三系杂交稻亲本随机扩增多态性DNA(RAPD)分析

选用9个随机引物对31份杂交水稻亲本材料进行了RAPD分析, 共检测到60条多态性带。聚类分析结果表明,所有供试材料可以被明确地区分。在9个随机引物中,有8个具有较高的多态性检测能力。以这8个引物为基础,选用任两个引物即可在任一对材料中检测出多态性的频率在96.13%以上,而选用任3个引物则该频率在99.21%以上。这显示了运用RAPD鉴定稻种具有简便、灵敏、高效的优点,在鉴定杂交稻种的实践中有着良好的应用前景。 Abstract:Seven rice sterile lines,12 maintainer lines and 12 restorer lines were analyzed by RAPD with 9 primers.Altogether,118 fragments were generated,of which 60 detected polymorphisms among rice marker.Eight of nine primers can detect high polymorphism.The frequencies of polymorphism in any primers were used,the frequencies would be higher than 99.21%.The eight primers were therefore recommended as candidates for the identification of hybrid rice seeds.     

香菇亲本菌株及其杂交后代的RAPD分析

运用随机扩增多态性ＤＮＡ技术对源于两个香菇双核菌的孢子单核体,原生质体单核体及其杂交后代进行了基因组ＤＮＡ多态性分析,用９个随机引物共扩增出１１６条ＤＮＡ片段,其中８２．５％具有多态性,综合分析９个随机引物的扩增谱带,可将所有供试亲本单核本清楚地工,且单聚类分析的结果与其来源及遗传背景相吻合。此外,用两个双核亲本菌株的各４个不同酱 孢子单核体两两酱所得的所有杂交组合,也均可与双核亲本菌株明确地区分     

基于SSR标记的寒地水稻品种骨干亲本分析

富士光、藤系138、上育397和五优稻1是20世纪90年代至今寒地水稻品种选育的骨干亲本。利用50对SSR引物对上述骨干亲本及其衍生品种进行聚类分析和主坐标分析(principal coordinate analysis, PCO),结果表明,50对SSR引物在51份供试材料中共检测到150个等位基因,变化范围为2~6个,平均为3个;引物PIC的变化范围为0.0725~ 0.6845,平均0.3655;聚类分析将51份材料分为4类,4个骨干亲本分别被聚到4类中;PCO分析显示,四个骨干亲本相距较远,呈独立的分支,衍生品种围绕着骨干亲本分布;在检测出的39个稀有等位基因中,仅有3个存在骨干亲本中。表明近年寒地水稻品种遗传改良是围绕少数骨干亲本进行的,骨干亲本将大部分优良基因传递到了衍生品种中,SSR分析和PCO分析与系谱分析得到了一致的结果。     

利用RAPD分子标记对三组三系杂交水稻及亲本的遗传分析和鉴定

利用RAPD技术,从248个随机寡聚核苷酸（10bp）中筛选出13个引物能在供试的三组三系杂交水稻及亲本间扩增出43条稳定性较好的多态性片段,其中6个引物能在供试材料间扩增出20个强的多态性标记。利用这些标记能有效地区分各组合中不育系、保持系、恢复系和F1,并能看出各组合中不育系与保持系、不育系与恢复系、F1与亲本间的遗传关系。 Abstract:A total of 248 arbitrary 10-mer oligonucleotide primers were screened using RAPD (random amplified polymorphic DNA) techniques with the genome DNA of three groups of three-line hybrid rice and their parents.Thirteen primers produced 43 polymorphism fragments.Six primers of them produced 20 obviously repeatable polymorphic markers among rice lines tested.Using this RAPD markers,the hybrid rice combinations (sterile-line,maintainer-line,restorer-line and F1)can be effectively identified,and the genetic relationship among them can be shown.     

