HIV—1长末端重复序列对重组痘苗病毒表达Gag蛋白的影响

将系列缺失的ＨＩＶ１长末端重复序列（ＬＴＲ）和全长的ｇａｇＯＲＦ置于痘苗病毒载体中,经同源重组和血球吸附试验,成功地构建了６株重组痘苗病毒。免疫印迹和免疫酶试验检测均表明,６株重组病毒的Ｇａｇ蛋白表达量因ＬＴＲ不同而有明显差异,表明ＨＩＶ１的ＬＴＲ及其下游基因置于痘病毒启动子控制下,在痘苗病毒中表达时有下述特点：（１）不同的痘苗病毒启动子与全长ＬＴＲ相互作用,对ｇａｇ基因表达有显著不同的调控效果;（２）ＮＲ序列对Ｇａｇ蛋白表达没有明显影响;（３）ＥＮ序列不能被重组痘苗病毒表达系统识别;（４）ＴＡＲ序列可提高Ｇａｇ蛋白的表达量;（５）Ｕ５区及下游非翻译序列不影响Ｇａｇ蛋白的表达。     

牛免疫缺陷病毒长末端重复序列(BIV一LTR)在大肠杆菌中的启动子功能

牛免疫缺陷病毒（ＢＩＶ）的长末端重复序列（ＬＴＲ）含有病毒的启动子,调控病毒在真核细胞中的表达。我们将ＢＩＶＬＴＲ与萤火虫荧光素酶基因连接构建成重组质粒ｐＢＩＶ一Ｌｕｃ,该质粒能在Ｅｃｏｌｉ中有效地表达出荧光素酶的活性,从而证明ＢＩＶＬＴＲ在大肠杆菌中也具有启动子功能。Ｍｕｎｇｂｅａｎ核酸酶作图分析发现,ＢＩＶＬＴＲ在Ｅｃｏｌｉ中的转录起始位点位于Ｕ_３区,而不是在真核细胞中的Ｕ＿３一Ｒ交界处。同时我们也证实了ＢＩＶＬＴＲ在Ｅ,ｃｏｌｉ中仍可被ＢＩＶｔａｔ蛋白特异性地反式激活,为研究ｔａｔ蛋白的作用机制提供了一条新的途径。     

牛泡沫病毒两类启动子活性的比较和机制探讨

牛泡沫病毒 (Ｂｏｖｉｎｅｆｏａｍｙｖｉｒｕｓ,ＢＦＶ)属反转录病毒科泡沫病毒属。其基因组两端为长末端重复序列 (Ｌｏｎｇｔｅｒｍｉｎａｌｒｅｐｅａｔ,ＬＴＲ) ,中间部分除ｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ三个结构基因外 ,还有两个重叠的读码框ＯＲＦ 1、2 ,起始于ｅｎｖ基因 3′端 ,终止于 3′ＬＴＲ ,编码Ｂｏｒｆ 1、Ｂｏｒｆ 2等多种调节蛋白[1～ 3 ] 。其中Ｂｏｒｆ 1为ＢＦＶ的反式激活因子 ,可显著激活ＢＦＶＬＴＲ启动子起始的基因表达。近年来 ,在泡沫病毒家族成员人泡沫病毒 (Ｈｕｍａｎｆｏａｍｙｖｉｒｕｓ,ＨＦＶ)和猴泡沫病毒(…     

牛免疫缺陷病毒反式激活因子功能域的研究

牛免疫缺陷病毒 (Ｂｏｖｉｎｅｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙｖｉｒｕｓ,ＢＩＶ )与人免疫缺陷病毒 (Ｈｕｍａｎｉｍ ｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙｖｉｒｕｓ,ＨＩＶ)同属反转录病毒科慢病毒属[1] 。ＢＩＶ基因组 5′端的长末端重复序列 (ＬＴＲ)起始病毒结构基因和非结构基因的转录[2 ] ,因而许多细胞因子和病毒编码的调节蛋白作用于ＬＴＲ ,以调节ＢＩＶ的基因表达。其中Ｔａｔ蛋白是ＢＩＶ的反式激活因子 ,可大大提高ＬＴＲ的转录水平 ,在ＢＩＶ的基因表达及基因组复制的调节中起重要作用[3 ] 。ＨＩＶ、马传染性贫血病毒 (Ｅｑｕｉ…     

