罗氏沼虾野田村病毒中国株RT-LAMP-LFD快速检测方法的研究北大核心CSCD

罗氏沼虾白尾病(White tail disease,WTD)是流行于罗氏沼虾苗种阶段的重要疾病,该病病原被确定为罗氏沼虾野田村病毒(Macrobrachium rosenbergii Nodavirus,MrNV),为了建立罗氏沼虾野田村病毒中国分离株(MrNV-chin)的便捷、灵敏、特异的分子诊断方法,本研究根据罗氏沼虾野田村病毒RNA2基因保守序列的6个区域设计了4条特异性引物和1条检测探针,将环介导等温扩增技术与侧向流层析试纸(Lateral flow dipstick,LFD)相结合,建立了MrNV的RT-LAMP-LFD检测方法。结果表明,该方法的灵敏度是常规琼脂糖凝胶电泳的10倍;从核酸提取到检测结果判定仅需45min;反应特异性强,对其他虾类病毒WSSV、IHHNV、IMNV、TSV和YHV扩增结果均为阴性;操作简单,不需要复杂的仪器,在61℃水浴反应即可;利用LFD试纸显示结果,肉眼可直接观察判定。作为一种快速灵敏实用的分子诊断技术,该方法有利于罗氏沼虾白尾病的诊断与预防。     

罗氏沼虾诺达病毒的核酸检测及其部分序列分析

根据安替列群岛分离的罗氏沼虾诺达病毒株基因组序列(MrNV-ant),制备特异性核酸探针,设计特异性引物,用点杂交和RT-PCR的方法检测在中国境内分离的罗氏沼虾诺达病毒(MrNV-chin).点杂交的方法可以检测出少于26ng的患肌肉白浊症的组织样品中的病毒,或少于25ng的病毒RNA样品;RT-PCR可以检测出少于25pg的RNA样品.扩增的MrNV-chin RNA1序列长858个核苷酸,与MrNV-ant的核苷酸一致率为957%,两者翻译后的氨基酸序列的一致率为99.7%.扩增的MrNV-chin RNA 2序列长1121个核苷酸,与MrNV-ant的核苷酸一致率为92%,两者翻译后的氨基酸序列的一致率为93.2%.因此,MrNV-ant和MrNV-chin应属于同一种病毒的不同分离株.用两株罗氏沼虾诺达病毒的RNA聚合酶序列与其它6株诺达病毒RNA聚合酶序列比较后构建的进化树中,罗氏沼虾诺达病毒与Alphanodavirus的亲缘关系近于与Betanodavirus的亲缘,组成了一个新的分支.     

罗氏沼虾体内两种病毒颗粒的分离、纯化与核酸特性

从患肌肉白浊症状的罗氏沼虾幼苗体内分离纯化得到两种大小不同的病毒颗粒.这两种病毒颗粒均为对称的20面体结构,表面光滑,无囊膜,对氯仿不敏感.一种是直径为26nm～27nm的颗粒,在氯化铯中的密度为132g/cm3,病毒基因组含两段单链的RNA,分别为30kb和12kb,具有诺达病毒科成员的特征.一种是直径为14nm～16nm的颗粒,在氯化铯中的密度为133g/cm3,含有一段大小为09kb的单链RNA,拟为卫星病毒样颗粒或辅助病毒.     

罗氏沼虾四倍体诱导的研究

对罗氏沼虾卵子极体排出时间和第一次卵裂时间进行了观察,并在此基础上,采用热休克和细胞松弛素 B(C,B)两种诱导方法成功诱导出了罗氏沼虾四倍体。石蜡切片显示,当罗氏沼虾卵子完全成熟时,第一极体已经 排出。第二极体排出的时间约在受精后55min。经过雌性原核和雄性原核的联会,第一次卵裂的时间约在受精后 210-230min。设计了多种处理条件,其中热休克诱导罗氏沼虾四倍体的最好条件是:受精后210min,用40℃水温处 理胚胎1．5min,在这种条件下,最高可以得到35．86％的四倍体率;而C．B诱导罗氏沼虾四倍体的最好条件是:受精 后230min,用1．0mg/L的C．B处理胚胎10min,此时最高四倍体诱导率达33．78％。     

