鼻咽癌恶性转化基因Tx中3.0kb片段序列分析

从中国人鼻咽癌细胞株 CNE2中克隆分离出的恶性转化基因 Tx,其基因长度为 1 6kb.在对其中 2 .8kb片段测序的基础上 ,对其中 Xho /Eco R 长度约 3.0 kb的片段 ( Tx3.0 )进一步进行了测序 ,并利用生物信息学技术分析认为 ,Tx3.0与人类免疫球蛋白 kappa( Igκ)轻链基因高度同源 ,并直接映射于 J区 .Tx3.0中除有编码免疫球蛋白 kappa链的 J2、J3、J4及 J5基因片段外 ,在各个片段间不仅有 TATA box、CAAT box和 Poly A等经典的调控序列 ,还有 NF- IL6的反应元件、某些转录因子的识别序列、以及核基质结合序列等 .据此以及 2 .8kb序列的分析结果 ,对 Tx3.0下游 1 .0 kb片段序列进行了预测 .对 Tx3.0基因片段的研究为进一步研究 Tx基因在鼻咽癌发病中的作用 ,提供了重要信息 .     

人类鼻咽癌细胞株CNE2的转化基因Tx的一个Eco RI片段的核苷酸序列分析

本文运用定点克隆法并结合鸟枪法,对人类鼻咽癌细胞抹CNE2转化基因Tx中一个与转化作用有关的Eco RI片段,进行了核苷酸序列分析。此种克隆方法的运用,大大减少了DNA模板的数量,并加快了测序的进展。将序列分析结果输入美国NCI的CRAY-2型超级电子计算机作进一步分析,以寻找基因库中的同源序列,酶切位点,开放阅读框架(ORF)。在人类DNA基因数据库中没有找到同源序列,从而证实Tx基因是一种新的人类转化基因。计算机的分析还得出了一系列有价值的结论,为进一步深入探讨这个基因在人类鼻咽癌发病学中的作用,提供了重要的资料。这是首次报道的Tx基因核苷酸序列分析结果。     

对鼻咽癌恶性转化基因Tx表达的初步研究

运用杂交组化及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ法,对中国人鼻咽癌细胞株恶性转化基因Ｔｘ的表达进行了初步研究。结果表明该基因在鼻咽癌细胞株中表达１．３ｋｂｍＲＮＡ,但表达强度较低,在ＨＰＶ阳性或阴性人宫颈癌细胞中均无表达,ＥＢＶ阴性的Ｂ淋巴细胞系及ＨＴＬＶ－１阳性的Ｔ细胞系中为阴性,而在ＥＢＶ阳性的Ｂ９５－８及Ｒａｊｉ细胞中Ｔｘ基因表达强烈,从而提示ＨＰＶ及ＨＴＬＶ－１不增强Ｔｘ的表达水平,而ＥＢＶ可能使Ｔｘ基因活化．这为进一步研究ＥＢＶ与Ｔｘ等瘤基因协同作用提供了新的依据。     

小拟南芥Chitinase基因的克隆与核苷酸序列分析

采用RT-PCR扩增方法,从野生资源小拟南芥（Arabidopsis pumila)的总RNA中,克隆获得了985bp的cDNA片段,经过测序和序列分析,发现该cDNA基因包含一个完整的963bp的开放阅读框（ORF）,含有17个限制性内切酶酶切位点,核苷酸序列同源性分析表明,该基因与与Arabidopsis thaliana glycosyl hydrolase family 19(chitinase)(Atlg 05850) mRNA,complete cds(登录号NM-100466.3),Arubidopsis thaliana putative class I chitinase(Atlg05850)mRNA,complete cds(登录号AY034935）,Arabidopsi8s thaliana chitinase-like protein 1(CTL1) mRNA,CTL1-ELPlallele,complete eds(登录号）AF422178）均有94%序列同源性,Chitinase可抑制病原真菌的生长,所编码的功能蛋白在提高农作物抗病性方面具有重要意义。     

诸葛菜基因EPSPS的cDNA核苷酸序列

1　Ｓｏｕｒｃｅ　Ｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｅｗａｓｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄｕｓｉｎｇｔｈｅ3′ＲＡＣＥ(ｒａｐｉｄａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｃＤＮＡｅｎｄｓ)ＲＴ ＰＣＲａｎｄ 5′ＲＡＣＥＲＴ ＰＣＲ ｐｒｏｄｕｃｔ,ｗｈｉｃｈｗａｓｌｉｇａｔｅｄｔｏｔｈｅ ｐＭＤ1 8 Ｔ     

