塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)遗传结构及遗传多样性分析

目的:塔里木马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)为马鹿的新疆特有亚种,自20世纪50年代以来,由于自然和人为因素影响,种群数量急剧下降,现已隔离成3个孤立的小种群,即沙雅种群、尉犁种群和且末种群.为了更好地保护这一濒危野生动物.方法:基于塔里木马鹿线粒体控制区部分序列对3个种群的控制区结构和遗传多样性进行了研究.结果:在34个序列比对中得到342bp的片段,含变异位点12个,占分析序列长度的3.51%,由此定义了6个单倍型.显示出3个种群总的核苷酸多样性较低(0.01351±0.00063),单倍型多样性较高(0.693±0.051);就单个种群而言,且末种群的遗传多样性最低,而沙雅种群最高.从Tajima's D和Fu and Li's D值的估算结果来看,塔里木马鹿尉犁和沙雅种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P>0.1),且末种群则出现了明显的偏离(分别为P<0.05和P<0.02),这预示着3个塔里木马鹿种群间可能存在一定的平衡选择.分子变异分析表明,沙雅和尉犁种群间基因流Nm大于4,说明这2个塔里木马鹿种群间存在着非常丰富的基因流,且末种群分别与沙雅、尉犁种群间基因流Nm均小于1,而且末种群分别与沙雅和尉犁种群产生了明显的遗传分化(Fst分别为0.409;0.718,P值均小于0.001),以及3个塔里木马鹿种群单倍型间的序列差异为0.012.结论:以上数据都显示了3个塔里木马鹿种群的单倍型间已经出现了明显分化.结合系统发生关系分析,应将沙雅种群和尉犁种群联合建立管理单元进行重点保护.     

中国圈养梅花鹿的遗传多样性和遗传结构

东北梅花鹿(Cervus nippon hortulorum)的野生种群已濒临灭绝,但其圈养种群遍布全国各地,是我国圈养梅花鹿的主要品种(亚种)。为了探讨圈养梅花鹿种群作为东北梅花鹿野外放归项目资源种群的可行性,测定了来自9个圈养种群45只梅花鹿个体的线粒体DNA控制区的部分序列,以此分析我国圈养梅花鹿种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明,我国圈养梅花鹿种群的遗传多样性并不贫乏,种群之间并没有发生显著的遗传分化。因此,东北地区的圈养梅花鹿种群可以作为野外放归项目的资源种群,而野外放归项目的建群者应来源于东北地区的多个圈养种群。     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼（Anabarilius grahami）DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列（930 bp）。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列（CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3）。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群（中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心）及两个自然地理种群（江川县明星鱼洞、江川县牛摩村）进行了遗传多样性分析。结果显示：两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

东北地区狍种群的遗传多样性研究

狍为我国重要的经济动物,并且是国家一级保护动物东北虎的主要猎物之一。因此,深入了解狍各地理单元内种群的遗传变异,可以为我们制定保护管理策略提供依据,进而使珍稀濒危物种得到有效的保护和管理。本文对88个不同狍个体(来自8个不同地点)的线粒体DNA控制区的部分序列进行了测定和群体分析,获得了463bp的片断,并检测到59个变异位点,占分析长度的7.84%,且这59个变异位点皆为碱基置换,未出现碱基插入或缺失的现象,定义了30种单倍型,核苷酸多样性平均值为0.02641,种群总体遗传多样性较高。从Tajima’sD和FuandLi’sD值的估算结果来看,这8个狍种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P0.1),没有明显的证据显示这8个狍种群间存在很强的平衡选择。30个单倍型整体上将东北狍种群分为3个亚群,分子变异分析表明3个亚群间基因流Nm均大于1,说明这3个狍亚群间存在着基因流。     

白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了白鱼线粒体DNA控制区基因全序列(930bp)。控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0%和14.7%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3)。同时运用DNA分析软件对白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析。结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好。     

大石鸡兰州亚种的mtDNA种群遗传结构、单倍型分布和遗传多样性

大石鸡(Alectorismagna)是中国西北部的特有种。我们测定了大石鸡兰州亚种(A.m.lanzhouensis)8个地理种群106个样本的线粒体DNA控制区5′端458bp序列,研究其种群遗传结构和遗传多样性。27个变异位点共确定25种单倍型,其中单倍型M2广泛分布,而许多单倍型为一些地方种群特有。单倍型分布沿着南北方向变化,存在明显的地理结构。8个种群中核苷酸多样性最高的是定西种群,0.0069,最低的是海原种群,0.0028;单倍型多样性最高的是武山种群,0.86,最低的是北道种群,0.52。北方种群比南方种群具有更高的遗传多样性。系统发生树和单倍型分布表明,大石鸡兰州亚种存在两个明显的分支。溯祖理论、更新世冰期和花粉支持兰州亚种起源于兰州盆地,这个盆地是其遗传多样性的中心。     