罗氏沼虾繁殖行为的再描述

2007年6～9月对采自孟加拉国库尔纳专区羌纳县布苏尔河原产地罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)的繁殖行为进行了观察研究。配合摄像机录像技术,重点观察并记录了野生罗氏沼虾生殖过程中的主要行为特征。本文所涉及的繁殖过程特指在人工操控条件下,自两性遭遇、识别至雌虾抱卵为止这段时间。选择体重在80.0g以上的雄虾、40.0g以上的雌虾分别在当地河堤外侧的池沼中驯化适应15d,然后,在室内水泥池中观察其繁殖行为。罗氏沼虾在繁殖过程中呈现的典型行为主要有:两性遭遇及识别,雄虾的占位,雌虾的蜕壳,雄虾俘获雌虾及其交媾前的守卫、交媾及精荚传递,雄虾交媾后的守卫及释放雌虾,雌虾产卵及抱卵。其中,雄虾的配偶守卫行为是有效地保证两性生殖成功的交配策略之一。     

环介导等温扩增技术快速检测施罗氏弧菌(Vibrio shilonii)

【背景】近年来,珊瑚白化事件频有发生,面临着严重衰退。由气候变化引起的珊瑚病原菌快速增殖是导致珊瑚白化的主要因素之一。施罗氏弧菌是枇杷珊瑚的致病菌,能侵入珊瑚虫体内而使珊瑚白化死亡。【目的】优化并建立一种钙黄绿素显色法快速检测珊瑚致病菌施罗氏弧菌的环介导等温扩增(Loop-mediatedisothermalamplificaiton,LAMP)检测技术。【方法】以枇杷珊瑚致病菌施罗氏弧菌为研究对象,针对施罗氏弧菌的rpoD (RNA polymerase subunit D)基因设计6条特异性扩增引物,建立LAMP检测体系并检测其特异性和灵敏度,同时对LAMP法、常规PCR和荧光定量PCR3种检测方法进行比较分析。【结果】供检测的10个样品菌株中,施罗氏弧菌反应结果为阳性,呈亮绿色,其他9株包括阴性对照(灭菌水为模板)反应结果为阴性,呈浅橙黄色;同时,所建立的钙黄绿素-LAMP方法最低检测限度为3.641×10~3 cps/mL,具有与荧光定量PCR等同的灵敏度和准确性,是常规PCR最低检测限度的0.1%;此外,通过模拟野外海水样品检测发现,钙黄绿素-LAMP方法对海水样品中施罗氏弧菌的检测限度可达1.3×10~2 CFU/mL。【结论】建立的钙黄绿素-LAMP检测技术具有很好的特异性、灵敏度和准确性,其操作方法简单、方便,无需昂贵仪器,适用于野外现场珊瑚致病菌施罗氏弧菌的快速检测。     

罗氏沼虾与克氏原螯虾血细胞的比较研究

对罗氏沼虾与克氏原螫虾血细胞的分类与组成进行了染色观察比较研究。根据染色后光镜下血细胞的核质比、颗粒的大小和数量等来对血细胞进行分类,罗氏沼虾与克氏原螯虾的血细胞均可分为透明细胞、半颗粒细胞和颗粒细胞三类;其血细胞浓度分别为1.02±0.21×10⁷ Ind·ml^-1和0.85±0.15×10⁷Ind·ml^-1。2种虾血细胞的颗粒形态存在显著差异;透明细胞、半颗粒细胞和颗粒细胞占血细胞总量的百分比在罗氏沼虾为21.3±6.3%,45.7±2.5%,33.0±6.8%:在克氏原螯虾为12.0±5.8%、49.5±5.1%和38.5±9.5%。     