牛免疫缺陷病毒长末端重复序列（BIV—LTR）在大肠杆菌中的启动子功能

牛免疫缺陷病毒的长末端重复序列含有病毒的启动子,调控病毒在真核细胞中的表达。我们将ＢＩＶ ＬＴＲ与萤火虫荧光素酶基因连接构建成重组质粒ｐＢＩＶ＝Ｌｕｃ,该质粒能在Ｅ．ｃｏｌｉ中有效地表达出荧光素酶的活性,从而证明了ＢＩＶ ＬＴＲ在大肠杆菌中也具有启动子功能。     

植物LTR反转录转座子的研究进展

反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的遗传因子,它们以RNA为媒介,在基因组中不断自我复制。在高等植物中,反转录转座子是基因组的重要成分之一。反转录转座子可以分为5大类型,其中以长末端重复（LTR）类型报道较多。LTR类型由于其首尾具有长末端重复序列,内部含有PBS、PPT、GAG和POL开放阅读框、TSD等结构,可以采用生物信息学软件进行预测。LTR反转录转座子的活性受到自身甲基化和环境因素的影响,DNA甲基化抑制反转录转座子转座,而外界环境的刺激能够激活转座子,从而影响插入位点周边基因的表达。同时由于LTR反转录转座子在植物中普遍存在,丰富的拷贝数以及多态性为新型分子标记（RBIP、SSAP、IRAP、REMAP）的开发提供了良好的素材。该文对近年来国内外有关植物反转录转座子的类型、结构特征、 LTR反转录转座子的活性及其影响因素、 LTR反转录转座子的预测以及标记开发等方面的研究进展进行综述。     

老幼龄扬子鳄端粒相对长度的差异性分析

端粒（Telomere）是线性真核细胞染色体末端的一种结构,由高度重复的DNA序列和结合蛋白所构成。在脊椎动物中,端粒通常为富含TG简单重复序列（TFAGGG）,其生物学功能是完成染色体末端复制,使DNA免受不恰当的修复以及防止端一端融合和核酸外切酶的降解（Dreesen et al．,2007）。     

基于模板切换的mRNA5'末端全长扩增方法

本文介绍一种称为CapFinder的技术,可用于克隆基因mRNA序列的5'末端非翻译区全长。该技术是利用某些反转录酶在反转录达到mRNA的5'末端帽结构时表现出很高的加尾活性(主要添加dC)这一特点,在反转录体系中加入一种带GGG的寡核苷酸序列,当反转录反应到达mRNA模板的5'末端帽结构时,切换到以该寡核酸为模板继续进行反转录反应,即可合成完整的cDNA一链,且在其3'末端还带有一段额外的寡核苷酸序列。用GGG寡核苷酸序列为上游引物和基因特异性的下游引物进行PCR即可扩增得到mRNA5'末端非翻译区的全长。利用该技术克隆了棉铃虫幼虫中肠Bt毒素受体E-钙粘素基因的5'末端非翻译区序列。     

毛竹LTR反转录转座子PHRE6的克隆与转录活性分析

长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的DNA序列,因两端具有长末端重复序列而得名。大多数LTR反转录转座子能够感受外界环境的变化,具有转录激活特性和转座激活特性。该研究从毛竹(Phyllostachys edulis,Ph.edulis)基因组中克隆出一条完整的LTR反转录转座子,命名为PHRE6(Phyllostachys edulisretrotransposons 6),该转座子全长为5 620 bp,具有GAG和POL保守结构域。通过荧光定量PCR检测了PHRE6在DNA甲基化抑制剂和不同胁迫处理(包括辐照、高温、低温、高盐)的毛竹实生苗中转录水平的变化,结果表明,在DNA甲基化抑制剂处理后和高温(42°C)、低温(16°C、4°C)、高盐(100 mmol/L、200 mmol/L、300 mmol/L NaCl溶液)胁迫处理下PHRE6表达水平均有显著提高。以上结果说明,PHRE6是一个具有转录活性的反转录转座子,可能参与毛竹逆境响应过程。     

Copia 类型反转录转座子在籽粒苋中的表现

利用籽粒苋为材料 ,通过PCR扩增、克隆研究了copia类型反转录转座子的反转录酶序列在籽粒苋中的表现 ,结果表明 :(1)反转录转座子在苋属的 30个品系中同时检测到 ,说明反转录转座子在籽粒苋的不同种中普遍存在 ;(2 )对野生苋 (A .quitensis)中克隆、序列分析 2 8个反转录转座子的反转录酶序列 ,碱基分析表明 ,它们存在高度异质性 ,不同的反转录酶序列均存在不同程度的碱基缺失突变和终止密码子的突变 ;(3)对 2 8个序列与已发表的一些不同物种 (如水稻、矮牵牛和果蝇等 )的同一类型序列聚类分析表明 ,存在于野生苋中的反转录转座子与来源于双子叶或单子叶植物的反转录转座子关系密切 ,它们与果蝇的copia因子和 1731因子可能具有相同的起源     

