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1.
基于粪便DNA的雪豹种群调查和遗传多样性 总被引:1,自引:0,他引:1
雪豹 (Panthera uncia) 是仅分布于亚洲高海拔山区的珍稀濒危猫科动物.本研究在印度西南部(Ladakh)、中国青海和蒙古国的南部(南Gobi)3个独立的雪豹分布区共采集109份粪便样品.应用线粒体DNA(mtDNA) cyt b基因特异性引物对109份粪便样品进行鉴定,发现有31份粪便来自雪豹,其中印度Ladakh、我国青海和蒙古国南Gobi的雪豹样品分别为17份、3份和11份.利用重新筛选设计的7对家猫(Felis catus)微卫星引物,对雪豹粪便样品进行了基因分型分析,结果发现在Ladakh和南Gobi检测到的雪豹粪便样品分别来自4只和5只不同的雪豹个体,而青海的样品则来自同一只雪豹;遗传多样性统计分析表明,蒙古国南Gobi的雪豹微卫星遗传多样性水平低于印度的Ladakh.研究结果表明了粪便DNA在雪豹种群监测和遗传多样性研究中的可行性. 相似文献
2.
基于非损伤性取样,利用mtDNA和微卫星DNA遗传标记,对来自青藏高原三江源国家级自然保护区、羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区等地的277 份疑似雪豹粪便样品进行了物种鉴定、个体识别和遗传多样性研究。结果显示:在190份成功扩增的mtDNA cyt b基因片段中,确定有89份属于雪豹;微卫星分析确定其属于48个不同的个体。在48个雪豹mtDNA cyt b基因片段中,共检测出13个多态性位点,定义了9个单倍型,单倍型多态性为0.776,核苷酸多态性为 1.50%, 9个单倍型的遗传距离为 0.009-0.058。研究表明在研究区域均存在雪豹分布,并具有一定的遗传多态性,地理距离分布较远的羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区的雪豹样品具有一定的遗传差异。 相似文献
3.
利用微卫星DNA标记,对来自青海囊谦县、治多县以及甘肃阿克塞县3个地区的36份雪豹(Panthera uncia)粪便DNA样品进行了遗传多样性研究。结果显示,在8个微卫星位点上共检测到57个等位基因,有效等位基因数为2.190~5.488,平均每个位点的等位基因数为7.130,基因频率分布不均匀;期望杂合度为0.543~0.847,平均0.759;多态信息含量为0.458~0.829,平均0.722;表明这8个微卫星位点均为高度多态性位点,有较丰富的遗传多样性。3个样地雪豹居群之间的遗传距离与地理距离相关,地理距离最近的青海省囊谦县和治多县的雪豹居群遗传距离最小。根据雪豹平均遗传分化度Fst(0.053)、平均基因流(4.488)以及STRUCTURE聚类分析结果(当K=1时,ln P(D)值最大),推测3个居群间虽然有一定的遗传距离,但均来自同一个种群,暂无分化现象。 相似文献
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为了揭示松毛虫种群的遗传结构,采用DNA序列测定的方法测定了松毛虫不同种群的线粒体细胞色素b (Cyt b)基因的部分序列,并利用分子生物学软件分析其核苷酸组成、转换和颠换、氨基酸组成、遗传距离及亲缘关系。结果显示:在获得的Cyt b 基因387bp的序列中碱基A,T,C,G平均含量分别为40.1%、33.5%、9.5%、16.9%,A+T含量明显高于G+C含量表现出强烈的A、T偏向性,密码子第3位点的A+T含量高达86.5%,这种偏向性在种群间无明显差异。碱基替换主要发生在密码子第三位,转换大于颠换,且种群内替换高于种群间。该序列片段中共有39个核甘酸位点发生变异,遗传距离为0.000-0.100,显示出较小的遗传变异。蛋白质氨基酸由除谷氨酸以外的19种氨基酸组成。聚类分析结果表明马尾松毛虫和油松毛虫亚种遗传距离较近,种群间的遗传分化与生态环境有关。 相似文献
5.
