《酶和溶液化学反应中计算机模型》

《酶和溶液化学反应中计算机模型》(Computer modeling of chemical reactions in enzymes and solutions)由Arieh Warshel著,1991年威利父子出版公司出版,236页。生物系统大多数化学过程由酶执行和加速。了解酶的活动是种挑战,也是定量研究生化过程的基本要求。近年来,由于积累了酶三维结构知识和遗传工程进展,对酶的理解已取得很大成绩。尽管如此,酶的结构同它们催化功能的相关性并不十分清楚,怎样用确定的方法     

藻酸盐三维细胞培养在骨组织工程中应用的研究进展

目的综述藻酸盐三维细胞培养系统在骨组织工程中的应用研究进展。方法广泛查阅近年来有关藻酸盐三维细胞培养系统在骨组织工程应用研究的文献进行综述。结果藻酸盐具有良好的生物相容性,无毒、对宿主无免疫原性和生物可降解等独特的物理、化学和生物特性,藻酸盐三维细胞培养系统仍然是迄今理想的骨组织工程支架材料之一。结论藻酸盐三维细胞培养系统不仅将广泛应用于生命科学基础研究,作为一种理想的组织移植的支架材料,有望逐步走向临床应用。     

《植物研究》被美国化学文摘2009年收录

美国《化学文摘》(Chemical Abstracts,简称CA),创刊于1907年,由美国化学文摘服务社(CAS)编辑出版。《CA》是涉及学科领域最广、收集文献类型最全、提供检索途径最多、部卷也最为庞大的著名的世界性检索工具。《CA》报道了世界上150多个国家、56种文字出版     

蛋白质的化学改性及其应用

蛋白质是生命活动的重要物质之一。蛋白质种类繁多,各具有自己的特殊的生物功能,如催化、传递系统,调节代谢过程和参与结构成分等等。蛋白质功能的多样性是与其化学结构以及由化学结构所决定的空间结构的多样性分不开的。从分子水平上来说,许多蛋白质作用的对象是小分子,如酶与底物或抑制剂间的作用,抗体与抗原尤其是半抗原间的作用。这些底物或     

染色体三维结构重建方法研究

染色体三维结构重构问题是近年生物领域中基因组学的热点研究问题,是以二维交互频率数据为基础来预测其三维空间结构。最新相关实验表明染色质的三维空间结构对于基因表达、调控等方面都具有重要意义。而Hi-c数据能利用染色质交互信息形成二维接触矩阵重构出染色体三维结构。本综述以染色体三维结构重建方法为研究对象,通过对染色体三维结构重建方法进行比较分析,综述了目前基于Hi-c数据在染色体三维结构重建中的经典方法,系统介绍了染色体三维结构重建技术的发展脉络,以促进染色体三维结构重建的进一步研究。     

绿豆淀粉胶电泳在同功酶研究中的应用——关于淀粉胶电泳方法的改进

淀粉胶电泳是一种以淀粉凝胶作为介质的电泳方法。这种方法自1955年由Smithies首创以来,已普遍用于蛋白质化学的研究,特别是在同功酶的研究中使用较多。淀粉胶电泳的主要优点在于它的系统简便和无毒性。淀粉凝胶中葡萄糖残基所构成的三维网状结构虽不如聚丙烯酰胺凝胶那样均匀一     

鼠抗人纤维蛋白抗体单链Fv片断的三维结构模建

用Biosym公司开发的计算机辅助分子设计系统模建了鼠抗人纤维蛋白抗体Fv片断的三维结构。Fv是由重链可变区(Vh)和轻链可变区(Vl)两个结构域组成的具有抗原结合能力的最小抗体片断。先分别模建了Vh和Vl两个结构域,然后搭建出Fv片断的整体三维结构,并对模建的结构进行了分子力学和动力学优化。对结构的合理性验证显示模建结构是合理的。本研究为鼠抗人纤维蛋白抗体Fv片断的人源化的分子设计打下了基础。     