罗氏沼虾胚胎发育的研究：I.胚胎外部结构形态发生

罗氏沼虾的胚胎发育过程可准确地分为卵裂期、囊胚期、原肠期、前无节幼体期、后无节幼体期、前Ｓａｏ状幼体期和Ｓａｏ状幼体期七个时期。在２８℃水温条件下,胚胎发育的全过程约需４８０小时。     

恩诺沙星在罗氏沼虾体内的药物代谢动力学

应用反相高效液相色谱法(RP-HPLC)研究了恩诺沙星在罗氏沼虾(Macrobrachiumrosenbergii)体内的药物代谢动力学。实验结果表明,恩诺沙星在血淋巴、肝胰腺、肌肉中的平均回收率分别为86.54%±2.39%、85.43%±2.75%、95.01%±1.99%,其代谢产物环丙沙星在血淋巴、肝胰腺、肌肉中的平均回收率分别为94.34%±8.30%、75.17%±5.42%、80.42%±1.67%;恩诺沙星及其代谢产物环丙沙星在三种组织中的平均日内精密度分别为3.39%±0.53%和3.92%±1.24%,而日间精密度分别为5.11%±1.73%和5.28%±2.10%。恩诺沙星、环丙沙星的最低检测限分别为0.02μg/ml和0.01μg/ml。罗氏沼虾以10mg/kg虾体重剂量单次肌肉注射给药后,血液中药物浓度即刻达到峰值,并迅速向组织中分布。实验数据经MCPKP药动学软件分析,恩诺沙星在血淋巴中的主要药物代谢动力学参数为:t1/2α为0.581h、t1/2β为69.315h、Vd/F为7.230L/kg、CL/F为0.035L/h.kg、K12为0.01/h、K21为0.005/h、AUC为291.898μg/ml.h、Tmax为0.083h、Cmax为6.293μg/ml;恩诺沙星在肝胰腺、肌肉组织中主要药动学参数:t1/2α为1.941h、0.000h;t1/2β为70.732h、59.456h;AUC为308.07μg/ml.h、217.039μg/ml.h。三种组织中均能检测到恩诺沙星的活性代谢产物环丙沙星,但含量均处于较低水平,药物浓度-时间数据经MCPKP药动学软件处理后,不能用开放性一室模型或二室模型拟合。     

犬瘟热病毒RT-LAMP检测方法的建立和初步应用

目的利用环介导等温扩增（LAMP）技术建立一种检测犬瘟热病毒感染的新方法。方法根据GenBank中NP基因序列,设计4条LAMP特异性引物,对反应条件、特异性、可视化效果和应用效果进行研究。结果在60℃等温的条件下、1 h内可完成RT-LAMP扩增过程;特异性和可视效果良好;对63份临床标本进行检测,阳性检出率为71.4%（45/63）,检出率高于RT-PCR的63.5%（40/63）。结论建立的RT-LAMP检测方法,显示了较高的特异性和敏感性,而且兼具高效、快捷、可视化的优势,为临床检测犬瘟热病毒感染提供了一种快速简便的新途径。     

鹅副黏病毒环介导等温扩增快速检测方法的建立及应用

参照GenBank中登录的鹅副黏病毒(gallinacean paramyxovirus,GPMV)序列(AY325797),针对GPMV的F基因保守区域设计了4条引物,通过优化反应条件,建立了检测GPMV的逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),并进行了特异性试验、敏感性试验及临床样本检测.结果显示,建立的RT-LAMP方法对GPMV阳性样品扩增产物的电泳呈特征性梯状条带,而鸭瘟病毒(DPV)、鹅细小病毒(GPV)、番鸭细小病毒(MDPV)、鸭肝炎病毒(DHV)、鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer)、鸭源沙门氏菌(Salmonella anatamu)、鸡马立克病毒(MDV)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的扩增产物电泳后均无扩增条带.建立的RT-LAMP方法对GPMV的最低检出量为9.5 fg的cDNA模板,敏感性比常规RT-PCR方法高1 000倍.表明建立的RT-LAMP方法特异性强、敏感性高.对6份临床样本的检出率为100％ (6/6),与常规RT-PCR的符合率为100％.     

