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用RAPD技术对特化等级裂腹鱼类新缘关系的探讨 总被引:6,自引:0,他引:6
为确定特化等级裂腹鱼类的遗传分化关系,对7种22个裂腹鱿个体进行随机扩增多态DNA(RAPD)研究。从所使用的40个随机引物中,选择了37个扩增带谱清晰的引物进行分析。根据构建的分子系统树显示,特化等级裂腹鱼类划分为3个属级分类单元较为合适,这与采用形态学特征进行系统分析所得出的结论一致。在22个个体之间遗传距离矩阵中,最大的跗距离指数达到了90.38%,此外,还有较多的跗距离指数也在60% ̄90 相似文献
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为编写中国动物志,对分布于云南的裂腹鱼类进行了全面整理,发现其中有五个以往文献中所没有记载过的新种和新亚种,现报道如下。少鳞裂腹鱼 Schizothorax oligolepis,新种(图1) 〔地方名〕冷水花 全模标本21尾,1978年2月采自盈江县铜壁关。体长110—176毫米。 背鳍条Ⅲ—7;臀鳍条Ⅱ—5;胸鳍条I—17—18;腹鳍条Ⅰ—9—10。侧线鳞第一鳃弓鳃耙,外侧13—14,内侧17—20。下咽齿3行,2.3.4 相似文献
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斗鱼属鱼类亲缘关系的Cyt b基因序列和RAPD分析 总被引:1,自引:0,他引:1
采用mtDNA Cyt b基因序列分析和RAPD两种分子标记技术,研究了中国分布的叉尾斗鱼(Macropodus opercularis)、圆尾斗鱼(M.chinensis)和香港斗鱼(M.hongkongensis)以及越南的红鳍斗鱼(M.erythropterus)4种鱼类之间的亲缘关系.获得4种斗鱼14条Cyt b基因全序列(1 155 bp),结合GenBank中搜索到的近缘物种同源序列进行分析.从133条随机引物中筛选到36条引物,在优化的反应条件下,10个群体96个个体共扩增出清晰稳定的条带749条,构建矩阵进行分析和聚类.基于Cyt b全序列以邻接法和最小进化法构建的系统树及RAPD数据UPGMA聚类分析的结果都显示,香港斗鱼和红鳍斗鱼先聚为一分支,再与叉尾斗鱼聚类,圆尾斗鱼处于外缘.本研究结果反映了圆尾斗鱼与其他斗鱼的亲缘关系较远,种间遗传距离为0.184 5~0.225 3(Cyt b)和0.653 6~0.746 5(RAPD),两者为同一单系群中两个独立演化的自然类群;香港斗鱼与叉尾斗鱼间遗传分化明显,Cyt b碱基差异为11.00%,RAFD遗传距离达0.577 7,支持其为独立物种的观点,且香港斗鱼群体间遗传差异较大,Cyt b碱基差异为3.12%,RAPD遗传距离0.060 1;叉尾斗鱼群体间Nei's基因多样度和Shannon信息指数分别为0.058 2和0.086 9,而各群体内的数值分别为0.016 1~0.031 7和0.023 5~0.046 7,表明遗传差异主要来自群体间,并按分布流域分别聚类. 相似文献
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RAPD技术在我国鱼类研究中的应用 总被引:11,自引:0,他引:11
论述了RAPD技术的原理,RAPD技术在我国鱼类遗传进化、遗传多样性、分类、种群亲缘关系、种质鉴定、育种和杂种优势利用等研究方面的应用及其取得的效果。 相似文献
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利用RAPD标记分析东亚地区桔梗的亲缘关系 总被引:5,自引:0,他引:5
对取自中国、日本、韩国和朝鲜等东亚地区的24个桔梗种质资源,利用RAPD-PCR标记方法,分析了其遗传变异和遗传关系,旨在为桔梗的品种鉴定和杂交育种的亲本选择提供理论依据。结果表明: (1)用11个引物扩增出131条谱带,平均每个引物扩增出11.9条谱带,并扩增出61个多态性谱带,平均每个引物扩增出5.5条多态性谱带,显示出了相对高的多态率(46.6%)。(2)得到的RAPD数据的遗传相似性范围为0.668~0.994,并以遗传相似系数0.78为标准,将24个桔梗种质资源分为7个类群。 相似文献
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用RAPD标记研究对虾属六个种间的亲缘关系 总被引:25,自引:2,他引:25
用RAPD技术对对虾属中六种对虾基因组DNA的多态性进行研究。在事先优化的反应条件下用20个随机引物扩增,共得到364条清晰稳定的多态性片段,片段长度在230 ̄2800bp之间。统计这些片段,根据扩增片段的共享度计算出相对遗传距离指数,然后用UPGMA和NJ等聚类方法对其进行分析,构建系统树,确定了它们相互间的亲缘关系。从聚类分析的结果可以看到,外部形态比较相似的种类在基因组DNA上表现出较大的相 相似文献
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采用聚类分析、主成分分析和判别分析3种数理统计方法,对我国新疆朱家湖丁群体7、3水库丁群体和从捷克引进我国的丁群体的可量性状和框架参数进行分析。聚类分析和主成分分析显示,朱家湖群体与73水库群体较为接近,而捷克群体与前两群体相距较远。判别分析亦可将捷克群体与前两群体分开,准确率达100%。从60个随机引物中筛选出的20个引物对丁朱家湖群体、73水库群体和捷克群体进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析。引物S440在捷克群体扩增出的450bp片段为该群体特有的标记片段。朱家湖群体、73水库群体、捷克群体多态位点比例分别为24%、22.67%和18.42%;群体内遗传相似度分别为0.8967、0.9035和0.9309;遗传多态度(π)分别为0.1539、0.1489和0.1142。表明朱家湖群体保持着较高的遗传变异。三群体间的遗传相似度为0.6868—0.9496,群体遗传分化系数(Fst)为0.048—0.238,分子方差分析发现群体内方差占总方差的83.96%,群体间的方差只占16.04%,由此推断三群体间遗传分化并不大。 相似文献
