口腔念珠菌基因多态性检测

目的检测正常人群口腔念珠菌基因型,以了解口腔念珠菌基因多态性。方法采集162例正常人群口腔样本,用念珠菌显色培养基(CHROM agar)进行菌种分离培养鉴定,用玉米Tween80培养基进行真菌孢子形态学检查鉴定,随机抽取45个菌株样本进行内含子转录间隔区(internal transcribed spacer region,ITS)序列检测,并比对同源性,建立进化树,观察菌株进化分支情况。结果分离培养出念珠菌菌株57株(57/162,35.2%),其中白色念珠菌(Candida albicans)36株(36/57,63.1%)。进行ITS序列检测的45个菌株申请GenBank序列注册号为FJ697166-GQ280292。结论正常人群口腔念珠菌基因具有多态性。     

沈阳和抚顺地区上消化道疾病患者胃黏膜念珠菌感染状况

目的调查分析沈阳和抚顺地区上消化道疾病患者胃黏膜念珠菌感染状况。方法胃镜下钳取沈阳和抚顺地区214例上消化道疾病患者胃黏膜,快速尿素酶法检测幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori);采用CHROMagar培养基显色培养念珠菌,对分离到的各病患组念珠菌菌株进行内转录间隔区(internal transcribed spacer region,ITS)测序并申请Gen Bank登录序列号,与正常人群组口腔黏膜的念珠菌菌株共同建立进化树,观察进化情况,比对分析序列同源性。结果胃黏膜寄居念珠菌阳性率为40.65%(87/214),各组间念珠菌阳性率比较差异有统计学意义(χ2=8.785,P0.05)。消化性溃疡患者H.pylori与念珠菌同时感染的阳性率(44.44%,24/54)高于慢性胃炎患者(13.46%,29/156)。ITS测序鉴定出6种念珠菌,分别为白色念珠菌71株(80.46%),光滑念珠菌8株(9.20%),热带念珠菌1株(1.15%),克柔念珠菌1株(1.15%),C.caribbica 1株(1.15%),葡萄牙念珠菌7株(8.05%)。慢性胃炎组、溃疡组、正常人群组白色念珠菌菌株的进化树分支方向明显不同。结论沈阳及周边地区上消化道疾病患者胃黏膜感染的念珠菌中白色念珠菌为优势菌种;念珠菌与H.pylori同时感染者有胃黏膜损伤程度加重现象。     

获得性免疫缺陷综合征患者的新生隐球菌基因多态性研究

本文旨在调查2003 年1 月― 2007 年12 月分离自上海地区获得性免疫缺陷综合征( AIDS) 患者的新生隐球菌临床株的配型及基因型分布特征, 为隐球菌病的诊疗提供科学依据。首先以M13 为单引物对模板DNA 进行聚合酶链反应( PCR) 扩增, 参照标准株指纹图将临床株鉴定至基因型; 同时对12 株来自AIDS 患者的新生隐球菌临床株的内转录间隔区( ITS) 基因进行PCR 扩增、序列分析, 以CLUSTAL W1. 83 软件多重比对分析ITS序列的差别,MEGA3. 1 软件处理数据, NJ 法绘制系统进化树, Bootstrapping 法对系统进化树结果进行统计学检验, 区分新生隐球菌格鲁比变种、新生变种及格特变种菌株; 最后选用特异性引物PCR 特异性扩增相关基因, 鉴定α和a 配型。结果显示, 分离自上海地区的12 株隐球菌临床株中, 9 株( 75% ) 为VNⅠ基因型/ α配型菌株,3 株( 25%) 为VNⅡ基因型/ α配型菌株, 且ITS基因序列分析可将各临床株鉴定至变种水平。本研究提示, 分离自上海地区AIDS患者的新生隐球菌临床株存在一定的遗传多态性, 以VNⅠ基因型/ α配型菌株为主, 有少量VNⅡ基因型/ α配型菌株。     

