国内外甜高粱种质遗传多样性的SSR分析

用24对扩增带型稳定的SSR引物,研究了206份国内外甜高粱种质资源的遗传变异,共检测出220个等位基因,每对引物检测出2～19个等位基因。引物位点的多态信息含量指数(PIC)变幅在0.50～0.87。利用220个多态性标记计算206份甜高粱品种之间的遗传相似系数(GS),范围在0.32～0.96之间。利用SSR标记遗传相似系数矩阵,按UPGMA方法对206份甜高粱品种进行聚类分析,将其分为A、B两大组,B组只包含3个品种,与其他品种遗传关系较远,A组进一步被分成15个类群,农艺性状近似的聚在同一类群。     

基于SSR标记的荔枝种质遗传多样性分析

从53对本课题组自主开发设计的SSR特异引物对中筛选出22对多态性引物,对46份荔枝材料的基因组DNA进行扩增,共得到54个等位基因,其中每对引物的平均等位基因数为2.4,共获得23个特异性标记,各标记的平均观察杂合度值、平均期望杂合度和PIC值分别为0.451、0.355和0.507。其中L it6位点各数值最高,是最理想的选择标记。利用22对多态性引物对46份荔枝种质进行聚类分析,构建树状图,结果表明:大多数种质相似系数在0.63～0.95之间,说明它们之间的亲缘关系较近,并发现淮枝(广东)与淮枝(海南)两者可能为同名异物品种。     

藜麦种质资源遗传多样性SSR标记分析

为研究藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)种质资源的遗传多样性,分析中国藜麦种质遗传背景,本研究利用65对简单重复序列(SSR)标记对163份藜麦种质和3份台湾红藜(Chenopodium formosanum Koidz.)种质进行分子标记,分析了该种质群体的多态性和亲缘关系.数据显示,65对S...     

中国芒（Miscanthus sinensis）种质资源SSR标记遗传多样性分析

利用33对SSR引物对来自中国16个省的46份野生芒(Miscanthus sinensis)种质进行遗传多样性分析。结果显示:(1)33对SSR引物共扩增出87条DNA条带,75条为多态性条带,占86.21%,条带大小范围80～310 bp;(2)遗传多样性参数分析结果:Shannon’s信息指数(I)变幅为0.020～1.522,平均为0.745,引物多态性信息含量(PIC)变幅为0.040～0.738,平均为0.445,遗传相似系数(GS)的变幅为0.315～0.933,平均为0.569,说明我国芒种质资源遗传基础宽,遗传多样性丰富;(3)相似系数UMPGA聚类结果与主成分分析(PCA)结果一致,可将46份种质分为3大类群,类群Ⅰ主要由中部芒组成,类群Ⅱ主要由北方芒组成,类群Ⅲ主要由南方芒组成,西南芒在每个类群中均有渗透,这一结果说明芒种质资源的遗传分化与其种源的地理分布有一定的相关性,但与地理起源不能完全吻合。     

广西普通油茶种质资源遗传多样性的SSR分析

普通油茶( Camellia oleifera)是我国分布最广、产量最多的山茶属中一个重要油料树种。广西是普通油茶的重要分布区,种质资源十分丰富。为深入了解广西普通油茶种质资源的遗传变异,服务于种质保存和品种选育,该研究首先对已开发的SSR分子标记进行多态性筛选和评价,在此基础上利用多态性较高的引物,对97份广西有代表性的普通油茶种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：(1)在已开发的10对油茶SSR分子标记中,7对能稳定扩增且表现为共显性,2对扩增不稳定,另外1对无法扩增出产物。(2)7对共显性SSR标记总共检测到33个等位基因,每对标记检测到等位基因数目的变化范围为3~6个,平均每个位点等位基因数为4.7143个,有效等位基因数目的变化范围为2.0842~4.3148,平均有效等位基因数为2.8288;基因多样性变化范围为0.5202~0.7682,平均每个位点基因多样性为0.6281。(3)参试群体中绝大多数位点未处于Hardy-Weinberg平衡,存在遗传结构;观测杂合度和期望杂合度的变化范围分别为0.4130~0.6701和0.5233~0.7724,其平均值分别为0.5698和0.6316。(4)种质资源间遗传距离变化范围为0.05~0.7917,平均遗传距离为0.3545;UPGMA聚类显示相同来源的种质资源无法聚成一类,在同一聚类分支上混有不同来源的种质资源。这表明已开发的油茶SSR分子标记适用于广西普通油茶,广西普通油茶种质资源拥有较丰富的遗传多样性。该研究结果为广西普通油茶资源的深度开发和高效利用提供了科学依据。     