三维打印皮肤组织研究进展

生物三维打印技术可以在计算机控制下,将多种生物材料和细胞精准定位组装到设计位置形成三维类组织,是目前制造复杂多层结构皮肤组织最具潜力的新技术.本文在分析人体皮肤结构和组成基础上,首先综述了生物三维打印皮肤的结构建模、生物材料和种子细胞等基本流程和关键要素;然后系统介绍了激光打印皮肤、喷墨打印皮肤、连续挤出打印皮肤和原位打印皮肤的原理和研究现状,总结了它们的优缺点;在此基础上,探讨了三维打印皮肤技术未来的发展方向,系统归纳了生物三维打印皮肤在临床治疗、药物筛选和基础研究领域的价值.     

《蛋白质构象》

《蛋白质构象》(Protein conformation)是锡伯基金会专题论文集第161卷,1991年威利父子出版公司出版,269页。生物学和化学中一个悬而未解的问题是怎样从蛋白质的氨基酸顺序去确定其三维结构,该种结构是酶、通道、和受体功能及机制的基础。     

锈色棕榈象气味结合蛋白的同源建模

【目的】锈色棕榈象Rhynchophorus ferrugineus为危害棕榈科植物的重要入侵害虫,为获得该害虫气味结合蛋白(Odorant binding protein,OBP)的三维结构,从而基于计算反向化学生态学方法筛选潜在对该害虫行为具有调控作用的挥发物用于防控奠定基础。【方法】以蛋白质数据库中已经报道的昆虫OBP晶体结构为模板,采用同源建模方法构建获得了该害虫2个OBP的三维结构。模建结构通过Procheck、Verify_3D和ERRAT进行评价,得到的评估分值均表明模建结构质量高。【结果】三维模建结构显示,这2个锈色棕榈象OBP由6个α-螺旋和连接这些螺旋的回折构成,6个半胱氨酸形成的3对二硫键起到了稳定结构的作用。【结论】模建结构的获得,为今后通过分子对接筛选潜在的活性挥发物用于防控锈色棕榈象奠定了基础。     

蛋白质的空间结构

蛋白质和核酸是生命现象的重要物质基础,它们以复杂多样的功能特性,与其它生命物质一道,保证有机体当代生命活动的正常进行和世代繁衍绵延不断。这种奥妙的功能,不仅与它们的化学结构相关,而且与其特征的空间结构密不可分。所谓空间结构,是指分子在三度空间中的立体结构,亦即组成分子的所有原子的空间排布,也常称之为三维结构。封三     

在三维结构上对百合花粉母细胞actin的免疫定位

传统的切片仅仅能够显示样品的平面结构,不能用于细胞中三维网络结构的研究。笔者在DGD(diethylene glycol distearate)包埋去包埋的基础上,结合电镜免疫胶体金技术对大卫百合花粉母细胞胞间及胞内细胞的骨架系统进行了研究,观察到高反差细胞微梁结构的三维网络,actin这一细胞骨架的主要成员被定位在该微梁结构纤维上。三维结构上的研究表明,actin不但是植物细胞核及细胞质骨架的成员,而且也存在于胞间连接结构(胞质桥和胞间连丝)中,推测它可能与细胞融合有关。实验结果同时表明,三维结构免疫胶体金技术对于细胞骨架和核基质的结构蛋白研究是行之有效的。     

猪动脉内皮细胞胞膜小窝的电子断层三维结构分析

利用电子断层三维重构技术对猪动脉内皮细胞 (porcine aorta endothelial cell,PAE cell) 胞膜小窝的三维结构进行了初步研究,发现胞膜小窝在细胞膜表面呈不均匀分布并在局部形成聚集,胞膜小窝膜内外表面都由宽度约14～16 nm的条纹状结构所环绕,推测该条纹状结构主要由小窝蛋白和胆固醇构成,狭窄的胞膜小窝颈部区域存在高密度的丝状结构．三维结构显示胞膜小窝与纤维丝体网络(推测为微管网络)相互作用,暗示了细胞内吞可能的运输途径．     

生物膜研究的一个难点与热点-内在膜蛋白三维结构的解析

１研究内在膜蛋白的三维结构的重要性象水溶性蛋白质一样,要深入了解膜蛋白的功能必须解析它们的三维结构。第一个水溶性蛋白质－肌红蛋白的三维结构的解析是由英国Ｋｅｎｄｒｅｗ于１９５７年用Ｘ－射线衍射法完成的,从而使他获得了诺贝尔奖。由于各种技术的日益发展与...     