接受化疗的恶性肿瘤患者口腔念珠菌分离株的毒力研究

目的研究接受化疗的恶性肿瘤患者口腔念珠菌分离株的细胞外磷脂酶活性、分泌型酸性蛋白酶活性及溶血活性。方法采用含漱法收集258例恶性肿瘤患者的漱口液标本,运用念珠菌分离鉴定方法,了解接受化疗的恶性肿瘤患者口腔念珠菌的检出及分布情况;并将分离鉴定的念珠菌分别接种在蛋黄培养基、BSA-琼脂培养基及羊血琼脂培养基,检测这些口腔分离株的胞外磷脂酶活性、蛋白酶活性以及溶血活性。结果接受化疗的恶性肿瘤患者口腔念珠菌检出率为38.4%。99株分离鉴定的念珠菌中,白色念珠菌67株,近平滑念珠菌16株,热带念珠菌5株,克柔念珠菌5株,光滑念珠菌3株,葡萄牙念珠菌3株。在99株念珠菌中细胞外磷脂酶、分泌型酸性蛋白酶及溶血性,检出率分别为74.7%、87.9%、86.9%。这三种毒力因子在白色念珠菌中的检出率分别为92.5%、100%、98.5%,在非白色念珠菌中分别为37.5%、62.5%、62.5%,两者比较差异具有统计学意义(P<0.001)。在67株白色念珠菌分离株中,92.5%的菌株同时产生了蛋白酶和磷脂酶,且半数以上为蛋白酶高活力。在非白色念珠菌中,62.5%(10/16)的近平滑念珠菌检出磷脂酶、蛋白酶、溶血性,具有最高的检出率;而5株克柔念珠菌均未产生胞外磷脂酶、蛋白酶、溶血性。白色念珠菌与非白色念珠菌的毒力因子比较中,白色念珠菌的磷脂酶活性(PZ=0.74±0.12)、蛋白酶活性(PA=0.37±0.33)、溶血指数(HI=0.36±0.10)明显高于非白色念珠菌(PZ=0.92±0.13、PA=0.73±0.24、HI=0.65±0.29)(P<0.001)。结论细胞外磷脂酶、分泌型酸性蛋白酶、溶血性是白色念珠菌的重要毒力因子。在接受化疗的恶性肿瘤患者口腔念珠菌分离株中,白色念珠菌的致病性明显高于非白色念珠菌。     

口腔扁平苔藓者白色念珠菌检出率及分离株的磷脂酶活性研究

目的:研究健康人和口腔扁平苔藓(oral lichen planus,OLP)患者的口腔白色念珠菌检出率及分离株的磷脂酶活性.方法:采用含漱液浓缩培养法及白色念珠菌微生物学鉴定法,考察健康对照组、糜烂型和非糜烂型OLP患者的白色念珠菌检出率;应用蛋黄培养基沉淀环面积测量法,比较来自于健康人(26株)、糜烂型OLP患者(62株)以及非糜烂型OLP患者(24株)共112株白色念珠菌的磷脂酶活性大小.结果:糜烂型OLP患者组的口腔白色念珠菌检出率高于健康对照组和非糜烂型扁平苔藓患者组;糜烂型和非糜烂型OLP患者组的白色念珠菌分离株的磷脂酶活性高于健康对照组.结论:两种类型的OLP患者组的白色念珠菌分离株与健康对照组相比,具有不同的毒性特征,白色念珠菌与OLP(尤其是糜烂型)发生发展可能相关.     

须癣毛癣菌的形态学及分子生物学鉴定

目的对临床上分离自人(36株)及狐狸(5株)的须癣毛癣菌菌株进行新的分类系统鉴定,并检测传统的分类方法是否能满足临床鉴定需要。方法①观察原鉴定为须癣毛癣菌菌株在沙氏培养基、1%蛋白胨培养基、溴甲酚紫乳固体葡萄糖琼脂培养基(BCP-MSG)和显微镜下形态学及尿素酶、毛发穿孔等生理学试验表现。②通过ITS区段和LSU区段分子生物学序列分析进行新的分类系统的菌种分型,并对传统形态学和生理学鉴定方法进行检测。结果①41株须癣毛癣菌形态学及生理学试验符合须癣毛癣菌(38株)和红色毛癣菌(3株)菌落的特点。②ITS区段序列分析发现ITS区段能将须癣毛癣菌和红色毛癣菌准确的鉴定到种,但无法明确其种内分型;而LSU区段序列分析可对36株(36/38)须癣毛癣菌有性型做出明确的鉴定。结论传统实验室鉴定方法仍具有其有效性及可靠性。通过分子生物学鉴定,临床分离的须癣毛癣菌皆为指(趾)间毛癣菌(38/38),而LSU区段的序列分析鉴定狐狸源性菌株皆属于本海姆节皮菌,有别于大多数人源性菌株有性型为万博节皮菌,对于须癣毛癣菌的菌种鉴定更优于ITS区段,但分子生物学试验还需结合形态学的观察,才能够对菌种做出正确的鉴定。     