用SSR标记分析辣椒属种质资源的遗传多样性

利用21对引物在33个辣椒材料中共检测到54个等位基因,每对SSR引物检测到2~4个等位基因变异,平均为2.6个,说明辣椒种质资源的遗传多样性相对较少。通过MVSP3.13f软件对SSR数据进行聚类分析,把33个辣椒材料分为五类,同个种的辣椒种质资源基本聚在一起,说明用SSR标记来区分辣椒种质是可行的,是研究辣椒种质资源遗传多样性的有效手段。     

核桃种质资源遗传多样性的SSR分析

应用16对SSR引物对国内不同地理生态型的44个核桃样品、8个铁核桃样品和7个美国核桃样品进行了分析。结果显示,在16个SSR位点上共获得87个等位基因,每个位点扩增等位基因4～9个,平均5.4个。各SSR位点的观察杂合度为0～0.931 0,平均为0.389 4。各位点PIC值在0.376 2～0.786 3之间,平均为0.663 2。59个核桃样品的杂合度在0.133～0.813之间,平均0.387。聚类分析表明,来自秦岭山地的核桃样品与华北核桃属于同一生态类型;巩留的野核桃属于与新疆生态型和华北生态型不同的一个独立的生态型;美国核桃和铁核桃属于核桃种下不同的生态类型。     

新疆甜高粱种质资源遗传多样性的SSR分析

选用50对SSR引物对新疆现有72份甜高粱种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:有20对引物在72份甜高粱种质资源中表现为多态性。共检测到91个等位基因,每对引物可检测到的等位基因数目为2～5个,平均为3.45个。多态性信息量(PIC)的变动范围为0.2859～0.6652,平均为0.5057。72份甜高粱种质间的遗传相似系数变化范围为0.2001～1.000,平均值为0.5599。UPGMA聚类分析将72份材料划分为A、B两大类群,A群包括69份材料,而A群又被分成从Ⅰ到Ⅺ共11个亚群,B群包括3份材料,农艺性状近似的大多被聚到同一类群。     

应用SSR标记分析中国糯大麦种质的遗传多样性

利用SSR标记对来自中国不同省市的76份糯大麦种质的遗传多样性进行分析,并以遗传相似系数为基础进行聚类分析。SSR标记分析表明,50对大麦SSR引物在76份糯大麦中共扩增出203个等位基因,属于高度多态性位点范畴。当遗传相似系数为0.70时可将76个糯大麦品种划分为5个类群,在一定程度上反映了与材料的地理来源和皮裸性。糯大麦资源平均Shan-non多样性指数显示,来自云南和西藏的糯大麦品种遗传多样性略高。SSR标记分析表明,中国糯大麦具有丰富的遗传多样性,对揭示糯大麦的起源与传播以及对资源的有效利用具有现实意义。     

半野生大豆种质资源SSR位点遗传多样性分析

利用12对SSR引物对67份半野生大豆种质进行了遗传多样性的检测分析,结果表明,12个位点共检测到184个等位基因变异,平均每个位点等位基因数目为15．41个,平均多态性信息量,平均遗传多样性指数,平均遗传距离分别为0．849,0．706,0．118,根据SSR分析结果,按欧式距离将67份半野生大豆种质聚类并划分为5个组群。     

小桐子EST-SSR分子标记的开发与种质遗传多样性分析

小桐子（Jatrophacurcm）适应性强,不择土壤,种子油脂性能适宜生物柴油的生产,是重要的生物柴油植物。基于小桐子种子发育过程中的EST序列,采用生物信息学方法,从4640个EST非冗余序列上鉴别了1009个SSR位点并分析其分布特征;开发了11对多态的EST—SSR分子标记,并利用这些分子标记调查了24个不同地理种源的遗传多样性,从每个位点的等位基因数目（2—3,平均为2．45）、期望杂合度（He为0．0887—0．5128,平均是0．2736）、多态信息含量（PIC为0．0847～0．4031,平均是0．2313）等方面反映了小桐子种质的遗传多样性低。进一步分析显示不同地理种源的遗传关系缺乏明显的地理结构。作者开发的EST—SSR分子标记不仅有助于小桐子种质的遗传多样性研究,也有助于小桐子种质间的遗传关系鉴别。     