高梁叶绿体psaA基因的克隆和核苷酸序列分析

我们克隆了含高梁叶绿体psaA基因的6．7kb Ec0RI酶切片段,进行了限制酶图谱分析和核苷酸序列结构测定,所测核苷酸序列总长为3080bp,其中高梁叶绿体psaA基因序列为2253bp,编码一个含750个氨基酸残基的蛋白质,其分子量为83000Da。高梁psaA基因的核苷酸序列与玉米、水稻,菠菜的同源性分别为99．4％、96．3％和89．4％;推导出的氨基酸序列的同源性分别为99．3“、98．O％和95．7％。C₄植物与C₃植物比较,由于P 700脱辅基蛋白的第493位氮基酸性质的不同(Gly→Arg,ser),而导致了它们的乡肽在疏水性图谱上的差异。     

球孢链霉菌一种抗生素生物合成基因的核苷酸序列分析

C-1027是一种具有极强抗肿瘤活性的新型抗生素,由球孢链霉菌（Streptomycesglobisporus）产生。F2DNA片段含有一种编码C－1027生物合成的基因。以质粒pUC18为载体,对其进行了亚克隆,并对该片段进行了核苷酸序列分析,发现一编码122个氨基酸的开放阅读框架,经检索可能是一种新的序列。     

Tet调控STGC3基因表达CNE2细胞系的建立及其功能初步研究

利用Tet-on调控系统,建立受强力霉素诱导STGC3基因表达的CNE2细胞系,为进一步研究STGC3的功能提供了一个理想的实验平台.先后将调控质粒pTet-on和反应质粒pTRE-STGC3转染入CNE2细胞,并用G418和潮霉素分别进行两轮筛选,运用RT-PCR选择对强力霉素诱导敏感的细胞克隆.用不同浓度强力霉素诱导CNE2/Tet/pTRE-STGC3细胞,RT-PCR检测STGC3的表达,确定强力霉素的最佳诱导浓度.采用此浓度的强力霉素分别诱导CNE2、CNE2/Tet/pTRE、CNE2/Tet/pTRE-STGC3三组细胞,测定细胞的生长曲线、克隆形成率和细胞周期分布.诱导STGC3基因高表达,CNE2细胞增殖速度显著减慢(P<0.05),克隆形成能力显著降低(P<0.01);流式细胞仪检测结果显示,瘤细胞群体中处于G0/G1期细胞数增加,细胞阻滞于G0/G1期.Tet调控STGC3基因表达CNE2细胞系的成功建立,为进一步研究STGC3基因的功能提供一个理想的细胞模型.     

泛肽相关蛋白基因UBAP1单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关研究

UBAP1基因是在鼻咽癌9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因,通过采用病例-对照研究方法,对105例鼻咽癌患者和183例正常人UBAP1基因的5个单核苷酸多态(SNPs)用测序法进行了分型,在实验过程中,偶然发现了一个新的SNP位点,并已登录至dbSNP（登录号：rs3135929）.经相关分析发现,位于UBAP1基因第6外显子中的SNP rs1049557与鼻咽癌发病存在显著相关性,基因型GG和GC的相对危险度分别为1.64和1.31.实验结果进一步支持了UBAP1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系,SNP rs1049557由于处在UBAP1基因下游3′非翻译区,其多态类型可能在某种程度上影响UBAP1基因的表达调控,从而与鼻咽癌发病相关.     

Tx基因与Igk基因的同源性研究及其在不同细胞株的表达

本文对以前报道的Ｔｘ基因２．８ｋｂ片段的核苷酸序列与人免疫球蛋白ｋａｐｐａ链Ｃ区基因的核苷酸序列及其编码产物的氨基酸序列进行了同源性比较。结果表明,Ｔｘ基因与ｋａｐｐａ链Ｃ区基因的同源性高达９９．５％以上,编码区的同源性高达１００％。从而提示Ｔｘ基因与ｋａｐｐａ链Ｃ区基因可能是同一种基因。限制性内切酶图谱及Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹杂交分析,也进一步支持这一观点。本文还报道了ｋａｐｐａ链Ｃ区基因在不同细     

鼻咽癌CD44抑制表达细胞株的建立

目的:构建CD44新剪接变异体siRNA质粒表达载体,建立CD44新变异体抑制表达的鼻咽癌细胞株.方法:合成CD44新变异体特异性干扰DNA片段,干扰DNA片段亚克隆于带绿色荧光蛋白的pGenesil -1.3质粒表达载体中,双酶切和测序鉴定重组表达质粒载体;采用脂质体将重组表达质粒载体转染入鼻咽癌5 -8F细胞系,进行G418筛选;Western blot分析CD44表达.结果:重组CD44干扰DNA片段质粒表达载体的碱基序列和插入方向正确;细胞转染效率达70％;G418筛选获得GFP表达的单克隆鼻咽癌5 -8F细胞株;Western blot分析表明CD44表达受抑制.结论:建立了CD44新变异体抑制表达的鼻咽癌细胞株,为CD44新变异体在鼻咽癌中的生物学功能提供了基础.     

