我国一株鹦鹉幼雏病病毒全序列测定与初步分析

采用鸡胚成纤维细胞(CEF)培养增殖首次从湖北省云梦县分离的鹦鹉幼雏病病毒(Budgerigar fledgling dis ease virus,BFDV)分离株(BFDV HBYM02),经 PCR分段扩增法获得全基因组并完成序列测定。HBYM02 株全序列测定结果与GenBank中仅有的六株BFDV全序列进行同源性与进化分析。经BLAST分析,HBYM02株与其他六株BFDV同源性为98%~99%,为同一个基因型。运用Phylip3.5软件构建进化树,分析显示,来源于不同宿主的BFDV与宿主关系紧密,与地理分布没有明显的相关性。     

我国一株鹦鹉幼雏病病毒全序列测定与初步分析

采用鸡胚成纤维细胞(CEF)培养增殖首次从湖北省云梦县分离的鹦鹉幼雏病病毒(Budgerigar fledgling disease virus,BFDV)分离株(BFDV-HBYM02),经PCR分段扩增法获得全基因组并完成序列测定.HBYM02株全序列测定结果与GenBank中仅有的六株BFDV全序列进行同源性与进化分析.经BLAST分析,HBYM02株与其他六株BFDV同源性为98%～99%,为同一个基因型.运用Phylip3.5软件构建进化树,分析显示,来源于不同宿主的BFDV与宿主关系紧密,与地理分布没有明显的相关性.     

猪水泡病病毒全基因组核苷酸序列的测定与分析

猪水泡病是由猪水泡病病毒(Swine vesicular disease virus,SVDV)引起的猪的一种急性传染病,在症状上与口蹄疫极其相似。该病流行性强,发病率高,能造成严重的公共卫生问题。国际兽医局将其列为动物A类传染病,我国农业部列为动物一类传染病。SVDV属于小RNA病毒科肠道病毒属,其核酸类型为单股正链RNA分子,无囊膜,病毒基因组含一个大的开放阅读框,编码一条由2185个氨基酸组成的多聚蛋白。     

我国一株鹦鹉病毒的鉴定及其生化特性

１９９５ 年作者从湖北濒死鹦鹉体内分离到一株新病毒,经鹦鹉胚成纤维细胞盲传四代过渡到鸡胚成纤维细胞,再传至第五代出现细胞病变。适应细胞的病毒纯化后,经 Ｓ Ｄ Ｓ Ｐ Ａ Ｇ Ｅ 分析,发现病毒粒子结构蛋白由８ 条多肽组成,分子量范围在１４ ．５ ～６０ ｋ Ｄ 之间。病毒的酸碱氨基酸之比为２ ．５１ ,富含 Ａｓｐ 、 Ｃｌｕ 和 Ｌｅｕ ,而 Ａｒｇ 和 Ｍｅｔ 含量较少。病毒核酸为双链 Ｄ Ｎ Ａ,存在超螺旋型、环型和线型三种形态, Ｇ＋ Ｃ 的含量为４５ ％ 。经限制性内切酶分析,核酸的分子量为３ ．３ ×１０６ Ｄ。根据病毒分类的标准确认为澳州长尾小鹦鹉幼雏病病毒,应归属于乳多空病毒科多瘤病毒属。     

一株赛鸽源鸽圆环病毒全基因克隆与序列分析

鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是圆环病毒科的一个成员,是一种免疫抑制性病原。为了研究PiCV中国流行毒株的基因特征和遗传进化关系,本研究应用PCR方法对江苏省某赛鸽公棚的22份样品进行了PiCV检测,结果有6份样品为阳性。采用重叠PCR技术得到一株鸽圆环病毒全基因序列,命名为JS15-1(GenBank登录号:KX431143)。基因序列分析表明,JS15-1全长为2 034bp,包含3个主要开放阅读框。核苷酸同源性比较结果显示JS15-1与GenBank上登录的其他鸽圆环病毒分离株的全基因核苷酸同源性为85.3%~97.1%,与比利时分离的Bel20株同源性最高。不同鸽圆环病毒Rep基因同源性为92.1%~96.6%,Cap基因同源性为72.2%~99.4%。全基因遗传进化树显示JS15-1与之前的中国分离株处于不同的分支,而与Bel20的亲缘关系最近,Rep基因进化树显示JS15-1与Bel20、PiCV/Japan/2010、Ita4B位于同一分支,Cap基因进化树显示JS15-1与Bel20处于同一分支,亲缘关系最近。氨基酸序列比较发现,JS15-1与Bel20在Rep蛋白存在6个氨基酸残基的差异,而Cap蛋白存在1个氨基酸残基的差异和1个氨基酸残基的插入。研究结果表明,JS15-1极可能来源于比利时,而且发生了变异。     

