2018-2019年福州腹泻住院儿童A组轮状病毒全基因组分析

了解2018-2019年福州市五岁以下腹泻住院儿童标本中A组轮状病毒(RVA)基因组特征.通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对49份RVA阳性标本进行核酸扩增,对扩增到的40份标本进行全基因组二代测序,获得G1P[8]型RVA毒株7株,G9P[8]型RVA毒株33株.根据VP7节段分型,40株RVA毒株中有30株G9-Ⅵ亚型、3株G9-Ⅲ亚型和7株G1-Ⅰ亚型;根据VP4节段分型,40株RVA毒株均属于P[8]-3亚型.全基因组核苷酸序列分析表明,除了VP7节段外,序列差异比较大的有NSP4和NSP1两个节段.本研究获得11株G9P[8]型Waa-ike株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1),22株NSP4节段重配的G9P[8]-E2株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1),在测序的33株G9P[8]型RVA毒株中G9P[8]-E2重配株占66.7％.7株G1P[8]型RVA毒株均为Wa-like株.研究结果表明,2018-2019年福州地区流行的RVA毒株中G9P[8]-E2重配株已经成为优势株,为了更全面了解福州地区RVA毒株的遗传变异情况,后续还需加大标本量持续进行监测.     

一株与儿童腹泻相关的跨多种属的基因重配G3P[3]型轮状病毒

G3P[3]型别多见于猫/狗A组轮状病毒(Group A rotavirus,RVA)。本研究前期工作中从广西农村一名腹泻儿童粪便标本中检测到1例在人的感染中少见的G3P[3]型RVA(命名M2-102),但经初步基因分析提示其VP7和VP4基因均同猫/狗G3P[3]RVAs进化距离远。为了解M2-102的种属来源,本研究对其全基因组11条基因进行了RT-PCR扩增、测序和序列分析。使用RotaC分型工具对所获得的M2-102全基因组基因序列进行分型。结果显示RVA/Human-wt/CHN/M2-102/2014/G3P[3]具有G3-P[3]-I3-R3-C3-M3-A9-N3-T3-E3-H6基因组型。序列分析进一步显示M2-102基因组中有5条基因(VP7、VP1、VP2、NSP2和NSP3)同云南蝙蝠MYAS33株亲缘关系近,处于相同的进化树支;另有5条基因(VP4、VP3、NSP1、NSP4和NSP5)同猿猴RRV株进化距离近,位于相同的进化树支;仅有1条基因VP6同人AU-1样RVAs处在相同进化树支,并具有较高核苷酸同源性。推测M2-102是一例由人AU-1样病毒同蝙蝠株MYAS33及猿猴株RRV类似病毒经基因重配而产生的多种属来源的重配毒株。     

G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6和NSP4编码基因的分子特征

最近在亚洲首次发现并报道了感染人的G5型人A组轮状病毒LL36755株,为进一步探讨其进化来源,克隆了G5型人A组轮状病毒LL36755株的VP4、VP6、NSP4编码基因,并分析其基因序列的分子特征。结果发现卢龙株LL36755为罕见的G5P[6]型,其VP6的亚群为SGⅡ型,NSP4的基因型为B型。系统进化树分析表明,卢龙株LL36755的VP7、VP4编码基因与猪来源的毒株关系密切,而VP6、NSP4编码基因与人来源的毒株紧密相联系。可以推断新的人腹泻A组轮状病毒LL36755株是猪的VP7,VP4编码基因与人的VP6,NSP4编码基因的自然重组;而且该毒株不是G5的原型,很可能是人类轮状病毒与猪轮状病毒毒株的自然重组后逐步进化而来。     

三株牛源亚洲1型口蹄疫病毒聊基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒（分别命名为F1、F2、F3）为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段,并测定了3个毒株VP1基因的序列。结果表明,3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633bp,编码211个氨基酸。3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82．8％～99．1％之间,雅导氨基酸序列同源性在89．1％～99．1％之间。从系统发生树看,F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99．5％,属同一遗传谱系,F2株、F3株与2005年引起河北省万全县、北京市延庆县、甘肃静宁县疫情的毒株分属同一个基因群。     