云南南部不同种源地小桐子遗传多样性的ISSR 分析

应用ISSR 分子标记方法对采自云南的8 个居群的小桐子( Jatropha curcas) 共158 个个体进行遗传多样性分析。8 个ISSR 引物共扩增到了67 个位点, 其中61 个是多态性位点。分析结果表明: (1) 云南小桐子的遗传多样性水平很高。在物种水平上, 平均每个位点的多态位点百分率PPB = 91.04% , 有效等位基因数N_e = 1.5244, Nei′s 基因多样性指数H_e= 0.3070, Shannon 多样性信息指数H_o = 0.4618; 在居群水平上, PPB = 55.04%, N_e = 1.3826, H_e = 0.2171, Shannon 多样性信息指数H_o = 0.3178。(2) 居群间的遗传分化低于居群内的遗传分化。基于Nei''s 遗传多样性分析得出的居群间遗传多样性分化系数G_st = 0.2944。AMOVA分析显示: 云南小桐子的遗传变异主要存在于居群内, 占总变异的63.50%, 居群间的遗传变异占36.50%。(3) 居群间的地理距离及遗传一致度并不存在相关性。鉴于以上指标, 我们推测云南小桐子可能来自不同的地区。     

Genetic Diversity of Jatropha curcas (Euphorbiaceae) Collected from Southern Yunnan,Detected by Inter-simple Sequence Repeat ( ISSR)

The genetic diversity of 158 individuals from eight semi-wild populations from Yunnan Province was estimated using ISSR method (8 primers). The results revealed an extraordinarily high level of genetic diversity ( at species level,percentage of polymorphic loci PPB = 91.04% , effective number of alleles N_e = 1.5244 , Nei′s (1973 ) gene diversity H_e= 0.3070, and Shannon′s information index H_o = 0 . 4618 ; at population level, PPB = 55. 04% , N_e = 1.3826, Nei′s (1973) gene diversity H_e = 0.2171, and Shannon′s information index H_o = 0.3178). The level of genetic differentiation between populations is lower than that among populations . The low level of genetic differentiation among populations was detected, based on Nei′s genetic diversity analysis (29.44%), and AMOVA (36.50%). There is no associations between geographical distance and genetic identity.We suggest that Jatropha curcas of Yunnan Province might not be introduced from the same place.     

Fatty Acid Diversity is Not Associated with Neutral Genetic Diversity in Native Populations of the Biodiesel Plant Jatropha curcas L.

Jatropha curcas L. (Euphorbiaceae) is a shrub native to Mexico and Central America, which produces seeds with a high oil content that can be converted to biodiesel. The genetic diversity of this plant has been widely studied, but it is not known whether the diversity of the seed oil chemical composition correlates with neutral genetic diversity. The total seed oil content, the diversity of profiles of fatty acids and phorbol esters were quantified, also, the genetic diversity obtained from simple sequence repeats was analyzed in native populations of J. curcas in Mexico. Using the fatty acids profiles, a discriminant analysis recognized three groups of individuals according to geographical origin. Bayesian assignment analysis revealed two genetic groups, while the genetic structure of the populations could not be explained by isolation‐by‐distance. Genetic and fatty acid profile data were not correlated based on Mantel test. Also, phorbol ester content and genetic diversity were not associated. Multiple linear regression analysis showed that total oil content was associated with altitude and seasonality of temperature. The content of unsaturated fatty acids was associated with altitude. Therefore, the cultivation planning of J. curcas should take into account chemical variation related to environmental factors.     

西南地区麻疯树天然种群遗传多样性的等位酶变异

为了揭示麻疯树(Jatropha curcas)天然种群的遗传多样性和遗传结构, 采用聚苯烯酰胺凝胶垂直平板电泳技术, 对采自四川、云南、贵州3个省的10个麻疯树天然种群的叶片样本进行了同工酶分析。7个酶系统10个位点的检测结果表明: 麻疯树种群水平上的遗传多样性较高, 每位点平均等位基因数为2.428 6, 多态位点百分率为97.14%, 平均期望杂合度为0.396 4。种群间遗传分化系数为0.041 3, 种群间总的基因流较高, 为5.808 9, 种群间遗传一致度较高(Shannon信息指数为0.921 7- 0.995 3)。非加权类平均法(UPGMA)聚类结果显示, 10个种群的遗传距离与地理距离相关性不显著。麻疯树天然种群具有较低程度的遗传分化、较高的基因流, 种内及种群内多样性丰富, 这为麻疯树优良品种的选育提供了良好的遗传基础。     

