中国人α珠蛋白基因3’HVR多态分布的研究

本文以3’HVR为探针,对来自全国17省市的51名无血缘关系的健康人进行P vuⅡ限制性片段长度的多态分析,发现3’HVR在片段大小的变异范围及基因频率的分布均有中国人的特点。结果表明,纯合子占15.7%,杂合子占84 .3%,102个等位基因共有34个长度不同的等位片段,大小从2.0-7.0kb之间呈连续分布, 主要分布在2.0-2.5kb及4.0-6.0kb,频率分别为0.43和0.34。并与刘国仰、余裕炉等的资料进行综合比较,初步揭示了中国人群中3’HVR的多态特点。 Abstract: 51 unrelated Chinese individuals from 17 different provinces and cities were typed for PvuII restiction fragment length polymorphism with the probe 3’HVR.The frequencies of homozygotes and heterozygotes were estimated as 15.7% and 84.3%,34 distinguishable allele sizes showed a continue distribution from 2.0-7.0kb.The main alleles of 2.0-2.5kb and 4.0-6.0kb gave the gene frequencies of 0.43 and 0.34 respectively.The preliminary characteristics of 3’HVR locus in Chinese population were revealed.     

7-木糖紫杉烷糖基水解酶Lxyl—pl-2基因突变库与高通量筛选体系的构建

对7－木糖紫杉烷糖基水解酶Lxyl－p1－2基因进行定向进化的初步研究，确定易错PCR条件、优化克隆连接方法、建立基于48微孔板高通量筛选模型。利用易错PCR技术对Lxyl－pl－2基因进行随机突变，比较不同浓度M聋’进行易错PCR，每组随机挑取10个克隆进行测序。序列分析表明：在M聋’浓度为7mmol／L条件下，碱基平均突变率为0．12％，即对于Lxyl－p1－2基因（2．4kb）来说，每个基因序列平均有3个碱基突变，达到构建突变文库的频率要求，选择该条件作为易错PCR条件。利用in-fusion技术将Lxyl－p1－2突变基因克隆到pPIC3．5K载体中，获得大量重组突变质粒。该研究优化了in-fusion连接反应中基因片段和载体片段的摩尔比，并探讨了基因片段与载体片段问同源序列长度对in—fusion连接效率的影响。试验结果表明：基因片段与载体片段的摩尔比最佳梯度为5：1；同源序列长度的选择成为影响in—fusion连接效率的关键因素之一。当同源序列长度为100bp时连接效率达到最大值，且显著高于同源序列长度为15～50bp的连接效率，此时阳性重组率提高至90％左右。与常规酶切一连接法相比，in-fusion法具有明显优势，同时将克隆周期由3～4d缩短为1～2d。挑取单菌落，在48微孔培养板上进行培养、诱导表达2d后，取菌液进行酶活测定（底物PNP-Xyl）。以野生型为例，β-木糖苷酶的酶活013405均数μ=3．415，其数据组标准差为δ=±0．078，数值符合正态分布的原理，建立统计学野生型均数分布范围和48微孔板高通量筛选，为后续突变体筛选提供基础。     

小尾寒羊五个微卫星基因座遗传多态性研究

小尾寒羊是我国优良的地方绵羊品种,具有极高的繁殖力,平均每胎产羔2．6只。利用与绵羊高繁殖力主效基因Fec^B和FecX^1连锁的5个微卫星标记（OarAE101,BM1329,BMS2508,TGLA54t TGLA68)对244小尾寒羊母羊进行了遗传检测。用非变性（中性）聚丙烯酰胺凝胶电泳检测同卫星的PCR扩增产物,计算了5个同卫星基因座的等位基因频率,多态信息含量,基因纯合度和杂合度。在小尾寒羊中检测到BM1329有6个等位基因,片段大小为160－180bp,164bp等位基因频率最高（0．6320）;检测到OarAE101有9个等位基因,片段大小为97－135bp,97bp等位基因频率最高（0．7930）;检测到TGLA54有5个等位基因,片段大小为116－136bp,134bp等位基因频率最高（0．8500）;检测到TGLA68有2个等位基因,片段大小为98－100bp,2个等位基因频率相近,检测到BMS2508有6个等位基因,片段大小为93－115bp,99bp等位基因频率最高（0．4795）。BM1329,OarAE101,TGLA54,TGLA68,BMS2508的多态信息含量／基因纯合度／杂合度分别为0．4481／0．4840．0．5160,0．3516／0．6375／0．3625,0．2528／0．7326／0．2674,0．3733／0．5034／0．4966,0．5809／0．3581／0．6419。可见BMS2508的遗传变异最大,TGLA54的遗传变异最小。这些结果可为小尾寒羊种质特性研究提供分子基础数据。     

