通过miRNA基因表达谱的基因共表达网络构建对星形细胞瘤的基因靶标进行预测

星形细胞瘤为浸润性生长肿瘤,生长缓慢,多为隐形症状,难以早期发现.多数肿瘤切除后有复发可能,且复发后肿瘤可演变成间变性星形细胞瘤或多形性胶质母细胞瘤.因此寻找其生物标志物早期诊断,并研究新的治疗方法就十分重要.方法:通过选用GEO数据库的星形细胞瘤miRNA表达谱数据,进行差异分析以及靶基因预测,通过2者共表达网络的构...     

An Integrative Meta-analysis of MicroRNAs in Hepatocellular Carcinoma

We aimed to shed new light on the roles of microRNAs （miRNAs） in liver cancer using an integrative in silico bioinformatics analysis. A new protocol for target prediction and functional analysis is presented and applied to the 26 highly differentially deregulated miRNAs in hepatocellular carcinoma. This framework comprises： （1） the overlap of prediction results by four out of five target prediction tools, including TargetScan, PicTar, miRanda, DIANA-microT and miRDB （combining machine-learning, alignment, interaction energy and statistical tests in order to minimize false positives）, （2） evidence from previous microarray analysis on the expression of these targets, （3） gene ontology （GO） and pathway enrichment analysis of the miRNA targets and their pathways and （4） linking these results to oncogenesis and cancer hallmarks. This yielded new insights into the roles of miRNAs in cancer hallmarks. Here we presented several key targets and hundreds of new targets that are significantly enriched in many new cancer-related hallmarks. In addition, we also revealed some known and new oncogenic pathways for liver cancer. These included the famous MAPK, TGFβ and cell cycle pathways. New insights were also provided into Wnt signaling, prostate cancer, axon guidance and oocyte meiosis pathways. These signaling and developmental pathways crosstalk to regulate stem cell transformation and implicate a role of miRNAs in hepatic stem cell deregulation and cancer development. By analyzing their complete interactome, we proposed new categorization for some of these miRNAs as either tumor-suppressors or oncomiRs with dual roles. Therefore some of these miRNAs may be addressed as therapeutic targets or used as therapeutic agents. Such dual roles thus expand the view of miRNAs as active maintainers of cellular homeostasis.     

Mi-DISCOVERER: A bioinformatics tool for the detection of mi-RNA in human genome

MicroRNAs (miRNAs) are 22 nucleotides non-coding RNAs that play pivotal regulatory roles in diverse organisms including the humans and are difficult to be identified due to lack of either sequence features or robust algorithms to efficiently identify. Therefore, we made a tool that is Mi-Discoverer for the detection of miRNAs in human genome. The tools used for the development of software are Microsoft Office Access 2003, the JDK version 1.6.0, BioJava version 1.0, and the NetBeans IDE version 6.0. All already made miRNAs softwares were web based; so the advantage of our project was to make a desktop facility to the user for sequence alignment search with already identified miRNAs of human genome present in the database. The user can also insert and update the newly discovered human miRNA in the database. Mi-Discoverer, a bioinformatics tool successfully identifies human miRNAs based on multiple sequence alignment searches. It's a non redundant database containing a large collection of publicly available human miRNAs.     

红花microRNAs靶基因的生物信息学预测

miRNA是一类动、植物细胞中负责转录后调控的非编码RNA,植物的miRNA通常来源于具有茎环结构的单链RNA前体上,加工成熟后同ARGONAUTE转变成蛋白复合体结构,通过结合并沉默蛋白合成模板的方式关闭完整的基因表达网络。由于miRNA存在组织表达的特异性,且miRNA在植物中的表达高度保守。通过高通量测序获得的红花(Carthamus tinctorious L.)miRNA序列信息与红花转录EST数据库比对,通过靶基因预测筛选,对属于104个家族的173个红花miRNA进行预测,其中得到109个miRNAs对应调控的385个红花靶基因。并且通过Nr基因注释表明多数红花miRNA的靶基因编码包括调控细胞生长发育、信号转导及新陈代谢等相关的功能蛋白。     