RAPD标记鉴定水稻3种不同细胞质雄性不育类型的杂交种及其亲本

利用RAPD引物对3种不同细胞质雄性不育类型的杂交水稻组合及其亲本共21个材料进行了DNA多态性分析。从264个随机引物中筛选出具有非常明显多态性的引物25个, 对25个引物在3种不同细胞质不育类型的杂交组合及其亲本间的DNA扩增多态性差异进行比较,最终选出具有不同类型间特异性扩增带的引物7个,利用这些特异性扩增带能有效地区分和鉴定目前在生产上大面积种植和推广,或者是具有应用潜力的3种不同细胞质雄性不育类型—野败型(WA)、红莲型(HL)和包台型(BT))—的6种杂交水稻组合及其亲本。     

香菇亲本菌株及其杂交后代的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA（RandomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD）技术对源于两个香菇（Lentinulaedodes）双核菌株的孢子单核体、原生质体单核体及其杂交后代进行了基因组DNA多态性分析。用9个随机引物共扩增出116条DNA片段,其中82．5％具有多态性。综合分析9个随机引物的扩增谱带,可将所有供试亲本单核体清楚地分开,且早核体聚类分析的结果与其来源及遗传背景相吻合。此外,用两个双核亲本菌株的各4个不同交配型的孢子单核体两两支配所得的所有杂交组合,也均可与双核亲本菌株明确地区分开来。因此,在杂交育种中,RAPD分析可为亲本的选配及杂种的鉴定提供可靠依据。     

我国茶树主要骨干亲本及其衍生品种(系)的SSR分析

铁观音、黄棪和福鼎大白茶分别是我国乌龙茶和红绿茶育种中的骨干亲本,由他们衍生出了一系列的优良品种,研究他们的遗传多样性及构建指纹图谱将有助于今后茶树育种工作中骨干亲本的合理利用和品种权的保护。本研究利用40对SSR引物对我国乌龙茶骨干亲本铁观音、黄棪及其衍生品种(系)和红绿茶骨干亲本福鼎大白茶及衍生品种进行了研究。结果表明,34份供试品种(系)的基因多样性指数（H）为0.54,平均遗传距离0.58,表明我国茶树主要骨干亲本及其衍生品种(系)具有较高的遗传多样性水平和较大的遗传变异,且90%的遗传多样性来自品种之间的遗传差异。聚类结果表明两套品种(系)各自聚为一类,遗传结构分析也显示两套品种(系)之间存在明显的差异。利用其中5对引物组合构建了供试材料的数码指纹图谱。     

香菇亲本菌株及其杂交后代的RAPD分析*

运用随机扩增多态性DNA（RandomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD）技术对源于两个香菇（Lentinulaedodes）双核菌株的孢子单核体、原生质体单核体及其杂交后代进行了基因组DNA多态性分析。用9个随机引物共扩增出116条DNA片段,其中82．5％具有多态性。综合分析9个随机引物的扩增谱带,可将所有供试亲本单核体清楚地分开,且早核体聚类分析的结果与其来源及遗传背景相吻合。此外,用两个双核亲本菌株的各4个不同交配型的孢子单核体两两支配所得的所有杂交组合,也均可与双核亲本菌株明确地区分开来。因此,在杂交育种中,RAPD分析可为亲本的选配及杂种的鉴定提供可靠依据。     

陕油8号种子纯度的RAPD鉴定研究

从杂交油菜“陕油8号”及其亲本中提取基因组DNA,用100个RAPD随机引物进行扩增,从中筛选出3个可将亲本和子代区分的引物BA208、BA1090、BA497。BA208产生亲本互补的特征带BA208-1050bp、BA2081250bp;BA1090产生母本特征带BA1090-700bp,BA497产生父本特征带BA497-870bp,上述谱带均在子代中出现。以BA208产生的特征谱带作为分子标记对杂交油菜种子纯度鉴定得到了一致的结果,并与大田纯度检测结果一致。BA497可将“陕油8号”与当地4个主栽品种有效区分。此外,还对双引物共同鉴定杂交种子纯度问题进行了初步探讨。     

小麦骨干亲本碧蚂4号系谱种HMW-GS组成分析

利用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)技术,对小麦骨干亲本碧蚂4号80个衍生品种、系谱当中涉及的18个中间亲本、碧蚂4号6个姊妹系品种及其亲本共106个品种(系)的HMW-GS组成进行分析.结果表明,碧蚂4号HMW-GS组成为Null、7+8、2+12.在Glu-B1位点,碧蚂4号的7+8亚基与一代衍生品种的3个亲本均不同,其在衍生一代中的遗传受到了显著的选择,遗传频率达到84.6%;6个(54.5%)二代衍生品种的亲本含有与碧蚂4号相同亚基,该代7+8亚基的遗传频率仍最高,达到64.1%;三代和四代衍生品种的5个亲本中只有北京6号和矮秆早含有7+8亚基,这两个世代7+8亚基遗传频率明显降低,7+9成为主要类型,频率分别达到了69.2%和64.3%.在Glu-A1和Glu-D1位点,各有11个(64.7%)中间亲本具有与碧蚂4号相同的亚基,它们分布于不同子代涉及的中间亲本中,Null和2+12亚基在其衍生的4个世代品种的遗传频率均不小于76.9%.系谱分析发现,在三代和四代,中间亲本HMW-GS组成遗传频率显著增加,其中以洛夫林10的Null、7+9、2+12亚基为主.由于HMW-GS组成不是碧蚂4号系谱品种育成时期的选择目标,对骨干亲本碧蚂4号和洛走林10号被选择的Glu-B1位点进一步研究有助于解析骨干亲本的形成原因.     