链霉菌M1033 D－木糖异构酶的分子克隆

链霉菌M1033染色体DNA经BamH Ⅰ酶解后电泳,Southern转移。根据自测的链霉菌M1033 D－木糖异构酶氨基酸序列设计合成寡聚核苷酸探针x－2、x－3,以x－2、x－3及Am－pullariella sp3876 D-木糖异构酶基因(1．17kb)为探针进行杂交,确定与上述探针杂交最强处在15kb左右。从胶上分离出g-20kb大小的片段,克隆到EMBL 3载体中,经杂交筛选后,得到0．6％的阳性噬斑,其插人大小为13kh。将插入DNA的saIⅠ酶解片段(2．5kb)进一步亚克隆于pucl8,得到重组质粒puB l,经酶解图谱、部分序列分析和互补实验确定puBl含有完整的M1033 D-木糖异构酶基因     

贵州荔波封闭人群MTHFR基因多态性研究分析

目的 对贵州汉族、布依族亚甲基四氢叶酸还原酶（Methylenetetrahydrofolate Reductase,MTHFR）基因多态性进行研究,为贵州少数民族基因多态性数据库的建立提供相关数据。方法 应用聚合酶链式反应及限制性片段长度多态性检测贵州荔波汉族90例、布依族119例MTHFR基因两个单核苷酸（677及1298位）多态位点的基因频率及基因型频率。结果 汉族、布依族MTHFR 677位T等位基因的分布频率分别是22、8％,16．1％,x^2=1．561,P〉0．1;MTHFR 1298位C等位基因的分布频率分别是28．9％,39、1％,x^2=2．075,P〉0．1;677CT／1298AC双杂合子的分布频率分别是16．66％,22．7％。结论 MTHFRC 677T和A1298C多态性在中国南方和北方人群存在群体差异;贵州汉族与布依族此两位点无显著性差异。贵州荔波布依族MTHFR 1298位有较高的C等位基因频率。     

兔出血症病毒中国株衣壳蛋白基因的克隆和序列分析

应用RT—PCR技术,从兔出血症病毒中国分离株WX84中成功扩增出预期大小为1．7kb的特异性条带,将扩增产物提纯后克隆入pGEM^R—T载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,获得了该株病毒衣壳蛋白基因的克隆,序列分析表明扩增的中国株BHD衣壳蛋白基因片段长度为1740bp,共编码580个氨基酸。该核酸序列与其它国家报道的多株BHDV序列相互间同源性高达98．2％一99．0％,其推导的氨基酸序列同源性也达98．3％--99．1％,为极度保守片段。     

RAPD分析在绢丝昆虫亲缘关系研究中的应用：Ⅱ．柞蚕品种间的遗传差异

采用RAPD技术,对5个柞蚕品种的遗传差异进行比较研究,结果表明,所采用40个随机引物中,有27个引物扩增谱清晰且重复性较好,扩增总片段数253条,单个引物的扩增片段数在4－16之间,片段大小在0．33－3．0kb之间。不同柞蚕品种间的遗传差异较小,遗传距离（D）在0．066－0．1659之间,根据D值,由UPGMA聚类分析软件绘制了它们的分子进化树。     

一种新型可用于DNA分子量标准的质粒构建

将首尾带有EcoR Ⅰ酶切位点的2．0kb、1．5kb、1．0kb、0．75kb、0．5kb、0．25kb六个长度的片段逐步连接到pGEM-3zf( )质粒上的B．am H I位点中,构建的质粒用EcoR Ⅰ进行单酶切,经电泳可以获得七条DNA带与设计结果完全一致,可用于DNA电泳试验中分子量标准。     

