云南野生油菜RAPD反应体系的优化

针对RAPD反应体系中Mg2+、dNTPs、引物等3个主要影响因素,设计了一组3因素3水平试验。筛选出了云南野生油菜RAPD反应优化体系。即Mg2+浓度为1.25mmol/L、dNTPs浓度为0.15mmol/L、引物浓度为0.5umol/L。     

红皮云杉与嫩江云杉RAPD和ISSR分子标记反应体系优化和特异性检测

以红皮云杉和嫩江云杉为材料,采用现代分子标记技术-RAPD和ISSR标记研究红皮云杉与嫩江云杉间在基因组水平上的遗传差异。通过正交试验设计筛选RAPD和ISSR反应程序和反应体系。从近100个引物中筛选出3个RAPD引物和一个ISSR引物用来区分红皮云杉和嫩江云杉,它们分别是OPN07、OPA17、S25和ISSR67。用这4个引物扩增两种云杉基因组DNA,分别在1 000,950,1 500,2 000 bp处嫩江云杉有特异性谱带而红皮云杉没有。研究表明,采用RAPD和ISSR分子标记可以将红皮云杉和嫩江云杉在分子水平上加以区分,为今后进一步阐明云杉的系统进化,物种鉴定和种间杂交育种提供了理论依据。     

南瓜属植物RAPD-PCR反应体系的建立与应用

采用混合DNA样品池,利用正交法对南瓜属植物RAPD反应条件进行了探讨,并利用建立起来的优化体系,从35条引物中筛选出7条引物,对供试中国南瓜、印度南瓜和黑籽南瓜3个栽培种的7个品种进行了RAPD分析,结果均获得了较多的多态性位点。RAPD-PeR反应扩增结果还显示,日本南瓜兼有中国南瓜和印度南瓜的特征带,聚类分析的结果则表明,它与中国南瓜的亲缘关系更近。     

东北地区部分大型藓类植物遗传多样性的RAPD研究

采用RAPD标记构建了东北地区20种大型藓类植物的系统关系。从200个随机引物中筛选出清晰且多态性高的7个引物,共产生了82条DNA片段,其中79条谱带具有遗传多态性,约占96.34%,平均每个引物扩增的DNA片段数为11.71条。采用NTSYS-pc数据分析软件,计算Nei氏相似性系数,建立了UPGMA聚类图。结果表明：以遗传相似性系数0.27为界限划分,可将20种苔藓植物分为二大类,即泥炭藓类和真藓类。以遗传相似性系数0.42为界限划分,可将20种苔藓植物划分为四大类群,即泥炭藓类、顶蒴单齿亚类、顶蒴双齿亚类和侧蒴双齿类。从整个聚类图可以看出,泥炭藓类是较原始的类群,而金发藓类是较进化的类群,这一结果和大多数苔藓植物经典分类系统相同。     

塔里木盆地荒漠区柽柳属植物总DNA提取及RAPD体系优化

本研究以干旱荒漠盐生植物柽柳的幼嫩叶片为实验材料,探究摸索其总DNA的提取方法与RAPD-PCR的反应体系及扩增条件。结果表明,改良CTAB-高盐沉淀法较好地提取出了柽柳植物的总DNA,其产量、质量均有明显提高,比较适合于多数柽柳属植物的DNA提取;同时,通过单因素试验比较优化筛选出了适合于柽柳植物RAPD分析的最佳的PCR反应体系与扩增条件,其25μL的反应体系中包含有Mg2+=2.5 mmol/L、d NTPs=0.25 mmol/L、引物=0.30μmol/L、Taq DNA聚合酶=1.5 U、模板DNA=200 ng;其最适扩增条件为95℃预变性4 min,94℃变性30 s、36℃退火40 s、72℃延伸1 min、40个循环;最终在72℃下延伸10 min,4℃下保存;另外,通过6条多态性引物的扩增效果证实该优化体系比较稳定,扩增条件比较合适,能够满足多数柽柳植物分子多态性的检测要求。     

