斑点叉尾GHRH基因3个SNPs位点及其单倍型组合与生长性状的关联分析

研究旨在探讨生长激素释放激素基因(Growth hormone-releasing hormone,GHRH)对斑点叉尾(Ictalurus punctatus)生长性状的影响。采用DNA混池测序法筛选GHRH基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,使用SNa Pshot法将筛选到的SNPs多态性位点进行分型,并对这些位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在GHRH基因内含子区域共检测到4个SNPs位点,并成功地对3个位点进行了分型,3个位点间均不存在强连锁不平衡;3个SNPs位点在176尾斑点叉尾中形成了6种有效单倍型。关联分析表明SNP位点g.6301 GA的AA基因型的体质量显著性地高于AG和GG型(P0.05),比群体的平均体质量高14%。单倍型组合H1/H4和H1/H5个体的体质量和体长极显著性地高于其他单倍型组合(P0.01),体质量比群体平均体质量分别高30%和15%,体长比群体平均体长分别高7%和6%。研究为斑点叉尾生长性状分子标记辅助选育和QTL定位提供了参考依据。     

中华绒螯蟹MSTN基因SNPs多态性及与生长性状的关联分析

为研究中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肌肉生长抑制素基因(myostatin, MSTN)的多态性及其与生长性状的相关性, 对中华绒螯蟹3个群体(育种群体、大赛群体、野生群体)共321个个体MSTN基因的多态性进行筛选, 发现该基因的第1外显子存在3个多态性SNP位点(S1: C714T; S2:G729A; S3:G753T), 均为处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)的中、高度多态性位点。利用一般线性模型分析3个位点及其基因型组合与生长性状的相关性, 发现S1位点对中华绒螯蟹的体重和壳长等生长性状有显著影响(P≤0.05), 而其余2个位点与生长性状无显著关联性。结果表明S1位点的TT基因型对中华绒螯蟹的生长最为有利, 可作为分子标记辅助育种的候选标记。     

猪Pitx2c基因4个SNPs的鉴定及其与肉质性状的关联分析

为研究猪Pitx2c基因与肉质性状的关系,在猪Pitx2c基因中共发现了8个SNPs位点,对其中的4个SNPs位点在4个商业猪种及8个中国地方猪种进行了等位基因频率检测,并在大白×梅山猪F2资源家系中进行了性状关联分析.结果显示,位点c.474C〉T（P〈0.01）及c.636C〉T（P〈0.05）与肉色（MCV1）存在显著或极显著相关;位点c.＊37G〉A及c.＊47G〉A与滴水损失（DLR）、系水力（WHC）及肉色（MCV1）均存在显著相关（P〈0.05）.连锁不平衡分析表明,临近的位点两两之间存在连锁不平衡（LD）.单倍型分析显示,存在两种主要单倍型,并且两拷贝的单倍型-CCGG-有利于肉质的改善.     

