SSR标记分析种子老化及繁殖世代对大豆“中黄18”种质遗传完整性的影响

选取大豆品种中黄18为试验材料,利用60对SSR核心引物对经过不同老化时间处理的群体及其繁殖后代群体进行遗传完整性分析。经过老化处理的群体及其繁殖子代群体与未经老化处理的对照群体相比,等位基因频率、有效等位基因数没有显著差异,结果表明经过老化处理种子及其繁殖子代群体的等位基因频率变化不大。未经老化处理、发芽率为98％的对照群体（G0-1）与其繁殖一代、繁殖二代群体相比,等位变异数、遗传多样性指数、香农指数和稀有等位基因数没有显著差异,且遗传一致度相对较高;而经过老化处理、发芽率低于85％的群体（G0-3和G0-4）及其后代繁殖群体与对照群体相比,等住变异数、遗传多样性指数、香农指数和稀有等位基因数显著或极显著降低,且遗传一致度相对较低。因此,种子老化较繁殖世代对大豆种质群体的遗传结构影响更大。     

杜梨实生繁殖群体遗传多样性的SSR分析

为了解不同数量杜梨实生群体组的遗传多样性,从59株人工培育的实生杜梨群体中随机抽取5、8、10、15、20、30和40株组成不同的群体组,利用29对SSR引物对杜梨不同群体遗传特性进行分析。结果表明:(1)7个不同的群体组的多态位点数120～253个、多态位点百分率47.00%～89.83%、Nei’s遗传多样性指数0.128 8～0.145 4、香农指数0.205 8～0.255 4、平均等位基因数1.470 0～1.988 3和有效等位基因数1.196 1～1.203 4。(2)各群体组与对照群体组的遗传多样性指数的比较结果表明,大于15株的群体组与对照群体组相比,群体大小对群体组内遗传多样性水平没有显著性影响。(3)通过对各群体组内的稀有等位基因数目及其变化(增加/减少)分析表明,群体大小可显著影响杜梨种质实生群体内稀有等位基因的数目变化,主要是减少稀有等位基因的数目。研究认为,杜梨种质保存、更新的适宜群体量为15株以上。     

种子老化对玉米种质资源遗传完整性变化的影响

对经老化处理得到的不同发芽率水平的玉米地方品种条花糯进行农艺性状观察和SSR分子标记分析.结果表明,种子发芽率水平下降影响出苗植株中芽鞘和叶鞘颜色的比率.当发芽率降到32%时,浅紫色芽鞘植株的比率降至0.当发芽率下降时,浅紫色叶鞘植株的比率升高,而白色叶鞘植株的比率则下降.经SSR分析发现,低发芽率群体的多态性条带百分率、等位基因数、有效等位基因数、基因多样性指数、Shannon指数等遗传参数,与对照群体的遗传参数相比都有所下降,表明老化处理后群体内的遗传多样性低于对照群体的遗传多样性,群体内遗传变异出现下降.本试验结果表明,植株形态标记和SSR分子标记可以作为老化种子遗传完整性变化的检测方法,同时认为对于异质种质资源材料,低的发芽率更新标准不利于种质资源遗传完整性的保持.     

繁殖群体量及隔离对蚕豆种质遗传完整性的影响

为研究繁殖群体量和隔离方式对常异花授粉作物蚕豆种质繁殖更新的影响,以9份蚕豆地方种质为对象,以国家库保存的原种为对照群体,采用AFLP分子标记方法,对比了50株和20株群体量及开放无隔离群体和网棚隔离群体更新后代的遗传完整性差异。结果表明:与对照群体相比,50株和20株群体的多态性位点数、多态位点百分率、每位点有效等位基因数、香农指数、遗传多样性指数均出现不同程度下降,但下降幅度20株大于50株群体;遗传相似性和UPGMA聚类分析表明50株群体与对照群体的遗传相似性高于20株群体;网棚隔离可降低群体间串粉与花粉污染,但其遗传完整性却较开放无隔离群体低。     

利用SRAP和SSR分子标记检测分析29份棉花种质遗传完整性

利用SRAP和SSR分子标记检测29份棉花种质遗传完整性。结果表明,无论每一份不同更新发芽率水平繁殖后代的种质之间,还是每一份不同繁殖世代数种质之间,其等位基因频率差异不显著,也没有检测到稀有等位基因缺失的情况。本试验表明不同更新发芽率水平和繁殖世代数差异没有对棉花这种常异花授粉作物种质遗传完整性变化产生影响。     