燕麦β-1,3-葡聚糖酶Ⅱ基因 3'端cDNA的克隆及分析

实验利用3＇-RACE技术进行燕麦β-1,3-葡聚糖酶Ⅱ（Oglc13Ⅱ）3＇末端cDNA的快速扩增并进行序列分析.将0.01%的HgCl2诱导处理24h之后的燕麦（Avena Sativa）幼叶作为材料,利用RT-PCR技术得到Oglc13Ⅱ的部分cDNA片段,根据此片 段设计一条特异性上游引物,反转录引物中的部分序列即3＇sites Adaptor Primer作为下游引物,按3＇RACE试剂盒（Takara）操作流程进行Oglc13Ⅱ3＇末端cDN A的快速扩增,成功获取837bp的3＇-RACE反应产物,通过BLAST技术,发现该片段与 许多植物β-1,3-葡聚糖酶基因具有较高的相似性（50.0%～72.0%）.因此认为成功 克隆了Oglc13ⅡcDNA的3＇末端序列.     

内源性逆转录病毒长末端重复序列在嗜酸性粒细胞增多症的基因表达及核苷酸序列分析

探索人内源性逆转录病毒长末端重复序列(LTR)基因及表达与嗜酸性粒细胞增多症发生的关系。PCR法检测嗜酸性粒细胞增多症患者外周血中内源性逆转录病毒长末端重复序列基因,RT-PCR法检测内源性逆转录病毒基因表达。变性高效液相分析和序列测定LTR片段核苷酸序列,对不同株基因序列作同源性的比较分析。PCR结果显示:20例嗜酸性粒细胞增多症患者细胞中均获得内源性逆转录病毒长末端重复序列扩增产物,嗜酸性粒细胞增多症组中长末端重复序列基因有高的表达,而正常人表达为阴性。与HERV-K家族LTR基因相应区域核苷酸序列比较;嗜酸性粒细胞增多组长末端重复序列U3、R、U5区同源性分析有核苷酸的改变,与淋巴瘤对照比较没有大片段的缺失。人类基因组中普遍存在逆转录病毒长末端重复序列。正常人和嗜酸性粒细胞增多症患者中长末端重复序列有不同程度核苷酸碱基的变异,但是,二者比较,这种改变与嗜酸性粒细胞的增多没有明显的相关性。在嗜酸性粒细胞增多症患者中有高的基因表达而正常人中没有可检出的病毒基因的表达,嗜酸粒细胞的增多可能与逆转录病毒基因表达水平有关,其诱导嗜酸粒细胞增多的机制需进一步的研究。     

植物活性长末端重复序列反转录转座子研究进展

长末端重复序列(Long terminal repeat,LTR)反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的DNA序列,它们以RNA为媒介,通过"复制粘贴"机制在基因组中不断自我复制。在高等植物中,许多活性的LTR反转录转座子已被详尽研究并应用于分子标记技术、基因标签、插入型突变及基因功能等分析。本文对植物活性LTR反转录转座子进行全面的调查,并对其结构、拷贝数和分布以及转座特性进行系统的归纳,分析了植物活性LTR反转录转座子的gag(种属特异抗原)和pol(聚合酶)序列特征,以及LTR序列中顺式调控元件的分布。研究发现自主有活性的LTR反转录转座子必须具备LTR区域以及编码Gag、Pr、Int、Rt和Rh蛋白的基因区。其中两端LTR区域具有高度同源性且富含顺式调控元件;Rt蛋白必备RVT结构域;Rh蛋白必备RNase_H1_RT结构域。这些结果为后续植物活性LTR反转录转座子的鉴定和功能分析奠定了重要基础。     

乙型肝炎病毒X蛋白与端粒酶的关系

端粒（telomere）是真核细胞染色体末端的重复序列,对维持染色体的稳定性具有重要作用 .端粒酶（telomerase）是维持端粒长度必需的一种逆转录酶,在细胞增殖、衰老、永生化 和癌变等方面具有重要的作用.在肿瘤细胞中端粒酶发生明显变化,有较高水平的表达和很 强的活性,成为肿瘤细胞的重要特征之一.乙型肝炎病毒（hepatitis B virus）X蛋白（HBx ）与肝癌的发生密切相关,HBx可以通过多种途径发挥致癌作用,其中一个重要的分子机制 ,即激活人端粒酶反转录酶hTERT（为端粒酶的催化亚单位）使细胞发生永生化而癌变.因此 ,详细阐明HBx与hTERT的关系对于揭示乙肝病毒致癌机制具有重要的意义.本文对HBV的分子 结构和HBx的分子生物学特性进行了详细的阐述,对HBx与hTERT及其调控因子的关系进行了 归纳和总结,有助于进一步阐明HBx的致癌机制.     

