水稻典型品种日本晴和IR24根系微生物组的解析

植物的各项生命活动与其根系微生物组密不可分,且根系微生物组的组成易受到植物生长环境和基因型的影响。为进一步探究中国北方地区种植的不同品种水稻根系微生物组的差异及其相互作用机制,本研究以种植于北京昌平和上庄农场的水稻典型品种日本晴(Nipponbare)和IR24为研究对象,基于16S rRNA基因扩增子测序技术获得根系微生物组序列,利用多样性分析、组成型分析、机器学习的随机森林和网络分析等方法,对旺盛生长期的两种不同品种的水稻根系微生物组进行详细比较。研究发现,种植地点和水稻基因型显著影响了水稻根系微生物组的群落结构,不同基因型导致了根系微生物组在物种分类组成上以及细菌间相互关系的差异,而且根系微生物组能作为生物标记跨地点区分宿主的基因型。本研究结果为深入理解我国北方种植的水稻根系微生物组的组成规律以及从根系微生物与植物互作的角度对品种进行改良提供了数据和理论基础。     

羊草基因型数目对地下动物及微生物群落的影响

群落建群种的基因型多样性是否具有与物种多样性类似的生态功能已经成为种群生态学非常关注的问题,研究结果能够为种群或群落的保护和恢复提供理论指导。基于已构建并施加不同强度干扰(无刈割、留茬10 cm和留茬5 cm)的不同基因型组合(1-、3-、6-基因型)的羊草种群,本研究采集其地下部土壤研究羊草基因型数目及干扰对地下动物群落和微生物群落的影响。结果表明:(1)羊草基因型数目和干扰强度的交互作用对土壤动物的种类、数量的影响显著(P0.05)。(2)在留茬10 cm处理组中,土壤动物的数量与羊草种群基因型数目呈显著的正相关关系(P0.05),符合"资源化假说"。(3)在无刈割处理组中,羊草的基因型数目对根际土壤中微生物群落的组成和结构具有显著的影响(P0.05)。     

浅谈基因符号的使用

现代遗传学以孟德尔定律重被发现和证实为纪元。开头的10年间,不仅提出基因的名称,而且建立了基因型和表型等概念。从而有了特定基因和个体基因型的表征性符号。见基因符号标志着相应的个体性状孟德尔的研究是从豌豆的相对性状入手的,他用大写字母A、B等代表显性性状,如圆粒、黄子叶;相应的小写字母a、o代表相对的隐性性状皱粒和绿子叶,如此等等。从其用这些符号代表的杂交结果来看,正是在形式上代表着基因。此后,在遗传分析中,例如用棋盘式作配子随机交配分析,一直沿用大写字母代表显性基因,小写字母代表隐性基因。不过,由于…     

羊草基因型数目与氮添加对土壤微生物群落的交互影响

物种多样性(或同一物种遗传多样性)减少和氮富集都是影响陆地生态系统进程的主要因素,它们之间的交互作用是否对土壤微生物群落产生显著影响已成为研究者关心的主要科学问题。研究羊草基因型数目(1、2、4三种基因型数目组合)和氮添加(无氮添加、低氮添加和高氮添加3种水平)对土壤微生物群落的总磷脂脂肪酸(PLFA,Phospholipid Fatty Acid)含量、细菌PLFA生物标记含量、真菌PLFA生物标记含量、真菌/细菌比、以及基于每个PLFA生物标记相对含量百分比所得微生物群落的Shannon-Wiener多样性指数和Simpson优势度指数的影响。结果表明:氮添加对细菌PLFA生物标记含量,以及土壤微生物PLFA生物标记的Shannon-Wiener多样性指数和Simpson优势度指数具有显著影响(P0.05);基因型数目对所测变量无显著影响(P0.05),但基因型数目和氮添加的交互作用对细菌PLFA生物标记含量和真菌/细菌比具有显著影响(P0.05)。研究结果为全球变化背景下氮沉降及重要物种种群数量减少对土壤微生物群落的影响提供了科学数据,为合理解释群落动态变化提供了数据支持。     

PCR技术在环境微生物检测中的应用

多聚酶链反应(PcR)与核酸杂交技术结合检测微生物的方法,具有简便、敏感、专一和快速的特点;可用于土壤、污泥、水、食物等环境微生物的调查,对具特殊基因型或不可用常规方法检测的微生物是一种有效的检测方法,也是研究遗传生态学的有力工具。     

影响人肠道微生物菌群结构的因素

肠道微生物与人类健康状况直接相关。目前,微生物研究者已对影响人及模式动物(主要为鼠和猪)肠道微生物菌群结构的因素展开了广泛研究,取得了较大研究进展。本文综述了影响肠道微生物菌群结构的因素,主要有年龄、宿主基因型、宿主所处环境、食物和抗生素等,以使人们了解和控制这些因素,从而保持良好的健康状态。     