两种沼虾溶菌酶基因ORF的克隆和罗氏沼虾溶菌酶基因的组织表达(英文)

分别提取罗氏沼虾和日本沼虾血细胞总RNA,RT-PCR扩增获得特异性cDNA片段,纯化后克隆到T载体上。序列测定表明所克隆的两种沼虾溶菌酶基因的开放阅读框(ORF)为477bp,共编码158个氨基酸,包括溶菌酶成熟肽140个氨基酸残基和信号肽18个氨基酸残基。同源性分析表明,罗氏沼虾和日本沼虾溶菌酶基因的碱基序列及推测氨基酸序列高度同源,分别为99.4%和98.1%。两种沼虾溶菌酶基因的碱基序列和推测氨基酸序列与Gen-Bank上其他对虾溶菌酶的同源性达83.0%和80.0%以上。两种沼虾溶菌酶都具有c-型溶菌酶典型的两个酶活性位点(Glu51)和(Asp68),以及8个保守结构氨基酸残基Cys,且在101、106和107位上缺少Asp,因而推测本实验所克隆的两种沼虾溶菌酶基因属c-型溶菌酶基因的非钙结合亚型。以PCR法制备罗氏沼虾溶菌酶基因的生物素标记探针,斑点杂交检测感染弧菌后溶菌酶基因mRNA在各组织中的转录水平,结果表明受感染6h后在眼、肌肉、鳃、肝胰腺、肠管中的表达量均有升高,其中在肝胰腺中的表达量最高,约为对照组的560%。在不同感染时间里,肝胰腺中该基因表达量有较大的变化:感染后3h表达量最低,24h后表达量升至最高,大约为对照组的430%,48h时的表达量又有所下降,但仍明显高于对照组(约为330%)。受弧菌感染后罗氏沼虾溶菌酶基因转录的上调证明溶菌酶基因在非特异性免疫中的直接作用,同时表明肝胰腺可能在沼虾的免疫防御过程起重要作用。       

鸭瘟病毒LAMP可视化检测方法的建立

目的:建立一种快速、简便、特异性高的鸭瘟病毒(DPV)环介导等温扩增(LAMP)检测方法。方法:根据Gen Bank中DPVUI6基因的保守序列设计一套特异性引物,并对反应条件进行优化,建立DPV的LAMP可视化检测方法。结果:建立的LAMP方法对其他鸭常见病原体无扩增反应;可通过肉眼观察颜色直接判定结果;敏感性可达0.1fg,是常规PCR方法的100倍;扩增反应只须在常规水浴锅中进行,可在1 h内完成。结论:建立的DPV LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,可用于DPV感染的快速检测。     

罗氏沼虾胚胎发育的研究:Ⅰ.胚胎外部结构形态发生

罗氏沼虾的胚胎发育过程可准确地分为卵裂期、囊胚期、原肠期、前无节幼体期、后无节幼体期、前状幼体期和状幼体期七个时期。在２８℃水温条件下,胚胎发育的全过程约需４８０小时。     

口蹄疫病毒RT-LAMP检测方法的建立

利用逆转录环介导等温核酸扩增技术(RT-LAMP),建立了口蹄疫病毒快速检测方法,同时评价了该方法的灵敏性和特异性。结果表明,根据口蹄疫病毒多聚蛋白基因保守区段设计的LAMP引物能够在65℃下,1 h内实现目标核酸区段的大量扩增,检测结果可直接用肉眼判断。该检测体系具有极高的特异性,只能检测到目标病毒,与其他类似病毒如猪水泡病病毒、猪瘟病毒、猪细小病毒等无交叉反应,可检测到10-5稀释度的目标病毒核酸量,比普通RT-PCR的灵敏性高100倍,比荧光PCR高10倍。     