油棕（Elaeis guineensis）中果皮发育过程中miRNA的表达动态分析

以CTAB法提取油棕（Elaeis guineensis）中果皮5个不同发育时期（G1～G5）的小RNA。从前期研究获得的油棕小RNA测序数据库中筛选12个候选miRNA,实时荧光定量PCR法（qRT-PCR）检测其在果实发育过程中的表达量变化,并进一步对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测。结果表明：中果皮5个不同发育时期小RNA的OD260/OD280比值在1.7～2.0之间;浓度分别是289、364、476、213、390 ng/μL;qRT-PCR检测结果显示,12个候选miRNA在5个发育时期均显著性差异表达,特别是在中果皮发育第4个时期（G4）和第5个时期（G5）表达量极显著增高,其中miR395和miR156在第4个时期表达量最高;miR395和miR528在发育第5时期表达量最高;靶基因预测结果显示差异表达的部分miRNA,其靶基因可能参与了脂肪酸代谢通路,如磷脂酸磷酸脂酶和磷脂酶D。本研究筛选的与脂肪酸代谢相关的miRNA为今后油棕脂肪酸代谢调控通路研究提供了可能的线索。     

miRNA在植物重金属胁迫应答中的作用

microRNA （miRNA）是一种新型的长度为20~24 nt的非编码RNA,通过对靶基因的表达调节进而参与调控植物体的多种生理代谢活动。重金属是一类重要的环境污染物,严重危害植物的生长发育,甚至导致植物死亡。植物在长期的进化过程中形成了抵御重金属胁迫的多种机制,如miRNA对特定基因转录后水平的调控就在逆境胁迫应答中发挥重要作用。本文综述了植物中参与重金属胁迫应答miRNA的种类及作用机制,为揭示重金属胁迫条件下基因表达调控机制,以及利用基因工程手段改良植物对重金属的耐受性提供了线索和依据。     

MicroRNA研究进展

MicroRNA(miRNA)是生物体内源长度约为21-25个核苷酸的非编码小RNA,通过与靶mRNA互补配对而在转录水平上对基因的表达进行负调控,导致mRNA的翻译抑制或降解。miRNA虽然微小,但它在真核生物发育和基因表达中通过与靶mRNA形成完全或不完全互补配对从而扮演着重要角色。它们参与动物体发育、细胞增殖与死亡、细胞分化等各种过程。综述了miRNA的发现、生物合成、特征与功能、靶基因的预测等方面的研究进展。     

MicroRNA与药用植物

MicroRNA（miRNA）是一类长度约为19～25个核苷酸的内源性非编码小分子单链RNA,对植物生长发育、次生代谢产物的生物合成以及抗逆性等有重要作用.近年来关于植物中miRNA的研究进展异常迅速,尤其是药用植物,目前已从一些药用植物中鉴定出miRNA,并分析了其在药用植物中的调控作用,这对药用植物的研究具有重要意义.本文综述了miRNA在植物中的产生途径、作用机制,同时重点介绍了miRNA在药用植物中的研究情况,使人们对药用植物中miRNA有更深的认识,为药用植物研究拓展新思路.     

Orchideen auf dem Weg zum Parasitismus? Über die Möglichkeit einer phylogenetischen Umkonstruktion der Infektionsorgane von Corallorhiza trifida Chat. (Orchidaceae) zu Kontaktorganen parasitischer Blütenpflanzen

An dem stets wurzelfreien Rhizom von Corallorhiza trifida Chat. (Orchidaceae) konnten hin und wieder kleine Wurzeln von benachbarten Pflanzen gefunden werden. Solche Wurzeln sitzen fest an lang behaarten Organen. Morphologisch-anatomische Untersuchungen bestätigen, daß einige dieser Haare auch in die lebende Wurzel einzudringen vermögen. In der vorliegenden Arbeit wird die Entwicklungsweise und Mykotrophie der Korallenwurz beschrieben und das Mykorrhizaorgan mit den einfachsten bzw. primitivsten Haustorienformen mancher parasitischer Blütenpflanzen verglichen. Bei diesen für eine große Zahl von Orchideen typischen Organen handelt es sich zwar nicht um Haustorien im engeren Sinne, die Möglichkeit einer phylogenetischen Umkonstruktion zu Kontaktorganen wird aber diskutiert.     