在中国卢龙县发现G5型人A组轮状病毒

轮状病毒是引起我国儿童重症腹泻的主要病原。按照WHO轮状病毒监测方案,对2003年间河北省卢龙县开展了以医院和社区为基础的小于5岁儿童轮状病毒腹泻的监测,发现一株新型轮状病毒。该病毒用传统分型引物(G1、G2、G3、G4)扩增不出条带,对其VP7基因全序列测定和分析后确定该毒株为G5型。这是我们在亚洲首次发现的人类G5型轮状病毒。该毒株与猪的G5型C134毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88·6%和95·4%,与非洲发现的人的G5型毒株MRC3105核苷酸和氨基酸的同源性为89·9%和94%,与巴西发现的IAL-28毒株核苷酸和氨基酸的同源性为87·2%和93·3%。系统发生树分析表明:卢龙毒株LL36755与其他已经报告的两种猪和一种人类的G5型毒株可能具有相同的起源。这是人轮状病毒G5型首次在亚洲国家发现,而且该毒株可能是由人类轮状病毒与动物轮状病毒毒株自然重组产生。     

三株牛源亚洲1型口蹄疫病毒VP1基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒(分别命名为F1、F2、F3)为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段,并测定了3个毒株VP1基因的序列.结果表明,3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633 bp,编码211个氨基酸.3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82.8% ～99.1%之间,推导氨基酸序列同源性在89.1% ～99.1%之间.从系统发生树看,F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99.5%,属同一遗传谱系,F2株、F3株与2005年引起河北省万全县、北京市延庆县、甘肃静宁县疫情的毒株分属同一个基因群.     

恶性疟原虫红内期Pf332抗原基因未知序列的测定及分析

测定恶性疟原虫红内期Pf332抗原 (Ag332 )基因的未知序列 ,并进行序列分析 .根据非洲恶性疟原虫Palo alto株Pf332基因的G1片段序列 ,设计 1对引物 ,从中国恶性疟原虫海南株 (FCC1 HN)基因组DNA中扩增出P332 1片段 .Pf332基因中经常出现SVTEEI短肽的编码序列 ,据此分别设计非特异的正、反义寡核苷酸引物 (NSP1、NSP2 ) ,应用低严谨PCR(LSPCR)分别扩增出P332 1邻近的未知序列片段P332 up1和P332 dow1.根据恶性疟原虫Palo alto株Pf332基因G1片段上、下游的G9和C1片段序列以及测定的P332 up1和P332 dow1序列 ,分别设计 2对特异引物继续扩增邻近的未知序列片段P332 up2和P332 dow2 .根据P332 dow2片段的 3'端序列 ,设计 2条特异引物分别与非特异引物NSP2行LSPCR和巢式PCR ,扩增出P332 dow2邻近的未知序列片段P332 dow3.对获得的Pf332基因片段进行序列测定 ,并用分子生物学软件辅助进行序列分析 .序列测定和拼接结果显示 ,共获得了连续 6 14 4bp的恶性疟原虫FCC1 HN株Pf332基因序列 .序列分析表明 ,所获得的 614 4bp序列位于Pf332基因的编码区内 ,不含内含子 ,编码 2 0 4 8个氨基酸残基 ,包含 5个氨基酸残基重复区 .对恶性疟原虫FCC1 HN株Pf332基因 6 14 4bp序列的测定和分析 ,为获得Pf332全基因     