利用RAPD技术鉴定海南荔枝品种光明

应用RAPD标记对6份无性系材料进行检验,20个引物对6份材料均扩增出完全相同的125条带,不具多态性,证明6份材料遗传基础高度相似。利用30个引物对光明和其他42份材料的基因组进行多态性分析,多态性位点为212个,占总数的80、83％,显示多态性较高。光明和其他荔枝品种间的相似系数均较高,与大丁香的相似系数（0．884）最高。在相似系数0．78水平上,可将供试材料分成4大类,这些类型与成熟期有一定相关,光明属于第3类。光明不具特征谱带,但可用少数引物组合将其和很多品种区别开,如利用AP09、AM16和AK17即可将光明从其他荔枝材料中鉴别出来。     

核质互作型水稻线粒体不育基因的RAPD分析

采用RAPD对水稻Ⅱ-32A、Ⅱ－32B、Ⅱ优949的mtDNA进行分析,得到两个特异的扩增片段OPJ18-1000、OPJ18－1400。序列测定两个特异片段全长分别为1068bp和1481bp。Southern杂交结果证明了差异片段的真实性。用OPJ18－1000作探针与Ⅱ－32A、Ⅱ－32B、Ⅱ－优949的mtRNA斑点杂交结果表明,除Ⅱ－32B外,都在转录水平上对水稻雄性不育有一定影响。虽然OPJ18－1400对应的RNA斑点杂交呈阴性,但其DNA序列中存在一个七碱基5′-TTC-CCTC-3′的保守系列。据报道它是atp6基因中同源重组热点区,可促使线粒体基因重组形成嵌合基因,从而对水稻雄性不育的形成起着重要作用。经同源性比较和DNA、RNA杂交证实获得的两个片段是新的与水稻细胞质雄性不育相关的mtDNA序列。     

Parental analysis using RAPD markers in the antColobopsis nipponicus: A test of RAPD markers for estimating reproductive structure within social insect colonies

Summary Previously known parent-offspring relationship for queens and her daughters of the antColobopsis nipponicus was examined using RAPD markers in order to test the reliability of this molecular technique for estimating the reproductive structure within colonies of social insects. RAPD markers from 20 oligomers successfully clustered the queen with her daughters among an artificially generated polygynous society, even when paternal information was unavailable. When information from both the queen and her sperm was included in the analysis, 20 polymorphic bands seem to be sufficient to cluster correctly the true parents to their offspring. Lack of father's information considerably decreased accuracy of the analysis. Thus, if RAPD markers are to be used to demonstrate parent-offspring relationship between individuals in the field, sperm from the queen's spermatheca should be incorporated in analysis.     

野生莲资源的RAPD分析

利用16个随机引物对来自6省的12份野生莲(Nelumbonucifera)资源材料进行了RAPD分析。扩增形成141条谱带,其中多态带79条,占56.03%。显示野生莲在我国具有丰富的遗传多样性。结果还表明:1)野生莲资源遗传分化十分明显,虽有一定的地域相似性,但有些地区的分化也很明显;2)野生莲资源可分为3类,与园艺学分类比较相似,可能暗示了现代莲由不同遗传背景的野生莲演化而来。     

Genetic Diversity and Population Differentiation of Liaoning Weedy Rice Detected by RAPD and SSR Markers