掌握遗传信息对濒危物种的保护和管理具有重要意义。本研究在我国雪豹重要分布区祁连山和三江源国家公园分别采集粪便样品,利用mtDNA的cyt b基因、微卫星多态性位点进行了雪豹的物种鉴定、个体识别和种群遗传结构评估。在采集286份疑似雪豹粪便样品中,成功的对86份雪豹样品进行了扩增鉴定,利用微卫星位点进行个体识别获得41只雪豹个体,其中祁连山国家公园26只,三江源国家公园15只。通过等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量等指标进行种群遗传多样性评估,认为雪豹种群遗传多样性相对较低,但祁连山国家公园雪豹种群遗传多样性相对较高。STRUCTURE进行群体遗传结构分析表明,4个种群可以划分为3个遗传类群,祁连山国家公园的种群(YCW和QLS)与三江源国家种群(DC和SJ)的遗传差异,可能与种群间的地理隔离存在明显的相似性。 相似文献
6.
青海雪豹地理分布的初步调查 总被引:11,自引:1,他引:10
雪豹(Panthera uncia Schreber)俗称草豹,为濒危珍兽,现已列为国家一类保护动物,属典型高山动物,耐寒冷,棲息地常年积雪。有关雪豹在青海境内的地理分布,以往已有初步报道(寿振黄等,1962;张洁等,1963)。为了进一步摸清雪豹在青海省境内的数量分布及生活习性,笔者于1973、1974、1975、1978、1981各年在祁连县八宝乡的柳沟、石桥、青羊沟、柏树台、清大板及野牛沟乡的边麻、大泉、柯柯里地区;都兰县的宗加、巴隆、香日德、沟里及玉树藏族自治州的玉树、治多、曲麻来、杂多等县,深入雪豹活动地区,采用跟踪足迹、粪便及食物残骸的方法进行调查,并访问当地群众及畜产品的收购部门,结合西宁市人民公园17年来的收购记录,综合整理如下。 相似文献
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亚洲象是我国国家一级保护动物.本文利用非损伤性取样法,以亚洲象粪便中脱落的肠道上皮细胞为DNA来源,选用线粒体DNA作为分子标记,对分布于我国境内的亚洲象种群的遗传结构和种群遗传多样性进行研究.本研究得到mtDNA序列片段长度为556 bp,经对178个个体进行扩增结果分析,共得到24个单倍型.在5个地理种群中,除南滚河种群外,其他4个种群中的114个个体共享同一单倍型,南滚河种群与其他种群间未观察到共享单倍型.系统发生分析,观察到中国境内现有亚洲象种群在进化上分为两大分支,α和β.其中分支α中包含除南滚河种群外的4个地理种群,分支β仅含有南滚河种群,表明南滚河种群与其他4个地理种群间存在明显分化.遗传多样性分析结果表明,中国境内的亚洲象种群的遗传多样性水平较低,分析原因认为是栖息地破碎化阻断了种群间有效的基因交流. 相似文献
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潘氏闭壳龟(Cuora pani)是中国特有种,国家二级重点保护野生动物。由于非法贸易加之栖息地破坏等,其野外种群数量十分稀少。本研究旨在利用线粒体基因与核基因标记揭示潘氏闭壳龟的遗传多样性和遗传结构,以期为中国潘氏闭壳龟的种群保护和管理提供科学依据。本次共研究14只潘氏闭壳龟个体,其中,6只原产地为四川广元,8只产地未知。结果表明,在14只潘氏闭壳龟样本中鉴定出Cyt b单倍型、ND4单倍型和R35单倍型各2个,且均有1个新单倍型;Cyt b、ND4和R35基因单倍型多样性分别为0.440、0.143和0.154,核苷酸多样性分别为0.000 41、0.000 19和0.000 63;各单倍型的平均遗传距离(p)均小于0.01。基于三个基因联合数据集的系统发育分析表明,潘氏闭壳龟与金头闭壳龟(C.aurocapitata)互为单系进化支,且中性检测和核苷酸错配分析显示,潘氏闭壳龟群体近期历史上可能未经历群体扩张事件。潘氏闭壳龟群体遗传多样性低,种内变异小,群体应对环境变化的能力低,建议应加强对中国潘氏闭壳龟野外种群的基础研究和保护力度,同时规范人工繁殖,以避免近亲繁殖和种群衰退。 相似文献
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利用凝胶电泳法研究米心水青冈(Fagusengleriana)和巴山水青冈(F.pashanica)2个种4个种群的遗传多样性。所测定的酶系统包括:过氧化物酶(PX1和PX2),磷酸葡萄糖脱氢酶(PGD),酸性磷酸化酶(ACP),超氧物歧化酶(SOD),谷氨酸草酰乙酸转氨酶(GOT1和GOT2),异柠檬酸脱氢酶(IDH),磷酸果糖异构酶(PGI),甲基萘醌还原酶(MNR),葡萄糖磷酸变位酶(PGM1和PGM2)和苹果酸脱氢酶(MDH2)10种酶系统。测定和分析了水青冈等位基因频率、遗传多样性、固定指数、Hardy-Weinberg平衡和遗传距离指标,为进一步研究水青冈属各种间的亲缘关系和进化提供了科学依据 相似文献
10.
