青稞C4H基因的克隆及组织表达分析

为揭示大麦中黄酮合成的分子调控机制,利用反转录PCR结合同源克隆和RACE技术首次从青稞(裸大麦)叶片中克隆获得肉桂酸-4-羟化酶基因(HvC4H)的全长cDNA序列(Genbank登录号:KF927086),总长度1951 bp,ORF为1518 bp,编码505个氨基酸,等电点PI=9.01,平均亲水指数(GRAVY)为-0.170,属于亲水性碱性蛋白,高级结构分析表明其具有细胞色素P450家族保守域及C4H特异的功能性活性位点。利用实时荧光定量PCR分析胚乳发育5个时期不同组织(茎、叶及子粒)的表达情况,结果显示HvC4H基因在青稞胚乳发育期的表达情况存在着明显的组织差异性,在茎中的表达量最高。本研究为通过调控C4H基因的表达从而提高大麦黄酮的含量奠定了分子生物学基础,对于改良大麦的品质、抗性、生长发育等性状具有重要意义。     

基因结构分析软件对实时定量PCR引物进行设计和筛选

目的：以人丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3, ) 基因结构为例,利用不同生物相关软件分析、 设计和筛选合适的定量PCR 引物。方法：利用NCBI 的Gene 数据库查找人基因的参考序列、UniGene 数据库查找标准 参考序列;并用在线软件如Spidey, UCSC, Ensembl 等分析基因结构;利用Primer3,Oligo6,IDT 等软件进行引物设计;用MFOLD 程序分析基因二级结构后,选择引物可定位的外显子位置;利用电子PCR进行引物扩增特异性的检验;最后通过实验检验引物的 扩增效果。结果：从程序软件推荐的引物列表中筛选出一对能特异扩增人基因的引物。结论：基因结构分析软件有助于定 量PCR 引物的设计。     

茶树实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(qRT-PCR)准确性的先决条件。该文以茶树(Camellia sinensis) 芽、叶、幼根、嫩茎、花瓣、种子和愈伤组织为材料, 应用实时荧光定量PCR技术, 分析了18S rRNA、GAPDH、β-actin和α-tubulin 4个常用内参基因在茶树不同器官组织中的表达情况。经GeNorm和NormFinder软件分析发现, 当利用荧光定量PCR分析比较茶树不同器官组织中的基因表达差异时, 可选择β-actin作为校正内参基因; 而比较不同成熟度的叶片和愈伤组织时, 可以选择GAPDH作为校正内参基因。     

茶树实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析（qRT-PCR）准确性的先决条件。该文以茶树（Camellia sinensis）芽、叶、幼根、嫩茎、花瓣、种子和愈伤组织为材料,应用实时荧光定量PCR技术,分析了18S rRNA、GAPDH、β-actin和α-tubulin4个常用内参基因在茶树不同器官组织中的表达情况。经GeNorm和NormFinder软件分析发现,当利用荧光定量PCR分析比较茶树不同器官组织中的基因表达差异时,可选择β-actin作为校正内参基因;而比较不同成熟度的叶片和愈伤组织时,可以选择GAPDH作为校正内参基因。     

苯酚胁迫下多刺裸腹溞实时定量PCR内参基因的筛选

为研究苯酚胁迫下多刺裸腹溞(Moina macrocopa)相关基因的表达情况, 筛选用于实时定量PCR分析的最佳内参基因。利用内参基因表达的cycle threshold(Ct值)非参数检验、GeNorm、NormFinder和BestKeeper四种方法对β-actin、16S rRNA和12S rRNA进行分析, 筛选出苯酚胁迫下多刺裸腹溞表达相对稳定的内参基因。结果显示, 从Ct值初步判定不同浓度苯酚胁迫后, 多刺裸腹溞体内β-actin、16S rRNA和12S rRNA均可稳定表达, 且稳定性顺序为: 16S rRNA>12S rRNA>β-actin, 从GeNorm软件分析显示内参基因的稳定性顺序为: 16S rRNA=β-actin>12S rRNA, NormFinder和Bestkeeper分析显示的稳定性顺序均为: 16S rRNA>β-actin>12S rRNA。基于以上四种方法对三个候选内参基因的筛选, 确定了16S rRNA作为多刺裸腹溞实时定量PCR的最佳内参基因, 有助于提高qRT-PCR分析的准确性, 为进一步研究苯酚胁迫多刺裸腹溞后目的基因功能的表达提供了基础。     