中国小煤炱目生态及区系成分分析

对中国小煤炱目的的种类组成、生态分布及寄主和区系地理成分进行了研究。中国小煤炱目有7属,341种和变种,占世界的15％;优势属是小煤炱属（239种和变种,占70．1％）,小光壳炱属（54种和变种,占15．8％）和附丝壳属（22种和变种,6．4％）。中国小煤炱目主要分布在热带亚热带地区,76．8％的寄主植物属属于热带成分。种的分布型可分广布成分（0．3％）、泛热带成分（7．3％）、热带亚洲－热带美洲成分（9．1％）、旧世界热带成分（0．3％）、热带亚洲－热带大洋洲成分（2．1％）、热带亚洲－热带非洲成分（16．1％）、热带亚洲成分（34％）、北温带成分（0．6％）、东亚－北美洲成分（0．3％）、东亚成分（1．7％）、中国特有成分（28．2％）等11种类型;表现出明显的热带成分（68．9％）和中国特有成分;在分布上,与东亚、北温带区系相距较远。     

盐胁迫下西伯利亚蓼6个时期混合叶cDNA文库的构建和初步分析

以3％NaHCO3胁迫处理西伯利亚蓼2h、6h、12h、1d、2d和3d共6个时期混合叶为材料,提取总RNA。根据Stratagene公司cDNA建库试剂盒构建了西伯利亚蓼混合叶cDNA文库。原始文库滴度为2．0×10^6pfu·mL^-1,扩增后文库滴度为4．5×10^9pfu·mL^-1,重组率为95．9％,插入片段大小在0．3—1．5kb之间,平均长度为0．45kb左右。经测序获得2575个EST序列,拼接出1977个假定独立转录本（TUTs）,其中文库中含有大量低丰度表达基因,约占TUTs总数的89．58％。BlastX分析表明,1977个TUTs中共有720个TUTs有明确功能注释,其中参与胁迫过程中代谢、能量、光合作用和蛋白合成基因表达量较高,而涉及转录、信号转导、细胞防御和救援基因表达量较低。     

间作密植和单行茶园节肢动物群落组成差异

1998年1－12月每月下旬,对皖南敬亭山茶场栗－茶间作,梨－茶间作,3行密植和单行条植茶园节肢动物群落的调查表明：植食性昆虫种数分别占各类型茶园总物种数51．9％,53．6％,54．4％和56．6％,个体数依次占各类茶园总个体数92．0％,93．5％,93．6％和95．0％,捕食性昆虫和捕食螨种数则分别占11．3％,10．0％,9．8％,10．9％,个体数占2．0％,1．1％,2．0％和1．5％,寄生性昆虫种数占9．2％,9．1％,9．3％,和9．3％,个体数占1．8％,1．1％,1．8％和1．3％。蜘蛛种数占24．7％,20．1％,22．4％和19．4％,个体数占3．5％,3．4％,2．1％和1．8％,4类茶园中的优势类群都是鳞翅目,同翅目,翅目,双翅目和蜘蛛目,月平均丰富度（S）和多样性指数H大小,栗－茶间作（S＝74,H＝1．33）,梨－茶间作（S＝49,H’＝1．24）,3行密植（S＝31,H’＝1．03）和单行条植茶园（S＝23,H’＝0．89）,主成分分析揭示了群落稳定性的大小：栗－茶间作＞梨－茶间作＞3行密植＞单行条植茶园。     

利用高代回交和分子标记辅助选择建立水稻单片段代换系

以水稻品种华梗籼74为受体,以6个水稻品种为供体．通过高代回交和微卫星标记辅助选择相结合的方法,建立了水稻的一个单片段代换系群体。该群体Fh86个单片段代换系组成,其中52个在BC3F2中获得,34个在BC3F3中获得。每个单片段代换系只含有来自一个供体的一个染色体代换片段,而遗传背景与华粳籼74相同。这些单片段代换系的代换片段分布于水稻的12条染色体,代换片段的长度为1．5～56．3cM,平均长度为23．0cM。全部代换片段在水稻基因组上的覆盖率为57．1％。     