家族传播的口腔白色念珠菌基因型多态性分析

目的检测家族传播的口腔白色念珠菌基因多态性。方法采集35个家庭（119个样本）的口腔牙菌斑,采用PCR ITS1-ITS2基因分型方法,检测、分析家族传播的口腔白色念珠菌基因多态性。结果 18个家庭（18/35,61%）,34个样本（34/119,28.6%）有白色念珠菌感染,11个家庭存在家族传播（11/18,61%）。在5个母子（父子）垂直传播的家庭成员中,白色念珠菌基因型均不一致。在3个呈水平传播的家庭成员中,两家基因型一致,1家不一致。在3个垂直-水平传播的家庭成员中,两家基因型一致,1家不一致。白色念珠菌家族传播基因型差异有显著统计学意义（χ2=26.571,P〈0.01）。白色念珠菌感染与年龄、性别、学历、吸烟、饮酒、义齿和龋病均无显著相关。结论白色念珠菌在口腔定植,受宿主自身遗传背景影响较大,在家族垂直传播中呈明显的基因多态性。呈水平传播的白色念珠菌菌种具有较高的传染性,基因型可保持不变。     

影响正常口腔念珠菌检出率的方法学研究

目的:研究不同检测方法对正常口腔念珠菌检出率的影响,寻找一种比较简便可靠的检测方法.方法:以健康的平均年龄7.4岁的儿童为检测人群,比较不同的取样部位,取样方法,检测方法,被检人群口腔中白色念珠菌以及其他念珠菌的检出率.结果:取样和检测方法对检出率有不同程度的影响,PCR检测方法的检出率显著高于培养法.结论:黏膜拭子加离心,和CHROMagar CandidaTM鉴定培养基相结合的方法是一种简便理想的分离培养方法,PCR方法则敏感度更高.     

白色念珠菌胃癌株对细胞粘附作用的研究

研究白色念珠菌 (candidaalbicans)正常人口腔株与胃癌株对口腔粘膜细胞及肺上皮细胞的粘附性能。将白色念珠菌与正常人口腔颊粘膜细胞或培养的人肺上皮细胞于 37℃温育一定时间后 ,计算每个细胞粘附白色念珠菌数。白色念珠菌胃癌株对两类细胞粘附能力均较正常人口腔株强 ,其差异有显著性 (p <0 .0 1)。粘附性是致病菌侵袭力的重要机制 ,粘附性增强是白色念珠菌由正常微生物群成员转变为条件致病菌的重要条件。     

HIV相关性口腔念珠菌RAPD多态性分析

运用RAPD技术对60株分离自HIV感染者口腔的念珠菌进行分析, 其中P2随机引物扩增条带数量0~5条, 大小300 bp~2 kb, 白色念珠菌以300 bp、400 bp和600 bp 3个主条带为主, 非白色念珠菌也存在类似条带。采用SPSS13.0聚类分析, 分为5个基因群, 14个基因型, 白色念珠菌主要为B群。其中P385和P403对5-氟孢嘧啶耐药, 聚为C1基因型(欧氏距离平方为0.115), P321和P522对两性霉素B耐药, 聚为D1基因型(欧氏距离平方为0.221)。表明HIV感染者口腔来源的念珠菌存在丰富的基因多态性, RAPD技术对于白色念珠菌的基因型鉴定具有重要意义; 念珠菌不同种间具有相对特征性的条带, 同种不同株间存在相似的条带特征; 某些条带特征可能与念珠菌的耐药性相关。     

分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析

【目的】采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力。【方法】以分离自印度洋深海沉积物的7株Streptomyces albidoflavus,11株Streptomyces cavourensis,16株Streptomyces pratensis为研究对象,以16S rRNA、atpD、recA和rpoB基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,获得序列。同时从NCBI上下载5株S.pratensis上述4个基因的序列,将所有序列在MLST网站进行比对,并构建系统进化树进行比较。【结果】S.pratensis各菌株种内比较发现,16S rRNA基因构建的系统进化树中相同基因型的菌株没有聚在一起,系统进化树不稳定,区分度不高。其余3个构建的系统进化树稳定,菌株的聚类关系与MLST数据库得到的基因型一致。同时,多基因聚类分析后将菌株分为6个类群。在3个种的种间多位点序列比较中,除区分度明显增加、进化树更加稳定以外,还发现rec A基因进化上比较特殊的菌株。【结论】多位点序列分析将实验菌株分为很多不同的类型,成功地将所分离的链霉菌进行了更细的分类,同时也找到部分菌株在个别基因上差异较大。此方法可以用于相近种的快速鉴定。     

