鸽Ⅰ型副粘病毒F基因序列的扩增、序列测定及同源性分析

目的根据NDV的F基因保守区设计1对引物．用RT-PCR方法扩增出鸽Ⅰ型副粘病毒JS株融合蛋白基因(F基因)的部分片段,并测序。结果表明,JS株与现今国际上已发表的NDV的LaSota株F基因的同源性为96．6％,与F48E9株F基因的同源性为94．0%。     

鹅副粘病毒WF（01）G株F基因的测序与蛋白特性分析

用鹅副粘病毒WF01G分离株进行9-10日龄SPF鸡胚尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF01G病毒的F基因,获得了1条长约1.7 kb的特异性条带。对PCR扩增产物测序。结果表明,扩增片段大小为1782 bp,含有1个1662 bp的开放性阅读框,编码554个氨基酸。核苷酸同源性分析表明：WF01G株与其他7株鹅副粘病毒的同源性为84.8%-98.8%,与国内外其他NDV F基因的同源性为84.7%-93.8%,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为86.8%,说明WF01G与国内外的传统毒株有较大变异。与Tai-wan95株的同源性为93.8%,说明WF01G与Taiwan95株亲缘关系较近,具有较高的相似性。F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112Arg-Arg-G ln-Lys-Arg-Phe117,表明为副粘病毒强毒株。蛋白疏水性和抗原性分析表明与标准强毒F48E9株相比没有太大的变异。     

应用多重RT—PCR技术检测食管癌患者外周血多种肿瘤基因标志物的研究

目的:建立多重RT-PCR同步检测技术,联合检测黑色素瘤抗原MAGEA3基因、人类斯钙素hsTC1基因、上皮细胞角质蛋白CK20、CK19基因及癌胚抗原CEA基因mRNA在食管癌患者外周血中的表达。方法:在分析MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19、CEA和β-actin六种基因mRNA全长序列资料的基础上,自行设计并筛选出6对引物及6条寡核苷酸探针,利用多重RT-PCR技术并结合基因芯片对样本进行检测。结果:全部样品均可检出β-actin,55例食管癌患者外周静脉血中MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA的阳性表达率分别为25.45%、47.27%、49.09%、34.55%和52.73%;多重RT-PCR技术同时检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因,如果至少表达其中一种即可作为阳性表达者,其阳性表达率可达72.73%。而10例食管癌组织中均为阳性,28例正常健康捐献者的外周血中有2例CEA表达阳性,27例非肿瘤病人的外周血中有3例CK20阳性,3例CK19阳性,3例CEA阳性。测序结果证实RT-PCR产物确为MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA基因。结论:联合检测MAGEA3、hSTC1、CK20、CK19和CEA可以增加外周血循环癌细胞检测的敏感性,本研究建立的多重RT-PCR技术可以做为一种快速、灵敏的检测手段。     

NDV HeB02分离株的生物学特性及其F基因的克隆与序列测定

对河北省新城疫分离株HeB0 2的生物学特性进行了鉴定 ,根据国外已发表的新城疫病毒F基因序列 ,设计了一对引物并以RT PCR特异性扩增出HeB0 2分离株的F基因 ,基因产物大小为 1 63kb ,与设计相符 ,对其进行序列测定后 ,与其它标准毒株F48E9、LaSota和Clone30的F基因进行同源性比较 ,结果表明 ,HeB0 2株与国内标准强毒株F48E9及目前广泛应用的弱毒疫苗LaSota和Clone30的F基因核苷酸序列的同源性分别为 88 1 %、84 9%和 83 8%,由此可以看出HeB0 2分离株与标准毒株和疫苗株在F基因上发生了变异。     

麻疹病毒F基因测序及其进化关系的初步分析

研究麻疹病毒疫苗株S191毒种及其传代的病毒溶血素F(Haemolysin,HL)基因稳定性;对该序列一些重要位点的氨基酸进行比较,推测其功能结构及生物学活性变化;同时对该基因与M蛋白基因之间的非编码序列进行比对分析。利用RT-PCR方法扩增S191减毒株MeV23、26、27代及一株流行株YunnanLC-10的F基因,测序后进行比对分析。S191传代病毒F基因序列之间核苷酸同源性为99.8%,氨基酸同源性为99.5%～99.6%;S191疫苗株与流行株之间核苷酸序列同源性达95.2%;疫苗株与流行株1003nt的非编码区序列同源性为85.0%。S191传代病毒F基因具有较高遗传稳定性,关键功能位点氨基酸未发生传代改变;1003nt非编码区序列变异速度较快。     