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利用随机扩增多态性(RAPD-PGR)的方法对48株白念珠菌Candida albicans(Robin)Berkh进行了分析。由初步试验中,随机选用了18种引物,筛选出OPA-14引物,该引物扩增的带型清晰可辨,不同菌株之间扩增的带数6—12条不等,共有6条主带。扩增片段的长度粗略估计在300—2000bp左右。除个别菌株的带型相同以外,大多数菌株之间呈多态性分布,其带型的数目和扩增的片段存在差异。对简单的DNA制备方法,以及RAPD-PCR在临床应用和流行病学调查中的可行性进行了初步探讨。 相似文献
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异源四倍体鲫鲤群体遗传多样性的RAPD分析 总被引:6,自引:1,他引:5
湖南师范大学和湘阴县东湖渔场合作,经过10多年的研究,获得了两性可育的异源四倍体鲫鲤群体1—7,目前已经繁殖到了F14。异源四倍体鲫鲤具有4套染色体(4n=200),它们的遗传多样性水平怎么样?这是关系到异源四倍体鲫鲤这一新的种质资源能否生存和进化的问题,有必要从分子水平进行深入的研究。随机扩增多态DNA(Random Am-plified Polymorphic DNA,RAPD)是建立在PCR基础之上的一种DNA分子标记技术8,具有简便、快速、实验成本低等特点,因此被广泛应用于物种的遗传多样性分析、亲缘关系的探讨和系统进化等方面的研究9—15。本研究采用RAPD技术,检测了异源四倍体鲫鲤群体的遗传多样性水平,以期为异源四倍体鲫鲤的人工繁殖、种群复壮以及种质资源保护提供DNA水平上的依据。
相似文献
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The recently developed random amplified polymorphic DNA technique was evaluated as a method for characterizing isolates of the agarophyte Gelidium vagum Okamura. Reaction conditions for single primer polymerase chain reaction were optimized to obtain a high degree of reproducibility of the amplified bands generated from purified G. vagum DNA. A total of 165 primers, including both (A + T)- and (G + C)-rich sequences, was screened for DNA amplification using template DNA from a single Gelidium isolate. None of the 45 (A + T)-rich primers was positive (i.e. band-producing). Of the (G + C)-rich primers, 47 were positive, generating a total of 322 prominent amplification products for DNA from 13 different G. vagum isolates. Polymorphic DNA loci were detected by 37 of the primers. Unweighted pair-group arithmetic average cluster analysis (UPGMA) of these loci was used to group the G. vagum isolates and thereby determine which were most similar. G. latifolium, used as an out-group for the UPGMA analysis, showed a high degree of dissimilarity. 相似文献
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采用ISSR分子标记技术,尝试对四种五株纤毛虫(褶累枝虫(Epistylis plicatilis)、绿草履虫(Paramecium bursaria)、多态喇叭虫(Stentor polymorphus)、嗜热四膜虫BF1株(Tetrahymena thermophilaBF1)和嗜热四膜虫BF5株(T.ther-mophilaBF5))进行遗传关系研究。用13个ISSR引物对五株纤毛虫进行扩增,六个ISSR引物获得多态片段。根据Nei s遗传距离矩阵构建了五株纤毛虫的遗传关系树状图。UPGMA,NJ聚类图表明:两株嗜热四膜虫最先聚在一起;其次是褶累枝虫和多态喇叭虫聚在一起,然后再与嗜热四膜虫聚在一起;咽膜亚纲的绿草履虫形成独立的一枝。结果显示:①缘毛亚纲纤毛虫可能是寡膜纲中较独特的一个类群,建议提升缘毛亚纲纤毛虫的分类地位;②缘毛亚纲褶累枝虫与膜口亚纲嗜热四膜虫的亲缘关系近于咽膜亚纲绿草履虫,在寡膜纲中绿草履虫处于原始地位;③五株纤毛虫基因组中均含有微卫星DNA序列:(GTG)4(、GACA)4(、AG)8(、CAA)6和(GAA)6。 相似文献
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11种金花茶植物的RAPD分析及其系统学意义 总被引:35,自引:2,他引:35
利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了11种金花茶植物,即:龙州金花茶Camellia
longzhouensis J.Y.Luo,弄岗金花茶C.longgangensis C.F.Liang et S.L. Mo,大样金花茶 C.grandis(C.