裂片茶渍衣属一新记录种——辐射裂片茶渍

对中国地衣新记录种辐射裂片茶渍Lobothallia radiosa (Hoffm.) Hafellner (Megasporaceae)的形态特征、解剖结构、化学特征和生境进行了描述和研究,并提供5幅彩色图片和中国裂片茶渍衣属的分种检索表。     

生物信息学电子文档收编及优化检索的实现

生物信息学涉及生物、化学、物理、数学、计算机和互联网应用等多方面知识,要从事这个领域的研究工作,必须掌握更多的各方面知识。目前该领域的很多资料和文献在网上以电子文档的形式存在。电子文档能够包含比常规的文档包含更广泛,更丰富的内容,对电子文档的收编整理发能大大节省文档的搜索时间,并能提供更专业,更有效的检索结果,为科研工作服务。本文论述了建立包括电子文档的收集,标注,优化检索的一个方案,检索结果按照文档和检索条件的相似程度分级列出。实践证明,该系统能够有效的提供生物信息学专业信息的管理和检索。     

胚胎肝细胞用于肝组织工程的体外培养研究

目的:观察三维受控组装系统下,胚胎肝细胞在三维立体结构的体外生长状态,探讨胚胎肝细胞在肝组织工程中应用的可行性。方法:用清华大学机械工程系研制的"三维受控组装系统",将第15 d小鼠胚胎肝细胞作为肝组织工程的种子细胞,与以明胶为主的复合材料混合,构建成复杂三维立体结构,观察其体外生长发育状态。对体外培养1周及4周的三维类肝组织标本进行苏木精-伊红(HE)染色,免疫组织化学方法检测甲胎蛋白(AFP)及白蛋白(ALB)的表达,并对体外培养4周的三维类肝组织用PAS显色法检测肝糖原表达。结果:HE染色结果显示体外培养的胚胎肝细胞在三维支架材料中,可形成含有类血管和肝组织样结构;体外培养1周的类肝组织AFP表达呈阳性,体外培养4周的三维类肝组织ALB表达呈阳性,PAS显色亦呈阳性。结论:在三维受控组装系统的构建下,呈立体状生长的胚胎肝细胞,可逐渐形成肝组织样结构,并显示一定的肝脏功能。     

植物资源与化学数据库系统（DPRC）的功能与应用

由中国科学院昆植物研究所和云南省机械研究设计院的植物资源化学数据库系统是一个将植物资源,植物化学成分及化学结构的多种信息、数据和图象融为一体的、开和式多功能软件系统、,包括植资源检索系统、植物化学成分检索系统及天然产物化学结构检索系统等三个子系统。     

数字化人体

人体结构的三维成像构造或数字化人体的概念是在医学领域提出来的。利用三维或高维内科成像将人体组织的事件储存为一个三维数据库,再利用计算机技术将人体或人体的组织构建成三维的图像。这样就可以在数字化的人体中进行对真正人体或人体的组织的回顾性观察和分析,而且,这种操作通过现代的计算机网络系统可以远程进行。     

一种新的蛋白质结构编码方法及其应用

基于四肽构象的可视化聚类的结果,提出了一种新的编码方法,由此可将蛋白质三维构象空间映射到一维编码空间,将蛋白质三维结构空间中的模式搜索和模式发现问题转化为一维编码空间中的相应问题。通过两个算法从模式检索以及模式发现两方面验证了编码的有效性;同时利用熵的概念探讨了序列、结构之间的相关度,得到了一些重要的序列．结构模式．实验结果表明,该编码方法能更加准确地反映四肽构象空间中的分布情况,其结果可解释性更强．