植酸酶对斑点叉尾鲴生长性能及磷当量的研究

试验旨在研究饲料中添加植酸酶对斑点叉尾 [初始平均体重(1.70±0.04) g]生长性能及植酸磷利用的影响, 确定植酸酶的磷当量。试验采用单因素试验设计, 以 Ca(H2PO4)2提供外源无机磷, 同时添加不同浓度植酸酶, 试验设计为 10 个处理组, 分别为 1 个对照试验组、4 个无机磷试验组(0.3%、0.5%、0.8%、1.2%)和 5 个植酸酶试验组(300、500、1000、1500、2000 U/kg), 每个处理 3 个重复, 每个重复 30 尾鱼。通过折线模型确定植酸酶的最佳添加量; 通过回归分析, 建立响应指标(特定生长率、椎骨磷)与外源磷添加量之间的线性关系, 进而确定植酸酶的磷当量值。结果表明: (1)添加植酸酶的处理组与对照组相比, 增重率、特定生长率、蛋白质效率、肥满度均有显著提高(P<0.05), 饲料系数、肝体比、脏体比均有下降(P<0.05), 成活率各处理组没有显著差别(P>0.05); 鱼体粗蛋白、粗灰分、钙、磷及椎骨粗灰分、钙、磷均有显著提高(P<0.05), 鱼体粗脂肪含量有所下降。(2)无机磷添加水平与响应指标之间线性关系如下: Y1=0.2714X+2.294(X-无机磷, Y1-特定生长率, R2=0.9238), 300、500、1000、1500 和 2000 U/kg 植酸酶分别可替代 1 kg 饲料中 0.13%、0.57%、0.76%、1.46% 和 1.35% 的 磷 酸 二 氢 钙 , 等 效 于 添 加 了 0.03% 、 0.14% 、 0.19% 、 0.36% 和 0.33% 的 有 效 磷 ;Y2=0.8737X+5.1028(X-无机磷, Y2-椎骨磷, R2=0.9638), 300、500、1000、1500 和 2000 U/kg 植酸酶分别可替代1 kg 饲料中 0.47%、1.11%、1.18%、1.38%和 1.41%的磷酸二氢钙, 等效于添加了 0.12%、0.27%、0.29%、0.34%和 0.35%的有效磷。在试验条件下, 添加 1000―2000 U/kg 植酸酶能有效改善斑点叉尾 生长性能, 有利于营养物质在鱼体中的沉积, 促进骨骼矿化。以特定生长率为响应指标, 植酸酶最佳添加量为 1435 U/kg等效于添加了 0.37%的有效磷; 以椎骨磷为响应指标, 植酸酶最佳添加量为 1226 U/kg 等效于添加了 0.33%的有效磷。     

口腔扁平苔藓患者的CIITA基因单倍型分析

目的:分析CIITA基因中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的单倍型与口腔扁平苔藓(Oral Lichen Planus,OLP)之间的关系,并探讨计算单倍型的新方法。方法:在得到42名患者与86名对照的CIITA基因中15个SNP位点的信息后,通过Haploview和SHEsis软件以及本研究组设计的频数计数法进行单倍型分析。组间比较使用χ2检验,并以P=0.05作为统计检验标准。结果:在本研究群体中,CIITA基因上的15个SNP位点能够形成两个单体域(haploblock),其中由位点rs6498124,rs11647384和rs4774所组成的单倍型GAC在三种单倍型分析方法中均显示出显著的统计学差异(Haploview:Chi2=6.127,P=0.013;SHEsis:Chi2=6.469 P=0.011;频数计数法:Chi2=5.460,P=0.019)。结论:在由CIITA基因的SNP位点rs6498124,rs11647384,rs4774组成的单体域中,单倍型GAC对OLP的患病具有潜在的保护性。频数计数法显示,rs4774位点本身的保护性及其与同一单体域内另外两个位点之间的完全连锁不平衡关系是单体型GAC显示出保护性的主要依据。提示单倍型对疾病易感性的解释在于其中的特定SNP位点等位基因型,及其该位点与其它相关位点间的连锁不平衡关系。     

大口黑鲈IGFBP1基因SNPs的筛选及与生长性状的关联分析

本研究使用PCR技术扩增得到2 743 bp长度的大口黑鲈IGFBP1基因序列,序列含4个外显子和3个内含子,编码263个氨基酸。采用直接测序法在IGFBP1基因上筛选到4个SNPs位点,分别位于该基因核苷酸序列中的第147个、第791个、第2 436个和第2 676个碱基,其中2个位点位于外显子上,A-141C位点发生了同义突变,C-791T发生了错义突变,随机检测同批430尾实验个体中4个位点的基因型,均符合Hardy-Weinberg定律。其中A-2436G和C-2676T位点完全连锁,组成单倍型标记H1。分析H1标记中的AB和AA基因型实验群体,显示两者在尾柄长、全长指标上存在显著差异(p0.05)。综合分析表明,H1标记可用于大口黑鲈分子辅助育种研究。     

