浓香型大曲原核微生物群落的PCR-SSCP解析

采用PCR-SSCP(单链构象多态性)技术对浓香型大曲发酵过程中原核微生物群落结构的变化情况进行了研究, 结果表明: (1)发酵各时期曲样的群落结构相似, 同时也具有多态性; (2)不同微生物群落具有协同和制约的复杂生态学效应; (3)各时期曲样微生物多样性指数均在1.69~2.01之间, 群落结构相对较稳定; (4)各曲样微生物群落相似性位于0.67~1.00之间, 邻近时期样品间的相似性程度较高。     

浓香型白酒窖池细菌群落

利用PCR-SSCP技术研究了不同窖龄浓香型白酒窖池细菌群落的变化规律,结果发现:(1)所有窖泥样品均出现9-22条较清晰的条带,其中均表现出较高优势度的条带7条,但各样品优势条带的变化规律不同;(2)所有窖泥样品平均生物多样性指数都在1.93-2.82之间,随着窖龄的增加,相同位置样品的多样性指数总体上呈递增趋势;(3)同一窖池不同位置样品的PCR-SSCP图谱相似性指数较高,在0.63-1.00之间,不同窖龄窖池的SSCP图谱相似性指数较低,在0.34-0.76之间。     

基于MiSeq测序分析新疆泥火山土壤细菌群落多样性

【目的】以新疆乌苏泥火山土壤为研究对象,了解泥火山细菌群落结构及其时空动态变化。【方法】选择泥火山4种不同生境土壤在4、7、11月份采样,应用Illumina Mi Seq测序技术测定泥火山土壤细菌的16S r RNA基因V3–V4变异区序列,分析乌苏泥火山不同生境土壤细菌群落组成。【结果】泥火山土壤细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为29 005,在细菌门水平上共有38种细菌类群,Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes为优势菌群,在属水平上共有72种细菌类群,其中含量最高的是未分类细菌;多样性分析表明生境D的丰度指数和多样性指数最高,将泥火山细菌群落多样性与理化因子结合分析,发现其多样性随着土壤养分的增加而基本降低,说明物种多样性指数与理化因子之间呈负相关关系;OTU水平的分析表明生境A的群落组成在时空动态上没有显著差异,其样品群落组成较为相似,而生境C的物种组成差异较大。【结论】相比较于传统方法,Mi Seq测序能够更全面解析环境样品中微生物多样性,揭示了乌苏泥火山群蕴含着丰富的微生物资源,这将为深入研究泥火山生态系统奠定基础,为合理利用和开发泥火山微生物资源提供指导。     

弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析

利用营养琼脂、MaC培养基从草鱼肠道中分离到3株细菌,暂时编号为TC-1、TC-2和TC-3,通过形态学观察、生理生化特征、药敏试验、动物试验、构建系统发育进化树及PCR-SSCP分析等系统鉴定,结果表明3株菌株均为弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）,其中TC-2菌株对小鼠、斑马鱼有致病性;3株杆菌均对头孢噻肟、头孢曲松、洛美沙星、诺氟沙星等多种药物敏感;系统发育分析表明,3株弗氏柠檬酸杆菌16S rDNA序列与DSM30039模式株同源性分别为99.59%、99.47%和99.53%,且位于系统发育树的同一分支;进一步采用V3区PCR-SSCP分析结果显示弗氏柠檬酸杆菌SSCP图谱中菌株间带型存在差异。     

新疆泥火山细菌遗传多样性

为了解新疆乌苏泥火山细菌多样性,从泥火山泥浆样品中直接提取总DNA,构建了含150个有效转化子的泥火山细菌16S rDNA基因文库,转化子经菌液PCR及HaeⅢ酶切后获得16个不同带型,克隆测序结果表明,其分属于16个不同的分类单元.一部分序列与已知细菌类群的16S rDNA序列相似性较高,归属变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门(Firmicutes),梭杆菌门(Fusobacteria),放线菌门(Actinobacteria);另外一部分序列与已知细菌类群的16S rDNA序列同源性较低,可能代表新的分类单位.研究结果显示,泥火山环境中微生物种群丰富,值得进一步研究.     

赫哲族和汉族健康人群肠道细菌群落分析

目的 对汉族和赫哲族健康人群肠道菌群进行研究,探讨遗传背景和饮食习惯对肠道菌群多样性以及组成的影响.方法 以佳木斯市区20例健康汉族人群、佳木斯街津口赫哲族聚居地的20例健康赫哲族志愿者及20例健康汉族人群粪便样本为研究对象,应用基于16S rDNA V3-V4可变区的高通量测序技术测定肠道菌群多样性以及核心菌群的组成...     

