用RAPD技术对特化等级裂腹鱼类新缘关系的探讨

为确定特化等级裂腹鱼类的遗传分化关系,对７种２２个裂腹鱿个体进行随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）研究。从所使用的４０个随机引物中,选择了３７个扩增带谱清晰的引物进行分析。根据构建的分子系统树显示,特化等级裂腹鱼类划分为３个属级分类单元较为合适,这与采用形态学特征进行系统分析所得出的结论一致。在２２个个体之间遗传距离矩阵中,最大的跗距离指数达到了９０．３８％,此外,还有较多的跗距离指数也在６０％￣９０     

云南裂腹鱼类三新种及二新亚种

为编写中国动物志,对分布于云南的裂腹鱼类进行了全面整理,发现其中有五个以往文献中所没有记载过的新种和新亚种,现报道如下。少鳞裂腹鱼 Schizothorax oligolepis,新种（图1） 〔地方名〕冷水花 全模标本21尾,1978年2月采自盈江县铜壁关。体长110—176毫米。 背鳍条Ⅲ—7;臀鳍条Ⅱ—5;胸鳍条I—17—18;腹鳍条Ⅰ—9—10。侧线鳞第一鳃弓鳃耙,外侧13—14,内侧17—20。下咽齿3行,2.3.4     

斗鱼属鱼类亲缘关系的Cyt b基因序列和RAPD分析

采用mtDNA Cyt b基因序列分析和RAPD两种分子标记技术,研究了中国分布的叉尾斗鱼(Macropodus opercularis)、圆尾斗鱼(M.chinensis)和香港斗鱼(M.hongkongensis)以及越南的红鳍斗鱼(M.erythropterus)4种鱼类之间的亲缘关系.获得4种斗鱼14条Cyt b基因全序列(1 155 bp),结合GenBank中搜索到的近缘物种同源序列进行分析.从133条随机引物中筛选到36条引物,在优化的反应条件下,10个群体96个个体共扩增出清晰稳定的条带749条,构建矩阵进行分析和聚类.基于Cyt b全序列以邻接法和最小进化法构建的系统树及RAPD数据UPGMA聚类分析的结果都显示,香港斗鱼和红鳍斗鱼先聚为一分支,再与叉尾斗鱼聚类,圆尾斗鱼处于外缘.本研究结果反映了圆尾斗鱼与其他斗鱼的亲缘关系较远,种间遗传距离为0.184 5～0.225 3(Cyt b)和0.653 6～0.746 5(RAPD),两者为同一单系群中两个独立演化的自然类群;香港斗鱼与叉尾斗鱼间遗传分化明显,Cyt b碱基差异为11.00%,RAFD遗传距离达0.577 7,支持其为独立物种的观点,且香港斗鱼群体间遗传差异较大,Cyt b碱基差异为3.12%,RAPD遗传距离0.060 1;叉尾斗鱼群体间Nei's基因多样度和Shannon信息指数分别为0.058 2和0.086 9,而各群体内的数值分别为0.016 1～0.031 7和0.023 5～0.046 7,表明遗传差异主要来自群体间,并按分布流域分别聚类.     

RAPD技术在我国鱼类研究中的应用

论述了RAPD技术的原理,RAPD技术在我国鱼类遗传进化、遗传多样性、分类、种群亲缘关系、种质鉴定、育种和杂种优势利用等研究方面的应用及其取得的效果。     

利用RAPD技术对三种绒螯蟹亲缘关系的研究

采用ＲＡＰＤ技术结合一定的形态学研究手段,对中华绒螯蟹,日本绒螯蟹及其合浦亚种进行亲缘关系的研究,为三种绒螯蟹的种及亚种分析重要资料,三种绒螯蟹的第四步足前节长宽比值,与其分类标本吻合或基本吻合,用一组引物,对每种各１０个个体的基因组ＤＮＡ进行扩增,得到一批特异,可重复的扩增图谱,扩增区带的相似率分析表明,中华绒螯蟹与日本绒螯蟹的亲缘关系远,而日本绒螯蟹合浦亚种与日本绒螯蟹近,最后,对文中ＲＡＰＤ     