一个新硝基还原酶基因NOR1编码区单核苷酸多态及与鼻咽癌的关联分析

NOR1基因是中南大学湘雅医学院肿瘤研究所克隆的一个鼻咽癌表达下调新基因,生物信息学预测NOR1基因含有硝基还原酶结构域,该基因可能参与亚硝胺类化学致癌物在体内的代谢过程,从而与鼻咽癌的发生密切相关.通过采用病例-对照的研究方法,利用测序技术对144名鼻咽癌患者和匹配的144名正常人NOR1基因编码区单核苷酸多态(coding region single nucleotide polymorphisms, cSNPs)进行基因分型,关联分析结果显示所检测到的两个cSNPs之间存在连锁不平衡,且均与鼻咽癌发病相关,两个cSNPs及它们所组成的单倍型相对危险度分别为1.36、1.64和1.37.两个cSNPs的多态性改变均使NOR1基因编码蛋白一级结构发生了变化,这种改变可能影响NOR1基因编码蛋白的结构和功能.研究进一步支持了NOR1基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切的关系.     

雌激素对转STGC3基因CNE2细胞系生长增殖的影响

为探讨雌激素对STGC3基因抑瘤的促进作用,将重组的pcDNA3.1( )-STGC3真核表达载体导入鼻咽癌细胞系CNE2,经G418筛选,RT-PCR及蛋白质印迹检测STGC3的表达,获得稳定高表达STGC3基因的pcDNA3.1( )/STGC3/CNE2细胞系.采用细胞计数法,检测雌二醇(β-estradiol)对体外培养pcDNA3.1( )/STGC3/CNE2细胞生长增殖的影响.将pcDNA3.1( )/STGC3/CNE2细胞接种于裸小鼠前肢背部皮下,观察分析雌性与雄性裸鼠成瘤的差别.运用RT-PCR、免疫组织化学及蛋白质印迹方法,分别从mRNA及蛋白质水平,分析STGC3基因在裸鼠移植瘤组织中的表达状况.移植瘤组织病理切片检查,观察瘤细胞形态学变化.用流式细胞仪测定移植瘤组织的细胞周期分布.研究结果表明:细胞体外培养,pcDNA3.1( )/STGC3/CNE2细胞经β-estradiol处理后,其生长速度明显减缓(P<0.05);裸鼠体内研究,接种pcDNA3.1( )/STGC3/CNE2细胞实验组的移植瘤体积和重量均小于对照组,差异有显著性意义(P<0.05);实验组中,雌性裸鼠组移植瘤体积和重量均小于雄性组,差异有显著性意义(P<0.05),雌性裸鼠组移植瘤生长最慢,而对照组中雄性与雌性裸鼠组间瘤块的差异无显著性意义(P>0.05);接种pcDNA3.1( )/STGC3/CNE2细胞的雌性裸鼠组移植瘤,阻滞于G0/G1期细胞数大于其他各组(P<0.05).上述体内外研究结果显示,雌激素可能具有增强STGC3基因对CNE2细胞系的生长抑制作用.     

已建株鼻咽癌细胞的PLUNC基因启动子区序列多态性分析

目的检测人类标准鼻咽癌细胞中是否存在已知的PLUNC基因启动子-437bp-＋87bp区域的单核苷酸多态性（SNP）。以便进一步探索SNP与鼻咽癌的关系。方法采用PCR产物直接测序的方法,对7株体外培养的鼻咽癌细胞基因组DNA的PLUNC基因启动子区进行序列分析。结果发现7株PLUNC基因的启动子区皆存在已知的3个SNP位点（1888、2128和N2）和未知一个突变位点（N1）,其测观杂合度分别为85．7％、100％、100％和28．6％。其中3个已知SNP位点在筛查的细胞株中均存在T-C的突变,而且SUNE-1鼻咽癌细胞株的1888位点基因型为突变纯合子CC型。结论体外培养的标准鼻咽癌细胞株中存在已知的3个SNP位点（1888、2128和N2）的突变现象,且突变率为100％;1888位点鼻咽癌易患型（CC型）已在体外稳定建株;首次发现启动子-195bp区域N1突变位点。     

乙型流感病毒河北株的HA1基因序列及种系发生的分析

对１９８９年春在河北保定分离的两株乙型流感病毒进行了抗原性、ＨＡ＿１基因序列和种系发生分析,与不同期的国内外代表株比较结果表明,自１９８８年以来乙型流感病毒变异较快,Ｂ／河北／５３／８９株的ＨＡ＿１基因序列与Ｂ／挪威／１／８５株相比,其氨基酸的同源性为９４．５２％,与同期的Ｂ／香港／２０／８９株同源性为９７．１２％。种系发生分析结果,从１９８８至１９８９年乙型流感病毒出现了５个支系,同期在保定分离的两株病毒,在同源替代中分别属于两个支系。日本国基本每隔两年出现一次乙型流感的流行优势型,其发生频度与甲型流感相似。国内少见乙型的流行优势型,可能和使用的分离病毒材料有关,日本用ＭＤＣＫ细胞比国内用鸡胚对乙型流感病毒的分离阳性率高。