引起产科新生儿腹泻暴发的轮状病毒株VP4 VP7编码基因与其毒力关系的探讨

克隆并测定了引起产科新生儿腹泻暴发的P2[6]、G4型轮状病毒(BN株)VP4的VP8片段和VP7编码基因的核苷酸序列,并据此推导出其氨基酸序列。与相应标准株和地方株(包括有毒株和无毒株)比较的结果表明,所测VP8序列与相同型别(P2[6])的标准株M37(无毒株)和ST3(无毒株)、地方株N16(无毒株)和VE7156(有毒株)之间的同源性为92.8％～98.6％,胰酶作用位点各毒株间相同;位于aa49、aa50、aa52、aa53、aa78处的氨基酸在有毒株与无毒株间(包括BN株)不同,但分别保守。VP7基因与同型(G4)标准株ST3(A亚型/无毒株)和VA70(B亚型/有毒株)、意大利地方株PV5249(A亚型/有毒株)和北京地方株CR117(有毒株)、同型猪有毒株Gott之间的同源性为91.4％～97.8％,其中与A亚型的同源性为95.5％～96.3％,而与B亚型的同源性为91.4％,提示VP7为G4A亚型,位于aa38、aa78、aa145、aa238位点的氨基酸在有毒株与无毒株之间不同,但分别保守。分析了虽为P2[6]型却反常地引起新生儿腹泻暴发毒株(BN)的VP8与VP7基因的变异情况,并对轮状病毒毒力与VP4、VP7基因变异的相互关系进行了讨论,为慎重确定轮状病毒疫苗候选毒株提供理论依据。     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis Evirus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18．57％。将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97．1％～100％,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74．1％-77．6％,71．6％-74．1％,73.3％～78．2％和82．8％-91.4％,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89．4％-91．4％。以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEV Ⅳ T1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82．6％-91．3％,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV Ⅳ型。     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18.57%.将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97.1%～100%,为同一基因型;与HEV Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74.1%～77.6%,71.6%～74.1%,73.3%～78.2%和82.8%～91.4%,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89.4%～91.4%.以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEVⅣT1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82.6%～91.3%,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEVⅣ型.     

猪轮状病毒JL94中国分离株衣壳蛋白基因的分析

根据GenBank发表的猪轮状病毒衣壳蛋白vp4基因、vp6基因和vp7基因保守序列,设计合成3对引物,分别扩增猪轮状病毒中国分离株JL94株的此3段基因并进行序列分析。结果表明,JL94株vp4基因与国外分离株CRW-8株、OSU株、Gottfried株、4F株和4S株的VP4氨基酸同源性分别为97.16％、95％、71.88％、73.45％和70.88％;JL94株vp6与CRW-8株、OSU株、Gottfried株、4F株和4S株的VP6氨基酸同源性分别为96.98％、97.48％、93.20％、97.48％和93％;JL94株vp7基因与CRW-8株、OSU株、Gottfried株、4F株和4S株的VP7氨基酸同源性分别为98％、99.90％、75.40％、84.66％和80％。可见JL94株同CRW-8株、OSU株同源性更高些;vp4和vp7基因在同型间高度保守而不同型间差距较大,vp6基因在同群和非同群间差别不是很明显。同时可以判定JL94属于A群Ⅰ亚群G5P7血清型PRV。研究猪轮状病毒中国分离株JL94株衣壳蛋白基因的特征,为研制高效抗病毒疫苗奠定基础。     

鸭甲肝病毒3型2012年山东分离株VP1基因的序列分析

为揭示近年来鸭甲肝病毒3型(DHAV-3)中国分离株VP1基因的遗传变异规律,本研究对2012年从山东省分离到的13株DHAV-3的VP1基因分别进行PCR扩增、序列测序与分析。结果显示,13株DHAV-3的VP1基因均由720个核苷酸组成,共编码240个氨基酸,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为94.6%～99.9%和95.0%～100%。与GenBank中公布的31株DHAV-3的VP1基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.5%～100%和90.8%～100%。系统进化分析显示,DHAV-3可分为两个基因型,其中除疫苗毒B63之外所有中国分离株均属于GⅠ型,越南分离毒株主要属于GⅡ型S1亚型,而韩国分离株组成GⅡ型中的S2亚型,具有明显的地域特征。     