白色念珠菌分泌型天冬氨酸蛋白酶在口腔扁平苔藓患者唾液中的表达

研究白色念珠菌分泌型天冬氨酸蛋白酶(SAP)家族在扁平苔藓患者唾液中的表达,进而探讨白色念珠菌病与扁平苔藓的关系。选取白色念珠菌携带者、白色念珠菌病患者、携带白色念珠菌的扁平苔藓患者、伴有白色念珠菌病的扁平苔藓患者各20例,念珠菌培养阴性的扁平苔藓患者10例。从唾液标本中直接提取RNA,进行RT-PCR。白色念珠菌携带者唾液中有SAP2、SAP4-6、SAP7的不同表达,携带白色念珠菌的口腔扁平苔藓患者唾液中有SAP2、SAP4-6、SAP7、SAP8、SAP9的不同表达,所有携带者中均未表现SAP1、SAP3和SAP10的阳性扩增。白色念珠菌患病者及伴有白色念珠菌病的口腔扁平苔藓患者唾液中有SAP1-10的不同表达。念珠菌培养阴性的扁平苔藓患者均无SAP1-10的阳性扩增。SAP9与扁平苔藓密切相关。     

木霉属2中国新记录种

[目的]明确我国南部地区土壤中分离得到的2株木霉菌的分类地位.[方法]采用PDAm培养基分离木霉菌菌株,通过形态学鉴定和内转录间隔区(ITS)序列、翻译延长因子1-alpha (Tef1-α)部分序列相似性分析对菌株进行初步鉴定;选取MEGA 4.0软件用Bootstrap最大简约法、水平3、重复1 000次来构建ITS、Tef1-α序列系统进化树并分析其亲缘关系.[结果]菌株CM01的ITS序列与GenBank基因库中Trichoderma intricatum strain GJS 02-78 ITS序列同源性高达99％,在ITS序列系统进化树中与模式菌株T.intricatum GJS 02-78、Trichoderma atroviride DAOM 179514亲缘关系最近;其Tef1-α序列与GenBank基因库中Hypocrea intricate strain GJS 02-78 Tef1-α序列同源性高达99％,在Tef1-α序列系统进化树中与模式菌株H.intricata GJS 02-78亲缘关系最近;其形态描述和模式菌株一致.菌株SCGA5003的ITS序列与GenBank基因库中Trichoderma stromaticum strain GJS 97-181 ITS序列同源性高达99％,在ITS序列系统进化树中与模式菌株T.stromaticum GJS 97-179、GJS 97-180、GJS 97-181、GJS 97-182、GJS 97-183亲缘关系最近;其Tef1-α序列与GenBank基因库中T.stromatieum strain GJS 97-183 Tef1-α序列同源性高达94％,在Tef1-α序列系统进化树中与模式菌株T.stromaticum CQSQ1032、GXNN7006亲缘关系最近;其形态描述和模式菌株一致.[结论]结合形态学特征与分子鉴定结果,判定菌株CM01为交织木霉(Trichoderma intricatum Samuels&Dodd/Hypocrea intricata Samuels et Dodd)、SCGA5003 为子座木霉(Trichoderma stromaticum Samuels & Pardo-Schulth/Hypocrea stromatica Bezerra,Costa & Bastos),即发现木霉属2个中国新记录种.     

大蒜素对白色念珠菌生长的抑制作用

探讨大蒜素对白色念珠菌生长的抑制作用。以NCCLS方案检测了胡桃楸提取物和伊曲康唑(ICZ)、氟康唑(FCZ)、两性霉素B(AMB)和5-氟胞嘧啶(5-FC)对133株白念珠菌体外生长抑制作用。标准菌株JC1A的M IC结果表明大蒜素提取物对白念珠菌的抗菌作用相当于FCZ,略低于ICZ、AMB和5-FC;临床分离株对ICZ和FCZ的耐药率很高,对大蒜素提取物的耐药率较低。大蒜素提取物对白色念珠菌生长有强力抑制作用。     

合肥地区鸡沙门菌带菌情况调查及其血清型与基因型分析

目的了解合肥地区临床健康鸡沙门菌的携带率及其分离菌株的血清型与基因型的分布情况。方法采集父母代鸡和商品肉鸡肛拭样品500份,利用常规法和PCR技术进行沙门菌的分离鉴定,并用凝集试验和ER IC-PCR技术确定分离菌株的血清型与基因型。结果合肥地区临床健康鸡沙门菌的携带率为4.2%(21/500),21株分离菌分属5个血清型,鸡-雏沙门菌14株(66.67%)、纽兰沙门菌3株(14.29%)、明斯特沙门菌2株(9.52%)、茨昂威沙门菌和圣保罗沙门菌各1株(4.76%),分离菌株的基因型聚类分为5个群7个基因型,相同血清型且来源相同的沙门菌基因型一致。结论鸡-雏沙门菌是合肥地区临床健康鸡携带沙门菌的优势血清型,基因型与相同血清型的来源有关。     

