K178M、S170F、G180V突变对木聚糖酶XynZF-2热稳定性的影响

利用生物信息学分析黑曲霉木聚糖酶Xyn ZF-2,选择α-螺旋178位点、170位点和180位点氨基酸进行定点突变(K178M,S170F,G180V)获得突变木聚糖酶基因xyn MFV,构建重组表达载体转化大肠杆菌E.coli BL21(DE3)诱导表达。酶学性质分析对比发现,突变酶最适温度(50℃)比原酶(40℃)提高了10℃;40℃条件下保温1 h突变酶Xyn MFV相对酶活力下降到热处理前的56.0%,原酶Xyn ZF-2下降到42.0%;45℃时突变酶Xyn MFV的半衰期t_(1/2)为21 min,与原酶Xyn ZF-2(t_(1/2)=7 min)相比较提高了14 min。结果表明,K178M、S170F、G180V突变木聚糖酶可以提高Xyn ZF-2最适温度和热稳定性。     

利用定点突变法研究精氨酸脱亚胺酶活性的影响机制

精氨酸脱亚胺酶(ADI)是一种针对精氨酸缺陷型癌症(如:肝癌、黑素瘤)的新药,目前处于临床三期试验。文中通过定点突变技术分析了精氨酸脱亚胺酶的特定氨基酸位点对酶活力的影响机制。针对已报道的关键氨基酸残基A128、H404、I410,采用QuikChange法进行定点突变,获得ADI突变株M1(A128T)、M2(H404R)、M3(I410L)和M4(A128T/H404R)。将突变株在大肠杆菌BL21(DE3)中进行重组表达,并对纯化获得的突变蛋白进行酶学性质研究。结果表明,突变位点A128T和H404R对ADI最适pH的提高,生理中性(pH 7.4)条件下的酶活力和稳定性的提高,以及Km值的降低均具有显著的作用。研究结果为阐明ADI的酶活力影响机制和蛋白质的理性改造提供了一定的依据。     

D190V点突变提高华根霉Rhizopus chinensis CCTCC M201021脂肪酶的最适温度和热稳定性

【目的】对来源于Rhizopus chinensis CCTCC M201021的脂肪酶进行了D190V定点突变, 提高该酶的最适温度和热稳定性。【方法】对毕赤酵母表达的突变酶D190V与野生型酶r27RCL进行酶学性质比较。【结果】D190V的最适温度比r27RCL高5 °C, 65 °C下的半衰期提高了一倍, 在其他性质方面, 突变酶D190V与r27RCL基本相似。【结论】通过结构分析表明, 定点突变D190V提高该酶稳定性的主要原因可能在于提高了突变位点所在的α螺旋的稳定性以及增强了稳定蛋白质结构的氢键作用力。     

生理pH条件下精氨酸脱亚胺酶的分子改造研究

精氨酸脱亚胺酶（arginine deiminase,EC 3.5.3.6,ADI）因其可作为精氨酸营养缺陷型肿瘤细胞的靶向治疗药物而受到广泛关注. 目前,支原体来源的重组ADI处于肝癌和黑素瘤的三期临床研究阶段. 作为药用酶,当前报道的ADI在体内生理条件下普遍存在酶活低、半衰期短、底物亲和性弱等局限性.本研究结合随机突变及基于理性设计的定点突变两种方法,对研究室前期自主筛选得到的变形假单胞菌Pseudomonas plecoglossicida来源的ADI经一轮定向进化后所获优势突变株M314(A128T/H404R/I410L)进行分子改造.通过对随机突变法获得的1480个突变株进行96孔板高通量筛选,得到优良突变株M173(A128T/H404R/I410L/K272R);同时,基于同源序列比对及ADI蛋白三维结构同源建模,采用PyMOL软件理性预测和分析其活性中心及附近保守区域氨基酸位点对蛋白功能的影响,选择了6个位点D78E、L223I、P230I、S245D、A275N、R400M分别在M314的基础上进行定点突变,最终获得优势突变株M04(A128T/H404R/I410L/S245D). 通过对突变株的酶学性质以及动力学参数分析发现：生理pH值下,突变株M173的酶比活（12.32 U/mg）在M314（9.02 U/mg）的基础上提升3659%,Kcat/Km提高5236%;而突变株M04的最适pH由6.5升高至7.0,更接近体内生理pH,其比酶活（14.66 U/mg）较M314提升62.53 %,Kcat/Km提高了37.12%. 综上结果,本研究结合两种分子改造方法成功地对该ADI在生理pH条件下的酶活和酶学性质进行了改良,并为蛋白质的分子改造策略提供了理论基础和实验依据.     