深圳市百合科地被植物应用现状及水分适应性研究

为探讨在满足园林观赏性前提下植物的节水灌溉量,通过盆栽控水试验,比较了麦冬(Ophiopogon japonicas)、银边山菅兰(Dianella ensifolia‘Silvery Stripe’)、蜘蛛抱蛋(Aspidistra elatior)、天门冬(Asparagus cochcinchinensis)等4种百合科植物在不同水分条件下植株的生长和光合指标的变化。结果表明,在土壤相对含水量为60%~65%(适宜水分)下,4种百合科地被植物均长势旺盛。麦冬、银边山菅兰、天门冬在土壤含水量为40%~45%(中度胁迫)时,仍可保持较好的观赏性。蜘蛛抱蛋耐旱性较强,可在20%~25%(重度胁迫)的土壤相对含水量下生长良好。这对百合科园林地被植物水分管理具有指导意义。     

miRDOA:集数据存储与在线分析于一体的综合型microRNA数据库

miRNA(microRNA)是一类小的非编码RNA,普遍存在于动物、植物等多个物种中,研究表明在原生生物以及病毒中也有miRNA。miRNA在生物的成长、发育、细胞凋亡、神经紊乱、癌症等多个方面都起到至关重要的作用,miRNA还可作为Biomarker应用于癌症等疾病的诊断和治疗。miRDOA (miRNA Database and Online Analysis)数据库存储了二百多个物种的miRNA相关信息,提供了基本的浏览和搜索功能。用户可以通过物种来浏览miRNA相关数据,也可以通过miRNA、靶基因或者序列进行检索。除此之外,miRDOA还提供了在线分析模块,主要对高通量测序数据进行初步分析,在此基础上,添加了靶基因预测、表达谱数据差异分析,以及在线BLAST功能。miRDOA是一个完全免费的开源的数据库网站,并实时更新。     

埃博拉病毒来源miRNA的研究综述

近年来,随着对microRNA（miRNA）的广泛研究,人们发现,不仅有细胞结构的生物具有产生miRNA的能力,无细胞结构的病毒同样具有产生miRNA从而影响自身复制及调控宿主基因表达和信号通路的能力。埃博拉病毒（Ebola virus,EBOV）已经多次导致一定规模的流行,病毒的高致死率和复杂的致病机制引起了人们的高度重视,多项研究指出EBOV具有产生miRNA的能力,且在其感染过程中发挥一定的作用。本文对埃博拉病毒来源miRNA的预测、证实及检测相关研究进行综述,以期为全面了解EBOV来源的miRNA提供参考。     

TargetCompare: A web interface to compare simultaneous miRNAs targets

MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding nucleotide sequences between 17 and 25 nucleotides in length that primarily function in the regulation of gene expression. A since miRNA has thousand of predict targets in a complex, regulatory cell signaling network. Therefore, it is of interest to study multiple target genes simultaneously. Hence, we describe a web tool (developed using Java programming language and MySQL database server) to analyse multiple targets of pre-selected miRNAs. We cross validated the tool in eight most highly expressed miRNAs in the antrum region of stomach. This helped to identify 43 potential genes that are target of at least six of the referred miRNAs. The developed tool aims to reduce the randomness and increase the chance of selecting strong candidate target genes and miRNAs responsible for playing important roles in the studied tissue.

Availability

http://lghm.ufpa.br/targetcompare     

PLOD3基因3′调控区的人类特异突变改变miR-124a对PLOD3的调控

microRNAs(miRNAs)是一类在转录后水平调控基因表达的不编码蛋白质的小RNA(长度20—24个碱基)。其中,miR-124a是一个在哺乳动物中枢神经系统高度表达的miRNA,在神经前体细胞向神经元分化的过程中起着举足轻重的作用。由于miRNAs特异性地识别靶基因的3′端调控区(3′UTR)的靶序列,因此,在人类起源过程中基因3′UTR的单核苷酸序列变异有可能导致miRNA调控的改变。通过靶基因预测和3′UTR区在哺乳动物代表物种间的同源序列比较,我们发现miR-124a的靶基因中有一个基因(PLOD3)3′UTR的靶位点中存在人类特异突变位点。利用体外报告基因系统,发现PLOD3基因3′UTR靶位点中所含的一个人类特异的突变导致miR-124a对PLOD3的调控效率降低。研究表明,miRNAs靶基因3′UTR的序列变异具有功能效应,它有可能是人类中枢神经系统在起源和演化中发挥关键作用的重要遗传机制之一。