香蕉炭疽菌菌株亲缘关系的RAPD分析

应用筛选的8个Operon随机引物对供试菌株的DNA进行扩增,所产生的RAPD图谱揭示了香蕉炭疽菌具有丰富的种内遗传多样性。UPGMA聚类分析的结果表明：26个香蕉炭疽菌被分为两个与地理来源相关的RAPD聚类群,它们分别由广东菌株和海南菌株为主组成。在两个香蕉菌群的外侧,两个胶胞炭疽菌菌株聚为一个小的外群。这些结果表明香蕉炭疽菌存在有与地域相关的种下类群分化。     

利用RAPD标记分析东亚地区桔梗的亲缘关系

对取自中国、日本、韩国和朝鲜等东亚地区的24个桔梗种质资源,利用RAPD-PCR标记方法,分析了其遗传变异和遗传关系,旨在为桔梗的品种鉴定和杂交育种的亲本选择提供理论依据。结果表明： （1）用11个引物扩增出131条谱带,平均每个引物扩增出11.9条谱带,并扩增出61个多态性谱带,平均每个引物扩增出5.5条多态性谱带,显示出了相对高的多态率（46.6%）。（2）得到的RAPD数据的遗传相似性范围为0.668～0.994,并以遗传相似系数0.78为标准,将24个桔梗种质资源分为7个类群。     

利用RAPD对稻蝗属昆虫亲缘关系的研究

通过20个随机引物的PCR扩增,得到了日本主要稻蝗的随机扩增多态性DNA（RAPD）图谱,根据扩增结果,计算了种间相似系数和遗传距离,建立了UPGMA系统树。结果表明,分布没有重叠、种间容易交配、能产生杂种的中华稻蝗台湾亚种与小翅稻蝗的亲缘关系最近;分布重叠的日本稻蝗与中华稻蝗台湾亚种、日本稻蝗和小翅稻蝗的亲缘关系较近。小稻蝗与其它3种稻蝗的亲缘关系较远。     

用RAPD标记研究蚱属五个种间的亲缘关系

用RAPD技术对蚱属5种蚱基因组DNA的多态性进行研究。在事先优化的反应条件下用12个随机引物扩增, 共得到84条清晰稳定的多态性片段,片段长度为200～2 000 bp。统计这些片段,根据扩增片段的共享度计算出相对遗传距离指数,然后用UPGMA和NJ聚类方法对其进行分析,构建系统树,确定了它们相互间的亲缘关系。     

用RAPD标记研究对虾属六个种间的亲缘关系

用ＲＡＰＤ技术对对虾属中六种对虾基因组ＤＮＡ的多态性进行研究。在事先优化的反应条件下用２０个随机引物扩增,共得到３６４条清晰稳定的多态性片段,片段长度在２３０￣２８００ｂｐ之间。统计这些片段,根据扩增片段的共享度计算出相对遗传距离指数,然后用ＵＰＧＭＡ和ＮＪ等聚类方法对其进行分析,构建系统树,确定了它们相互间的亲缘关系。从聚类分析的结果可以看到,外部形态比较相似的种类在基因组ＤＮＡ上表现出较大的相     

丁不同群体间形态学差异与随机扩增多态DNA(RAPD)分析

采用聚类分析、主成分分析和判别分析3种数理统计方法,对我国新疆朱家湖丁群体7、3水库丁群体和从捷克引进我国的丁群体的可量性状和框架参数进行分析。聚类分析和主成分分析显示,朱家湖群体与73水库群体较为接近,而捷克群体与前两群体相距较远。判别分析亦可将捷克群体与前两群体分开,准确率达100%。从60个随机引物中筛选出的20个引物对丁朱家湖群体、73水库群体和捷克群体进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析。引物S440在捷克群体扩增出的450bp片段为该群体特有的标记片段。朱家湖群体、73水库群体、捷克群体多态位点比例分别为24%、22.67%和18.42%;群体内遗传相似度分别为0.8967、0.9035和0.9309;遗传多态度(π)分别为0.1539、0.1489和0.1142。表明朱家湖群体保持着较高的遗传变异。三群体间的遗传相似度为0.6868—0.9496,群体遗传分化系数(Fst)为0.048—0.238,分子方差分析发现群体内方差占总方差的83.96%,群体间的方差只占16.04%,由此推断三群体间遗传分化并不大。     