PSS定点突变及酶活研究

磷脂酰丝氨酸可在磷脂酰丝氨酸合成酶(PSS)催化下由磷脂酰胆碱和L-丝氨酸生成。通过生物信息学手段对磷脂酰丝氨酸合成酶蛋白质结构进行解析和研究分析,获得2个可突变位点F139和P272,通过Overlap PCR法进行定点突变,测定突变序列,并进行酶活测定。结果显示,PSS位点F139突变为L139、M139,位点P272突变为A272,能提高酶活力,说明蛋白质结构解析结合氨基酸定点突变技术,可以改善重组酶的活力。     

中国西藏小反刍兽疫病毒野生株China/Tib/Gej/07-30基质蛋白基因和融合蛋白基因的分子特征分析

对我国西藏小反刍兽疫病毒野生株China/Tib/Gej/07-30进行基质蛋白(M)和融合蛋白(F)基因序列测定,并进行分子生物学特征分析。首先应用逆转录聚合酶链式反应扩增出M和F基因片段,对聚合酶链式反应产物进行直接测序,然后对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析。China/Tib/Gej/07-30的M基因由1483个核苷酸组成,编码335个氨基酸,与其他分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为92.4%～97.7%和97.0%～98.2%。F基因由2411个核苷酸组成,编码546个氨基酸,与其他分离株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为85.5%～96.1%和94.3%～98.2%。China/Tib/Gej/07-30的F蛋白含有信号肽序列和跨膜结构域,序列高度变异。F蛋白第104～108位和第109～133位氨基酸位点分别是高度保守的裂解位点和融合肽结构域。F蛋白还含有序列高度保守的三个七肽重复区。China/Tib/Gej/07-30的M基因3′端的非编码区(UTR)长度为443个核苷酸,GC含量高达68.4%,与其他PPRV毒株的同源性为82.4%～93.5%。China/Tib/Gej/07-30的F基因5′UTR区长度为634个核苷酸,GC含量高达70.0%,与其他PPRV毒株序列相似性为76.2%～91.7%。     

金属离子对重组深渊滕黄单胞菌低温α-淀粉酶LamA的活性和稳定性影响

【背景】深渊藤黄单胞菌XH031 (Luteimonas abyssi XH031)是从深海分离到的一株具有很强淀粉降解能力的细菌,前期实验显示其α-淀粉酶LamA在低温环境下仍能保持较高酶活力。若能够提升其热稳定性,会有更好的应用前景。【目的】分析钙离子的存在对LamA热稳定性的影响,并通过钙离子结合位点的关键氨基酸的定点突变,初步明确其作用机制。【方法】在不同的离子条件下检测LamA的热稳定性,利用生物信息学方法预测可能影响钙离子结合及耐热性的氨基酸位点,对目的氨基酸进行定点突变,表达和纯化突变蛋白,并进行功能鉴定。【结果】钙离子明显提高了LamA的热稳定性:在未添加钙离子时,于65°C处理30 min已完全失活;而在5 mmol/L钙离子条件下,于65°C处理30 min后仍具有36%的酶活力。对预测位点进行定点突变后,突变蛋白D200R和H233D/M234C完全失活;N120D、Q185E和T224D活性降低。在未添加钙离子时,突变蛋白稳定性受高温影响程度与野生型差别不大;而在钙离子条件下,N120D在65°C时的酶活力仅为野生型的27.8%,推测位点Asn120与钙离子的结合能够稳定低温酶LamA在较高温度下的结构。【结论】初步明确了钙离子可提升低温α-淀粉酶LamA的热稳定性,为今后相关酶类的工程改造提供理论基础。     

应用焦磷酸测序技术快速检测猪流感病毒金刚烷胺耐药性的分子标签

【目的】本研究旨在通过焦磷酸测序技术对我国分离的H1N1、H3N2、H9N2等3种基因型的10株猪流感病毒分离株进行金刚烷胺耐药性鉴定。【方法】流感病毒M2蛋白5个关键位点氨基酸残基(第26、27、30、31和34位)中的任何一个发生突变会导致抗流感病毒药物中金刚烷胺抗药性的产生。本研究利用焦磷酸测序技术对2004-2008年国内分离的10株猪流感病毒M基因金刚烷胺耐药性分子决定区进行了鉴定,并进行抗药性分析。【结果】基于M2蛋白基因保守区序列建立的焦磷酸测序技术能用于国内猪流感病毒的快速检测,且具有较好的特异性和重复性。抗药性分析表明10株猪流感病毒国内分离株中5株H1N1分离株全部耐药,主要存在M2蛋白的V27T、V27I或S31N位点的突变,而4株H3N2和1株H9N2猪流感病毒分离株在M2蛋白5个关键位点上均未出现变异,表明其对金刚烷胺敏感。【结论】基于M基因的焦磷酸测序技术可以用于我国猪流感病毒金刚烷胺耐药性快速鉴定。     

