饥饿及恢复喂食对日本医蛭肠道菌群多样性的影响

为了研究饥饿及恢复喂食对日本医蛭肠道微生物菌群的影响, 采用高通量测序技术分析了正常组、饥饿30d、恢复喂食7d以及恢复喂食14d的日本医蛭肠道微生物菌群特征及多样性的变化。结果显示: 日本医蛭核心菌群门水平上, 主要集中于变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes), 属水平核心菌群有气单胞菌属(Aeromonas)、Mucinivorans属、拟杆菌属(Bacteroides)、丹毒丝菌属(Erysipelothrix)等。饥饿及恢复摄食, 对气单胞菌属、Mucinivorans属在内的核心菌群多样性及丰度产生了一定的影响。本研究为揭示日本医蛭肠道菌群组成以及研究日本医蛭消化道微生物功能奠定了基础。     

基于16S rRNA基因扩增子测序分析日本囊对虾肠道菌群结构与功能的特征

【背景】肠道菌群在对虾的生理活动中起关键作用。日本囊对虾是我国海水养殖虾类中的主要品种之一,迄今为止有关其肠道菌群结构与功能的研究还鲜有报道。【目的】利用高通量测序技术探究日本囊对虾肠道菌群的组成结构与功能作用,揭示虾体肠道菌群与外源菌群结构间的相关性。【方法】60 d的养殖周期结束后,分别采集日本囊对虾肠道样品(归为虾肠组,n=3)、养殖水体样品(归为水体组,n=3)和对虾饲料样品(归为饲料组,n=3),提取各样品总DNA进行16SrRNA基因扩增子测序,基于生物信息学方法分析与比较样品间的菌群结构特征,并使用PICRUSt软件预测日本囊对虾肠道菌群功能。【结果】3组样品测序共获得822 713条有效序列,抽平处理后可聚类为3 416个OTU。虾肠组样品中有28.49%、59.30%的OTU可以依次在水体组、饲料组样品中检测到。门水平上,虾肠组样品中的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)。水体组、饲料组与虾肠组样品中的优势菌门结构不尽相同,但均由变形菌门和拟杆菌门组成。属水平上,虾肠组样品中的优势菌属包括弧菌属(Vibrio)、另类弧菌属(Aliivibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假黄棕杆菌属(Pseudofulvibacter)、科尔韦尔氏菌属(Colwellia)、小纺锤状菌属(Fusibacter)、发光杆菌属(Photobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)以及弓形杆菌属(Arcobacter)。水体组和饲料组中检出的核心菌属结构与虾肠组相比有明显差异,其中海命菌属(Marivita)和假单胞菌属(Pseudomonas)分别为养殖水体及对虾饲料样品中的最优势菌属。PICRUSt预测结果显示,日本囊对虾肠道菌群的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包含氨基酸代谢、碳水化合物代谢与能量代谢等。【结论】日本囊对虾肠道菌群与其他种类对虾肠道菌群的结构间存在共性,其形成在一定程度上受到了外源菌群的干预,并在虾体的日常代谢活动中发挥了一定的作用。     

短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)对鲤鱼养殖水质及其生长特性的影响

试验共设单因素4 水平, 分别对应水体中含0 mL、20 mL、60 mL、100 mL4 种体积短短芽孢杆菌的试验组。通过测定养殖水体COD、NH4+-N、DO、pH 等指标, 鲤鱼生长性能及消化酶活性等指标, 研究短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)对鲤鱼养殖水体水质及鲤鱼生长特性的影响。结果显示, 短短芽孢杆菌能有效降低养殖水体中COD 和NH4 +-N 浓度(P<0.05), 维持DO 在较高水平(P<0.05), 保持pH 稳定, 改善养殖水质。试验组中鲤鱼的肥满度、增重率及特定生长率与对照组相比均显著提高(P<0.05), 鲤鱼肠道蛋白酶、淀粉酶和肝胰脏淀粉酶活性与对照组相比显著升高(P<0.05)。     