黄梁木实时荧光定量PCR分析中内参基因的选择

为筛选黄梁木(Neolamarckia cadamba)实时定量PCR最佳内参基因, 该研究以黄梁木的根、芽、叶、花、果、皮及形成层为材料, 利用RT-qPCR技术对ACT、CAC、CYP和EF1α等21个管家基因家族43个候选内参基因进行表达量分析, 并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件进行内参基因稳定性分析。geNorm的分析结果显示, UPL基因的稳定性最高(M=0.443), UBQ基因的稳定性最低(M=2.859); NormFinder的分析结果显示, UPL基因的稳定性最高(E=0.223), UBQ基因的稳定性最低(M=4.759); BestKeeper分析显示, UPL基因的标准偏差(SD=0.513)最低。研究结果表明, UPL基因作为内参基因稳定性最高, UBQ基因的稳定性最低。因此可以选择UPL基因作为黄梁木不同组织中RT-qPCR定量分析的内参基因。     

应用实时荧光定量PCR技术分析玉米水分胁迫诱导基因的表达模式

应用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR)技术,研究了玉米中10个水分胁迫诱导基因的相对表达量及表达模式。结果表明,在花丝中,除基因Mads和Grp外,其他8个基因均随干旱胁迫程度加重,相对表达强度增加;在幼穗中,除基因Mads外,其他9个基因均随干旱胁迫程度加重,相对表达强度增加。应用实时荧光定量PCR和宏阵列技术的研究表明,在水分胁迫条件下,基因Arf3、Mads、Trx和F15相对表达量较高,可能在玉米应答水分胁迫过程起更重要的作用。     

毛竹实时荧光定量PCR内参基因的筛选及成花基因PheTFL1表达分析

通过qRT-PCR对毛竹相关成花基因PheTFL1的表达进行研究,为毛竹开花机理的研究提供理论依据.从毛竹UBC18、PP2A和EF1α等9个候选内参基因中筛选出在叶、幼嫩花序、花序轴、枝、竹青等11个组织器官中都稳定表达的PP2A用于毛竹PheTFL1基因qRT-PCR结果的校正.结果显示:PheTFL1基因在开花竹叶、枝和竹青中低丰度表达,与未开花竹差异不显著,但在花和花序轴中高丰度表达;在实生苗叶和根中高丰度表达,在实生苗茎中低丰度表达.PheTFL1基因在具有分生能力的幼嫩组织中高丰度表达,说明其不仅参与花发育的调控,还参与了分生组织生长的调控.     

无核小枣木质素合成基因Zj4CL的克隆和表达分析

为研究无核小枣果实无核形成机理,应用RT-PCR扩增技术首次从无核小枣果实中克隆得到4-香豆酸辅酶A连接酶(4CL,4-Coumarate:Coenzyme A Ligase)基因,该序列长度1819 bp,包含1776 bp的完整开放阅读框,编码591个氨基酸,命名为Zj4CL(登陆号KP279930)。Zj4CL与基因组序列比对发现,该基因组含有5个外显子,4个内含子。序列比对和结构域分析表明,Zj4CL包含4CL基因家族的Box I和Box II保守区。进化树分析显示,Zj4CL与苹果(XP_008362825)的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析表明,无核小枣在花后30 d左右基因表达量达到最大值,到花后40 d以后表达量明显下降。     

毛竹C4H基因的鉴定及其表达模式分析

为了解毛竹（Phyllostachys edulis）中肉桂酸-4-羟化酶基因（C4H）的分子特征及其表达模式,采用生物信息学方法在毛竹基因组数据库中鉴定出6个C4H成员（PeC4H1~PeC4H6）,基因编码区长度为1 506~1 695 bp,推测编码501~564 aa,均具有保守的血红素结合域、苏氨酸结合槽基序和5个特征性底物识别位点,属于细胞色素P450超家族。系统进化分析表明,6个PeC4Hs可分为2类,分别含有2和4个成员。转录组数据分析表明,PeC4Hs在毛竹26个组织中的表达量存在明显差异,不同高度笋中PeC4Hs的表达差异显著。PeC4Hs启动子序列中含有多种响应逆境胁迫和激素信号的顺式调控元件,PeC4Hs表达受干旱和GA₃的影响,干旱时,仅PeC4H3/4在根中显著上调表达,其余成员均呈下调表达;GA₃处理下叶中PeC4H3/6迅速响应,呈先显著上调后逐渐降低的趋势,根中PeC4H2/5在处理前1 h短暂下调后又显著上调,至8 h时恢复到处理前的表达水平。因此,PeC4Hs可能在毛竹笋的木质化过程和应对非生物胁迫中发挥着重要作用。     