禽Ⅰ型副粘病毒f基因克隆及序列分析

用RT-PCR一步法对云南省不同禽类(鸡、鸽子)3株禽I型副粘病毒F基因进行扩增和克隆,并对其f基因片段核苷酸序列进行分析,结果表明,云南省禽I型副粘病毒各毒株同源性为88.1%～94.9%,与疫苗株LaSota和强毒株F48E9的同源性为85.6%.所分离两株新城疫病毒在F蛋白裂解位点区(112～117aa)的氨基酸序列与强毒株在这一区域的序列完全相同,表明为强毒株.鸽I型副粘病毒F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与PPMV ZQ98-1株在这一区域的序列完全相同,揭示为中强毒株.以1 662bp核苷酸绘制系统发育树,表明云南地方新城疫病毒属于基因Ⅶ型,鸽I型副粘病毒属于基因Ⅵ型.     

禽I型副粘病毒f基因克隆及序列分析

用RT-PCR一步法对云南省不同禽类(鸡、鸽子)3株禽I型副粘病毒F基因进行扩增和克隆,并对其f基因片段核苷酸序列进行分析,结果表明,云南省禽I型副粘病毒各毒株同源性为88.1%～94.9%,与疫苗株LaSota和强毒株F48E9的同源性为85.6%。所分离两株新城疫病毒在F蛋白裂解位点区(112～117aa)的氨基酸序列与强毒株在这一区域的序列完全相同,表明为强毒株。鸽I型副粘病毒F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与PPMV ZQ98-1株在这一区域的序列完全相同,揭示为中强毒株。以1 662bp核苷酸绘制系统发育树,表明云南地方新城疫病毒属于基因Ⅶ型,鸽I型副粘病毒属于基因Ⅵ型。     

鹅副粘病毒WF00 G分离株HN蛋白基因的测序与序列分析

用鹅副粘病毒凤阳分离株WF00G做9～10日龄SPF鸡胚的尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF00G病毒的HN基因,获得了1条约1．8kb的特异性条带。PCR产物回收纯化后测序。测序结果表明,扩增片段大小为1844bp,含有1个1716bp的开放性阅渎框,编码571个氨基酸。核苷酸同源性分析表明：WF00G株与其他12株鹅副牯病毒的同源性为89．9％-99．2％,与国内外其他NDVHN基因的同源性为81．7％～95．7％,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为84．7％,说明WF00G与国内外的传统毒株有较大变异。与Taiwan95株和NL／96株的同源性为94．3％和95．7％,说明WF00G与Taiwan95株和NL／96株亲缘关系较近,具有较高的相似性。     

鸭副粘病毒WF01 D株F基因的测序与蛋白特性分析

用鸭副粘病毒凤阳分离株WF01 D作9～10日龄SPF鸡胚的尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF01 D病毒的F基因,获得了1条长约1．7kb的特异性条带。用PCR产物直接测序。测序结果表明,扩增片段大小为1782bp,含有1个1662bp的开放性阅读框,编码554个氨基酸。核苷酸同源性分析表明：WF01 D株与国内外其他NDVF基因的同源性为84．5％～97．0％,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为86．6％,说明WF01 D与国内外的传统毒株有较大变异。与Taiwan95株和J株的同源性为93．6％和97．0％,说明WF01 D与Taiwan95株和J株亲缘关系较近,具有较高的相似性。F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112Arg-Arg-Gln-Lys-Arg-Phe117,表明为NDV的强毒株。蛋白疏水性和抗原性分析表明与标准强毒F48E9株相比没有太大的变异。     

NDV HeB02分离株的生物学特性及其F基因的克隆与序列测定*

对河北省新城疫分离株HeB02的生物学特性进行了鉴定 ,根据国外已发表的新城疫病毒F基因序列 ,设计了一对引物并以RT PCR特异性扩增出HeB02分离株的F基因 ,基因产物大小为 1.63kb ,与设计相符 ,对其进行序列测定后 ,与其它标准毒株F48E9、LaSota和Clone30的F基因进行同源性比较 ,结果表明 ,HeB02株与国内标准强毒株F48E9及目前广泛应用的弱毒疫苗LaSota和Clone30的F基因核苷酸序列的同源性分别为 88.1 %、84.9%和 83.8%,由此可以看出HeB0     