凡纳滨对虾繁殖中不同亲本对子代遗传贡献率的差异

利用5个含有稀有等位基因的高度多态性微卫星位点比较了凡纳滨对虾繁殖中不同亲本对子代遗传贡献率的差异。通过稀有等位基因的5个微卫星位点能够对亲代和子代的谱系进行明确的鉴别。10个亲代个体中有8个个体对子代群体的基因库有贡献,不同个体之间的贡献率存在差别,最高为54.28%,最低为8.57%。在亲代和子代群体遗传结构的分析中,子代等位基因的数目与亲代相比降低了11.11%。子代的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)和平均多态性信息含量(PIC)等指标均低于亲代。实验结果表明:亲本对子代基因库的贡献率的差异也是造成子代群体遗传变异水平降低的原因之一;微卫星标记可作为一种有效的工具用于对虾系谱的确认、人工繁育群体遗传多样性水平的监测等方面     

用SSR标记分析福建漳浦野生稻的遗传多样性

应用平均分布于水稻基因组的21对SSR引物,对福建漳浦野生稻、海南野生稻共计62份材料的遗传多样性进行分析.结果表明:漳浦野生稻具有较高的遗传多样性,21个位点共检测到74个等位变异,平均等位变异数A=3.5238,有效等位变异数Ae=2.0629.平均期望杂合度He=0.4635,实际观察杂合度Ho=0.2465,香农指数I=0.8286;根据固定指数(F=0.3887)估算的异交率t=0.4308,说明漳浦野生稻的繁育系统属于一种自交率较高的混合交配类型;分化程度石潭湖群体高于古塘群体.     

用SSR研究栲树群体遗传结构

利用微卫星（SSR）分子标记对福建省内4个栲树（Castanopsis fargesii Franch.）群体遗传结构进行了研究。SSR标记揭示了栲树群体丰富的遗传变异：平均等位基因数A＝9.0,平均有效等位基因数Ne=4.8,平均期望杂合度He=0.65,而群 具有较低的Fst值（Fst=0.031）。SSR每个位点的等位基因频率分布在栲树群体间都存在显或极显差异,表明根据SSR等位基因频率分布亦能了解各体的分化。SSR标记使栲树群体中一些稀有等位基因得以表现,54个SSR等位基因中有15个等位基因仅出现在1个或2个群体中,且频率较低,在遗传多样性保护中更应注重保护这些稀有的等位变异。     

福建武夷山甜槠不同世代种群遗传多样性的SSR分析

按胸径将福建武夷山大安源样地的甜槠(Castanopsis eyrei)群体划分为成体、小树、幼苗3个世代,利用SSR分子标记对不同世代的甜槠遗传多样性及遗传分化进行分析,旨在揭示其不同世代间的遗传变异规律,为甜槠资源的保护与利用提供科学依据。14对SSR引物共检测到92个等位基因,平均每位点的等位基因数A=6.571 4,居群的平均有效等位基因数Ae=3.905 4,平均期望杂合度He=0.722 9,表明甜槠群体具有丰富的遗传变异。SSR分析显示3个世代的Ae、He、Nei指数(h)、Shannon信息指数(I)均以幼苗最高,小树次之,成体最低,幼苗的遗传多样性指数高于成体及小树,且幼苗中出现最多的稀有等位基因数,表明甜槠种群世代间的遗传多样性呈稳定上升趋势。分子方差分析(AMOVA)表明甜槠群体不同世代内、世代间均存在遗传变异,但遗传变异主要存在于世代内。SSR分析显示,甜槠不同世代间的遗传分化系数Fst=0.074 3,基因流Nm=3.115 4。甜槠不同世代间的遗传相似度以成体与幼苗最小,遗传距离以成体与幼苗间最大。基于甜槠群体SSR的研究结果,认为自然保护区的建立对物种遗传多样性的保护具有重要作用,并提出在遗传多样性保护中应注重保护成体和幼苗中稀有的等位变异。     