蛭弧菌的分离及其生长条件和裂解能力的研究

噬菌蛭弧菌具有裂解病原菌、净化水体的功效,从海洋环境中分离到4株Bh04系列蛭弧菌,对其生长条件进行了测定,同时研究了它们对61株菌株的裂解能力。结果表明,在1%～3%的盐度范围内,蛭弧菌均可生长,最适盐度为3%;在15～30℃温度条件下蛭弧菌也可生长,但最适培养温度为20-25℃;只有在使用活的宿主菌的培养条件下,蛭弧菌才能生长。4株蛭弧菌分别可裂解21、24、40、43株菌,各占总试验菌数(61)的34.4%、39.3%、65.6%和70.5%。4株蛭弧菌一起,则可裂解55菌株,占总试验菌株的90.2%。研究结果揭示了蛭弧菌在消除海洋环境中有害细菌方面的潜在应用价值。     

果胶和木聚糖对中华绒螯蟹肠道菌群结构的影响

本研究旨在揭示果胶和木聚糖对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肠道菌群结构的影响。将果胶和麦麸(木聚糖源)分别以8%和30%的比例添加到饲料中制成试验饲料,将经过酶解的果胶和麦麸添加到饲料中制备成对照饲料,饲养初始体重为(5.9依0.4)g的中华绒螯蟹8周。养殖试验结束后,采用16S r DNA荧光定量PCR法分析测定了中华绒螯蟹肠道菌群结构。结果显示中华绒螯蟹肠道细菌主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)的细菌组成。果胶组肠道菌群丰度指数Ace和Chao分别低于其对照组31%和39%,肠道菌群多样性指数Simpson比对照组高25%,而Shannon指数比对照组低48%。木聚糖组Ace和Chao指数均比果胶组高约25%,比其酶解对照组高约14%。木聚糖组的多样性指数与其酶解木聚糖组及果胶组的差异较小。上述结果表明,果胶和木聚糖均影响中华绒螯蟹肠道的菌群结构,但两者对肠道菌群丰度的影响不同。     

发酵饲料对日本沼虾生长性能、抗氧化能力及肠道微生物的影响

为探究发酵饲料在日本沼虾中的养殖效果,设计5个试验组,分别投喂L1(100%基础饲料组)、L2(87.5%基础饲料+12.5%发酵饲料)、L3(75%基础饲料+25%发酵饲料)、L4(50%基础饲料+50%发酵饲料)和L5(100%发酵饲料)。试验选取大小相近的日本沼虾(0.09±0.01) g进行为期56d的养殖试验,评估日本沼虾生长性能,抗氧化指标和肠道微生物组成。结果显示,饲料经过发酵后可溶蛋白和小肽含量得到显著提高(P<0.05),饲料有益菌含量增加,霉菌得到抑制。养殖试验表明各组存活率均在80%以上,增重率呈先上升后下降趋势, L3和L4组增重率显著高于对照组(P<0.05),饵料系数显著低于对照组(P<0.05)。L3、L4和L5组超氧化物歧化酶(SOD)活性显著高于L1组(P<0.05), L2、L3和L4组丙二醛(MDA)含量显著低于L1组(P<0.05),L2和L5超氧阴离子清除率显著高于L1组(P<0.05)。各试验组血清谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶(AST)含量均显著低于对照组(P<0.05)。肠道微生物测序结果显示,...     

光唇鱼仔稚幼鱼肠道菌群与养殖水体细菌群落的相关性

采用16S rRNA高通量测序,系统研究了光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)仔鱼、稚鱼和幼鱼肠道菌群组成及与同时期养殖水体细菌群落的相关性。研究结果表明,光唇鱼仔鱼、稚鱼和幼鱼的肠道菌群中Chao1指数和Shannon指数均没有显著变化(P>0.05);而随着光唇鱼幼体的发育,养殖水体中Chao1指数和Shannon指数呈现显著下降趋势(P<0.05)。光唇鱼仔鱼和稚鱼肠道菌群中的优势菌门由变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)组成,而同时期养殖水体中优势菌门为变形菌门;光唇鱼幼鱼肠道菌群中的优势菌门为梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门,同时期养殖水体中优势菌门由变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门组成。线性回归分析结果显示,随光唇鱼幼体发育,在光唇鱼肠道菌群中变形菌门、厚壁菌门和梭杆菌门相对丰度的时序变化趋势与其在养殖水体中相同。在属水平上,光唇鱼仔鱼、稚鱼肠道菌群中优势菌属均为醋酸杆菌属(Acetobacter),而幼鱼肠道菌群中优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacte...     