F. Liang et S.L.Mo)H.T,Chang et S.Y.Liang,扶绥金花茶 C.fusuiensis S.Y. Liang et X.J.Dong,中东金花茶C.achrysantha H.T.Chang et S.Y.Liang,小花金花茶C. micrantha S.Y. Liang et Y.C.Zhong,薄叶金花茶C.chrysanthoides H.T.Chang,毛籽金花茶C.ptilosperma S.Y.Liang et Q.D.Chen,陇瑞金花茶C.longruiensis S.Y.Liang et X.J.Dong,凹脉金花茶C.impressinervis H.T.Chang et S.Y.Liang和夏石金花茶C.xiashiensis S. Y.Liang et C.Z. Deng。选用14个引物(10 bp)扩增出201个DNA片段,用于种间遗传相似性分析,构建系统发育树图。分析结果表明:(1)小花金花茶、扶绥金花茶与中东金花茶之间的关系较近;(2)大样金花茶、薄叶金花茶和夏石金花茶之间的关系较近;(3)龙州金花茶、毛籽金花茶、陇瑞金花茶和弄岗金花茶之间的关系较近;(4)凹脉金花茶与其他各种关系相对较远。 相似文献
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白腹管鼻蝠两个冬眠群不同个体的随机扩增多态DNA分析 总被引:9,自引:0,他引:9
用随机扩增多态DNA方法研究了白腹管鼻蝠冬眠群群内与群间个体之间的亲缘关系。结果显示:所研究的两个蝙蝠群内个体的遗传相似性平均为0.86和0.89,两群之间的遗传相似性平均为0.84,群内与群间个体之间在遗传相似性方面有一定差别(P〈0.05)。因此认为:在同一个洞中冬眠的白腹管鼻蝠可能亲缘关系很近,冬眠群的构成在亲缘关系方面存在着一定关系,即亲缘关系有可能影响冬眠群构成。 相似文献
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RAPD应用于遗传多样性和系统学研究中的问题 总被引:230,自引:0,他引:230
在研究银杉(Cathaya argyrophylla)的遗传多样性时,对RAPD 产物的影响因素进行了大量的实验探索,结果表明:逐级纯化的DNA 模板的RAPD结果一致, 因而模板制备过程中的很多纯化步骤是不必要的; RNA 对扩增产物无影响; 模板浓度在一个相当大的范围内不影响扩增结果; 从干叶和鲜叶中提取的DNA 可获得一致的扩增产物; 从而证明RAPD 产物具有很好的重复性。进而讨论了RAPD产物分析及数据分析中的一些问题。通过对升麻属(Cim icifuga) 5 种、类叶升麻(Actaea asiatica)及松潘乌头(Aconitum sungpanense)的RAPD 结果分析,认为RAPD 方法可用于种间乃至近缘属间的系统学研究, 但有一定的局限性 相似文献
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随机扩增多态DNA影响因素的研究 总被引:76,自引:0,他引:76
随机拉多态DNA分析受诸多因素的影响,我们发现不同厂家制造的PCR扩增仪,不同厂家出品的TaqDNA聚合酶和PCR缓冲液,RAPD反应体系中的引物浓度,Mg^2+浓度,dNTP浓度,BSA和明胶,以及模板DNA的量等均可能对RAPD结果有不同程度的影响。 相似文献