欧洲刺槐种源群体遗传结构和多样性

对来自欧洲和美国的 18个刺槐种源子代进行了等位酶分析。可进行遗传分析的 7个酶系统 (Amy,Fe,L ap,Idh,Mdh,6 Pgd,Skd)中有 14个基因位点 ,其中 12个位点具有多态性。每个多态位点平均等位基因数 (A/L )变化在 1.5 6～ 3.6 7之间 ,平均基因型数 (G/L)变化在 1.6 1～ 7.11之间 ,平均等位基因有效数目 (Ae)变化在 1.0 2～ 2 .5 0之间 ,预期杂合度 (H e)变化在0 .0 2～ 0 .5 6之间。不同种源群体之间也存在较大的遗传差异 ,在 8个德国种源中 ,各群体的 A、Ae、和 H e等相对较小 ,但不同群体间差异较大。各位点等位基因频率在不同种源群体间变化也较大 ,表明德国各种源群体内遗传变异相对较小 ,但群体间差异较大。来自匈牙利和斯洛伐克的 8个种源群则相反 ,各群体的 A、Ae、和 H e等相对较大 ,而不同种源群体间差异则较小 ,各位点等位基因频率在种源群体间变化相对一致 ,表明这两个国家的种源群体内变异较大 ,但不同种源群体间差异较小。欧洲的刺槐种源并未形成明显的地理变异模式 ,而且欧洲的种源和来自原产地的美国种源相比 ,没有发现明显的差异。经过 Hardy-Weinberg平衡检测证明 ,88.4 1%位点符合 H- W遗传平衡 ,表明各群体基因频率和基因型频率保持较高的稳定性 ,且种源内的变异大于种源间变异 ,94 .     

吉林省大豆育成品种的遗传多样性特点分析

利用SSR分子标记技术对吉林省近年来新育成的56份大豆品种进行遗传多样性分析,以来自其他14个省份的16份大豆育成品种为对照,结果表明,吉林省育成品种15个SSR位点的等位变异数和特异等位变异数(76,12)均低于省外品种(78,18)。吉林省育成品种的遗传多样性指数(0.63,1.23)均极显著低于省外品种(0.76,1.55)。聚类分析与主成分分析结果都表明,四川省、山西省和内蒙古自治区的育成品种与其他品种的遗传距离较远。通过对不同年份平均遗传相似系数的比较,明确大豆育成品种的遗传基础的发展趋势,表明吉林省育成品种的遗传基础与省外品种相比,遗传变异较少,遗传基础较狭窄,应不断引入外省遗传变异大且亲缘关系较远的品种以拓宽其遗传基础。     

草鱼雌核发育后代不同群体的微卫星遗传分析及指纹识别

以紫外线灭活的团头鲂精子激活草鱼卵子,冷休克抑制第二极体排出的方法诱导出长江水系优良F2代草鱼减数雌核发育子代。在后代中不仅存在雌核发育后代,还存在草鲂杂交后代,雌核发育后代的体型与草鱼一致,而草鲂杂交后代的体型介于草鱼与团头鲂之间。Partec CyFlow倍性分析仪测定结果显示:普通草鱼与雌核发育草鱼的相对DNA含量分别为23.01和22.72,二者的DNA含量接近;而高体型子代的相对DNA含量为25.38,介于草鱼与团头鲂（DNA含量28.21）之间,属于草鲂杂交后代。选取17个微卫星标记对草鱼群体、雌核发育草鱼群体和草鲂杂交后代的遗传多样性进行了检测,共检测出59个等位基因,其中43.18个有效等位基因。草鱼对照群体、草鲂杂交后代和雌核发育草鱼群体的平均等位基因依次为3.57、2.86和2.79,平均有效等位基因依次为2.93、2.37和1.96,平均期望杂合度在依次为0.6502、0.5573和0.3775,多态信息含量（PIC）平均值依次为0.5738、0.4649和0.3791。与草鱼对照群体相比,雌核发育草鱼群体的遗传多样性显著下降,表明通过减数雌核发育方法可获得纯合性较高的草鱼个体。构建了草鱼后代不同群体的DNA指纹模式图,筛选到不同群体的9个特异微卫星标记,为草鱼优良群体的选育提供了基础资料。     