氧化油脂对斑点叉尾鮰生长、体色和抗氧化能力的影响

为考察正常及氧化鱼油、豆油、混合油脂(鱼油﹕豆油=1﹕1)对斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)生长性能、体色和肝脏抗氧化能力的影响, 设计6组等氮等脂饲料, 分别添加6%鱼油、6%豆油、3%鱼油+3%豆油、6%氧化鱼油、6%氧化豆油、3%氧化鱼油+3%氧化豆油, 饲喂6组初始体重(150.5±4.2 g)的斑点叉尾鮰8周, 每组3个重复, 每个重复14尾鱼。结果表明, 摄食6%鱼油、6%豆油、3%鱼油+3%豆油饲料的斑点叉尾鮰在增重率、饲料系数、肌肉组成、体色和肝脏抗氧化指标上均无显著差异(P>0.05); 摄食3组氧化油脂饲料后, 鱼体增重率和肌肉粗脂肪含量降低(P<0.05), 饲料系数和背部、尾部皮肤b*(黄度值)增加(P<0.05), 肝脏丙二醛(MDA)和血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、总胆红素(TBIL)和直接胆红素升高(DBIL)(P<0.05), 肝脏超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、还原型谷胱甘肽降低(GSH)(P<0.05), 而肌肉色度值(L*、a* 、b*)和肌肉水分、粗蛋白质、灰分含量无显著差异(P>0.05)。以上结果表明, 6%氧化油脂(鱼油、豆油或混合油脂)导致斑点叉尾鮰生长性能下降、皮肤黄度增加、肝脏抗氧化能力受损; 豆油可替代斑点叉尾鮰饲料中鱼油的使用, 而不会对生长产生负面影响。     

A-FABP基因多态性与肉鸡生长和体组成性状的关联

为探讨A-FABP基因多态性对肉鸡生长和体组成性状的影响,文章选用肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代肉仔鸡为实验材料,采用测序、PCR-RFLP、PCR-LP、DHPLC方法进行基因多态性检测和个体基因型分析,通过对8个SNPs进行连锁不平衡分析并选择5个标签SNPs构建单倍型,进而利用单位点和单倍型分别与鸡生长和体组成性状进行关联分析。结果表明,7个SNPs(除SNP 5以外)及单倍型同时对鸡肌胃重、肌胃率有显著影响(P<0.05),而对生长和其他体组成性状无显著影响(P>0.05)。鉴于不同物种A-FABP基因现有的功能研究均没有发现其对消化系统有重要作用,因此该基因是否为影响肉鸡肌胃重和肌胃率的主效基因还有待于进一步研究。     

中华鳖GHSR基因SNPs的筛选及生长性状的关联分析

为探究GHSR基因多态性对中华鳖(Pelodiscus sinensis)生长相关性状的影响,采用直接测序法在GHSR基因5'侧翼和3'侧翼上筛选SNPs位点,共检测到5个单核苷酸多态性位点:A335T、G397T、A527G、A13482C和T13526A。随机选取同批繁殖的1冬龄200只中华鳖用直接测序法进行SNPs位点的分型,并分析与生长性状的相关性。检测结果显示,所有SNP位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(p>0.05)。方差分析显示,A336T位点的AT、TT基因型的体重、背甲长、背甲宽和裙边宽4项生长数据均显著高于AA基因型。A13482C位点的AC基因型的体重、背甲长、背甲宽和裙边宽4项数据均显著高于AA基因型(p<0.05)。研究表明,本实验在GHSR基因上获得的这些SNP位点可能影响着中华鳖的生长性状或与之紧密连锁,可为中华鳖分子辅助育种提供助力与参考。     

