、校准图显示列线图预测模型有良好的拟合度。GSEA分析示高低风险组差异基因集参与细胞因子受体相互作用、抗原处理与提呈等通路。[结论]由PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE...     

基于SurvivalMeth数据库分析NMUR1在乳腺癌中的甲基化状态及其对预后的作用

为研究神经介素U受体1(NMUR1)在乳腺癌(BRCA)中的甲基化状态及其对预后的作用,通过UALCAN数据库中癌症基因组图谱(TCGA)数据分析NMUR1在组织中的表达水平,并利用人类蛋白质图谱(HPA)数据库对其进行进一步验证;采用SurvivalMeth数据库分析NMUR1在BRCA中的甲基化状态,并通过比例风险...