国家基因库野生大豆微核心样本遗传变异性的SSR标记分析

用70对SSR引物对96份野生大豆微核心种质样本进行了遗传多样性分析.结果检测出1278个等位变异,平均每个位点有18.3个.地理区域群体水平显示,遗传信息指数(PIC)和特异等位基因变异数(NUA)以东北地区最高,长江流域次之,华南地区最低.在地理区域个体水平,遗传多样性的特征值以华南地区最高,依次由南向北降低,东北最低.我国华南野生大豆和东北野生大豆有显著的遗传分化.聚类分析结果显示,国家基因库野生大豆保存样本中的典型野生大豆和半野生大豆之间存在明显的遗传差异;地理上,种质的地理遗传分组表现弱的地域性.本研究中半野生大豆杂合性明显高于典型野生型的结果,支持关于这个类型起源于栽培和野生大豆天然杂交的假说,栽培大豆的基因可能已经流入到野生种内,某些百粒重小于3g的种质可能也是来源于野生和栽培大豆的天然杂交后代分离.     

苹果属栽培种楸子的遗传多样性与遗传结构分析

利用荧光SSR分子标记,对新收集的苹果属栽培种楸子种质资源进行了遗传多样性和群体结构分析,明确群体内和群体间的遗传多样性和结构,为苹果属植物种质资源的收集保存和砧木育种亲本选择提供参考。利用荧光SSR构建研究材料的指纹数据,主要利用GenAlEx 6.501软件分析遗传多样性,利用POPULATION 1.2软件基于Nei遗传距离构建Neighbour-Joining(NJ)树,并利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明:19对SSR引物共检测出390个多态性等位变异,平均多态性等位基因数为20.526,平均有效等位基因数为9.399,观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.706和0.868,香农多样性指数为2.446,高于以往研究的苹果属植物的遗传多样性。基于Nei遗传距离的聚类分析,在遗传距离0.9167处155份材料可以分成3个类群,3个类群间的遗传距离较近,并没有完全按来源地划分为相应的类群。群体结构分析将155份材料划分成了2个稳定的群体,群体结构分组与NJ聚类有相似的结果,其中150份材料的Q值均大于0.6,血缘相对单一。     

不同苗种来源的中国虾夷扇贝群体的遗传多样性分析

虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)于1982年从日本引入中国并展开规模化养殖.由于引入的亲贝数目有限,使虾夷扇贝在人工育苗养殖过程中群体遗传多样性水平下降.本研究使用7对微卫星引物对日本原种贝(♀、♂)自交后的子代群体(RZ)、国内种贝(♀、♂)自交后的子代群体(DZ)、日本原种贝(♂)与国内种贝(♀)的杂交群体(ZJ)和国内自然海区(中国旅顺月亮湾)天然繁殖群体(HC)4个不同的虾夷扇贝群体的遗传多样性进行了研究.实验结果表明,4个群体的平均有效等位基因数为3.2～3.8,平均期望杂合度为0.6718～0.7017,日本野生群体做为种贝繁殖的苗种(KZ)与中国养殖群体相比,遗传多样性水平较高,除了DZ群体外其他群体的遗传多样性并无显著的变化.     

中国水稻地方品种与选育品种的遗传多样性比较分析

利用98对SSR标记对202份中国水稻地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析。结果显示供试品种具有较丰富的遗传多样性,共检测到等位基因1350个,每个位点的等位基因数(Na)变化范围为3~39,平均14个;Nei基因多样性指数变化范围(He)为0.125~0.955,平均0.733;多态信息量(PIC)变化范围为0.122~0.953,平均0.680;稀有等位基因数(Nr)913个;等位基因丰度(Rs)8.33。栽培稻地方品种和选育品种遗传多样性差异明显,地方品种等位基因数、Nei基因多样性指数、多态信息量、稀有等位基因数和等位基因丰度(Na=1219,He=0.747,PIC=0.710,Nr=756,Rs=8.50)均高于选育品种(Na=919,He=0.704,PIC=0.650,Nr=529,Rs=7.01)。各染色体组水平的遗传多样性分析表明,选育品种仅在1号染色体上的遗传多样性高于地方品种,进一步分析显示选育品种的遗传改良在基因组水平上具有区间特异性。     