玉米抗丝黑穗病基因RAPD分析

该文应用RAPD技术,以感病母本3045和抗病父本3024为试材,应用BSA法,对玉米抗丝黑穗病基因进行分析,建立并优化了玉米的RAPD反应体系,筛选了61条引物RAPD随机引物,18条引物为适宜引物,共扩增出89条DNA谱带,得到了4条具有稳定多态性标记的引物,分别为OPY-09、OPY-10、OPY-18、OPP-09。     

利用正交设计优化兴安落叶松RAPD-PCR反应体系

以兴安落叶松针叶DNA为模板,对影响落叶松RAPD-PCR 扩增的重要参数进行了优化试验,以期建立兴安落叶松RAPD PCR反应的最佳体系。通过采用正交设计L₁₆(4⁵)对兴安落叶松RAPD-PCR反应的5因素(Taq酶、Mg²⁺、dNTP、模板DNA、引物)在4个水平上进行优化试验,结果表明兴安落叶松最佳的RAPD-PCR的反应体系(20 μL)中含有模板90 ng,0.5 μmol·L^-1的引物,1×反应缓冲液,DNTP各为0.25 mmol·L^-1,1 U的Taq DNA聚合酶,Mg²⁺ 2.5 mmol·L^-1。在此基础上筛选出20个扩增稳定、多态性丰富的RAPD引物,并通过梯度 PCR试验,确定了引物最佳退火温度。     

黔产宽叶缬草ISSR反应体系的建立与优化

旨在建立稳定、可靠的宽叶缬草ISSR反应体系。以10个水平单因素试验为基础,应用L16(45)正交设计对反应体系中4个主要因子在4个水平上进行组合优化,并采用直观法、极差法和方差法对试验结果进行分析;利用优化的反应体系,筛选引物以及最佳退火温度;同时,以9份不同产地宽叶缬草样品对反应体系进行稳定性检测。结果显示,宽叶缬草25μL ISSR最佳反应体系为:2.5μL 10×Taq Buffer,2.0 mmol/L Mg2+,0.28 mmol/L d NTPs,0.3μmol/L引物,1.75 U Taq DNA聚合酶,60 ng DNA模板,dd H2O补齐;影响大小依次是:Mg2+引物d NTPsTaq DNA聚合酶;确定了各引物的最佳退火温度以及筛选出扩增条带清晰稳定的17条ISSR引物;稳定性实验表明,该体系稳定可靠。优化出宽叶缬草ISSR最佳反应体系并筛选出理想的引物。     

高粱抗丝黑穗病基因的RAPD初步分析

目的：对高粱抗丝黑穗病的基因进行分析。方法：以高粱2381恢复系（抗病）、矮四恢复系（感病）、7050B保持系（抗病）、TX622B保持系（感病）为材料,采用CTAB提取DNA的方法提取高粱基因组DNA,然后应用RAPD分子标记技术对DNA进行多态性扩增。结果：初步建立了高粱丝黑穗病的RAPD反应体系;从RAPD反应中所用的48个随机引物中筛选出28个适宜引物,其余20个引物没有扩增出谱带,被淘汰;共扩增出114条谱带,其中引物OPM-05300和OPM-13450扩增出了差异谱带,分别命名为OPM-05300和OPM-13450。结论：在该反应体系下找到了高粱抗丝黑穗病抗感品种间基因组差异的两条差异谱带。     

RAPD反应体系优化的研究

筛选随机扩增多态性DNA(RAPD)反应体系的最佳优化方案,以期获得稳定可靠的实验结果。选取对结果影响较大的4种因素(Taq酶、dNTP、引物、Mg2+)进行单因素设计,寻找最佳反应浓度。优化后得到4种因素的最佳反应浓度分别为Taq酶2.5U、dNTP 200μmol/L、引物1μmol/L、Mg2+2.5mmol/L。在优化的反应条件下,RAPD的稳定性和重复性均好。     