基于线粒体Cty b基因的西藏马鹿种群遗传多样性研究

西藏马鹿(Cervus elaphus wallichi) 为我国特有物种,仅分布在西藏东南部的桑日县,目前关于西藏马鹿的研究报道很少。因此,深入了解西藏马鹿各地理单元内种群的遗传变异,可以为我们制定保护管理策略提供依据,进而使其种群得到有效的保护和管理。本文对54个不同西藏马鹿个体（来自3个不同地点）的线粒体DNA Cty b基因进行了测定和群体分析,获得了731bp的片断,并检测到24个变异位点,占分析长度的3.28%,且这24个变异位点皆为碱基置换,并未出现碱基插入或缺失的现象,并定义了14种单倍型,核苷酸多样性平均值为0.02781,种群总体遗传多样性较高。从Tajima′s D和Fu and Li′s D值的估算结果来看, 这3个马鹿种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P>0.1),没有明显的证据显示这3个西藏马鹿种群间存在很强的平衡选择。分子变异分析表明3个群间基因流(5.36>Nm>1.87)均大于1,说明这3个马鹿种群间存在着丰富的基因流,并建议将三个地区的西藏马鹿作为一个管理单元进行保护和管理。     

松江鲈线粒体DNA控制区结构和遗传多样性分析

为探讨松江鲈(Trachidermus fasciatus Heckel)线粒体控制区特征及其群体遗传结构, 研究测定分析了中国和日本沿海共8个群体的线粒体控制区序列, 分析了其结构特征, 识别出终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的特征序列。遗传多样性分析结果显示: 69个松江鲈个体共检测到47个单倍型, 呈现出核苷酸多样性(0.0079)较低和单倍型多样性(0.978)较高的特点。单倍型邻接关系树和单倍型网络关系图均显示松江鲈分为中国和日本两大世系。遗传分化系数(Fst)和分子方差分析(AMOVA)结果表明, 松江鲈中国群体和日本群体之间存在的遗传差异较显著, 中国沿海各群体之间亦存在着一定程度的遗传差异, 该分化主要由历史环境变动、当代环境因素和自身生态习性等原因造成。     

马鹿线粒体DNA研究新进展

线粒体DNA作为理想的分子遗传标记被广泛应用于马鹿进化生物学、种群遗传学和保护生物学的研究.该文阐述了mtDNA在马鹿中的研究进展,重点介绍马鹿mtDNA序列的研究概况及其多态性在马鹿物种识别、起源和进化、地理分化、遗传多样性和保护管理等方面的应用情况.     

新疆草兔的种群遗传结构和亚种分化

新疆草兔 (Lepus capensis) 的群体遗传结构至今无系统的研究报道,亚种水平的分类也长期存在争议.该文测定了形态分类上的新疆草兔3个亚种共87个个体的线粒体DNA (mtDNA)控制区(control region,D-Loop)592 bp的序列,经分析发现148个多态性位点,共定义了44个单倍型.新疆草兔的单倍型多样度(h,0.977 ± 0.005)和核苷酸多样度(π,0.064 ± 0.031)都较高,显示了较高的遗传多样性.分子变异分析(AMOVA)结果显示,4个地理群体间的显著分化可能是由地理隔离造成的.群体遗传结构分析显示,新疆草兔包含4个进化枝,并且每个进化枝都对应特定的分布区域,显示了明显的系统地理结构.该研究的结果支持形态分类上草兔西域亚种(L.c.lehmanni)的分类地位; 但中亚亚种(L.c.centrasiaticus)被分为两个独立的进化枝,提示可能存在两个亚种; 帕米尔亚种(L.c.pamirensis)与其他亚种间的遗传距离在13%以上,提示其可能已达到种的分化水平.     