2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情的病原学研究

2002～2004年浙江省发生了无菌性脑膜炎暴发疫情,为了及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源,我们采集患者脑脊液和粪便样本271份,用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析。结果从271份样本中分离到埃柯病毒30型(E30)78株;对31株分离株VP1区核苷酸(nt)序列测定,其长度均为876nt,推导编码292个氨基酸(aa)。浙江E30株与原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为84.7%～86.3%和92.1%～94.2%;浙江E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1%～99.4%和96.2%～100%。在VP1基因进化树上浙江E30株分别位于G和H基因亚型分支上,与浙江E30G亚型株亲缘关系最近的国内外毒株分别为2003年江苏、山东株和1999年乌克兰株;与浙江E30H亚型株亲缘关系最近的毒株为2008年韩国株。VP4/VP2区同源性与进化分析结果与VP1相似。结果表明2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情由E30G和H二类不同基因亚型流行株引起;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省。     

H1N1亚型猪流感病毒广东分离株全基因克隆及其遗传演化分析

为了研究H1N1亚型SIV遗传演化与变异的特性,采用RT-PCR技术分别扩增A/Swine/Guangdong/LM/2004(H1N1)的8个基因片段,分别将其克隆到pMD18-T载体,进行全基因组序列测定.核苷酸序列测定结果显示:LM株SIV各基因片段均未发现核苷酸插入或缺失现象.HA切割位点处的氨基酸序列序列为IPSIQSR↓G,与高致病性SIV的H1N1亚型毒株的分子特征不符合.HA基因含有6个潜在的N-糖基化位点,4个在HAl的第11、23、87、和276位,增加2个分别在HA2的154和213位点;NA基因不仅在58、63、68、88和146位含有高度保守的N-糖基化位点,而且在44和235位增加2个潜在的N-糖基化位点,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.核苷酸同源性结果:HA基因与类人谱系的流感病毒分离株有很高的同源性(99%),而其他基因均与古典猪谱系的流感病毒分离株同源性较高(87%～98%).从绘制的各个片段进化树和核苷酸同源性分析结果,可以推测该毒株HA基因可能来源于类人谱系的流感病毒;而其他基因来源于古典猪谱系的流感病毒.     

肠道病毒ECHO13中国分离株的基因特征

为研究ECHO13病毒中国分离株的分子特征及其与世界其它分离株之间的基因关系,对1998年、2000年从中国福建省分离到2株ECHO13病毒进行基因序列对比分析.2株病毒分别命名为Fujian98-1和Fujian00-1,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1蛋白编码基因全长861个核苷酸片段并进行序列测定,将2株ECHO13病毒的VP1序列与所有已发表的ECHO13病毒VP1基因全长进行同源性比较.结果显示,福建分离株之间核苷酸同源性为79.6%,氨基酸同源性为93.4%;与遗传距离最近的法国CF1089-91(AJ537604)毒株的核苷酸同源性分别为80%和88%,与代表株Del Carmen的核苷酸同源性分别为75.8%和77.9%.通过VP1基因分析,福建2株病毒均属于ECHO13病毒,与血清中和试验鉴定结果一致.下载所有已发表的ECHO13病毒VP1序列并构建进化树,发现福建2株病毒分属不同的分枝,提示这2株病毒来自不同的病毒传播链.进一步分析发现,整个ECHO13病毒可划分为3个不同的基因型:A、B和C基因型.福建Fujian98-1和Fujian00-1分别被划分在基因型B和C中,各基因型之间的核苷酸差异均大于20%.为验证该分型方法,将26株来自不同国家和时间的ECHO13病毒和2株福建分离ECHO13病毒部分VP1基因序列进行对比分析,建立进化树.结果显示,所有ECHO13病毒被分在A、B和C3个基因型中,而2株福建分离病毒仍然被分在B和C基因型中.除了B基因型1株病毒以外,所有3个基因型之间的核苷酸差异均大于15%,与VP1全长分型结果基本一致,说明部分VP1序列的基因分析也能用于对ECHO13病毒进行规律和分子流行病学的研究中.该研究首次报道了ECHO13病毒中国分离株的VP1蛋白基因全长序列,并推荐按VP1基因全长核苷酸差异≥20%作为划分基因型的标准,将已知的ECHO13病毒划分为A、B和C3个基因型.同时也可用病毒VP1基因5′端部分序列替代VP1全长序列来划分基因型.     