以高原鳅(Triplophysa)属鱼类8个种群共75个个体的线粒体Cytb基因为标记,通过生物信息学分析高原鳅属种群遗传多样性和系统发育关系.结果表明,全长1 140bp的Cytb基因序列中共检测到527个多态位点,界定了61个单倍型,A+T含量(55.9%)高于G+C含量(44.2%).8个种群单倍型多样度(Hd)... 相似文献
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新疆北塔山雪豹对秋季栖息地的选择 总被引:1,自引:0,他引:1
2004年9~10月,对新疆北塔山地区雪豹(Unicaunica)栖息地选择进行了调查。在选定的15条样带上测定了59个利用样方及30个任意样方的6种生境特征(海拔、地形、植被类型、生境平坦度、放牧状况和坡向),其结果如下:Vanderploeg和Scavia选择指数表明:雪豹对海拔、地形、植被类型、生境平坦度和坡向存在选择性:(1)雪豹偏好利用海拔2000~2200m,而避开2600~3000m区域;(2)倾向于悬崖底部和山嵴,避开山坡和山谷;(3)偏好于灌丛,避开森林;(4)避开平坦的开阔地;(5)倾向于选择非放牧区域活动;(6)倾向于选择北坡,避开南坡。对生境特征的主成分分析显示:前3个主成分(海拔、地形和植被类型)的累积贡献率达到75·76%,可以反映雪豹的栖息地特征,同时表明:影响雪豹栖息地选择的主要因素依次为放牧状况、植被类型、地形和生境平坦度。 相似文献
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本文基于6 个种群52 个个体的线粒体细胞色素b (Cyt b)基因全序列的遗传变异分析,探讨了我国长爪沙鼠种群的遗传结构和种群历史。在1140 bp Cyt b基因的碱基序列中,共发现了74个变异位点,其中转换和颠换位点分别为65和9个,共定义了37个单倍型。种群差异分析表明包头种群与其他种群之间都存在着显著的遗传差异,而其他种群间遗传差异则不显著。52 个个体在系统发生树中明显聚为两支(Clade A 和Clade B),其中Clade B 仅含有贺兰山东部种群中的3 种单倍型,而其余的单倍型分布于Clade A 中。来自Clade A 的49个个体的歧点分布分析结果呈单峰状,提示长爪沙鼠种群可能在历史上经历了种群增长和扩张事件,这一结果同时也得到了Tajima 检验结果(D=-1.86,P<0.05)和Fu 检验结果(Fs=-21.89,P <0.05) 的支持。通过种群扩张系数(τ)和分子钟的推算提示该种群扩张事件大约发生于11 万年前。我们的研究结果表明,长爪沙鼠在第四纪冰期中形成了明显的隔离分化,而贺兰山东部可能作为冰期避难所,包含于所有的谱系分支中,在末次间冰期种群进行了强烈的扩张,从而形成当今的分布格局。 相似文献
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基于线粒体Cyt b基因的雉鸡甘肃亚种的种群遗传结构 总被引:1,自引:0,他引:1
采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法分析雉鸡甘肃亚种的种群遗传结构。测序获得了8个种群79个样本的长819bp的线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列,发现7个变异位点,界定了6种单倍型(Haplotype),其中Hap-1是共享单倍型,占79.75%。在8个种群中,除ZJC和CHX种群外,其它种群的核苷酸多样性和单倍型多样性都很低,种群间遗传分化小,基因流大。ZJC种群由于亚种间的基因渗透,导致其遗传多样性最高。CHX种群受徽成盆地周边山地的森林隔离作用,单倍型最多。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在种群内,占86.44%。种群间和地理种群组间差异不显著。地理种群组的核苷酸多样性(π)同形态上的变异规律一致。FS值检测表明,雉鸡甘肃亚种曾发生过快速扩张。 相似文献
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采用线粒体DNA 细胞色素b 基因片段为遗传标记, 对黄海南部和东海银鲳(Pampus argenteus)群体的遗传结构进行了分析。在所分析的6 个采样点116 个个体中, 共检测到40 种单倍型。6 个群体均呈现出高单倍性多样性(0.647-0.895)和低核苷酸多样性(0.0008-0.0026)的特点。单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构。分子方差分析和Fst 显示银鲳的遗传变异来自群体内个体间, 而群体间无显著遗传分化。Exact 检验表明单倍型在两两群体间分布频率的差异不显著。研究结果表明, 黄海南部、东海银鲳群体间具有高度的基因交流, 是一个随机交配群体。较强的扩散能力, 黄海、东海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成黄海南部、东海银鲳群体间遗传同质性较高的原因。 相似文献