致鸭短喙与侏儒综合征的新型鹅细小病毒不同传代毒株基因组分析

由新型鹅细小病毒（Novel goose parvovirus,N-GPV）引起的鸭短喙与侏儒综合征（Short beak and dwarfism syndrome,SBDS）给我国养鸭业带来了不可估量的经济损失,严重阻碍了我国养鸭业的发展。而目前N-GPV的毒力关键基因位点尚不清楚。本研究将N-GPV(SD株)在SPF鸭胚上进行多次传代,对SD株F10、F20、F30、F40和F50进行全基因组测序,并选择F50进行致病性试验,结果表明,F50感染组与对照组相比体重与喙长有明显差异,但F50感染组无典型临床症状,表明SD-F50的致病性明显降低;F50与F5序列分析显示,5’和3’的反向重复末端（ITR）中均有4个碱基突变和2个碱基插入,且突变位置相对应;在非结构蛋白Rep中有1个氨基酸位点突变,结构蛋白VP中共有2个氨基酸位点突变。综上所述,N-GPV SD株经过鸭胚连续传代后出现了毒力下降,并且病毒基因组序列也出现了规律性变化,这些突变位点可能是影响N-GPV毒力的关键位点,为N-GPV毒力关键位点的研究提供参考依据。     

亚热带山区土壤未培养微生物L-赖氨酸脱羧酶Ldc1E中关键氨基酸残基的功能鉴定

本研究旨在探讨L-赖氨酸脱羧酶Ldc1E关键氨基酸在底物识别和催化过程中的作用;通过生物信息学方法选择突变位点,并利用直接定点突变技术,完成了6个关键氨基酸残基突变和功能鉴定研究。突变酶D692N最适温度和pH值分别为40℃和6.5。突变酶D692N比野生型Ldc1E对高温具有更强的耐受性,在40℃～55℃温浴1 h后剩余酶活力达到35%以上,在60℃温浴1 h后仍然保留20%的酶活力;而野生型酶Ldc1E在50℃以上温浴1 h后几乎失活。此外,50 mmol/L DMSO、5 mmol/L Al~(3+)和Ca~(2+)对突变酶的酶活力有激活作用,而Al3+对野生型酶Ldc1E具有明显抑制作用。突变酶D692N的分子动力学常数K_m升高了1.78倍,k_(cat)下降了20.2倍。突变酶S221A、H245A、D330A、H366A、F607Y经检测酶催化活性丧失。研究结果表明氨基酸残基位点D692对酶与底物的结合具有重要影响;而S221、H245、D330、H366、F607是Ldc1E酶活性能够体现的关键氨基酸位点,不可替换。本研究为探究L-赖氨酸脱羧酶的结构与功能关系提供理论参考。     

前纤维蛋白点突变对粗糙脉孢菌生长的影响及其生化机制研究

【目的】为进一步了解前纤维蛋白(profilin,PFN)在丝状真菌中的功能,本文以粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)为研究对象,进行了前纤维蛋白对其菌落生长和肌动蛋白(actin)聚合特性影响的探究。【方法】通过采用定点突变、同源重组、分生孢子过膜和PCR等技术,获得粗糙脉孢菌前纤维蛋白F78 (F78A和F78D)和V113 (V113E、V113R和V113W)的点突变体。利用平板生长法、竞争性生长管和显微镜观察检测表型变化,并结合多聚脯氨酸亲和层析纯化、荧光分光光度技术和高速共沉淀等技术分析点突变的前纤维蛋白对肌动蛋白聚合特性的影响。【结果】获得的粗糙脉孢菌前纤维蛋白点突变株F78A、F78D、V113E、V113R和V113W,与对照菌株ku70RIP相比,突变株生长均明显减慢(P<0.05),其中PFN (F78D)和PFN (V113W)的突变体在生长的12–48 h,菌落直径分别仅为对照的20.0%–75.7%和12.7%–39.2%。竞争性生长管分析表明,PFN (F78D)和PFN(V113W)突变株菌丝生长速度受到显著抑制,分生孢子形成的节律并...     