11份割手密遗传多样性的SSR分析

利用10对多态性丰富的SSR引物,以国家甘蔗种质资源圃中保存的14份具有代表性的割手密为对照,对未收集过的云南地区11份割手密（Saccharum spontaneum L.）野生资源进行多样性分析。结果共扩增出233条DNA谱带,与对照相比,新采集材料的多态性条带为207条,其中14条为特有条带,多态性条带比率为0.89。遗传相似性系数和UPGMA聚类分析表明,新采集的材料并没有单独聚为一类,而是比较分散,在相似性系数为0.64处做切割线,参试材料可分为三个类群：第一类群主要由龙门割手密、河边村割手密和福建仙游1号组成;第二类群中包含19份材料,其中新采集的样品有上岗割手密、他拉割手密、安乐割手密、勐根割手密、芒美割手密、贺海割手密、回落割手密、里拉割手密和曼亨割手密,对照材料主要包含了云南、四川、越南、老挝、泰国地区的割手密,其共同特点是均分布在内陆地区;第三类群包括3个材料,分别是海南1号、海南92-2和广东化州割手密,其中不包含新采集的材料。而在相似性系数为0.654处作切割线又能将上述第二类群分为较细的三个亚群。由此可见,新采集的11份割手密资源具有丰富的遗传多样性,与已收集的资源相比,具有一定的差异性。说明依靠云南高山峡谷等立体气候特点,分布着遗传差异显著的割手密无性系。     

麻疯树分子生物学研究进展

麻疯树Jatropha curcas L.作为一种新兴的生物柴油型能源树种已经得到广泛的认可,关于它的各项研究持续升温。文中综述了近年来国内外关于麻疯树分子生物学方面的研究进展,一是揭示麻疯树遗传多样性和系统分类的分子标记研究;二是全面解析麻疯树分子网络的基因组、转录组和蛋白质组研究;三是以培育优质高抗品系为目标的代谢和发育调控相关基因的分离、克隆和功能研究;最后讨论了目前研究的不足和麻疯树未来分子生物学研究的方向。     

基于最大信息熵模型的能源物种麻疯树潜在适宜区

麻疯树(Jatropha curcas L.)为传统能源植物,是作为生物柴油最具希望的植物资源之一。本研究通过收集麻疯树分布点的经纬度数据,基于气候、土壤和地形等37个相关生态因子,采用最大信息熵模型,预测麻疯树的潜在适宜区域,分析影响其生长的主要生态因子特征。结果显示,麻疯树生长最适宜区域主要分布在我国华南地区的广东、海南、香港、台湾和西南地区的广西、云南、四川;对麻疯树分布贡献率较大的主要生态因子为:最暖季度降水量(53.5%)、温度季节性变化标准差(15.8%)、降水量变异系数(9.3%)、年均温变化范围(5.8%)、最湿季度降水量(3.6%)、最干月降水量(3.2%);Maxent模型预测的AUC值大于0.9,表明对麻疯树潜在分布的预测结果较准确。本文对麻疯树潜在分布区域以及影响其分布的主要生态条件的研究结果,可为麻疯树的种植栽培提供科学依据。     

从麻疯树上胚轴外植体再生植株

以麻疯树上胚轴为实验材料在MS添加IBA和BA的培养基上进行离体培养实验.结果表明,在IBA O.1 mg/L与BA 0.2～0.7 mg/L组合的条件下,不定芽从上胚轴外植体的表面直接被诱导分化,其中以在MS IBA 0.1 mg/L BA 0.5 mg/L上的诱导率最高.从愈伤组织来源的植株再生需要IBA 0.5 mg/L与BA 0.1 mg/L、IBA 0.5 mg/L与BA0.2mg/L以及IBA1.0mg/L与BA0.5mg/L的激素组合,其分化的最佳培养基是MS IBA1.0 mg/L BA0.5 mg/L.生长健壮的不定芽和再生植株能在无激素的MS基本培养基上生根.发育良好的再生苗可成功地转移到温室栽培而没有可见的变异.     

麻疯树乳汁管的解剖学研究

麻疯树(JatrophacurcasL.)的乳汁管能分泌含有多种药用成分的乳汁。采用石蜡切片、冰冻切片和半薄切片技术,在光学显微镜下观察麻疯树乳汁管的类型、分布和大小。结果表明,麻疯树中存在有节连接和非连接乳汁管、无节分枝和不分枝乳汁管;乳汁管普遍分布在皮层和韧皮部,茎和叶脉的木质部存在少量的乳汁管,茎、叶柄、花梗和果柄的髓部有少量分布;靠近维管组织的皮层中的乳汁管直径较大,而靠近表皮的皮层中的乳汁管直径较小,如茎中靠近维管组织的乳汁管直径为40-60μm,而靠近表皮的乳汁管直径为5-18μm。