复合微生物菌剂在长毛对虾标苗养殖过程中的应用研究

复合微生物菌剂是一类有效的生物防治剂,在农业和水产养殖业中都起着重要的作用。本研究以长毛对虾(Penaeus penicillatus)标苗为试验对象,共分为4个组别,组1投喂无微生物菌剂添加的饲料作为对照组,组2、组3和组4为试验组,投喂有复合微生物菌剂添加的饲料,其中微生物菌剂分别占饲料质量的1. 0%、1. 5%和2. 0%。每个组进行33 d的养殖,测定养殖期间对虾生长性能、养殖水池底泥和水质相关性质,探讨微生物菌剂对对虾生长的影响。结果显示:试验前对照组与3个试验组的体重无显著差异(P 0. 050),试验后各试验组的体重均高于对照组(P 0. 050),其中组4体重达(0. 60±0. 03) g,表明微生物菌剂的使用促进了对虾标苗的生长;水体弧菌个数在试验不同时间之间有显著差异(P=0. 000),对照组呈上升趋势,第30天时未添加微生物菌剂的对照组弧菌数目最高,表明微生物菌剂能控制水体有害菌的生长;水体中的溶解氧(DO)含量在养殖不同时间之间均具有显著差异(F=191. 959,P=0. 000),NH4-N、NO2-N和NO3-N的含量均是如此,F值分别为250. 633、659. 806和1 937. 649,P值均为0. 000,从养殖第10天开始,试验组DO含量均高于对照组,而试验组的NH4-N、NO2-N和NO3-N含量均低于对照组。综上所述,复合微生物菌剂对对虾有明显地促生长作用,并且还能在一定程度上净化养殖环境。     

五种水蛭对不同P^H值的生物效应

本文论述了使用常规试验方法研究5种水蛭:宽身舌蛭(Glossiphonia lata)、八目石蛭(Erpobdella octoculata)、光润金线蛭(Whitmania laevis)、尖细金线蛭(Whitmania acranulata)和日本医蛭(Hirudo nipponia)对12个pH值的24—96小时急性生物效应。结果表明:稻田3个种(尖细金线蛭,光润金线蛭和日本医蛭)均较湖泊近岸2个种(八目石蛭和宽身舌蛭)对pH值的变化要敏感,其中尖细金线蛭最敏感(pH6.0—7.2),八目石蛭的忍耐限度最宽(pH4.0—10.5);当pH值在9.5时,稻田3种水蛭的死亡率在40％以上,其中日本医蛭高达70％;当pH值在3.0时,湖泊近岸2种在24小时内全部死亡,日本医蛭仅死亡10％。日本医蛭是华中农村地区一种主要吸血蛭类,生石灰是一种从稻田消灭蛭类的有效手段,然而水的pH值必须不低于8.6。     

不同温度下刺参肠道菌群结构与功能

采用Mi Seq高通量测序技术,研究了温度为10、16、21、26℃条件下,养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构。结果表明:刺参肠道内优势菌门主要为拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、变形菌门(Proteobacteria);优势菌属主要为Rubritalea、Lutibacter和弧菌属(Vibrio); Lutibacter与弧菌属在10℃组的比例最大,Rubritalea在26℃时所占比例最大,这些优势菌群在不同温度下占刺参肠道菌群的比例互不相同,说明刺参的肠道菌群与其生长温度之间有一定联系;不同温度下刺参的肠道菌群存在特殊菌属,10℃组的特别菌属为Luteolibacter和Colwellia,21℃组特有的菌属为珊瑚微球菌(Coraliomargarita),26℃组特别菌属为发光杆菌属(Photobacterium),夏眠组的特有菌属最多,包括鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)和苯基杆菌属(Phenylobacterium);鞘脂单胞菌属是动物病原体且气单胞菌属对刺参有一定毒力,是刺参高温下存活率低的原因之一;各样品中菌群经COG及KEGG数据库分析,共注释到24组COG功能分类,主要分布在氨基酸转运与代谢、转录、细胞壁/膜/包膜生物发生; 41条KEGG信号通路,集中分布在氨基酸转运与代谢、碳水化合物代谢、膜转运、复制和修复;刺参肠道微生物基因功能大多集中在氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢与物质转运、复制和修复方面,这些功能与刺参正常生长密切相关,在10℃组功能丰度最低。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.