奥司他韦对我国A(H3N2)亚型流感病毒红细胞凝集和抑制试验的影响

比较加入神经氨酸酶抑制剂奥司他韦(Oseltamivir)对我国A(H3N2)亚型流感病毒红细胞凝集(Hemagglutination,HA)和凝集抑制(Hemagglutinin inhibition,HI)试验结果的影响,以期获得病毒更真实的HA和抗原性变异分析结果。选择2014年10月-2015年5月在中国大陆分离的395株A(H3N2)亚型流感病毒,在HA及HI试验中加入神经氨酸酶抑制剂Oseltamivir,对实验结果进行比较分析,根据HA试验,挑选其中部分毒株进行基因组测序,比较NA氨基酸位点变异情况。在HA试验中加入神经氨酸酶抑制剂Oseltamivir后,44.8%的毒株HA滴度未改变;43.8%的毒株HA滴度下降,仅有11.4%的毒株HA滴度升高。加入Oseltamivir后,与A/TX/50/2012鸡胚株抗原性类似的毒株的比例高于未加入Oseltamivir时,与A/SZ/9715293/13细胞株抗原性类似的毒株的比例低于未加入Oseltamivir时类似株的比例,统计学分析有显著性差异。以A/TX/50/2012细胞分离株和A/SZ/9715293/133鸡胚分离株作为参考病毒,Oseltamivir对实验结果的影响无显著性差异。挑选19株A(H3N2)亚型流感毒株进行基因组测序,进行NA蛋白氨基酸位点分析,与A/TX/50/2012鸡胚分离株相比加入20nM Oseltamivir后,滴度降低超过4倍的5株毒株,没有共同氨基酸位点变异,但A/山东莱城/119/2015流感毒株有D151G氨基酸位点突变;A/吉林铁西/1194/2015流感毒株有V412I和T434A氨基酸位点变异。加入20nM Oseltamivir后,滴度降低为2~4倍的毒株,具有I26T、G93S、V149I、N234D、T267K、S416G等位点突变。在对我国近年流行的A(H3N2)亚型流感病毒进行血凝滴度和抗原性分析中,加入Oseltamivir可获得更为真实的HA和HI结果,分析病毒的变异情况,评价疫苗的匹配性。     

广东人禽流感H5N1毒株M基因特性、进化和变异

通过对人禽流感H5N1毒株M基因序列的变异分析,揭示毒株M基因特征与进化。检测广东地区人禽流感H5N1毒株M基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株M基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株M基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果发现,1997~2006年53株毒株M1基因和51株毒株M2核苷酸序列同源性均分成两组,1997年毒株为第一组(GⅠ),2003~2006年香港、越南、泰国、印尼、中国大陆、土耳其、伊拉克、阿塞拜疆、埃及毒株为第二组(GⅡ)。M1基因20个氨基酸位点置换,占7.94%(20/252),其中2003~2006年毒株M1基因有9个氨基酸位点不同于1997年毒株;M2基因22个氨基酸置换,占22.7%,其中2003~2006年毒株M2基因有4个氨基酸不同于1997年毒株。M2基因Ks值为26.8×10-6~42.6×10-6Nt/d,Ka值为4.39×10-6~6.98×10-6Nt/d;而M1基因的同义突变速度均远高于错义突变速度,显示M1基因受到机体免疫压力较小;检验发现M1基因进化存在负选择性压力。2003~2006年毒株M1基因通过氨基酸S224N置换,增加一个糖基化位点NSS224-226;而来自印尼的8株毒株M2基因发生C50F置换,引起蛋白二级结构改变。1997年中国香港人禽流感毒株自当时出现后,便未在以后人禽流感疫情中出现。2003~2006年毒株M1基因增加糖基化位点NSS224-226,可能与毒株致病性有关。人禽流感H5N1毒株M基因在自然界变异频繁,可能影响H5N1毒株的人-人传播能力。     