黑龙江省大豆菌核病菌核盘菌遗传多样性分析

了解黑龙江省不同地区侵染大豆核盘菌菌株分离物间的主要特性差异,利用PDA培养基对核盘菌进行分离和纯化,同时利用RAPD和rDNA-ITS标记方法对核盘菌进行遗传多样性分析,获得了50株纯化的核盘菌,用RAPD标记确定的遗传相似系数范围为0.54-0.98,平均相似系数为0.76,说明供试的核盘菌菌株的基因型具有一定的差异。对50个测定序列有差异的32个核盘菌ITS和5.8S rDNA片段的多序列对位分析,在ITS1区域的1-40bp种间变化较大,主要以碱基颠换和转换为进化形式。ITS2区域非常保守没有变异位点。黑龙江省核盘菌菌株在DNA水平上和ITS间隔区上具有较显著的遗传变异,显示出丰富的遗传多样性。     

两株滇产广义美味牛肝菌的分离培养及其分子鉴定

采用组织分离法从广义美味牛肝菌子实体分离获得2株稳定的菌株,初步研究了两菌株的分离和培养条件。用ITS序列分析,对分离菌株进行了分子鉴定。基于ITS序列构建的系统树表明两株菌属于美味牛肝菌复合群,并与夏生牛肝菌Boletus aestivalis（Paul.）Fr.有较近的亲缘关系。     

胃病患者胃黏膜真菌感染的检测

通过检测胃炎和胃溃疡、胃癌患者胃黏膜寄居的真菌,了解胃黏膜真菌的菌种多样性及其与胃溃疡的关系。采集消化科就诊患者胃镜钳取的胃黏膜标本63例,采用念珠菌显色培养基(CHROMagar)进行真菌分离培养鉴定。用玉米吐温80培养基进行真菌孢子形态学检查,用ITS(internal transcribed spacer region)序列限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)检测分析真菌菌种多样性。分离培养真菌32(32/63,50.8%)株,经ITS序列RFLP法鉴定为白假丝酵母菌31株,光滑假丝酵母菌1株。真菌阳性率与病理诊断成正相关(r=0.263,P=0.027),与性别、年龄、吸烟、饮酒、学历的相关性均无统计学意义(P0.05)。结果表明,胃黏膜寄居的真菌存在多样性,且真菌阳性率与病理损害程度存在相关性。     

贵州地区临床分离近平滑念珠菌复合群分布及其生物膜形成相关基因研究

目的 研究贵州地区近平滑念珠菌复合群临床分布和药敏特点,检测近平滑念珠菌生物膜形成能力及其CDC28基因的表达水平。方法 收集贵州地区2所三级甲等医院送检标本中分离出的菌株,利用BACTEC^TM FX仪、Phoenix-100仪对菌种进行鉴定,通过基因测序对近平滑念珠菌复合群各分型菌株进行鉴定;采用ATB FUNGUS 3试剂盒检测菌株体外药物敏感情况;检测血源性近平滑念珠菌生物膜形成能力及利用qRT-PCR技术检测它们的CDC28基因表达水平。结果 共分离鉴定出163株近平滑念珠菌复合群,其中近平滑念珠菌Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型分别占73.0%、6.1%和20.9%;尿液和血液是分离菌株最多的标本(均为50株);血液途径感染的菌株中,Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型分别占54.0%、10.0%和36.0%;三种基因型菌株对常见抗真菌药物无明显耐药性;17株临床菌株中,16株(94.1%)具有生物膜形成能力,其中2株、4株和10株菌株生物膜形成能力强、一般、弱,CDC28在2株生物膜形成能力强以及3株生物膜形成能力一般的菌株中表达上调。结论 分离的近平滑念珠菌复合群以Ⅰ型感染为主,三种基...     

我国一株鹦鹉幼雏病病毒全序列测定与初步分析

采用鸡胚成纤维细胞(CEF)培养增殖首次从湖北省云梦县分离的鹦鹉幼雏病病毒(Budgerigar fledgling dis ease virus,BFDV)分离株(BFDV HBYM02),经 PCR分段扩增法获得全基因组并完成序列测定。HBYM02 株全序列测定结果与GenBank中仅有的六株BFDV全序列进行同源性与进化分析。经BLAST分析,HBYM02株与其他六株BFDV同源性为98%~99%,为同一个基因型。运用Phylip3.5软件构建进化树,分析显示,来源于不同宿主的BFDV与宿主关系紧密,与地理分布没有明显的相关性。