中华鳖GHRL基因SNPs的筛选及生长性状的关联分析

为探究GHRL基因多态性对中华鳖(Pelodiscus sinensis)生长性状的影响, 采用直接测序法在GHRL基因上检测到14个单核苷酸多态性位点C289T、G501T、T738C、G776T、A841G、T885C、T2960C、A2987T、G3390A、A3857C、G4718A、T4820C、A4850C、T4979C。随机选取同批繁殖的120只中华鳖用飞行时间质谱法进行SNPs位点的分型, 并分析与生长性状的相关性。检测结果显示, 所有SNP位点均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。方差分析结果显示, C289T位点CT、CC基因型的5项生长数据均显著高于TT基因型(P<0.05)。S2位点AB基因型的体重、背甲长、背甲宽和裙边宽4项数据均显著高于AA基因型(P<0.05)。G3390A位点AG基因型的背甲长、背甲宽2项数据显著高于AA基因型(P<0.05)。G4718A位点AG基因型的背甲长、背甲宽、裙边宽3项数据显著高于AA基因型(P<0.05)。在GHRL基因上获得的SNP位点可能影响着中华鳖的生长性状或与之紧密连锁, 可为中华鳖分子辅助育种提供助力与参考。     

尼罗罗非鱼ghrelin基因的多态性及其与生长性状相关SNP位点的筛选

为了研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长激素促分泌素基因(ghrelin)的多态性及其与生长的相关性, 研究以两个尼罗罗非鱼群体(快长群体和基础群体)的DNA样本各40份为模板, 通过PCR扩增和测序获得ghrelin基因序列。通过Dnasp v5和MEGA 5.0分析序列多态性、筛选有效SNP 位点; 采用Snapshot法对两个群体子代ghrelin基因中SNP位点进行基因分型, 然后分析SNP位点基因型与生长性状的相关性。结果表明, 快长群体ghrelin基因中的单核苷酸变异位点数(S)比基础群体要少, 而核苷酸多态性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)要略高于基础群体。共筛得3个有效SNP 位点(S1、S2和S3), 均分布于第1个内含子中。遗传结构分析表明, 3个SNP 位点在两个群体的子代中均为低度多态性位点(PIC0.25), 但处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05);快长群体子代中3个SNP 位点的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数均小于基础群体子代的相应值, 3个SNP 位点的遗传多样性参数、基因型和基因频率在同一群体中高度一致, SNP 位点之间完全连锁。两个群体子代中3个SNP 位点处的优势基因型相同, 但快长群体子代中优势基因型频率要明显大于基础群体子代中相应基因型频率。对两个群体子代的生长性状与SNP基因型进行关联性分析的结果表明,尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)在不同基因型中存在显著差异(S1:GG AG, S2:TT AT, S3:AA AT)(P0.05)。D1双倍型(S1:GG, S2:TT, S3:AA)所对应的尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)显著高于D2双倍型(S1:AG, S2:AT, S3:AT)。以上结果表明, 尼罗罗非鱼ghrelin基因3个SNP 位点完全连锁, D1双倍型与快长性状密切相关, 可作为尼罗罗非鱼分子标记辅助育种的候选标记。     

大口黑鲈转录组SNPs筛选及其与生长的关联分析

为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq（RNA sequencing）技术挖掘SNPs（Single nucleotide polymorphisms）标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据,8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNaPshot分型,结果39个分型成功,其中有4个为假阳性,通过转录组技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究,研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料,SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性,结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性（P<0.05）,可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况,从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高,效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径,为选育提供遗传依据、加速育种进程。     

转移人生长激素基因和注射人生长激素对促进银鲫生长的研究

本研究将人生长激素基因重组 DNA 导入银鲫受精卵,或用人生长激素对60日龄银鲫连续6周腹腔注射,均观察到了受体鱼的快速生长效应,转移人生长激素基因鱼在60日龄时的平均体重比对照鱼平均体重增加82%,相应体长平均值比对照鱼增加19.7%;在125日龄时,转基因组平均体重比对照组增加17.7%,相应体长平均值比对照增加3.5%。定期注射人生长激素,在6周的注射实验过程中,实验鱼的体重,体长都与对照组相近或略有减小。但是,在水泥池中饲养一个月后,注射10/μg/g 体重的实验组鱼平均体重比相应对照组鱼的平均体重增加32%;相应体长平均值增加11%。     