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采用线粒体Cyt b基因序列对额尔齐斯河流域的青河(QH,18尾)、哈巴河(HBH,21尾)、185团(185T,18尾)和乌伦古湖(WLG,20尾)4个贝加尔雅罗鱼(Leuciscus leuciscus baicalensis)群体进行了遗传结构的比较分析。在片段长度为1 109 bp的同源序列上,77尾个体共检测到54种单倍型,其中共享单倍型7个,总单倍型多样性指数(Hd)、总核苷酸多样性指数(π)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.981 9、0.008 21和9.091,且185团群体单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数最高、青河群体最低。4个群体间遗传距离在0.006~0.011之间,基于Kimura 2-parameter法构建的单倍型邻接关系树分为3支,群体间遗传关系和地理分布没有明显的相关性。AMOVA分析显示额尔齐斯河流域贝加尔雅罗鱼遗传差异极显著(P0.01)。青河和乌伦古湖群体基因流(Nm)远高于其他群体间,推测乌伦古河或许是二者进行基因交流的渠道。尽管单倍型核苷酸不配对分布呈双峰,但偏差平方和(Q)与粗糙指数(r)均不显著(P0.05),且Tajima′s D和Fu′s Fs检验也均显著偏离中性,结合群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特点,推测贝加尔雅罗鱼经历了群体扩张事件。参考已校正的鲤科鱼类Cyt b基因0.76%/Ma的进化速率,估算群体扩张的时间大约在1.97 Ma前的更新世中晚期,推测该时期阿尔泰山地区发生的冰川作用和频繁的古地震造成的地理隔离和融合可能是贝加尔雅罗鱼发生群体扩张的重要原因。 相似文献
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柽柳沙鼠广泛分布于中亚荒漠地区,在我国分布于蒙新干旱区西部。本研究采用线粒体Cyt b 基因和D-loop控制区两个片段共1 569 bp作为分子标记,对我国蒙新区西部45 个柽柳沙鼠的核苷酸多样性、单倍型多样性及系统发生进行分析,并探讨其亚种分化。45 个柽柳沙鼠线粒体DNA 共定义33 个单倍型,包含142 个核苷酸变异位点(占全序列的9.05% ),其中单态位点34 个,简约信息位点108 个,未发现碱基插入或缺失的现象。基于单倍型的系统发生树和网络关系图显示,柽柳沙鼠的谱系分为两大支:伊犁盆地的种群聚为独立的一支,准噶尔盆地和额济纳地区的种群聚为一支,两大支的分歧时间为0.24 Ma年前,大约在庐山冰期。通过Beast 模拟,柽柳沙鼠在近15 000年有一次快速的种群衰退,表明柽柳沙鼠种群受到了末次盛冰期的影响。基于Cyt b 基和D-loop 序列的证据,我们认为分布于新疆伊犁盆地的柽柳沙鼠为哈萨克亚种(M. t. jaxartensis),分布于我国新疆准噶尔盆地以及甘肃、内蒙地区的为敦煌亚种(M. t. satchouensis)。 相似文献
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银[鱼句](Squalidus argentatus)是长江常见小型鱼类,分布广泛于干支流,资源量较大。本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因序列对长江中上游干流江津、荆州、监利、洪湖、黄石江段及支流赤水河、湘江等7个江段共217尾银[鱼句]样品的遗传结构和遗传多样性进行了分析。结果显示,银[鱼句]群体Cyt b基因序列分别检出了81个变异位点和97个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.966和0.008 6。分子方差分析(AMOVA)显示,长江中上游银[鱼句]群体存在显著遗传分化。群体间两两比较分析发现,赤水河群体与其他群体基因交流程度低,遗传分化显著,其他群体间没有显著遗传分化。中性检验结果不支持银 历史上发生过群体扩张。 相似文献