小麦根内异养细菌的分离及其回接研究

植物在生长发育的过程中,常从根部分泌出各种物质。如有机酸、糖类、氨基酸以及核酸和酶类等,成为供给根际微生物群生长的良好能源。寄主植物的基因型可控制根际微生物群落的种类和数量。因而,植物的根系对根际微生物有较强的选择性。同时,根际微生物所产生的植物生长刺激素或类似物质对植物生长发育亦有促进作用。故在植物根系和土壤微生物之间,有着极为密切的关系。多年来,国内外许多研究者对两者的相关性研究颇为重     

随机扩增DNA多态性及其在微生物分型中的应用

用于微生物分型的现代技术包括表型和基因型方法。随机扩增多态性ＤＮＡ是在聚合酶链反应技术基础上发展起来的一种新的基因分型法。主要特点是利用随机寡核苷酸引物扩增基因组ＤＮＡ片段,进而通过凝胶电泳分析其指纹图特征,借以显示不同菌株间存在细微差别。这种方法简单,快速,现已在许多微生物分型中得到运用。     

上海部分地区戊型肝炎病毒（HEV）基因型的分析

为了解戊型肝炎病毒 (HEV)在上海部分地区流行的基因型 ,采用RT nPCR的方法检验 35例急性散发性戊型肝炎患者中HEVRNA ,并对阳性产物进行克隆测序 ,然后对其基因型进行分析。结果显示在 35例急性散发性戊型肝炎患者中PCR阳性为 9例 ,测序证实 8例为HEV的基因序列 ;其中 1例为HEV 1型 ,7例为HEV 4型。提示在上海部分地区的急性散发性戊型肝炎中以HEV 4型感染为主     

上海部分地区戊型肝炎病毒(HEV)基因型的分析

为了解戊型肝炎病毒(HEV)在上海部分地区流行的基因型,采用RT-nPCR的方法检验35例急性散发性戊型肝炎患者中HEV RNA,并对阳性产物进行克隆测序,然后对其基因型进行分析.结果显示在35例急性散发性戊型肝炎患者中PCR阳性为9例,测序证实8例为HEV的基因序列;其中1例为HEV 1型,7例为HEV 4型.提示在上海部分地区的急性散发性戊型肝炎中以HEV 4型感染为主.     

药用植物微生物组及其与药用植物次生代谢产物的关系

药用植物是中药的原料,是中药产业的源头,其生长发育受遗传和环境等诸多因素的影响。以往研究强调植物基因型及生态因子对药用植物产量和品质的影响。近几年,随着人类微生物组研究的推进,植物微生物组作为植物整体的重要组成部分在药用植物的生长发育、品质形成甚至药效等方面的作用也日益受到重视,有关植物微生物组的多样性,微生物组在植物生长发育中的作用已有较详细的综述,而有关药用植物微生物组及其与药用植物次生代谢产物间关系的综述较少。本文重点总结了自2010年以来药用植物微生物组的研究进展,包括药用植物微生物组物种组成、功能及其与药用植物次生代谢产物产生的关系等,并对其在药用植物提质增效及其生态种植中的潜在应用进行了展望。     

影响引人微生物根部定殖的因素

从外界引入的各类有益微生物如生防菌(BCA)和根际促生菌或增产菌(PGPR,YIB)到种子表面随其生根发芽而蔓延或直接到根表沿根分布定殖．外来微生物在根际定殖的过程为与根尖接触,沿根分布,最后在根际建立自己的种群．定殖的位点以PGPR为例,是表皮细胞间隙,或侧根、根毛基部．外来微生物在根际定殖动态变化的原因,由于根际生物的和非生物的因素引起的．生物因子除去外来微生物本身的生理特性,还有根际土著微生物与外来微生物的相互作用,更重要的是植物基因型对微生物定殖的影响．非生物因子包括土壤环境、土壤结构和含水量,土壤温度和土壤pH值均能影响外来微生物在根部的定殖．     

2016年动物胃肠道微生物组研究十大亮点成果

动物胃肠道微生物对生产性能提高具有重要的作用,因此营养、微生物组与生产表型的互作研究已经成为国际研究热点。综述了2016年动物胃肠道微生物组学研究取得的十项重要成果,这些成果通过组学方法,研究了瘤胃纤维分解菌和尿素分解菌的功能基因多样性,揭示了微生物群落与日粮营养素、宿主基因型、环境的互作关系,阐明了反刍动物生产表型相关的瘤胃微生物种类和功能;首次构建猪肠道微生物组参考基因集,解析猪全肠道黏膜微生物组成,阐明了猪增重相关肠道微生物种类。这十大亮点成果将为国内动物营养学家开展动物胃肠道微生物组学研究提供参考。     

