一个基于Blast程序的多重序列对齐程序——Mblast

核酸序列和蛋白质序列的相似性分析日益成为生物信息学研究的核心内容.NCBI的Blast程序是进行此类分析的最有力工具.虽然它提供了初步的将多条序列进行综合对齐的分析方案,但是实际效果却很不理想.在对Blast程序的输出结果进行仔细分析的基础上,基于“求同存异”的思想,我们编制了一个多重序列对齐程序Mblast.该程序与目前流行的序列多重对齐程序相比,更容易检出序列的同源区.     

蛋白质序列复杂性简化与非比对序列分析

非比对序列分析是最新发展的一种序列分析方法,具有计算效率高并适用于分析低相似性的序列,已成功用于DNA的序列分析中.但是由于蛋白质序列的复杂性,非比对序列分析对于蛋白质序列分析的准确度却不高.用将20种天然氨基酸残基归类的方法,简化了蛋白质序列的复杂性,并运用到对蛋白质的非比对序列分析中,有效地提高了序列分析的准确性.     

环境生态下一个新的捕食者-食饵-共生者系统的动力学分析（英文）

本文建立了一个新的捕食者-食饵-者模型,研究了瓢虫、蚜虫和蚂蚁之间的关系.对该模型,我们做了持久性分析,并对特征方程多了分析和研究.最后利用李雅普诺夫函数对该系统的正平衡点的全局稳定性做了研究.     

粤西部分县马尾松毛虫发生与气候条件的关系

用相奖分析的方法,分析了粤西部分地区马尾松毛虫的发生与环境因子的关系.结果表明:最相关的环境因子是越冬期最低月平均温度.用比较生态学的方法分析了这几个县马尾松毛虫的发生与环境因子关系的生态差异和相似性.用趋势分析的方法给出各县马尾松毛虫发生的年增量.     

苏云金杆菌印第安变种和九州变种的酯酶分析

为了使苏云金杆菌各变种的酯酶图型趋于完善,我们采用了聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法,对没有分析过的苏云金杆菌印第安变种(Bacillus thuringiensis var.indiana)和九州变种(B.t.var.kyushuensis)进行了分析。     

计算机视觉在线虫进食行为自动分析中的应用

秀丽隐杆线虫被广泛地用作研究基因与行为关系的绝佳模式生物.线虫的咽部神经元回路控制着复杂的进食行为.为了研究进食行为的分子机制,有必要对线虫进食行为表型分析鉴定.然而,目前为止,几乎所有的线虫进食行为表型鉴定都是通过人眼来判断.因为其泵入食物的肌肉运动频率高,该行为的分析是很困难而且效率低下的.为解决这个问题,我们设计了基于计算机视觉技术的自动化成像系统来高通量分析线虫进食行为表型.此成像系统对进食表型的检测准确率达到98%以上,并使得连续可靠地分析其表型细微变化成为可能.同时,在保证高准确率的前提下单位时间内分析数据的效率比人工分析提高了3倍.     

基于Web的基因组浏览器研究现状

测序技术的发展促使人类基因组测序成本急剧降低,测序速度迅速增加,对这些数据的分析和可视化已成为生命科学领域最重要的课题之一.基因组浏览器技术在基因序列分析,遗传密码解读,复杂疾病研究等方面具有重要意义.本文综述了9种主要的基因组浏览器技术,并从可视化内容、可视化形式、软件系统架构等角度分析了它们的特点.最后,探讨了基因组浏览器发展所面临的挑战.     

辣椒素的皮肤美容作用及其应用的研究

依据辣椒素的药理作用,提出将其应用于皮肤美容的领域.通过理论分析、动物试验以及人体皮肤实验,提出并验证了辣椒素对皮肤的美容效果的产生机理.结果,确定了含辣椒素的乳膏中所添加辣椒素的最佳浓度.给出了应用含辣椒素乳膏时不同使用部位的最佳辣椒素含量的差别.对辣椒素在皮肤美容领域中的应用前景进行了分析.     