Weedy rice refers to populations of usually annual Oryza species that diminish farmer income through reduction of grain yield and lowered commodity value at harvest. The genetic diversity and population genetic structure of weedy rice in Liaoning Province were studied by RAPD and SSR markers. The results indicate that the level of genetic diversity of Liaoning weedy rice is very low, with polymorphic loci being only 3.70% (RAPDs) and 47.62% (SSRs). On the other hand, high genetic differentiation was found among populations, in particular between two regions (Shenyang and Dandong), with Fst values of 0.746 (RAPDs) and 0.656 (SSRs), suggesting that more than two thirds of the genetic variation resides among regions. Combined with our investigations of cultural traditions, the low level of genetic diversity in Liaoning Province is attributed to its narrow genetic background enhanced by exchanges of cultivar seeds, whereas the high genetic differentiation between the two regions is most likely the result of different founding parents and gene flow from local rice varieties to weedy rice. The rice cultivars in the two regions are all local varieties and are different genetically. A comparison of the two marker systems demonstrates that SSR is more informative and powerful in terms of the assessment of genetic variability, although both RAPD and SSR provide useful genetic information on weedy rice.     

甘蔗种质间亲缘关系及特异标记的RAPD分析

采用RAPD技术分析甘蔗种质问的亲缘关系及特异标记。筛选出25个扩增多态性较强的随机引物,构建了41份甘蔗种质的RAPD指纹图谱,并对RAPD数据进行UPGMA聚类分析。甘蔗栽培品种之间、栽培品种与近缘种之间以及近缘种相互间的遗传相似系数变异范围为0．56～0．92,表明所研究的甘蔗种质之间的亲缘关系较近。此外,发现某些甘蔗亲本种质具有特异RAPD标记带。     

水稻苯达松敏感致死基因的RAPD标记和SCAR标记

利用RAPD技术对水稻品种农林8号(含苯达松抗性基因Ben)和其突变体农林8号m (含苯达松敏感致死基因ben)进行标记,从360个10 bp寡核苷酸随机引物中筛选出5个引物产生的7个RAPD标记.经对多态性标记的克隆和序列分析,再设计PCR引物,将其中4个RAPD标记OPG18/943、OPG18/972、OPD10/1248和OPF03/1198转化成SCAR标记SCAR/G18/883、SCAR/G18/890、SCAR/G18/919/948、SCAR/D10/1237、SCAR/F03/1186.通过对农林8号×农林8号m F2分离群体320个单株的连锁分析及在1对含ben基因的近等基因系H121和Hben121中验证,标记SCAR/G18/883、SCAR/G18/890、SCAR/G18/919/948与Ben 或ben基因共分离,SCAR/D10/1237与Ben基因的遗传距离为(14.8±2.1) cM.经Southern blotting分析并结合F2代分离比例表明,标记OPG18/943、OPG18/972及其转化的SCAR标记在基因组中为单拷贝序列,且OPG18/943和OPG18/972为一对等位STS位点.这是首次报道与ben或Ben基因相连锁的分子标记.本研究为利用分子标记辅助ben基因的转育及利用图位克隆技术分离ben基因提供了有用的分子标记.     

水稻苯达松敏感致死基因的RAPD标记和SCAR标记

利用RAPD技术对水稻品种农林 8号 (含苯达松抗性基因Ben)和其突变体农林 8号m (含苯达松敏感致死基因ben)进行标记 ,从 36 0个 10bp寡核苷酸随机引物中筛选出 5个引物产生的 7个RAPD标记。经对多态性标记的克隆和序列分析 ,再设计PCR引物 ,将其中 4个RAPD标记OPG18/ 94 3、OPG18/ 972、OPD10 / 12 4 8和OPF0 3/ 1198转化成SCAR标记SCAR/G18/ 883、SCAR/G18/ 890、SCAR/G18/ 919/ 94 8、SCAR/D10 / 12 37、SCAR/F0 3/ 1186。通过对农林 8号×农林 8号mF2 分离群体 32 0个单株的连锁分析及在 1对含ben基因的近等基因系H12 1和Hben12 1中验证 ,标记SCAR/G18/ 883、SCAR/G18/ 890、SCAR/G18/ 919/ 94 8与Ben或ben基因共分离 ,SCAR/D10 / 12 37与Ben基因的遗传距离为 (14 .8± 2 .1)cM。经Southernblotting分析并结合F2 代分离比例表明 ,标记OPG18/ 94 3、OPG18/ 972及其转化的SCAR标记在基因组中为单拷贝序列 ,且OPG18/ 94 3和OPG18/ 972为一对等位STS位点。这是首次报道与ben或Ben基因相连锁的分子标记。本研究为利用分子标记辅助ben基因的转育及利用图位克隆技术分离ben基因提供了有用的分子标记。