氧化葡萄糖酸杆菌SCB329基因组的大小与结构的研究

收集维生素C产生菌氧化葡萄糖酸杆菌GluconobacteroxydansSCB32 9的纯培养对数期的菌体 ,采用凝胶包埋法制备完整染色体 ,用稀有酶切位点的限制性内切酶和脉冲场电泳技术对SCB32 9的基因组进行了分析 ,SpeⅠ (5′ ACTAGT)酶切有 2 4个片段 ,其大小从 1 0kb到32 0kb,用XbaⅠ (5′ TCTAGA)酶切产生 40个片段 ,其大小从 4kb到 2 0 0kb,综合两种限制酶酶切片段长度的总和结果 ,SCB32 9基因组大小为 2 70 0kb,SCB32 9基因组由一条 2 50 0kb的染色体和一个 2 4 5kb的质粒组成。通过用脱氧核糖核酸酶Ⅰ和S1核酸酶处理其基因组后电泳证实SCB32 9的染色体和质粒的拓扑学结构均为环状     

3号染色体短臂末端两个大片段基因组区域的基因分布与GC含量分析

运用鸟枪法测序技术,得到了位于3p25．1和3p26．1区域、大小分别为328kb和753kb的2个基因组片段,分析各片段的GC含量及重复顺序的分布特征,并研究不同区域内的基因分布密度。结果表明：位于3025．1区域的328kb片段具有较高的GC含量,在此区域内蛋白编码基因分布密度较高,而位于3p26．1区域的753kb片段平均GC含量较低,并且是基因贫乏区域。同时发现：GC—rich的SINE类重复顺序在GC含量较高的区域有较高的覆盖率,相反AT-rich的LINE类重复顺序在GC较低的区域分布较多,基因分布与基因组这一关系的形成是基因与基因组长期共进化的结果。     

人同源异型盒基因Hu-1位点的RFLPs研究

用12种限制性核酸内切酶分别对4至104条人类染色体进行酶谱分析,以寻找Hu-1基因附近的限制性酶切多态位点,仅发现了Bg 1Ⅱ酶的一个多态性位点。表现为Bg 1Ⅱ酶谱中除3.6kb片段外,杂合子型尚具6.3及6.6kb两种片段,而纯合子型则只有6.3或6.6kb一种片段。在所检查的104条染色体中6.6kb片段出现的频率为3.88％,而6.3kb片段出现的频率为96.12％。经统计分析,计算出Hu-1基因及其附近的核苷酸变异率为0.0017,大体上与人β珠蛋白基因簇及人α-1-抗胰蛋白酶基因的核苷酸变异率相似。文中对本工作的意义进行了初步讨论。     

中国人LDR152/PstⅠ RFLPs及其在一个强直性肌营养不良症(DM)家系中的连锁分析

强直性肌营养不良症是一种常染色体显性遗传病,临床上以发病晚、症状表现多样为特征。本研究应用19号染色体上与DM基因紧密连锁的单拷贝片段LDR152(D19S19)在中国上海地区人群(61例)及1个DM家系中进行RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism)的连锁分析,结果表明:(1)等位片段19kb和11kb在人群中的分布频率分别为43.44％和56.56％,其中19kb纯合子为22.95％、11kb纯合子为36.07％,19kb和11kb杂合子为40.98％,此结果与国外报道的明显不同。(2)在我们所分析的这例DM家系中,发现DM基因与19kb等位片段相连锁,并呈孟德尔式遗传。进而,对两例无任何临床症状的DM基因携带者作出了明确的基因诊断,并对家系中患DM的危险成员进行了DM的风险估计。     

人参EST资源的SSR信息分析

从7055条人参EST序列中搜索出791个SSR,其出现频率为11．21％,平均长度为21．37bp,平均分布频率为1／5．7kb。二核苷酸重复是主要的重复类型,占全部EST-SSR的56．89％,其次是三核苷酸重复的占全部SSR的21．11％。AT、GAA是二核苷酸和三核苷酸中出现次数最多的重复基元类型,分别占28．89％和10．18％。     