三尖杉科植物RAPD分析及其系统学意义

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术分析了三尖杉科植物三尖杉Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｆｏｒｔｕｎｅｉ Ｈｏｏｋ．ｆ．、粗榧Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓＬｉ、海南粗榧Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｈａｉｎａｎｅｎｓｉｓＬｉ和篦子三尖极Ｃｅｐｈａｌｏｔａｘｕｓ ｏｌｉｖｅｒｉＭａｓｔ。,经筛选Ｏｐｅｒｏｎ公司的４组８０个引物,其中１１４个引物的谱带清晰呈多态性。采用ＵＰＧＭＡ法对各样本     

随机扩增多态性对白色念珠菌分型的估价

利用随机扩增多态性(RAPD-PGR)的方法对48株白念珠菌Candida albicans(Robin)Berkh进行了分析。由初步试验中,随机选用了18种引物,筛选出OPA-14引物,该引物扩增的带型清晰可辨,不同菌株之间扩增的带数6—12条不等,共有6条主带。扩增片段的长度粗略估计在300—2000bp左右。除个别菌株的带型相同以外,大多数菌株之间呈多态性分布,其带型的数目和扩增的片段存在差异。对简单的DNA制备方法,以及RAPD-PCR在临床应用和流行病学调查中的可行性进行了初步探讨。     

异源四倍体鲫鲤群体遗传多样性的RAPD分析

湖南师范大学和湘阴县东湖渔场合作,经过10多年的研究,获得了两性可育的异源四倍体鲫鲤群体1—7,目前已经繁殖到了F14。异源四倍体鲫鲤具有4套染色体(4n=200),它们的遗传多样性水平怎么样?这是关系到异源四倍体鲫鲤这一新的种质资源能否生存和进化的问题,有必要从分子水平进行深入的研究。随机扩增多态DNA(Random Am-plified Polymorphic DNA,RAPD)是建立在PCR基础之上的一种DNA分子标记技术8,具有简便、快速、实验成本低等特点,因此被广泛应用于物种的遗传多样性分析、亲缘关系的探讨和系统进化等方面的研究9—15。本研究采用RAPD技术,检测了异源四倍体鲫鲤群体的遗传多样性水平,以期为异源四倍体鲫鲤的人工繁殖、种群复壮以及种质资源保护提供DNA水平上的依据。       

REVEALING GENETIC MARKERS IN GELIDIUM VAGUM (RHODOPHYTA) THROUGH THE RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) TECHNIQUE1

The recently developed random amplified polymorphic DNA technique was evaluated as a method for characterizing isolates of the agarophyte Gelidium vagum Okamura. Reaction conditions for single primer polymerase chain reaction were optimized to obtain a high degree of reproducibility of the amplified bands generated from purified G. vagum DNA. A total of 165 primers, including both (A + T)- and (G + C)-rich sequences, was screened for DNA amplification using template DNA from a single Gelidium isolate. None of the 45 (A + T)-rich primers was positive (i.e. band-producing). Of the (G + C)-rich primers, 47 were positive, generating a total of 322 prominent amplification products for DNA from 13 different G. vagum isolates. Polymorphic DNA loci were detected by 37 of the primers. Unweighted pair-group arithmetic average cluster analysis (UPGMA) of these loci was used to group the G. vagum isolates and thereby determine which were most similar. G. latifolium, used as an out-group for the UPGMA analysis, showed a high degree of dissimilarity.     

五株纤毛虫遗传关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,尝试对四种五株纤毛虫(褶累枝虫(Epistylis plicatilis)、绿草履虫(Paramecium bursaria)、多态喇叭虫(Stentor polymorphus)、嗜热四膜虫BF1株(Tetrahymena thermophilaBF1)和嗜热四膜虫BF5株(T.ther-mophilaBF5))进行遗传关系研究。用13个ISSR引物对五株纤毛虫进行扩增,六个ISSR引物获得多态片段。根据Nei s遗传距离矩阵构建了五株纤毛虫的遗传关系树状图。UPGMA,NJ聚类图表明:两株嗜热四膜虫最先聚在一起;其次是褶累枝虫和多态喇叭虫聚在一起,然后再与嗜热四膜虫聚在一起;咽膜亚纲的绿草履虫形成独立的一枝。结果显示:①缘毛亚纲纤毛虫可能是寡膜纲中较独特的一个类群,建议提升缘毛亚纲纤毛虫的分类地位;②缘毛亚纲褶累枝虫与膜口亚纲嗜热四膜虫的亲缘关系近于咽膜亚纲绿草履虫,在寡膜纲中绿草履虫处于原始地位;③五株纤毛虫基因组中均含有微卫星DNA序列:(GTG)4(、GACA)4(、AG)8(、CAA)6和(GAA)6。     