新疆塔里木马鹿粪便激素含量季节性变化的初步研究

目的:检测雄性塔里木马鹿的睾酮,雌鹿的雌二醇、雌三醇、孕酮等粪便激素含量,并比较不同月份之间的变化。方法:利用放射免疫分析法(RIA)在且末和尉犁县马鹿场采集塔里木马鹿粪便,检测了2004年2～12月间塔里木马鹿粪便中的激素水平。结果:粪便性激素水平有明显的季节变化(P<0.05)。雄鹿粪便睾酮水平月间差异显著(P<0.05),浓度在8月有2个高峰。雌鹿粪便雌二醇在3月和6月有2个高峰;粪便孕酮水平在3月有2个高峰,在8月有1个高峰;雌三醇差异不显著,但4月的最高值也显著高于其他各时间点(P<0.05)。结论:利用动物粪便研究激素具有对保护动物完全无伤害、材料收集容易等优点,并且有助于评估动物青春期的健康状况、判断动物排卵方式、早孕检查、产前预测等,因而是目前研究野生珍稀动物性激素的一种较为理想的方法。     

基于粪便DNA的东北马鹿遗传多样性

东北马鹿(Cervus canadensis xanthopygus)为国家二级重点保护野生动物,近些年其种群数量急剧下降、分布区不断退缩、种群基因交流受阻,很多地区更是难觅其踪迹。亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性。本研究在大、小兴安岭和长白山脉的6个重点研究区域,共收集409份疑似马鹿粪便样本。首先基于mtDNA Cyt b基因测序技术进行物种鉴定,并对鉴定为马鹿的阳性样本利用微卫星技术进行个体识别。结果共识别出172只东北马鹿个体;Cyt b基因序列共检测出14个变异位点和11个单倍型,单倍型多样性为0.849 (0.105～0.732),核苷酸多样性为0.678%(0.099%～0.775%)。10个微卫星位点检测出种群平均等位基因数为5.7 (5.2～7.2),有效等位基因数为3.3 (2.5～4.1),观测杂合度为0.687 (0.644～0.725),期望杂合度为0.619 (0.564～0.689),近交系数为-0.113 (-0.160～-0.037)。结果表明,东北马鹿种群遗传多样性处于中等水平,其...     

东北梅花鹿野生种群分布与 遗传变异的分子鉴定

梅花鹿东北亚种(Cervus nippon hortulorum)曾被认为已野外灭绝,近年来在黑龙江东南部和吉林东部临近边境地区发现少量分布,其生境隔离、面积狭小,破碎化严重。亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性。本研究在大、小兴安岭和长白山设计9个重点研究区域,共收集673份疑似梅花鹿粪样样本。首先基于线粒体DNA Cyt b基因测序技术开展物种鉴定,并对鉴定为梅花鹿的阳性样本利用微卫星技术进行个体识别。结果证实,东北梅花鹿仅在老爷岭东部山脉有分布,106份梅花鹿粪便DNA中识别出33只个体(穆棱保护区20只,老爷岭保护区13只)。33个Cyt b基因序列共检测出6个变异位点和5个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)为0.621,核苷酸多样性指数(Pi)为0.006 7;微卫星检出种群平均等位基因数(Na)7.1个,观测杂合度(Ho)0.604,期望杂合度(He)0.712,固定系数(Fis)0.152。结果表明,东北梅花鹿种群遗传多样性丰富,但也存在一定程度的杂合度不足和近亲繁殖;种群近期经历了瓶颈效应,未发生种群扩张;...     

吉林珲春自然保护区青龙台林场马鹿容纳量的初步研究

为了了解珲春自然保护区青龙台林场马鹿的容纳量,2004~2005年,通过调查珲春自然保护区青龙台林场可被马鹿利用的植物资源总量和延吉动物园内马鹿每天需要摄取的食物量,经过能量转换和计算得出,青龙台林场能被利用的总能量为4.825×1010KJ,野外每只马鹿整个冬季需要摄取的能量约为6.991×106KJ,林场马鹿的容纳量为6901只。为了更好得保护林场的植被,使马鹿有最好的生存状态,建议林场的马鹿种群维持在3450只左右。     

Seasonal changes in prevalence and intensity of Hypoderma actaeon in Cervus elaphus from central Spain

Hypodermosis in red deer, Cervus elaphus Linnaeus (Artilodactyla: Cervidae), caused by the warble fly, Hypoderma actaeon Latreille (Diptera: Oestridae), was studied at Quintos de Mora (Toledo, Spain) over a one-year period between October 1994 and September 1995. One hundred and twenty-five red deer were examined for the presence of warble fly larvae. The prevalence of warbles was 44.8% and the intensity of infection was 38.29 (SD +/- 61.32) warbles/deer infected. Clear seasonal variations were observed in prevalence and intensity, with the highest values in the autumn and winter. Statistically significant differences were observed in prevalence and intensity among age groups. In contrast, no differences were found in prevalence and intensity between males and females.