青藏高原东部矮生嵩草遗传多样性的RAPD研究

基于随机扩增多态DNA（RAPD）方法分析了青藏高原东部矮生嵩草（Kobresia humilis）8个居群的遗传多样性及分化程度。14条随机引物共扩增出194个位点数,其中多态性片段168个。研究表明,矮生嵩草无论是在物种水平（多态条带比率PPB（％）为86．60％,Nei’s基因多样性（h）为0．2622,Shannon’s信息指数（I）为0．3983）,还是在居群水平（PPB=62．65％,h=0．2126．I=0．3185）,都具有较高的遗传多样性,居群的遗传多样性大小与生境有相关性。而且,用SPSS分析得出,8个居群的遗传多样性大小与海拔没有明显相关性。用AMOVA数据表明矮生嵩草的遗传变异主要分布在居群内（83．04％）,居群间变异较小（16．96％）。遗传分化指数Gst也显示了相似的结果（0．1891）。从矮生嵩草8个居群的遗传距离和聚类分析发现,以及用NTSYS对矮生嵩草8个居群的的遗传距离矩阵与地理距离矩阵间的关系进行Mantel检测,其结果表明各居群间的遗传距离与地理距离之间没有明显相关性（r=0．37779,P=0．9718〉0．05）。     

红树植物秋茄中受盐胁迫抑制的cyclophilin基因的鉴定与表达分析

利用代表性差异分析方法获得秋茄中两个编码亲环素(cyclophilin)蛋白的cDNA片段(称为SRGKC2和SRGKC3),该片段大小分别为282bp和160bp;序列分析表明：SRGKC2和SRGKC3是同一基因区域的不同长度片段,SRGKC3是SRGKC2片段的一部分。SRGKC2在84个氨基酸范围内与大戟属cyclophilin蛋白的氨基酸序列的一致性达到90％,SRGKC3在47个氨基酸范围内与蚕豆cyclophilin蛋白的一致性达到93％。Northern分析表明：盐分抑制SRGKC2片段的表达。依赖SRGKC2片段的序列资料,利用cDNA快速末端扩增(RACE)技术获取秋茄中cyclophilin基因的全长cDNA片段(命名为KCCYP1)(GenBank登录号：AY150052)。该cDNA全长约为0．9kb,含有一个516个核苷酸的完整开放阅读框,编码172个氨基酸,等电点为8．57,分子量18．2KDa。42—49位氨基酸残基为推测的ATP／GTP结合位点A基序(P—loop),48—54位氨基酸残基是插入的7个氨基酸残基。文中还对SRGKC2在不同种中的表达状况进行了分析。     

类似S-层蛋白的苏云金芽胞杆菌伴胞晶体蛋白基因的克隆

芽胞杆菌CTC菌被鉴定为苏云金芽胞杆菌,鞭毛血清型H2,幕虫亚种;产生卵圆形伴胞晶体,伴胞晶体蛋白为100kD;测定了该蛋白 N－末端序列,该序列与炭疽芽胞杆菌的细胞表面S－层蛋白具92－93％相似性,根据Southern杂交制作了该晶体蛋白基因ctc所在位置的限制性酶切图谱,分别克隆了该基因5’和3’端所在2．9kb XbaI片段和3．1kb Cla I DNA片段,彼此间具0．6kb重叠,通过拼接获得含完整ctc基因的克隆,含该基因的大肠杆菌与表达S－层蛋白的大肠杆菌具相似生长特征,初步表明CTC菌株的伴胞晶体由细胞表面S－层蛋白组成,苏云金芽胞杆菌区别于蜡状芽胞杆菌和炭疽芽胞杆菌的唯一标准是能形成伴胞晶体,由于S－层是细胞表面的结构成分,本文对CTC菌株鉴定为苏云金芽胞杆菌以及伴胞晶体作为苏云金芽胞杆菌鉴别的唯一标准提出了质疑。