江苏首例甲型H1N1(2009)流感病毒分离及其血凝素分子遗传特征分析

2009年6月12日,江苏确诊首例甲型H1N1(2009)病例。通过细胞和鸡胚分离系统,我们分离到一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Jiangsu/1/2009。为了跟踪病毒的变异情况,我们开展了病毒的全基因组测序工作,在此基础上对其血凝素基因(Haemagglutinin,HA)的遗传特性进行了详细研究。分离株HA蛋白不具有多碱基HA裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与参考株A/California/04/2009相比,分离株A/Jiangsu/1/2009HA蛋白的有4个氨基酸发生了突变,但都不在已知的抗原位点上。分离株有5个潜在糖基化位点,这与近年来古典猪H1N1和北美三源重配猪H1病毒完全一致,保留了古典猪H1的特点。与禽流感H1病毒相比,分离株HA蛋白受体结合位点上的E190D和G225D发生突变,这可能成为新甲型H1N1(2009)在人际间传播的一个重要分子基础。此外,其它受体结合位点上相关氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。本研究首次对早期流行的甲型H1N1(2009)流感病毒的HA蛋白的分子遗传特征进行了详细研究,对进一步监测病原变异具有重要指导意义。     

催化吲哚生成靛蓝的细胞色素P450BM-3 定向进化研究

以催化吲哚产生的靛蓝在 630 nm 处具有特殊的吸收峰为高通量筛选指标,将来源于 Bacillus megaterium 的细胞色素 P450BM-3 单加氧酶的基因序列用易错聚合酶链式反应进行定向进化,通过多轮突变,在原有的能产靛蓝的高活力突变酶的基础上成功获得了三个高于亲本酶的突变酶,突变酶的酶活分别是亲本酶的 6.6 倍 (hml001) , 9.6 倍 (hml002) 和 5.3 倍 (hml003) ,并对突变酶的动力学参数进行了分析 . 突变酶 DNA 测序的结果表明, hml001 含有一个有义氨基酸置换 I39V , hml002 含有三个有义氨基酸置换 D168N , A225V , K440N , hml003 含有一个有义氨基酸置换 E435D ,这些突变位点有些远离底物结合部位,有些位于底物结合部位 .     

新城疫病毒F蛋白碱裂解位点修饰及外源基因的插入对 新城疫LaSota疫苗株致病力的影响

新城疫是危害养禽业发展的重要传染病.新城疫病毒(NDV)具有高度传染性和高致病性,融合蛋白(F)的F1/F2裂解位点存在多个碱性氨基酸并由此形成的泛组织嗜性一直以来被认为是NDV致病的主要决定因素.本研究利用已经构建NDV弱毒LaSota疫苗株反向遗传操作平台,将LaSota病毒F蛋白的碱裂解位点由GGRQGR↓L分别突变为GRRQRR↓F和GRRQRR↓L,在未加入TPCK胰酶的情况下分别成功拯救出突变修饰LaSota疫苗病毒株rL-FmF和rL-FmL,通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)、脑内致病指数(ICPI)和静脉内致病指数(IVPI)等指标对其毒力进行评估,结果rL-FmF和rL-FmL,的ICPI值由LaSota的0.36分别上升为1.18和1.05,但.MDT均大于90小时,IVPI仍然均为0,表明碱裂解位点的突变可显著增强致病力.为了检测外源基因插入对病毒致病力的影响,进一步以rL-FmF为载体,分别构建并拯救出表达H5亚型禽流感病毒血凝素HA和增强绿色荧光蛋白EGFP基因的重组病毒rL-FmF-HA和rL-FmF-EGFP,经测定ICPI分别为0.67和1.10,但MDT均大于90小时,IVPI仍然均为0.结果表明,对rLaSota病毒F蛋白裂解位点2个非碱性氨基酸突变为碱性氨基酸,无论F2蛋白氨基端为F或L,均可显著增强其脑内接种致病力,接近中发型毒株标准,但对静脉内接种致病能力均无显著影响,而对鸡胚致死能力均保持rIaSota病毒缓发型特点(MDT≥90);外源基因的重组、表达可不同程度致弱病毒,其致弱程度与外源基因及其表达产物性质有关.结果提示,影响NDV致病力不仅仅局限于F蛋白裂解位点氨基酸序列;通过F裂解位点修饰及HA基因插入可以获得致病力较高但基本接近缓发型标准的重组病毒.     