红树植物秋茄中液泡膜内在蛋白（TIP）全长cDNA的克隆和表达分析

利用cDNA快速末端扩增 (RACE )技术获得红树植物秋茄液泡膜内在蛋白 (TIP)的全长cDNA (GenBank登录号 :AF5 2 1135 )。该cDNA全长为 1 1kb ,含有一个 75 6个核苷酸的完整开放阅读框 ,编码 2 5 2个氨基酸 ,等电点为5 77,分子量为 2 6 3kD。该氨基酸序列含有 6个跨膜区和两个高度保守的Asparagine proline alanine (NPA)基序。与冬葡萄、花椰菜、拟南芥的TIP相比 ,氨基酸的一致性达到 77%～ 79%。Northern分析表明盐分抑制该基因在红树 3个种中的表达 ,这种下调表达可能降低液泡膜水分渗透 ,有利于盐胁迫下细胞的保水。     

厦门地区秋茄幼苗生长的宜林临界线探讨

2003年5月在厦门大屿岛白鹭自然保护区西面滩涂上试种秋茄幼苗,研究秋茄的宜林临界线.结果表明,滩涂高程为黄零0.99 m处,每个潮水周期的平均淹水时间高达8 h,幼苗成活率低于50%,生长缓慢,不适合用秋茄造林;在滩涂高程为黄零1.62 m处,秋茄幼苗成活率达90%,生物量积累最大,光合同化作用较高,生长良好,为厦门沿海秋茄的最适生长区;而在高程为黄零1.31 m处,秋茄幼苗仍能正常生长.故厦门地区秋茄造林的宜林临界线应不低于黄零1.31 m (即厦零4.55 m),平均每个潮水周期淹水不高于5.6 h.     

过表达秋茄C2H2型锌指蛋白基因KcZFP提高烟草耐盐性

基因转录调节是植物对非生物胁迫适应机制的一个重要方面,转录调节因子在胁迫信号转导途径中调节下游基因的表达,在建立植物对胁迫适应性过程中起到重要作用.锌指蛋白是功能多样的转录调节因子蛋白家族,家族成员在植物响应非生物胁迫方面扮演着重要角色.本研究以秋茄C2H2型锌指蛋白编码基因KcZFP为目的基因,在烟草中过表达KcZFP,分析C2H2型锌指蛋白在植物耐盐性中的作用.研究结果显示:转基因株系中,KcZFP表达量显著提高.过表达KcZFP的烟草植株的耐盐性明显提高,在200 mmol/L NaCl处理的条件下,KcZFP过表达烟草中脯氨酸水平远高于野生型植株.对光合作用参数比较分析显示,在KcZFP过表达植株中净光合速率受盐胁迫的影响小于野生型植株,光合系统在一定程度上得到了保护.研究结果说明KcZFP作为转录调节因子参与了植物的渗透调节,对植物的耐盐性具有贡献.     

秋茄对镉-甲胺磷混合物的吸收积累及致毒作用

本文采用砂培实验,测定了红树植物秋茄幼苗对镉和镉-甲胺磷的吸收积累和净化作用,探讨了镉-甲胺磷混合物对秋茄的毒性作用。实验结果表明:虽然100mg·L^-1甲胺磷并不影响秋茄对镉的净化作用,但100mg·L^-1甲胺磷的存在却加强了镉对秋茄的毒性作用。这可能是由于镉对秋茄幼苗的膜脂过氧化作用,改变秋茄幼苗细胞膜的通透性和流动性,使甲胺磷易于从水体向秋茄幼苗的转移,从而加强了镉对秋茄的毒性效应。因此,在确定红树植物对镉“耐受临界浓度”时,建议考虑其它化合物与镉对红树植物的联合毒性作用。     

中国东南沿海15个秋茄种群遗传多样性的SRAP分析

为进一步保护和恢复红树林资源提供分子方面的基础资料和科学依据,本研究采用SRAP标记对15个中国东南沿海红树植物秋茄种群的亲缘关系进行了分析.从120对参试引物组合中选出46对重复性好、条带清晰的引物组合对供试的15份材料基因组DNA进行PCR扩增,得到大小在50～1 000 bp之间条带270,其中多态性条带107条,多态性位点率为39.63%.15个秋茄种群的遗传相似系数在0.004～0.845之间,平均为0.412,说明中国东南沿海秋茄种群存在较丰富的遗传多样性.聚类分析把15份供试种群材料划分为4个类群.15个秋茄种群的遗传多样性没有明显的地域性差异,同一样地域的不同种群之间具有遗传上的差别.建议在今后我国的红树林保护中,应加强对海南东寨港、深圳福田、湛江东北大堤和湛江附城的秋茄种群保护.     