插入序列共同区元件：细菌中新出现的一种基因捕获系统

摘要：插入序列共同区（Insertion sequence common region,ISCR）元件是一类在结构和功能上与IS91家族相似的特殊插入序列,特点是缺少了末端反向重复序列（Inverted repeats, IRs）,在插入位点不产生直接重复序列,并通过滚环式（Rolling circle, RC）进行转座。ISCR元件作为一种新的基因捕获系统,它可以移动邻近的任何DNA序列,为耐药基因在不同种属细菌间水平传播提供了高效的媒介。世界各地多种革兰氏阴性病原菌中已发现有19种ISCR元件,大部分ISCR元件同时携带了多种耐药基因,提示ISCR有可能会造成细菌多重耐药性的快速传播。本文就ISCR结构特征、类型、移动方式、起源及进化的研究进展进行了综述。     

植物逆转座子引物开发应用中的逆转座子序列分离方法

文章介绍了作为植物逆转座子引物开发前提序列的逆转座子序列获得的几种方法：（1）通过同源克隆法获取逆转座子的基因序列以设计逆转座子基因序列特异引物;（2）通过筛选文库、聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）、搜寻核酸数据库、大片段重叠群测序分离全长逆转座子序列以开发逆转座子长末端重复（long terminal repeat,LTR）引物;以及利用（3）磁珠富集、（4）抑制PCR和（5）SiteFinding PCR等方法直接获得逆转座子的LTR序列以开发逆转座子LTR引物。     

牛免疫缺陷病毒反式激活因子功能域的研究

牛免疫缺陷病毒(Bovine immunodeficiency virus, BIV)与人免疫缺陷病毒(Human immunod eficiency virus, HIV)同属反转录病毒科慢病毒属[1].BIV基因组5′端的长末端重复序列(LTR)起始病毒结构基因和非结构基因的转录[2],因而许多细胞因子和病毒编码的调节蛋白作用于LTR,以调节BIV的基因表达.     

萤火虫萤光素酶基因构建BIV－LTR启动子表达研究体系

萤火虫萤光素酶基因构建ＢＩＶ－ＬＴＲ启动子表达研究体系刘国文,纪永刚,梁臣,刘淑红,陈启民,耿运琪（南开大学生命科学学院天津３０００７１）关键词萤光虫萤光素酶基因（ｌｕｃ）,ＢＩＶ－ＬＴＲ,ＢＩＶ－ｔａｔ目前使用最广泛的报道基因是细菌的氯霉素乙酰转移...     

牛泡沫病毒调节蛋白功能及其在LTR上应答元件的研究

牛泡沫病毒（ＢＦＶ）具有复杂的基因组结构,其基因组除编码反转录病毒共有的ｇａｇ、ｐｏｌ、ｅｎｖ三个结构基因之外,在其ｅｎｖ和３’ＬＴＲ之间有两个重叠的读码框（ＯＲＦ－１和ＯＲＦ－２）,编码Ｂｏｒｆ－１、Ｂｏｒｆ－２、Ｂｅｔ等多种调节蛋白,其中Ｂｏｒｆ－１（２４９ａａ）为ＢＦＶ反式激活因子（Ｔａｓ）。为研究Ｂｏｒｆ－１的结构与功能,Ｂｏｒｆ－１在ＬＴＲ上的应答元件及作用机制,Ｂｏｒｆ－２、Ｂｅｔ等调     

HCV E2区基因的分子克隆及序列分析

用RT－PCR KIT从西安血站大样抗HCV阳性血清中筛选出HCV RNA阳性血清,提取HCV的RNA,利用随机引物反转录合成其cDNA并进行半巢式PCR反应。将纯化的PCR产物酶切后与表达载体PET－22b^＋连接,经过双脱氧末端终止法双向测序,得到852bp长的核苷酸序列,通过将该序列与已知不同型的HCV E2序列比较得知,此序列正是HCVⅡ型目的基因。