肠道微生物多样性与能量代谢调控及肥胖关系的研究进展

肠道微生物与宿主之间相互选择,构成了一个相对稳定的超有机体。宿主基因型和遗传关系影响肠道微生物的生态学特征,而肠道微生物发酵肠道内多糖,为宿主提供可吸收利用的养分,增强肠道对养分吸收的能力。同时,肠道微生物还影响一些转录因子的活性,调控宿主基因的表达,增强宿主甘油三酯的合成和脂肪沉积,减少脂肪酸氧化分解,调控宿主能量代谢。     

植物、土壤及土壤管理对土壤微生物群落结构的影响

土壤微生物是土壤生态系统的重要组成部分,对土壤微生物群落结构多样性的研究是近年来土壤生态学研究的热点。本文综述了有关植物、土壤类型以及土壤管理措施对土壤微生物群落结构影响的最新研究结果,指出植物的作用因植物群落结构多样性、植物种类、同种植物不同的基因型,甚至同一植物不同根的区域而异;而土壤的作用与土壤质地和有机质含量等因素有关;植物和土壤类型在对土壤微生物群落结构影响上的作用存在互作关系。不同的土壤管理措施对土壤微生物群落结构影响较大,长期连作、大量的外援化学物质的应用降低了土壤微生物的多样性;而施用有机肥、免耕可以增加土壤微生物群落结构多样性,有利于维持土壤生态系统的功能。     

生物膜耐药机制研究进展

生物膜形成是微生物耐药的重要原因之一,也是许多慢性感染性疾病反复发作和难以治疗的主要原因,微生物生物膜可以通过渗透限制,改变生物膜内外微环境,形成特殊的基因型等多种方式导致耐药。生物膜耐药机制的研究已成为医学、药学、微生物学等众多领域关注的课题。就生物膜耐药机制的最新进展进行综述。     

内生真菌对氮添加羽茅根际土壤特性和微生物群落的影响

内生真菌不仅能改变与其共生植物的生理和生长指标,还可通过宿主植物间接对土壤的理化性质和微生物群落结构产生影响。以天然禾草——羽茅(Achnatherum sibiricum)为研究材料,探究在不同施氮水平下,内生真菌的种类对不同基因型的宿主植物根际土壤理化性质和微生物群落产生何种影响。结果表明,内生真菌侵染显著提高了羽茅根际土壤的pH值和微生物总量,但降低了土壤中真菌与细菌的比值。同时,土壤的pH值还受到了内生真菌种类的影响,其中感染Epichlo3 sibirica的羽茅根际土壤pH显著高于感染Epichlo3 gansuense-1的羽茅,而感染Epichlo3 gansuense-2的羽茅根际土壤pH与感染E.gansuensis-1、E.sibirica菌的羽茅相比没有显著差异。另外,内生真菌感染与否、内生真菌种类、施氮量以及宿主植物基因型对土壤总碳、总氮、微生物及碳矿化能力均无显著影响。     

性的起源和性选择初探

蟑螂腹内的微生物类似于20亿年前就已在地球上生存的微生物。这些微生物活动的特点之一是彼此相食,但没有将同伴完全消化,而是细胞合并,两个细胞融合,融合后又有规律的分离,结果能更好的适应变化的环境。这可能是当今动植物性起源史的关键所在。一、性的起源现在所有的动植物(包括人类)都存在减数分裂的细胞分化方式。对此,现代达尔文主义学派认为:生物个体的特征是由其基因型决定的,细胞融合可以改变这种基因型。外界环境条件也     

感染组学 (infectomics) ———对感染性疾病的总体性和综合性研究

在感染性疾病的范畴内,目前急需一个能有效地、精确地和综合性地研究微生物感染的结构性和功能性基因组学和蛋白质组学 ( 感染组学 ) 的全面方法. 新的方法 ( 如 DNA 和蛋白质微阵列 ) 和传统方法 ( 如分子克隆、 PCR 、基因敲除,加进 (knockin) 和反义术等 ) 的结合将有助于克服今天的困难. 在感染时,微生物及其宿主的全部表型改变 ( 感染组 ) 均由微生物病原体及其宿主的基因组所编码,并在特异的微生物 - 宿主相互作用时的某些环境条件下表达. 微生物及其宿主的全部药物反应 ( 药理组 ) 可用基因组或蛋白质组的方法检出. 分析基因型和表型或表达形式的全基因组方法将最终导致对微生物的发病机理、感染性疾病的快速诊断和控制感染的新策略的全面研究. 感染性疾病中最基本的问题是,如何全面地和综合性地应用感染组学,来了解微生物病原体及其宿主的相互作用.     

遗传饰变的微生物及其制备和使用方法(续)

四、微生物的基因型和表型特征的实验方法和结果,特别举出X1776为例来说明 (一) 材料和方法: 上文已经叙述了培养基、噬菌体和菌株(参见表1)以及转导、诱变突变体富集、。