11种金花茶植物的RAPD分析及其系统学意义

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了11种金花茶植物,即:龙州金花茶Camellia longzhouensis J.Y．Luo,弄岗金花茶C．longgangensis C.F.Liang et S．L. Mo,大样金花茶 C．grandis(C. F. Liang et S．L．Mo)H．T,Chang et S．Y.Liang,扶绥金花茶 C.fusuiensis S．Y. Liang et X．J.Dong,中东金花茶C．achrysantha H．T．Chang et S．Y．Liang,小花金花茶C. micrantha S．Y. Liang et Y．C．Zhong,薄叶金花茶C．chrysanthoides H．T．Chang,毛籽金花茶C．ptilosperma S．Y．Liang et Q．D．Chen,陇瑞金花茶C．longruiensis S．Y．Liang et X．J．Dong,凹脉金花茶C．impressinervis H．T．Chang et S．Y．Liang和夏石金花茶C．xiashiensis S. Y．Liang et C．Z. Deng。选用14个引物(10 bp)扩增出201个DNA片段,用于种间遗传相似性分析,构建系统发育树图。分析结果表明:(1)小花金花茶、扶绥金花茶与中东金花茶之间的关系较近;(2)大样金花茶、薄叶金花茶和夏石金花茶之间的关系较近;(3)龙州金花茶、毛籽金花茶、陇瑞金花茶和弄岗金花茶之间的关系较近;(4)凹脉金花茶与其他各种关系相对较远。     

白腹管鼻蝠两个冬眠群不同个体的随机扩增多态DNA分析

用随机扩增多态ＤＮＡ方法研究了白腹管鼻蝠冬眠群群内与群间个体之间的亲缘关系。结果显示：所研究的两个蝙蝠群内个体的遗传相似性平均为０．８６和０．８９,两群之间的遗传相似性平均为０．８４,群内与群间个体之间在遗传相似性方面有一定差别（Ｐ〈０．０５）。因此认为：在同一个洞中冬眠的白腹管鼻蝠可能亲缘关系很近,冬眠群的构成在亲缘关系方面存在着一定关系,即亲缘关系有可能影响冬眠群构成。     

RAPD应用于遗传多样性和系统学研究中的问题

在研究银杉（Ｃａｔｈａｙａ ａｒｇｙｒｏｐｈｙｌｌａ）的遗传多样性时,对ＲＡＰＤ 产物的影响因素进行了大量的实验探索,结果表明：逐级纯化的ＤＮＡ 模板的ＲＡＰＤ结果一致, 因而模板制备过程中的很多纯化步骤是不必要的; ＲＮＡ 对扩增产物无影响; 模板浓度在一个相当大的范围内不影响扩增结果; 从干叶和鲜叶中提取的ＤＮＡ 可获得一致的扩增产物; 从而证明ＲＡＰＤ 产物具有很好的重复性。进而讨论了ＲＡＰＤ产物分析及数据分析中的一些问题。通过对升麻属（Ｃｉｍ ｉｃｉｆｕｇａ） ５ 种、类叶升麻（Ａｃｔａｅａ ａｓｉａｔｉｃａ）及松潘乌头（Ａｃｏｎｉｔｕｍ ｓｕｎｇｐａｎｅｎｓｅ）的ＲＡＰＤ 结果分析,认为ＲＡＰＤ 方法可用于种间乃至近缘属间的系统学研究, 但有一定的局限性     

随机扩增多态DNA影响因素的研究

随机拉多态ＤＮＡ分析受诸多因素的影响,我们发现不同厂家制造的ＰＣＲ扩增仪,不同厂家出品的ＴａｑＤＮＡ聚合酶和ＰＣＲ缓冲液,ＲＡＰＤ反应体系中的引物浓度,Ｍｇ＾２＋浓度,ｄＮＴＰ浓度,ＢＳＡ和明胶,以及模板ＤＮＡ的量等均可能对ＲＡＰＤ结果有不同程度的影响。