锤头状核酶在鸡胚成纤维细胞中的对鹅副粘病毒SF02繁殖的抑制作用

针对鹅副粘病毒SF0 2的F基因 ,设计了锤头状核酶RzF5 98,并插入真核细胞表达载体pcDNA3获得该核酶的转基因质粒pcDNA RzF5 98。以无核酶功能的突变体dRzF5 98和pcDNA3空质粒为对照 ,分析核酶对病毒繁殖的抑制作用。结果表明 ,RzF5 98不仅能在体外成功切割靶基因的mRNA ,还能有效抑制SF0 2在鸡胚成纤维细胞中的繁殖。转染pcDNA RzF5 98的鸡胚成纤维细胞经SF0 2感染后存活率可达 80 %左右 ,而未转染任何质粒的细胞和转染pcDNA3空质粒的细胞经SF0 2感染后存活率只有约 5 %。转染dRzF5 98的细胞对病毒也具有一定抗性 ,这可能是由于反义RNA的作用。     

鸡新城疫病毒HeB02分离株F基因的克隆及其DNA疫苗的研究

根据GenBank报道的鸡新城疫病毒F基因序列设计了一对引物,以鸡新城疫病毒HeB02分离株基因组为模板,通过RT-PCR扩增出了1·66kb左右的F基因片段,序列分析表明HeB02株F基因与国内标准强毒株F48E9及弱毒疫苗La Sota和Clone30的F基因核苷酸序列的同源性分别为88·1%、84·9%和83·8%。将HeB02株F基因插入真核表达载体pVAX1中,构建了真核表达质粒pSV-F,通过脂质体转染COS-7细胞,SDS-PAGE分析可见表达的特异蛋白条带;Western blot、ELISA和中和试验检测结果表明:真核表达的蛋白与抗新城疫病毒的抗体发生特异性反应,说明F蛋白具有很好的免疫原性。采用活体电击法以真核表达质粒pSV-F免疫3周龄SPF鸡,剂量为50μg/只,3周后加强免疫1次,5周后以100倍鸡胚感染剂量(EID)的F基因同源病毒对所有鸡进行攻毒,攻毒前后每周分别以喉拭子进行病毒分离和HI效价测定。结果显示对照组在攻毒前一直没有检测到抗体效价,攻毒后检测效价为3·0log2±1·40,并且于攻毒后第9天全部死亡;活疫苗组和实验组免疫后第2周检测到抗体效价,第5周最高,HI效价分别为8·3log2±1·30和7·2log2±1·23,攻毒1周后HI效价分别达9·8log2±1·55和8·9log2±1·77,极显著高于对照组(P<0·01)。免疫组未分离到新城疫病毒,对照组全部分离到新城疫病毒。表明所构建的F基因真核表达质粒可作为候选基因疫苗诱导鸡产生免疫保护反应。     

猪源新城疫病毒JL01株分离鉴定及F基因遗传进化分析

2000年,在吉林省某猪场发生具有较高发病率和死亡率的急性传染病,发病率达到40%～50%,病死率15%,取其脾、肺、肾等组织进行电镜观察,可见副粘病毒样颗粒,表明其病原可能为某种猪源副粘病毒,命名为JL01株。在对该病毒的的血凝、血凝抑制等生物学特性进行鉴定后,初步确定该种猪副粘病毒为猪源新城疫病毒。病毒回归试验表明,纯化的病毒对猪仍有较强的致死性,并可从死亡猪体内分离到新城疫病毒。该病毒对鸡胚平均致死时间(MDT)、脑内致病指数(ICPI)和半数致死量(EID50)分别为55.2h、1.60和10-7.5/0.1 mL,表明该毒株属于新城疫病毒强毒株。在此基础上,采用RT-PCR方法克隆了猪源新城疫病毒F基因,与其他10株NDV毒株进行序列比较分析,结果表明,JL01株与B1、LaSota、Clone30等经典的新城疫病毒弱毒株同源性较高(91.5%～98.5%),与ZJ1、Mukteswar等强毒株的同源性较低。F基因氨基酸裂解位点的序列为112G-K-Q-G-R-L117,与弱毒株序列完全相同。基因分型结果表明JL01株属于基因Ⅰ型。因此,本研究所分离到感染猪的新城疫病毒属于基因变异的新城疫病毒弱毒株...     