基于统计方法的表层土壤重金属污染分析

本文对某城市表层土壤八种重金属(As、Cd、Cr、Cu、Hg、Ni、Zn、Pb)的污染进行了分析研究.根据统计数据来构造经验分布函数分析引起八种重金属污染的主要原因.从而,避免了繁琐的外部因素的机理分析.结果表明,运用统计学的方法为分析城市表层土壤重金属的污染提供一种更加有效的理论依据.     

T_RFLP技术及其在硝化细菌群落分析中的应用

T_RFLP是建立在PCR基础上的,一种不依赖于传统培养方法的微生物生态学的研究方法.具有快速、灵敏的特点.自1997年首次被报道以来,T_RFLP技术已广泛应用于菌种鉴定、群落对比分析、群落中系统发育种群多样性的评估等领域,并成为环境微生物群落结构分析的强有力工具之一.目前T_RFLP在国内的应用较少,硝化细菌的群落分析上还未见报道.但作为一种研究微生物群落结构特征的理想方法,将会得到广泛地应用.本文主要介绍了T_RFLP的基本原理,概括了在微生物群落分析上的应用,阐述了硝化细菌传统研究的局限性及T_RFLP在硝化细菌群落结构分析上的应用前景.     

西藏巨柏核型的图象自动分析与识别的研究

我们应用图象自动分析和识别的原理和方法,建立了植物染色体自动分析CHROMHUK软件系统,并首次对西藏巨柏进行了核型自动分析,抽取了染色体多个特征多数:相对长度、臂比、着丝点指数、相对体密度和次缢痕相对长度.对247个巨柏体细胞进行多参数数据统计和分析,并设置95°.置信判别区域和树分类判别.实现了染色体自动配对和分类,并由计算机直接输出染色体的组型图和核型模式图.分析结果表明:巨柏体细胞的染色体数目为2n=22,按Levan的分类标准,其核型公式为2n=4m(SC)+16m+2sm.据Stabbins分类为1A型.     

“土壤微生物分离培养”实验的调整与应用

结合农业微生物学实验教学改革的实践,分析了制约实验教学的主要因素.通过调整“土壤微生物分离培养”的实验顺序与实验内容,拓展实验应用范围,寻找解决问题的途径.论证了实验调整的可行性与意义,对实验的各个环节提出了若干操作要点和注意事项,并对教学效果进行了评估与分析.     

蛋白质双向电泳图像分析

随着人类基因组计划的接近完成,蛋白质组（proteome）研究成为新的热点.其中高分辨率的双向电泳（two-dimensional gel electrophoresis,2-DE）技术使对组织或细胞的整个蛋白质组的综合分析成为可能.近年来这一技术有了很大的改进和提高,特别是图像分析系统,算法更为先进,功能日益强大,操作也更简便,为大规模研究提供了良好的工具.使用新一代的2D图像分析系统,对离体培养的雪旺氏细胞的蛋白质样品双向电泳结果进行了初步分析,探讨了在图像扫描、点检测、背景消除、匹配、结果报告和数据分析各步中的技术问题,并报告了进行2D图像分析的体会.     

棉铃虫的自然庇护所、抗性发展以及中国的零庇护所政策

本文旨在讨论天然庇护所作物在减缓棉铃虫抗性发展中的作用以及中国是否需要为转基因抗虫棉制定专门的庇护所政策. 首先, 描述了在制定庇护所政策时所需要考虑的各种因素; 其次, 为了科学合理地分析这些因素的影响, 构建了一个生物经济学模型并利用实证数据进行了量化分析. 在模型分析过程中, 考虑了多种方案以增强分析结果的稳定性和可靠性. 结果表明, 中国多样性的种植结构使玉米等作物成为棉铃虫的天然庇护所. 换言之, 在此情况下仍然要求农民种植一定比例的非转基因抗虫棉作为棉铃虫的专门庇护所是不经济的.     

生态足迹分析方法研究进展

作为可持续发展的指标,生态足迹模型得到了广泛的关注和应用.同时,对生态足迹理论和方法的研究也不断深化,出现了将生态足迹分析与物流能流分析、产品生命周期分析、投入产出分析相结合的适用于宏观和微观尺度的各种方法,尤其是最近出现了分配足迹到最终需求类型的“标准化”方法.本文介绍了生态足迹不同方法的产生情况,指出生态足迹分析方法分为过程分析和投入产出分析两套体系,并具体介绍了各种分析方法的特点、适用范围、研究进展和应用情况,建立了较为明晰的生态足迹发展的方法框架.针对当前国内外生态足迹方法的应用现状和趋势,提出重点把握3个方向:统一综合法在国家和区域尺度的研究;探索投入产出法、成分法等方法在国内的应用;加强时间序列研究和多情景预测分析.     