水稻RAPD反应体系的正交优化

以焦旱1号总DNA为材料,首先对影响RAPD-PCR反应的模板DNA、Mg~(2+)、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶浓度等因素进行了初步优化,分析了各因素对RAPD-PCR扩增结果的影响.在此基础上对影响RAPD-PCR反应的Mg~(2+)、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶浓度等4个主要因素进行正交优化,研究结果表明:在25 μl RAPD-PCR反应体系中,模板DNA 20 ng;Mg~(2+)浓度1.5mmol/L;dNTP的浓度0.2mmol/L;引物量15 pmol;Taq DNA聚合酶1.0 U.在此最佳条件下,利用引物B8对18个北方粳稻品种进行了成功的扩增.     

Genetic segregation of random amplified polymorphic DNA in diploid cultivated alfalfa.

Polymerase chain reaction was used, with single 10-mer primers of arbitrary sequence, to amplify random regions of genomic DNA from a diploid cultivated alfalfa backcross population. Segregation of the random amplified polymorphic DNA (RAPD) fragments was analysed to determine if RAPD markers are suitable for use as genetic markers. Of the 19 primers tested, 13 amplified a total of 37 polymorphic fragments, of which 28 (76%) segregated as dominant Mendelian traits. RAPD markers appear useful for the rapid development of genetic information in species like alfalfa where little information currently exists or is difficult to obtain.     

水稻广亲和基因（WCG）近等基因系的随机引物PCR分析

应用随机引物ＰＣＲ（ＲａｎｄｏｍＰｒｉｍｅｒＰＣＲ）技术分别在水稻广亲和基因（ＷＣＧ）的近等基因系和色素原基因（Ｃ）的分离群体库中寻找与ＷＣＧ和Ｃ基因连锁的分子标记。对于ＷＣＧ近等基因系,在２２６个随机引物中初筛到２２个显示多态性片段的引物。根据理论值计算,在２２个多态性片段中预期有２０个与ＷＣＧ连锁。在这些连锁标记中距ＷＣＧ最近的可达０．５ｃＭ。同样在分离群体库的筛选中有１０个扩增产物与Ｃ基因连锁。     

Monomorphic species specific DNA, detected by polymerase chain reaction with random primers

Intra- and interspecific variability of total DNA isolated from haploid megagametophytes of coniferous species was examined using polymerase chain reaction with random primers. Based on this technique, one can with certainty detect heterozygosity at gene loci carrying null alleles and thus reveal cryptic intraspecific genetic variation. Large population samples were used. Along with random amplified polymorphic DNA, i.e., widely known fragments (amplicons) polymorphic within a species, we found invariant loci lacking individual or geographic variability but differentiating species within genera and other taxa. This DNA was termed RAMD (random amplified monomorphic DNA) to distinguish it from polymorphic DNA. Our findings suggest that genetic monomorphism of species and the dual structure of the eukaryotic genome can be detected at the DNA level as was previously shown for protein gene markers.     

Species-Specific Random Amplified Monomorphic DNA

Intra- and interspecific variability of total DNA isolated from haploid megagametophytes of coniferous species was examined using polymerase chain reaction with random primers. Based on this technique, one can with certainty detect heterozygosity at gene loci carrying null alleles and thus reveal cryptic intraspecific genetic variation. Large population samples were used. Along with random amplified polymorphic DNA, i.e., widely known fragments (amplicons) polymorphic within a species, we found invariant loci lacking individual or geographic variability but differentiating species within genera and other taxa. This DNA was termed RAMD (random amplified monomorphic DNA) to distinguish it from polymorphic DNA. Our findings suggest that genetic monomorphism of species and the dual structure of the eukaryotic genome can be detected at the DNA level as was previously shown for protein gene markers.     