猪源脑心肌炎病毒GXLC株全基因组序列测定与分析

对猪源脑心肌炎病毒(EMCV)GXLC株进行全基因组克隆、测序和分析。采用RT-PCR技术分段扩增基因组可读框(ORF),应用3'-RACE和5'-RACE技术扩增3'-UTR和5'-UTR,分别对扩增片段进行克隆和测序,经拼接后获得GXLC株全基因组序列,共7725个核苷酸。与NCBI GenBank登录的国内外参考毒株进行同源性比较及系统进化分析结果表明,GXLC株与GX0601、GX0602、BJC3、HB1等国内分离株以及CBNU、K3、K11、BEL-2887A、EMCV-R、PV21等国外分离株同源性达99%以上;基于全基因组、结构蛋白及非结构蛋白基因序列绘制的系统进化树拓扑结构图相近,所有EMCV分离株可分成两个群:I群和II群,I群可细分为Ia亚群和Ib亚群,其中猪源EMCV属于Ia或Ib亚群、鼠源EMCV属于Ia亚群、野猪源EMCV属于II群,GXLC株与其它中国分离株均属于Ia亚群。     

赤羽病病毒核蛋白基因克隆和序列分析

参考GeneBank发表的赤羽病病毒(Akabane virus,AKAV)的核蛋白基因(SmRNA)序列,设计合成一对引物,从分离自牛体的AKAVBHK21细胞培养物巾提取总RNA,对．AKAV核蛋白基因进行RT-PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,呈现一条约696bp的条带,同收纯化后,将其克隆至pMD18-T质粒载体中,然后进行核苷酸序列分析。与GenBank中报道的多株AKAV编码核衣壳蛋白(N)的SmRNA基因比较后发现,与其它株的核苷酸的同源性为94．2％～98．3％,推导的氨荜酸的同源性为97．6％～100％,证实为AKV的N基冈。为生产AKAV特异性核蛋白抗原、免疫血清学诊断试剂的制备和分子生物学研究打下了坚实基础。     

一株H5N2亚型鹦鹉源禽流感病毒分子进化分析

2005年在广东进行流行病学调查时分离到一株鹦鹉源禽流感病毒,经鉴定为H5N2亚型禽流感病毒(A/Parrot/Guangdong/268/2005)。该毒株的HA裂解位点附近的氨基酸序列为RETRGLF,只含有一个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感病毒的HA裂解位点附近氨基酸序列的分子特征;与H5N2亚型禽流感代表毒株相比,该毒株HA和NA基因的糖基化位点、HA基因的受体结合位点编码区、NA基因的耐药性位点均未发生变异。将该毒株全基因组序列与GenBank已公布的19株H5N2亚型禽流感病毒株的相应序列进行比较分析并绘制系统进化树后发现:其与低致病性禽流感毒株A/Pheasant/NJ/1355/1998(H5N2)-like的亲缘关系最近,位于以A/Chicken/Pennsylvania/1/1983(H5N2)为代表的美洲进化分支。     

一株水貂博卡病毒全基因组扩增及序列分析

本研究旨在研究水貂博卡病毒（Mink bocavirus,MBoV）在山东省的流行状况及基因特征。采用PCR对采自山东省境内水貂养殖场的85份水貂腹泻样品进行MBoV检测,挑选1份单阳性样品进行全基因扩增,使用MegAlign进行序列同源性比对分析,利用DNAMAN V6对基因组5’末端和3’末端回文结构进行预测,应用MEGA V6进行遗传进化分析。结果表明,所采集的腹泻样品中MBoV阳性率为3.5%(3/85),其中1份为MBoV单阳性,2份为MBoV与水貂肠炎病毒（Mink enteritis virus,MEV）双阳性。获得MBoV全基因序列1条（SDMBoV2020）,全长5 252 bp;经分析,5’-和3’-UTR分别由98和145 bp短回文序列组成,具有典型的细小病毒末端的茎环样结构;基因组含有3个ORFs,分别编码非结构蛋白NS1、NP1以及结构蛋白VP1和VP2;SDMBoV2020与NCBI登录的MBoV参考毒株KU950356各编码基因的推导氨基酸序列同源性较高,为98.5%～99.0%;基于MBoV全基因序列构建的系统发育进化树也显示,SDMBoV2020和参...     

Complete Genome Sequence Analysis of a Newcastle Disease Virus Isolated from a Wild Egret

We report here the complete genomic sequence of a novel Newcastle disease virus (NDV) strain, egret/China/Guangxi/2011, isolated from an egret in Guangxi Province, southern China. A phylogenetic analysis based on a fusion gene comparison with different NDV strains revealed that egret/China/Guangxi/2011 was phylogenetically close to genotype VIIa NDV, and the deduced amino acid sequence was ¹¹²R-R-R-K-R-F¹¹⁷ at the fusion protein cleavage site. The whole nucleotide sequence had the highest homology (93.3%) with the sequence of strain chicken/Sukorejo/019/10 (GenBank accession number {"type":"entrez-nucleotide","attrs":{"text":"HQ697255","term_id":"359358674","term_text":"HQ697255"}}HQ697255). This study will help us to understand the epidemiology and molecular characteristics of Newcastle disease virus in a migratory egret.     