大伙房水库细菌群落结构及其环境驱动因子研究

为了解大伙房水库生态功能特性和有效改善其水环境质量,2015年5月至2016年4月,在大伙房水库布点采集水样,应用高通量测序技术结合典范对应分析(canonical correspondence analysis,CCA)方法,在为期1年的时间内,研究了该水库4个季节细菌的群落结构及其多样性差异与水体环境因子之间的变化...     

不同耕作方式对当归根际土壤细菌群落多样性的影响

该研究以甘肃省中部渭源县大豆—当归轮作地、连作3年的当归地和荒地植物根际土为材料,采用PCR-RFLP法研究不同耕作方式下根际土壤细菌的群落多样性。应用CTAB-SDS法提取土壤微生物总DNA,建立土壤菌群16S rRNA基因克隆文库。用HaeⅢ,HhaⅠ和HinfⅠ对阳性克隆子进行酶切指纹图谱分析,测序并绘制系统进化树。经过初步分析,荒地、轮作地和连作地三者之间根际土壤细菌群落在种群数量和多样性上无显著差异,但在组成结构上存在明显差异,尤其是轮作和连作地。结果表明:轮作地和荒地的优势种群均为变形菌门,连作地的优势种群是拟杆菌门。进一步分析发现,对农作物有利的鞘脂单胞菌属(属于变形菌门)仅在轮作和荒地中出现,而在其他作物连作障碍中出现的无色杆菌属(属于拟杆菌门)仅在当归连作地中出现。因此,不同耕作方式对土壤细菌的群落组成结构影响较明显,土壤细菌群落组成结构的变化可能是当地当归连作障碍的重要原因之一;而轮作可有效提高根际土壤中细菌群落组成的多样性,并使有益细菌种群增加,改善土壤微生态环境,有效防止当归根腐病的发生。     

上海大金山岛不同植被类型土壤细菌群落的变异

揭示次生演替过程中土壤细菌群落对植被类型变化的响应格局,有助于深化对生态系统地上地下相互作用机制的理解。该研究以上海大金山岛处于演替前、中和后期的落叶灌丛、落叶阔叶林和常绿阔叶林为对象,通过测定土壤碳、氮、磷含量以及土壤细菌群落特征,分析土壤细菌多样性、类群关系网络结构和标志性类群如何随植被演替而更替。结果发现:土壤养分含量在常绿阔叶林显著高于落叶阔叶林,但土壤细菌多样性在落叶阔叶林显著高于常绿阔叶林,土壤养分含量和细菌多样性在落叶灌丛处于中等水平。土壤细菌的相关性网络节点、密度和复杂性在落叶阔叶林最高,在落叶灌丛中等,在常绿阔叶林最低。落叶灌丛和落叶阔叶林的优势土壤细菌分别为根瘤菌目(Rhizobiales)和伯克氏菌目(Burkholderiales)等具有潜在固氮功能的类群,常绿阔叶林的优势土壤细菌为黄单胞菌目(Xanthomonadales)和嗜热芽菌目(Thermogemmatisporales)等具有潜在致病和抗病性功能的类群以及酸杆菌目(Acidobacteriales)等与纤维素降解相关的类群。该结果表明:海岛植被演替过程中,植物种类组成和土壤养分供给性的改变会极大地重...     

16S rDNA克隆文库法探索转基因香石竹对土壤细菌群落的影响

【目的】通过研究转基因香石竹对土壤细菌群落的影响,为转基因香石竹的环境安全性评价提供依据。【方法】通过构建16S rDNA克隆文库,分析种植转基因和非转基因香石竹的土壤中细菌的群落结构组成。【结果】转基因和非转基因香石竹土壤中,共有的菌群有变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria),其中α-变形菌门、β-变形菌门、浮霉菌门为优势菌群;而在放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)及未培养菌(Uncultured bacterium clone)等菌群存在部分差异。【结论】通过16S rDNA克隆文库方法揭示了转基因香石竹的土壤中细菌多样性十分丰富,其栽培对土壤细菌群落结构影响有限。     