2010年浙江省部分地区急性出血性 结膜炎暴发疫情病原学研究

为查明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎(AHC)暴发疫情的病因,并对病原进行分子溯源。本研究采用荧光RT-PCR方法直接从患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物提取病毒核酸后进行VP1全基因和3C蛋白酶区(3C)扩增和测序,同源性与进化分析。结果13份眼拭子样本中EV和CA24v核酸均阳性8份,分离到CA24v6株。选取4株病毒测序,获得VP1全长均为915个核苷酸(nt),3C区全长495nt,VP1和3C区均没有nt插入和缺失。2010年浙江4株CA24v分离株之间在3C区和VP1区核苷酸和氨基酸(aa)高度同源,2010年浙江CA24v分离株与原型株EH24/70在3C区的nt和aa同源性分别为85.2%～85.8%和96.2%～96.7%,与2002～2008年浙江、云南和广东CA24v株的同源性分别为93.4%～96.2%和96.7%～99.3%;浙江2010年CA24v株在3C区进化树的GⅣ基因亚型C4分枝上(GⅣ-C4),在VP1基因进化树的人类肠道病毒C组(EV-C)CA24v分枝上。研究表明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎暴发流行的病原为CA24v,GⅣ基因亚型,与引起2002～2008年浙江AHC流行的CA24v株(GⅣ)具有密切的亲缘关系,推测CA24v病毒自2002年以来一直在本地低强度循环,2010年又导致了浙江AHC的暴发。     

猪圆环病毒2型福建株的全基因组克隆与序列分析

根据GenBank上公布的猪圆环病毒2型全基因序列设计一对扩增PCV-2全基因的引物,建立扩增PCV-2全序列的PCR方法,并应用此方法从福建省不同地区采集的疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的仔猪肺组织病料中扩增出PCV-2全基因组(1 767 bp),将此基因片段克隆入pMD 18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV-2,并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,福建省不同地区采集的猪肺组织扩增出的PCV-2全序列与GenBank上公布的的全基因组同源性介于94.9%-99.8%之间,ORF1的同源性介于97.2%-99.9%,ORF2的同源性也很高,介于97.7%-99.8%之间。其中福州株、福清株和漳州株与中国农大报道的12株、郑州株5株、杭州4株、武汉株3株、上海株2株、扬州2株、南京1株和兰州1株共30株在一个进化分支上,同源性也高达99.3%。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究福建省生猪猪圆环病毒来源奠定一定基础。     