应用红外荧光和加尾引物法进行向日葵SSR遗传分析中的多聚PCR和多聚凝胶电泳的优化

在向日葵(Helianthus annuus L.)自交系SSR遗传分析中,为了提高SSR荧光分析效率、简化分析程序和降低研究费用,我们进行了多聚PCR和多聚凝胶电泳两项技术的优化研究.结果表明,优化多聚PCR和多聚凝胶电泳的影响因子(如逐步降低的退火温度的循环数、各个多聚位点引物浓度的平衡、PCR缓冲液浓度以及Taq DNA多聚酶的浓度等)可以收到更好的实验效果.基于以上的优化研究,系统地提出了一套优化的加尾引物法的策略.同时,提出了在多聚PCR和多聚凝胶电泳中常常遇到的技术难题的有效防止和解决的方法.     

应用红外荧光和加尾引物法进行向日葵SSR遗传分析中的多聚PCR和多聚凝胶电泳的优化

在向日葵(Helianthus annuus L.)自交系SSR遗传分析中,为了提高SSR荧光分析效率、简化分析程序和降低研究费用,我们进行了多聚PCR和多聚凝胶电泳两项技术的优化研究。结果表明,优化多聚PCR和多聚凝胶电泳的影响因子(如逐步降低的退火温度的循环数、各个多聚位点引物浓度的平衡、PCR缓冲液浓度以及Taq DNA多聚酶的浓度等)可以收到更好的实验效果。基于以上的优化研究,系统地提出了一套优化的加尾引物法的策略。同时,提出了在多聚PCR和多聚凝胶电泳中常常遇到的技术难题的有效防止和解决的方法。     

Detection and Identification of Yersinia pestis by Polymerase Chain Reaction (PCR) Using Multiplex Primers

A PCR method for detection of Yersinia pestis-virulence determinants by the use of multiplex primers was developed. Four pairs of oligonucleotide primers were designed from each gene of three kinds of virulent plasmids and a chromosomal DNA; 60-Md plasmid-located gene (caf1) encoding Y. pestis-specific capsular antigen fraction 1, a Y. pestis-specific region of a yopM gene encoded on 42-Md virulent plasmid, a plasminogen activator gene (pla) encoded on Y. pestis-specific 7-Md plasmid and an invasin protein gene (inv) encoded on chromosomal DNA. This multiplex-primer system was specific for the detection of Y. pestis among pathogenic Yersinia species and other enterobacteriaceae having antigens common to Y. pestis. Since this method is simple and safe, it will be useful to identify and confirm Y. pestis in cases of emergency and for the surveillance of epidemics.     

木瓜凝乳酶基因的克隆及序列分析

通过设计一对特异性的引物,采用RT－PCR方法从未成熟的木瓜组织中扩增得到木瓜凝乳酶基因,并将其重组到pPIC9K载体中,转化大肠杆菌并筛选阳性克隆,序列测定并利用BLAST软件进行核酸及氨基酸序列相似性分析,结果表明：通过序列组成及特征结构分析,扩增得到的基因为木瓜凝乳酶基因。     

丙型肝炎病毒北京株NS3基因的克隆及测序

用ＲＴ－ＰＣＲ方法从北京株丙型肝炎病毒中扩增出ＮＳ３区基因片段,该片段经ｐＧＥＸ－Ｔ载体克隆到大肠杆菌ＤＨ５α菌株中．经自动序列分析仪测出ＮＳ３基因的７２８ｂｐ长的核酸序列．发现在该片段中第３１位核苷酸发生Ａ→Ｔ突变,产生一个终止突变．这表明,丙型肝炎病毒北京株存在一定的变异,产生缺陷型病毒,这类缺陷型病毒的出现可能是丙型肝炎病毒持续性感染的原因之一．     

我国真菌传线状小麦花叶病毒病病原初步鉴定为小麦黄花叶病毒(WYMV)

由禾谷多粘菌（Ｐｏｌｙｍｙｘａｇｒａｍｉｎｉｓ）传播的线状小麦花叶病毒有两种,一种是加拿大首先报道的小麦梭条斑花叶病毒（ＷＳＳＭＶ）,另一种是日本报道的小麦黄花叶病毒（ＷＹＭＶ）。这两种病毒粒子形态以及血清学性质非常相似,但核酸序列存在一定差异。经反转录聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）和单链构象多态性分析（ＳＳＣＰ）,明确我国广泛发生的禾谷多粘菌传线状小麦花叶病毒都是小麦黄花叶病毒,但供试的８个分离物ＲＮＡ１和ＲＮＡ２序列存在差异,无一彼此完全相同