达氏鲟生长激素基因cDNA克隆、表达及免疫荧光定位研究

为研究达氏鲟(Acipenser dabryanus)生长激素(Growth Hormone, GH)基因的功能, 合成了达氏鲟垂体SMART cDNA, 克隆得到GH全长cDNA序列。达氏鲟GH全长cDNA序列为1008 bp, 由52 bp的5'端非编码区(Untranslated region, UTR)、编码214个氨基酸的645 bp开放阅读框(Open reading frame, ORF)和311 bp的3'UTR构成。运用GH氨基酸序列构建进化树分析发现, 达氏鲟与两栖类、爬行类和哺乳类的一致性要高于真骨鱼类。实时荧光定量PCR结果表明, 达氏鲟GH mRNA主要在垂体和下丘脑中表达, 且垂体中GH的表达量约为下丘脑的110倍; Western-blot研究结果与qRT-PCR一致, 仅在垂体和下丘脑中检测到生长激素蛋白, 且垂体中GH的表达量远高于下丘脑。免疫荧光定位结果显示, GH主要定位于垂体中部, 下丘脑中也有少量荧光信号; 苏木精-伊红组织切片染色研究表明, GH主要是由嗜酸性的生长激素分泌细胞分泌。研究为深入研究脊椎动物生长激素基因的进化和人工养殖达氏鲟的生长调控提供了基础。       

鲢EST-SSR标记的开发及其与生长性状关联性分析

研究采用Illumina高通量测序技术对鲢(Hypophthalmichthys molitrix)卵组织进行转录组测序分析,筛选多态EST-SSR标记并与生长性状进行关联性分析。研究结果显示:(1)测序组装总Unigene 77129个, SSR共24458个,占所测EST数据的31.7%。鲢包含SSR的EST序列主要有二碱基、三碱基、四碱基和五碱基组成。二碱基中, AC含量最丰富;(2)随机挑选175条EST序列设计SSR引物,筛选出多态EST-SSR标记36个, Blast结果显示有10条已知基因功能;(3)全同胞家系检测结果显示有两个标记与鲢的生长性状相关。SCE26与体长和体重显著相关(P<0.05), SCE65与肥满度显著相关(P<0.05)。研究结果将为鲢的分子标记辅助育种的应用提供基础理论指导。     

生长激素及其基因转移对鱼类生长和渗透压的调节作用

生长激素及其基因转移对鱼类生长和渗透压的调节起着重要作用。转生长激素基因鱼表现出明显的快速生长效应。生长激素促进了鲑科鱼类对海水的适应能力。本文对此进行了综述,并讨论了生长激素及其基因转移对鱼类生长和渗透压调节作用的生理机制、生长激素与胰岛素样生长因子以及甲状腺激素的关系。     

中华绒螯蟹蜕皮抑制激素基因全长cDNA克隆和重组表达

根据实验室分离自中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)的一种蜕皮抑制激素(Molting-inhibiting hormone,MIH)N端氨基酸测序结果设计简并引物,采用RACE方法,首次从中华绒螯蟹眼柄中克隆到蜕皮抑制激素基因全长cDNA(Es-MIH,GenBank登录号:DQ341280),该基因全长为1457 bp,开放阅读框为330 bp,编码110个氨基酸(含有35个氨基酸的信号肽);其成熟肽包含C7-C44、C24-C40和C27-C53三个二硫键,有典型的CHH家族结构域。该cDNA编码的氨基酸序列与地蟹(Gecarcinus lateralis)MIH同源性最高,达到了85%。Northern杂交和半定量RT-PCR显示蜕皮间期成体蟹仅在眼柄中有MIH基因表达,提示该基因的表达具有一定组织特异性。利用pCR T7/NT TOPO TA系统重组表达MIH成熟肽,纯化的重组蛋白得率为0.3 g/L,纯化产物经质谱鉴定为中华绒螯蟹MIH。研究解决了CHH家族神经肽在机体中的表达量少,直接纯化较难的问题,为深入研究MIH的作用机制和在生产上控制中华绒螯蟹蜕皮和生长奠定了基础。