酿酒酵母Ⅴ号染色体上二个强ARSs的结构及功能研究

对在酿酒酵母S. cerevisiae Ⅴ号染色体上克隆的强ARS: PYA8-ARS及PYA34-ARS进行了定向缺失分析,最后定位了两ARSs的功能区并作了序列分析比较.在实验过程中,发现一段特殊的载体序列与周围载体DNA环境协同作用产生了微弱的ARS活性,提出没有活性的ARS核心序列类似区能形成新的ARS活性区的观点,并作了理论上的分析.     

一种经济、简便的双向电泳方法

双向电泳是蛋白质分析的一门较为精确的技术.对电泳方法进行改良并采用普通垂直薄板等电聚焦技术,不仅大大降低了蛋白质双向电泳的成本,而且操作过程简单,是一种用于初步分析蛋白质的较好方法.在中华卵索线虫(Ovomermis sinensis)雌雄成虫可溶性差异蛋白的分析中获得了较满意的结果.这一改良方法的建立,可望促进双向电泳的广泛应用.     

一个Ⅰ型遗传性淋巴水肿中国家系的VEGFR3基因的新突变方式

通过对国人Ⅰ型遗传性淋巴水肿一家系分子遗传学检测,报告VEGFR-3基因新突变.首先在Ⅰ型遗传性淋巴水肿对该家系进行致病基因的连锁分析,然后用DNA直接测序方法进行基因突变分析.连锁分析和单倍体分析确定该家系致病基因位于5q35.3,与Ⅰ型遗传性淋巴水肿连锁.VEGFR-3基因突变分析发现了一个新的错义突变D1055V.该错义突变在家系中共分离,且在100个正常对照组中未发现该序列改变.本研究首次报告了国内Ⅰ型遗传性淋巴水肿VEGFR-3基因新的错义突变D1055V,丰富了VEGFR-3基因基因突变谱,为今后开展遗传性淋巴水肿的基因诊断和遗传咨询奠定基础.     

DNA条形码分析方法研究进展

DNA条形码是一段短的、标准化的DNA序列,DNA条形码技术通过对DNA条形码序列分析实现物种的有效鉴定.随着生物DNA条形码序列的大量测定,DNA条形码分析方法得到迅速发展,推动了其在生物分子鉴定中的应用.2003年以来,DNA条形码技术已广泛应用于动物、植物和真菌等物种的鉴定,并有力地推动了生物分类学、生物多样性和生态学等学科的发展.本文在综述DNA条形码技术的基础上,总结了5类主要的DNA条形码分析方法,即基于遗传距离的分析、基于遗传相似度的分析、基于系统发育树的分析、基于序列特征的分析和基于统计分类法的分析,并进一步展望了DNA条形码技术的发展与应用.     

红光下拟南芥光敏素调节基因的蛋白质鉴定与mRNA分析

光敏素是植物体内一种重要的光受体家族,它们可介导植物对外界红光和远红光的应答,在植物的生理发育过程中发挥重要作用.基因芯片分析结果表明,PHYA和PHYB在转导红光信号至光应答基因的过程中起关键作用.为了获得与PHYA,PHYB相关的光应答基因,本研究采用双向电泳技术比较分析了在持续红光下生长7天的拟南芥光敏素双突变体phyAphyB和野生型col-4幼苗的全蛋白图谱.采用基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱（MALDI-TOF-TOF）进行肽质谱指纹图谱分析,成功鉴定到了32个差异蛋白点.选取其中的10个蛋白点,对应于10个不同的基因,进行了RT-PCR分析,并用Q-PCR对其中的2个基因表达情况进行了验证.结果表明,光敏素可能从mRNA水平或蛋白质水平来调节基因的表达.蛋白质组学分析为寻找光敏素依赖基因提供了新的途径。