Complete Genome Sequence of a Newcastle Disease Virus Strain Isolated from Broiler Breeder Flocks in China

In 2010 and 2011, several devastating Newcastle disease (ND) outbreaks occurred in China, affecting broilers, layers, and breeders. The CK-JSX1-201005 virus was isolated from broiler breeder flocks vaccinated with the classical ND virus (NDV) vaccine program, but laying rate decreased from 80% to 30 to 40% in the clinic. Here, we report the complete genome sequence and molecular characteristic of the CK-JSX1-201005 NDV. These findings provide additional insights into the genetic variation of NDV circulating in China and are useful for vaccine development for NDV.     

Complete Genome Sequence of an Amur Virus Isolated from Apodemus peninsulae in Northeastern China

Amur virus was recently identified as the causative agent of hemorrhagic fever with renal syndrome. Here we report the complete genome sequence of an Amur virus isolated from Apodemus peninsulae in Northeastern China. The sequence information provided here is critical for the molecular epidemiology and evolution of Amur virus in China.     

一株保存的波瓦生病毒全基因组序列测定及分析

目的：对保存的WJBC株波瓦生病毒进行全基因组序列测定和分析,阐明其与已报道毒株之间的关系。方法：将波瓦生病毒基因组编码区分11段进行RT－PCR扩增,扩增产物直接进行测序,非编码区采用RACE法进行扩增,扩增产物纯化并连接pGEM－Teasy载体后转化大肠杆菌DH5ct感受态细胞,挑取阳性克隆鉴定后进行测序,用DNAstar软件将测序结果拼接得到全基因组序列。下载波瓦生病毒全基因组核苷酸序列,利用MEGA5．0软件构建系统进化发生树。结果与结论：WJBC株波瓦生病毒全基因组共11839nt,编码3415个氨基酸残基,病毒基因组5’端和3’端分别有111、483nt的非编码区;进化树结果显示,WJBC株波瓦生病毒与LB株波瓦生病毒的亲缘性最高,可能为同一病毒株．．     

浙江地区鼬獾和犬源狂犬病病毒分离株全基因组测序与分析

测定浙江地区狂犬病病毒分离株(鼬獾和犬)全基因组序列,从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析,了解狂犬病病毒在浙江的流行和变异情况以及目前浙江流行株的遗传学背景,以丰富中国狂犬病病毒街毒流行株的全基因组信息。脑内接种1~2日乳鼠分离狂犬病病毒,RT-PCR反应测定浙江地区狂犬病病毒分离株全基因组核苷酸序列,并进行编码蛋白和序列相似性比较及种系发生分析。测序获得狂犬病病毒浙江淳安鼬獾分离株F02、F04和松阳犬分离株D01、D02全基因组核苷酸序列信息:基因组全长11 923和11 925 nts,前导序列Leader长58nts,5个ORF为:NP(1 353 nts);PP(894 nts);MP(609 nts);GP(1 575 nts);LP(6 386 nts),N-P-M-G间隔序列长2、5、5 nts;G-L基因间的伪基因Ψ长423 nts;Trailer尾长70 nts。核酸BLAST及多重序列比对分析显示浙江地区4个狂犬病病毒分离株的全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病病毒属的特征;中国毒株之间特别是浙江同种动物狂犬病病毒之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高,浙江病毒全基因组序列编码蛋白氨基酸序列相似性高于核苷酸序列相似性,说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变;浙江病毒负链RNA基因组5个基因编码氨基酸的长度没有变异,5个编码蛋白仅表现较少的序列变化;浙江病毒与本研究选择的代表性引用街毒株或者来自街毒的减毒株的变异位点和变异类型相似,多重序列相似性的比较和种系发生分析显示所分离的狂犬病病毒浙江街毒株均属于基因1型,具有较独特的中国地域性特点,故本研究中的浙江地区分离株极有可能是自然界中固有的街毒株。     

Complete Genome Sequence of Duck Tembusu Virus,Isolated from Muscovy Ducks in Southern China

We report here the complete genomic sequence of the duck Tembusu virus (DTMUV) WJ-1 strain, isolated from Muscovy ducks. This is the first complete genome sequence of DTMUV reported in southern China. Compared with the other strains (TA, GH-2, YY5, and ZJ-407) that were previously found in eastern China, WJ-1 bears a few differences in the nucleotide and amino acid sequences. We found that there are 47 mutations of amino acids encoded by the whole open reading frame (ORF) among these five strains. The whole-genome sequence of DTMUV will help in understanding the epidemiology and molecular characteristics of duck Tembusu virus in southern China.     

Complete Genome Sequence of a J Subgroup Avian Leukosis Virus Isolated from Local Commercial Broilers

Subgroup J avian leukosis virus (ALV-J) isolate GDKP1202 was isolated from a 50-day-old local yellow commercial broiler in the Guangdong province of China in 2012. Here we report the complete genomic sequence of the GDKP1202 isolate, which caused high mortality, serious growth suppression, thymic atrophy, and liver enlargement in commercial broilers. A novel potential binding site (5′-GGCACCTCC-3′) for c-myb was identified in the GDKP1202 genome. These findings will provide additional insights into the molecular characteristics in the genomes and pathogenicity of ALV-J.