中国水稻地方品种与选育品种遗传多样性的比较分析

利用98对SSR标记对202份中国水稻地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析.结果显示供试品种具有较丰富的遗传多样性,共检测到等位基因1350个,每个位点的等位基因数(Na)变化范围为3～ 39,平均14个;Nei基因多样性指数变化范围(He)为0.125 ～0.955,平均0.733;多态信息量(PIC)变化范围为0.122 ～0.953,平均0.680;稀有等位基因数(Nr)913个;等位基因丰度(Rs)8.33.栽培稻地方品种和选育品种遗传多样性差异明显,地方品种等位基因数、Nei基因多样性指数、多态信息量、稀有等位基因数和等位基因丰度(Na=1219,He=0.747,PIC=0.710,Nr=756,Rs =8.50)均高于选育品种(Na =919,He =0.704,PIC =0.650,Nr=529,Rs =7.01).各染色体组水平的遗传多样性分析表明,选育品种仅在1号染色体上的遗传多样性高于地方品种,进一步分析显示选育品种的遗传改良在基因组水平上具有区间特异性.     

利用微卫星标记分析马氏珠母贝4个养殖群体遗传结构

2007年4月,从马氏珠母贝基础群体选取2、4、32和158个亲本分别繁殖4个子代群体,分别命名为P1、P2、P3和P4。2009年7月,从这4个子代群体随机取样30个个体,利用7对微卫星引物分析其遗传结构。结果表明,7对微卫星引物共检测到22个等位基因,每个座位的等位基因数目为2~4个,平均等位基因数为3个,平均有效等位基因数为2.3193。P1、P2、P3和P4群体平均观测杂合度分别为0.4737、0.5489、0.6767和0.7143;P1、P2、P3和P4群体平均期望杂合度分别为0.4737、0.5489、0.6767和0.7143;P1、P2、P3和P4群体的多态信息含量分别为0.4472、0.4224、0.4726和0.4930。本结果表明4个养殖群体均具有较高的遗传多样性,而且有效亲本数目对子代遗传结构有较大的影响,这为马氏珠母贝的遗传育种提供依据。     

大鳞副泥鳅5个野生群体的遗传多样性分析

利用微卫星分子标记分析了天津地区于桥水库、大黄堡湿地、七里海湿地、团泊水库和潮白新河5个野生大鳞副泥鳅群体的遗传多样性。5个群体在12个微卫星位点共检测到98个等位基因,平均等位基因数为8.500;有效等位基因数为2.713;平均观测杂合度为0.526;平均期望杂合度为0.544。5个群体间的遗传分化指数介于0.021~0.106之间,平均遗传分化指数为0.059,属中低水平的遗传分化。AMOVA分析结果显示,在总的变异中,94.1%的遗传变异来自群体内,5.90%的遗传变异来自于群体间。根据Nei’s遗传距离所绘制的系统树显示,于桥水库、团泊水库、七里海湿地和大黄堡湿地4个群体的遗传距离相对较小聚为一支,潮白新河群体单独为一支。遗传瓶颈效应分析表明,该5个群体近期未经受遗传瓶颈效应,处于突变-漂移平衡。总体来看,天津地区5个野生大鳞副泥鳅群体的遗传多样性较高,可作为品种选育的基础群体。     

基于SSR标记分析大豆疫霉根腐病抗源的遗传多样性

丰富的遗传多样性可为大豆育种提供宽阔的遗传基础,本研究基于35对SSR标记,对60份东北地区大豆疫霉根腐病抗性品种进行了遗传多样性分析,共检测到189个等位基因,平均每个位点等位变异数5.4个,多态性信息含量指数(PIC)为0.1550~0.8195,平均为0.6636;遗传相似系数的变异范围为0.31~0.74。利用5对高多态性SSR引物构建了60份抗性材料的指纹图谱,这5对SSR引物构建的指纹图谱可以将60份疫霉根腐病抗性材料逐一区分开。采用NTSYS2.10基于遗传距离的聚类分析,将60份抗性材料分为7个类群,其中78.33%的抗性品种(系)的遗传相似系数在0.45~0.74间,表明遗传差异相对较窄,品种间遗传多样性水平较低。聚类分析与群体遗传结构分析结果有部分重合,均反映出不同地区的抗性材料间存在一定的渗透和交流。