2017年湖北省襄阳市手足口病患者柯萨奇病毒A2型分离株的突变和重组分析

目的通过对2016-2017年襄阳市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)样品的分离与鉴定,了解主要病原之一的柯萨奇病毒A2型(Coxsackievirus, CV-A2)的分子生物学特征。方法收集2016年9月-2017年12月襄阳市HFMD患儿肛拭子样品,用人类横纹肌肉瘤细胞(RD细胞)培养,分离病毒。RT-PCR扩增CV-A2 VP1基因,Megalign软件分析VP1基因同源性,MEGA6软件构建系统发育树。比较3种疾病(急性迟缓性麻痹、手足口病和急性呼吸道感染)CV-A2分离株VP1氨基酸序列,分析可能的致病位点。扩增CV-A2代表株基因组全长序列,用SimPlot软件分析可能的重组事件。结果 2016-2017年CV-A2襄阳株之间VP1核苷酸及氨基酸同源性分别为96.4%~99.8%,98.0%~100.0%;襄阳株与CV-A2原型株(Fleetwood株)之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为80.8%~81.9%,95.3%~95.9%。与襄阳株同源性最高的为2017年江西株(GenBank:MG926784),核苷酸及氨基酸同源性分别为96.7%~98.8%,98.0%~98.6%。襄阳市HFMD主要病原之一的CV-A2 VP1基因系统发育树显示,襄阳株与国内主要流行株同属于基因型D。3种疾病分离株的VP1氨基酸比对发现,急性迟缓性麻痹分离株和HFMD分离株在第21、60、82和215位存在差异;而HFMD分离株与呼吸道感染分离株之间只在167位存在差异,由谷氨酸变成天冬氨酸。CV-A2重组分析提示,襄阳株在P1区域与Fleetwood株同属一分支,在P2区域与CV-A5 Swartz株亲缘性最高,但在P3区域与CV-A16 G-10株有较高的相似度。结论虽然CV-A2襄阳株与其他流行株在VP1区序列上亲缘性较高,但其VP1氨基酸突变或与其他肠道病毒的型间重组可能导致其致病特性与流行病学特点发生变化。     

轮状病毒的LLR疫苗株全基因组克隆及结构蛋白VP6基因遗传特征

目的了解轮状病毒(RV)的LLR疫苗株全基因组基因和蛋白特征、完善关键基因遗传稳定性研究,为疫苗的质量控制和研发提供依据。方法将LLR株毒种第38代在原代牛肾细胞上连续传至49代,提取第38、43、44、49代病毒RNA。通过RT-PCR方法扩增LLR株(38代)全基因组11个dsRNA片段和传代病毒VP6基因,分别将其克隆到p GEM-T载体中,进行序列测定与分析。结果 LLR株全基因组11条RNA,由18 498个核苷酸组成,共编码5 796个氨基酸;全基因组研究表明,所克隆的LLR株属于G10P[15]/NSP4[A]/SGⅠ基因型。LLR株VP6基因全长1 356 bp,含编码397个氨基酸的单一的开放读码框架(ORF)。各代次病毒的VP6基因核苷酸与推导的氨基酸变化完全一致,与Gen Bank中LLR参考株(L11595)同源性分别为99.9%和99.7%。与16株SGⅠ亚群RV代表株之间,核苷酸与推导的氨基酸序列同源性分别为84.0%~99.7%和97.0%~99.2%;与不同亚群RV代表株之间,VP6基因核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为77.7%~82.2%和92.2%~93.5%;LLR株各代病毒VP6基因核苷酸、氨基酸序列高度保守,各关键功能区未发生变异。结论 LLR疫苗株关键基因遗传特性稳定,为在分子水平保证LLR株毒种及其生产疫苗的安全性提供了依据;其全基因组克隆,为进一步研究RV生物学、免疫学和确定该病毒的分类学地位提供了科学依据。     

编码山羊补体C3d与口蹄疫病毒VP1融合蛋白重组质粒的构建及表达

旨在构建含分子佐剂山羊补体C3d基因的O型口蹄疫病毒VP1基因真核表达质粒。克隆山羊C3d基因, 通过linker(G4S)2将3拷贝C3d基因串联; 克隆羊源O型口蹄疫病毒VP1基因, 通过linker(G4S)2与3拷贝C3d基因相连, 构建重组质粒pUC19-VP1-C3d3。将VP1-C3d3融合基因亚克隆入含有分泌表达信号肽tPA序列的pcDNA3.1(+)CMV启动子下游, 构建重组真核表达质粒pcDNA3.1-tPA-VP1-C3d3。在脂质体介导下, 将pcDNA3.1-tPA -VP1-C3d3转染HeLa细胞。间接免疫荧光分析表明, VP1- C3d3在HeLa细胞中获得了瞬时表达, Western blot分析证实转染的阳性细胞能分泌预期大小(133 kD)的融合蛋白。重组质粒pcDNA3.1-tPA-VP1-C3d3为研制以羊补体C3d为分子佐剂的口蹄疫新型疫苗奠定了基础。