大莲湖池杉林土壤细菌的季节性变化

应用稀释平板法对大莲湖池杉林湿地土壤细菌进行分离,采用16S rDNA序列分析法对所分离细菌进行鉴定。结果表明,池杉林不同季节土壤细菌种类和数量有差异。其中夏季土壤细菌数量和种类最多,春、秋季次之,冬季最少。四个季度共分离得到60株菌株,分属15个细菌种属,分别为芽胞杆菌(Bacillus),假单胞菌(Pseudomonas),黄杆菌(Flavobacterium),红球菌(Rhodococcus),北里孢菌(Kitasatosporia),金黄杆菌(Chryseobacterium),不动杆菌(Acinetobacter),鞘氨醇杆菌(Sphingobacterium),丛毛单胞菌(Comamonas),伯克霍尔德氏菌(Burkholderia),链霉菌(Streptomyces),沙雷氏菌(Serratia),肠杆菌(Enterobacter),窄食单胞菌(Stenotrophomonas)和节杆菌(Arthrobacter)。     

嗜盐古生菌br基因的遗传分析

从新疆阿尔金山地区阿乌拉仔盐湖分离纯化到几株极端嗜盐古生菌AJ11, AJ12和AJ13, 采用PCR技术分别扩增了其16S rRNA基因(16S rDNA)和编码螺旋C至螺旋G的细菌视紫红质(bacteriorhodopsin, BR)蛋白基因片段, 测定了基因的核苷酸序列。基于16S rDNA序列的同源性比较以及系统发育学研究表明, 分离到的菌株是Natrinema属中成员, 并构成一个独立的微生物种群。随后的遗传分析, 包括GC含量、转换与颠换的比率、同义突变率分析, 表明br基因间具有较高的遗传分歧程度, 并面临着净化选择和偏倚突变压的双重抑制。研究为物种资源及BR蛋白资源的进一步利用打下基础。     

基于PCR-DGGE指纹图谱川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁优势菌群结构比较分析

本文采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对集约化海水网箱养殖川纹笛鲷Lutjanus sebae及圆白鲳Ephippus orbis消化道壁优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示川纹笛鲷及圆白鲳消化道壁存在着大量细菌群落,对DGGE指纹图谱聚类分析表明两种鱼肠道壁及胃壁菌群组成相似度高于50%,其中二者肠道壁细菌组成相似性最高(67%),这些可能与两种鱼养殖在同一水域、摄食相同饵料相关,另外通过软件对DGGE指纹带谱相对丰度分析表明同种鱼肠道壁及胃壁具有相同最大优势菌群。同时,两种鱼消化道壁之间在细菌多样性及相对丰度上亦存在明显区别,圆白鲳消化道壁细菌多样性要高于川纹笛鲷,这可能归因于川纹笛鲷与圆白鲳在天然环境中栖息地的差异性。本研究通过首次建立不同海水鱼消化道壁16S rDNA-DGGE指纹图谱及比较分析,为澄清海水鱼消化道壁微生物区系奠定基础。     

内蒙古典型草原细菌群落结构的PCR-DGGE检测

用液氮冻融法和蛋白珠法对内蒙古典型草原土壤基因组DNA进行提取,用PCR—DGGE对细菌群落结构进行分析,并对主要的条带进行测序。发现蛋白珠法比液氮冻融法更能反应出实际的微生物群落结构和组成。内蒙古典型草原土壤细菌主要有5个分支：放线菌门（Actinobacteria）,变形菌门（Proteobacteria）的α、β及γ类群,拟杆纲门（Bacteriodetes）,芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）和酸杆菌门（Acidobacteria）。与基因库中进行比较后发现有4个序列和已知的细菌种类相似达到了99％以上。     

新疆意大利蝗不同地理种群16S rDNA序列差异研究

研究新疆东部和西部不同地理种群意大利蝗Calliptamus italicus(L.)线粒体基因中16SrDNA序列差异。结果表明:(1)意大利蝗A+T的含量(67.7%)明显高于G+C的含量(32.3%);(2)多重序列比对和UPGMA系统发育树的结果表明新疆东、西部不同地理种群的意大利蝗的遗传变异极小。     

16S rDNA sequence diversity of a culture-accessible part of an anaerobic digestor bacterial community

A bacterial culture-based inventory with 16S rDNA identification of the isolates was carried out on an anaerobic digestor microbial ecosystem to compare to the 16S rDNA sequences directly retrieved from the ecosystem by a molecular inventory previously made in our laboratory. Twenty OTUs (Operational Taxonomic Units) belonging to five of the major bacterial groups were identified from 338 isolated colonies. The sequences of 13 of the 20 OTUs were not closely related to any hitherto published sequences (less than 96% sequence identity). Six OTUs out of 20 were found to have sequences similar to sequences of the molecular inventory. Despite the biases expected to be associated with the molecular and culture-based methods, the distribution of the isolated OTUs into the different bacterial phyla was similar to that of the molecular OTUs.