三尖杉科植物RAPD分析及其系统学意义

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术分析了三尖杉科植物三尖杉Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｆｏｒｔｕｎｅｉ Ｈｏｏｋ．ｆ．、粗榧Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓＬｉ、海南粗榧Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｈａｉｎａｎｅｎｓｉｓＬｉ和篦子三尖极Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｏｌｉｖｅｒｉＭａｓｔ。,经筛选Ｏｐｅｒｏｎ公司的４组８０个引物,其中１１４个引物的谱带清晰呈多态性。采用ＵＰＧＭＡ法对各样本     

木麻黄SSR-PCR反应体系的建立与优化

为得到木麻黄SSR-PCR反应的最佳体系,以4个种(短枝木麻黄、山地木麻黄、粗枝木麻黄、细枝木麻黄)的24个无性系为材料,采用L₁₆(4⁵)正交设计对影响木麻黄SSR-PCR反应的4个因素(Taq酶、dNTP、Mg²⁺和引物)在4个水平上进行了优化,并利用直观分析和方差分析两种方法对PCR结果进行评价。结果表明:引物、Mg²⁺和dNTP均对木麻黄SSR-PCR反应结果有极显著的影响(P<0.01),影响程度由大到小为:引物>Mg²⁺>dNTP,而Taq酶对扩增结果无显著影响;确定了两种木麻黄SSR-PCR反应体系(体系6和体系15),体系6为1×PCR buffer、2ng模板DNA、0.5μmol·L^-1引物、1.5 mmol·L^-1 Mg²⁺、0.1 mmol·L^-1 dNTP、0.5 U Taq酶;体系15为1×PCR buffer、2ng模板DNA、0.5μmol·L^-1引物、1.75 mmol·L^-1 Mg²⁺、0.2 mmol·L^-1 dNTP、1.25 U Taq酶,反应体系共10μL,不足部分用ddH2O补足。从节约成本和降低非特异性产物的角度考虑可将体系6作为最佳体系,体系15为备用体系;本试验所选荧光引物M26、M36的退火温度在52~62℃均可扩增出清晰明亮的条带。为简化操作步骤和减少非特异性产物,可选择60℃作为引物M26、M36的最佳退火温度。     

The use of random amplified polymorphic DNA markers in wheat

Summary An evaluation was made of the use of random amplified polymorphic DNA (RAPD) as a genetic marker system in wheat. Reproducible amplification products were obtained from varietal, homozygous single chromosome recombinant line and wheat/alien addition line genomic DNA with selected primers and rigorously optimized reaction conditions. Factors influencing the RAPD patterns are DNA concentration, Mg²⁺ concentration, polymerase concentration and denaturing temperature. In wheat, the non-homoeologous, non-dose responsive and dominant behaviour of RAPD products devalues their use as genetic markers for the construction of linkage maps, and the high probability that the amplified fragments derive from repetitive DNA limits their use as a source of conventional RFLP probes. However, RAPD markers will most certainly find many applications in the analysis of genotypes where single chromosomes or chromosome segments are to be manipulated.     

PERMANENT GENETIC RESOURCES: Isolation and characterization of microsatellite loci in the North Island brown kiwi, Apteryx mantelli

We report the isolation and characterization of eight polymorphic and five monomorphic microsatellites in North Island brown kiwi (NIBK, Apteryx mantelli), using two polymerase chain reaction (PCR) techniques employing either short-tandem repeat primers (STR method) or random PCR-based isolation of microsatellite arrays (PIMA method). Microsatellite polymorphism was subsequently determined using 65 individuals. There were two to seven alleles for each polymorphic locus with heterozygozity ranging between 0.04 and 0.86. These primers will be used in future studies to determine the level of extra-pair copulation, dispersal patterns, and genetic diversity within and between wild populations of NIBK.     

用RAPD分子标记探讨沙拐枣属的种间关系

利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术分析了14种沙拐枣属（Calligonum L.)植物,通过对16个Sangon公司十聚体随机引物进行PCR扩增,3个引物能产生多态性带。对3个引物扩增产生的45条扩增产物,计算单匹配系数,应用UPGMA方法构建亲缘关系树状图。分析结果表明：（1）物种间遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性;（2）14种沙拐枣属植物明显聚为4类,与传统的形态学分类结果基本一致。