定向进化提高灰盖鬼伞过氧化物酶染织废水脱色效率

【目的】获得染织废水脱色能力增强的灰盖鬼伞过氧化物酶。【方法】使用基因合成及定点突变平台合成突变灰盖鬼伞过氧化物酶基因CIPmt4(I49S、V53A、M166F和M242I),并调整密码子至毕赤酵母偏好性。以CIPmt4为模板进行定向进化,经过三轮易错PCR和高通量筛选得到一个酶学性质显著改善的突变体(CIPmt5)。通过3D建模和分子动力学模拟分析蛋白的结构及热稳定性,并进一步研究CIPmt5和野生型CIP对刚果红、氨基黑、甲基橙、次甲基蓝、苯胺蓝、结晶紫、溴酚蓝共7种染料的脱色能力。【结果】序列分析显示该突变体积累了I49S、V53A、T121A、M166F和Y272F共5个氨基酸突变,与野生型灰盖鬼伞过氧化物酶相比,以ABTS为底物酶活性是野生型的2.01倍(24.44 U/mg),最适反应p H由5.0提高到6.5,最适反应温度由25°C提高到45°C。除次甲基蓝外对其它染料脱色的最适p H都往中、碱性方向偏移,脱色率普遍高于野生型。模型分析显示CIPmt5活性中心更开放,热稳定性增强。【结论】突变体酶CIPmt5能够更好地替代野生型灰盖鬼伞过氧化物酶应用于染织业染料脱色、化工废水和染织废水的生物修复。     

鹅新城疫病毒P基因的RNA编辑及其相关蛋白的分子特征

应用RT-PCR方法对鹅新城疫病毒安徽分离株WF00GP基因进行了RNA编辑分析,发现w‰GP基因在保守的编辑位点上插入一个G,使得P基因增加编码V蛋白,而且它的最大ORF的长度为1188bp,编码395个氨基酸的P蛋白。wkG株和参考毒株的P基因的同源性和系统发育分析表明,WF00G株与水禽源毒株NA．1、ZJ1、FPI／02、PX2／03、Duck／1／05和SF02等亲缘关系较近,与传统疫苗株或弱毒株HB92、LaSota和Clone30以及F48E9等的亲缘关系相对较远。进一步对其V蛋白羧基端序列分析发现,虽然编辑位点氨基酸序列（132KKG134）和羧基端的5个Cys残基位点是高度保守的,但是V蛋白c末端氨基酸存在较大变异,APMV-1毒株V蛋白羧基端氨基酸的突变呈现“基因型一致性”。     

焦磷酸测序技术在禽流感病毒金刚烷胺耐药性检测中的应用

流感病毒M2蛋白五个关键位点氨基酸残基(第26、27、30、31和34位)中的任何一个发生突变都会导致抗流感病毒药物中金刚烷胺抗药性的产生。本研究利用焦磷酸测序技术对94株不同亚型禽流感病毒金刚烷胺耐药性分子决定区进行了鉴定,并进行抗药性分析。结果表明94株禽流感病毒中有81株M2基因存在金刚烷胺耐药性的分子标签,其余的13株根据分子标签判断为对金刚烷胺敏感。耐药性的分子标记存在V27I和S31N两种突变形式,其中绝大多数为S31N。     

上海地区HIV毒株基因亚型分布及原发基因耐药的分子流行病学研究

本文通过对未经抗病毒治疗患者的人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）毒株进行检测,了解上海地区HIV-1的亚型分布及原发耐药基因变异现状。对118例未经治疗的HIV感染者其标本中HIV蛋白酶全长和部分反转录酶基因进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增,经DNA测序后进行系统进化树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与斯坦福耐药数据库比对,了解耐药性突变位点。使用斯坦福REGA HIV亚型分型工具和美国国立生物技术信息中心（NCBI）HIV亚型分析工具分析亚型,获得118例患者的HIV基因序列,基因分型分别为CRF01_AE重组体57例(48.3%)、B亚型36例(30.5%)、CRF07_BC 15例 (12.7%)、CRF08_BC 7例(5.9%)、C亚型2例(1.7%),亚型间或重组体间二重重组体(B/CRF01_A E)1例(0.8%)。蛋白酶抑制剂(PI)和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率达54.2%（64/118）,其中2例（1.7%）发生PI耐药,基因突变位点：M46L、Q58E。5例(4.1%)对反转录酶抑制剂产生耐药,其中对核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）和非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）的耐药率分别为3例(2.4%)和5例(4.1%)。基因突变位点：NRTI为M41L、D67N、T69I/N/S、K70L、L74V、V75L、V118I、M184V、L210W/F/M/S和T215F;NNRTI为V90I、L100V、K103R/N、V106M/P/I/G、E138G/A、V179E/D/T、Y181C、G190A、H221Y、F227L、K238S和Y318F。结果提示,上海地区HIV毒株以CRF01_AE重组亚型为主,且发现新的重组体,可能出现新重组体流行的趋势。PI和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率较高,且存在高度原发耐药毒株,应加强HIV-1耐药基因变异监测,科学、合理地给予抗病毒治疗。