马氏沼虾蚤状幼体发育特征及其与罗氏沼虾幼体的形态差异

马氏沼虾(Macrobrachium malcolmsonii)的幼体从孵化到变态为幼虾要经过多次蜕皮,每次蜕皮均伴随形态及附肢特征的改变。采用显微观测摄像法对马氏沼虾Z1-Z12各期幼体样本30尾进行了观察,测量结果表明Z2与Z1在复眼上存在较大差异,Z3与Z2、Z4与Z5的主要分期特征均位于尾节上,Z6的腹部出现腹足萌芽,Z7与Z8的形态差异在于第一触角内鞭和外鞭的附肢变化,判别Z9-Z12的主要分期依据为步足、腹足和额角形态。因此通过观察Z1-Z12幼体第1触角上的内鞭和外鞭,第2触角上的触角鞭和触角片,头胸甲上的额角、背刺、复眼和第1、2对步足,腹部的附肢、尾节和尾扇等形态变化,及测定各期幼体附肢的分节数和刚毛数等可量性状上的差异,可为马氏沼虾蚤状幼体分期提供生物学依据;此外还对马氏沼虾与罗氏沼虾幼体的形态差异进行了比较,通过测定幼体触角鞭的分节数量,为两种沼虾幼体之间的鉴别提供参考数据。       

应用等温环介导扩增方法检测蜜蜂残翅病毒的研究

本文的目的在于建立用于临床检测残翅病病毒(Deformed wing virus,DWV)的等温环介导扩增技术(Loopmediated isothermal amplification,LAMP),为该疾病的预防和控制提供理论依据。在DWV基因保守序列设计4条引物,探究LAMP扩增的最优条件,并与常规的PCR(polymerase chain reaction)检测方法进行比较。建立的LAMP方法检测下限为0.89 pg,灵敏度比PCR高100倍而且特异性好。临床检测显示建立的LAMP方法可行、准确、方便、灵敏。针对DWV的LAMP建立的检测方法为养蜂生产第一线检测和预防DWV提供了技术支持,有一定的应用价值。     

鸡新城疫病毒RT-TaqMan-LAMP检测方法的建立及应用

【背景】新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)的传染可能会引发作为二类传染病之一的新城疫(Newcastledisease,ND),给养禽业带来巨大的经济损失,因而早期、精准的NDV筛查是防治ND暴发的关键。【目的】针对新城疫病毒(NDV)建立结合TaqMan探针的反转录环介导等温扩增技术(RT-TaqMan-LAMP)快速检测方法。【方法】根据NDV F基因序列设计特异性引物组和TaqMan探针,以重组质粒pMD-NDV-F为阳性标准品优化反应条件,验证该方法的特异性、灵敏性和重复性,同时与国家标准(GB/T16550—2020)中推荐的RT-qPCR方法比较,对70份实际样本进行验证。【结果】最佳反应条件为61℃60 min。引物和探针最优浓度：1.6μmol/L (FIP/BIP)、0.2μmol/L (F3/B3)、0.8μmol/L (LF/LB)、0.2μmol/L (GTP)。最低检测限为1.651×102 copies/μL,灵敏性是LAMP方法的100倍。无非特异性扩增,与禽流感病毒(avian influenza virus, AIV...     

菜粉蝶野田村病毒感染宿主的病理学变化及病毒的装配

应用光学组织切片和电镜超薄切片技术对菜粉蝶新的野田村病毒感染菜青虫幼虫的组织病理学和超微病理学变化以及菜青虫颗粒体病毒混合感染后的病理学变化进行了研究.结果表明该病毒只在菜青虫中肠细胞质内增殖.病毒侵染时,线粒体、内质网等细胞器均发生显著病变.该病毒与前人报告的能侵染菜青虫的其它病毒均有所不同.本文还讨论了野田村病毒的装配.