木榄和秋茄对水渍的生长与生理反应的比较研究

研究了不同水渍时间对两种红树植物木榄(Bruguiera gymnorrhiza(L.)Lam)和秋茄(Kandelia candel(L.)Druce)的生长与生理的影响.随着淹水时     

Dispersal and Settlement Properties of Kandelia candel (Rhizophoraceae) Propagules

Abstract Three different types were found in the floating pattern of Kandelia candel (L.) Druce propagules: horizontal-floating type, vertical-floating type and sinking type. These correspond to the specific gravity, which increases with flooding in sea water and the repeated exposure to air. The floating types gradually change to the sinking type. In nature, such a condition is found only under the intertidal zone of shallow lagoons where floating propagules can increase their specific gravity, lie on the mud deposits and develop their roots in contact with the muddy soil. The J-shaped seedlings frequently found in K. canel populations in mangrove swamps might be recognized as evidence of growing up in the intertidal zone.
It is speculated that the horizontal-floating propagule has a role as a drifter in the ocean and long-distance disperser, the vertical-floating one as a colonizer of nearby populations and the sinking one as a successor in the original habitat.     

无瓣海桑、海桑、秋茄红树人工林群落动态及物种多样性研究

对红树植物无瓣海桑、海桑、秋茄3种人工林群落动态及物种多样性特征的系统研究结果表明,无瓣海桑群落和海桑群落的乔木层明显分为上层和中层两个亚层,上层木为无瓣海桑或海桑,中层木主要为秋茄和桐花树;秋茄群落的乔木层为单一层次,基本由秋茄组成．在无瓣海桑群落和海桑群落中,优势种群无瓣海桑或海桑仅有高龄级个体存在,未出现自然更新现象;秋茄和桐花树为旺盛增长种群,有可能成为优势种群,表明无瓣海桑和海桑为先锋造林树种,在裸滩种植可以促进其它红树植物的天然定居生长;在秋茄群落中,秋茄为旺盛增长种群,能够自然：更新演替,桐花树和海莲属初生增长种群．无瓣海桑群落和海桑群落的物种组成和物种多样性指标较接近,基本包含秋茄群落中的主要物种秋茄、桐花和海莲。表明无瓣海桑和海桑能与这些物种协调共生,同时种植无瓣海桑或海桑可以形成多样化的红树林群落;无瓣海桑群落和海桑群落在形成初期,种植密度较大时,物种多样性较高;密度相近时。形成初期随林龄的增加。其物种多样性略有提高．     

Cloning and Functional Expression of Cycloartenol Synthases from Mangrove Species Rhizophora stylosa Griff. and Kandelia candel (L.) Druce

To obtain cDNAs encoding oxidosqualene cyclase (OSC), we cloned two cDNAs, KcCAS and RsCAS, from roots of Kandelia candel (L.) Druce and leaves of Rhizophora stylosa Griff. by homology based PCR method respectively. The deduced amino acid sequences of both OSCs showed 82% homology to cycloartenol synthases from Lotus japonicus (OSC5) and Ricinus cummunis (RcCAS), suggesting that these are cycloartenol synthases of K. candel and R. stylosa. The genes obtained were expressed in a lanosterol synthase deficient Saccharomyces cerevisiae (ERG7) strain, GIL77. GC–MS analysis identified the accumulated reaction product in the yeast transformant to be cycloartenol, indicating that both KcCAS and RsCAS encode cycloartenol synthase.     

Isolation and characterization of eight compound microsatellite markers in a mangrove tree Kandelia candel (L.) Druce

Kandelia candel is an important mangrove tree species of family Rhizophoraceae. Here we isolated eight codominant compound microsatellite simple sequence repeat (SSR) loci from K. candel. Our isolated loci provided compound SSR markers with polymorphism of three to 11 alleles per locus. The expected and observed heterozygosities ranged from 0.230 to 0.887 and from 0.083 to 1.00, respectively. These markers would be the useful tools for analysing questions concerning population genetic structure and mating system of K. candel.