寡核苷酸芯片技术用于检测过氧化物酶体活化物激活受体基因多态性

 通过寡核苷酸芯片技术检测PPARα基因Leu162Val、Val227Ala多态性和PPARγ Pro12Ala的基因多态性,建立一种快速、简便、准确的方法,为研究非酒精性脂肪性肝病的发病机制、临床诊断和治疗提供依据.收集人体外周血标本,提取DNA进行PCR扩增,设计相应的探针和引物,制备检测芯片,PCR产物与芯片杂交后,扫描芯片并分析结果.PCR产物进行测序验证.寡核苷酸芯片技术检测PPARα基因Leu162Val、Val227Ala多态性和PPARγ Pro12Ala基因多态性结果与测序结果一致.寡核苷酸芯片技术检测非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)密切相关的PPAR基因多态性快速、准确,值得临床推广和应用.     

应用寡核苷酸芯片并行检测CYP1A和GSTM1基因多态性

利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A单核苷酸多态性(SNP)和GSTM1缺失与否,实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型,可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片,检测了84份正常人的血液DNA样本,其中GSTMl基因缺失率达到47．6％,接近报道数值。统计分析发现,CYP1A m1-m2的3种基因型组合TT-AG、TT-GG和TC-GG的发生频率都为0,而根据实验得到的m1和m2各自基因型数据计算,它们的发生频率应是11．4％、2．6％和3．1％,所以推测在所检测的样本中没有T(m1位点)和G(m2位点)的连锁组合,即m1和m2位点的组合只有3种单体型：T-A、C-A和C-G,其发生频率分别是69．6％、7．7％和22．6％。     

应用寡核苷酸芯片并行检测CYP1A1和 GSTM1基因多态性

利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A1单核苷酸多态性 (SNP)和GSTM1缺失与否 ,实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型 ,可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片 ,检测了 84份正常人的血液DNA样本 ,其中GSTM1基因缺失率达到 4 7 6 % ,接近报道数值。统计分析发现 ,CYP1A1m1 m2的 3种基因型组合TT AG、TT GG和TC GG的发生频率都为 0 ,而根据实验得到的m1和m2各自基因型数据计算 ,它们的发生频率应是11 4 %、2 6 %和 3 1% ,所以推测在所检测的样本中没有T(m1位点 )和G(m2位点 )的连锁组合 ,即m1和m2位点的组合只有 3种单体型 :T A、C A和C G ,其发生频率分别是 6 9 6 %、7 7%和 2 2 6 %。     

多药耐药基因分型芯片的制备及优化

目的:建立多药耐药基因(mdr1)分型芯片,以检测患者的单核苷酸多态性(SNPs)。方法:设计并合成探针和引物,制备芯片;构建野生型和突变型质粒,以其为模板经PCR仪扩增后,与芯片上的探针杂交,并用扫描仪分析结果。结果:构建了野生型和突变型质粒,与芯片杂交能很好地区分基因型;优化了制备条件,建立了分型标准。结论:该基因芯片是一种快速特异的基因分型方法。     

IGFBP-3基因多态性及其与中国美利奴羊部分羊毛性状的关联性分析

采用PCR-SSCP方法对中国美利奴羊和哈萨克羊中IGFBP-3基因的多态性进行了检测, 并对不同基因型与中国美利奴羊部分羊毛性状间的关联性进行了分析。结果在位于内含子1区的一段178 bp的扩增产物经SSCP分析后出现了3种基因型, 基因型AA、AB和BB及等位基因A、B在中国美利奴羊中的频率分别为0.70、0.24、0.06和0.82、0.18; 在哈萨克羊中的频率分别为0.87、0.13、0.00和0.93、0.07。序列分析发现: 在该序列的122位碱基表现多态性 (g.122 G>T)。所研究的两个群体在该位点上均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.01)。不同基因型对部分羊毛性状有一定的影响: 不同基因型个体在剪毛后体重和净毛率上没有明显差异。AA、AB及BB基因型个体的羊毛伸直长度逐渐变短, 其中AA与AB基因型之间差异极显著(P<0.01)。AA型个体的剪毛量和羊毛密度要明显低于AB型(P<0.01)和BB型个体(P<0.05); 羊毛纤维直径则明显高于AB型(P<0.01)和BB型(P<0.05)个体。     

肿瘤相关基因表达检测寡核苷酸芯片的制备及其初步应用

为研制肿瘤相关寡核苷酸芯片,并实现其在抗肿瘤反义核酸“癌泰得”作用机理研究方面的初步应用,制备了包含近450种肿瘤相关基因特异寡核苷酸探针的寡核苷酸芯片,建立了相应的质控标准.“癌泰得”用脂质体转染HepG2肿瘤细胞,提取细胞总RNA反转录并荧光标记cDNA,用制备的寡核苷酸芯片检测肝癌细胞HepG2的肿瘤相关基因表达水平,用软件分析获得其差异基因表达谱.0.4 μmol/L的反义核酸“癌泰得”作用于HepG2细胞15 h后,MDNCF、DHS等基因mRNA表达下调,MUC2、MPP11、LAT、HRIF-B、JNK3A1等mRNA基因表达上调,初步检测到了“癌泰得”的抗肿瘤作用可能的相关基因,为进一步的分子作用机理的探讨奠定基础.结果表明,制备的肿瘤相关芯片敏感度高、特异性高、重复性均较好,可用于检测肿瘤相关基因的表达谱,为临床诊断和基础研究提供了技术平台.     

63例慢性乙肝e抗原阴性HBV基因多态性检测结果报告

用地高辛标记引物酶显色法,检测了63例e抗原阴性慢性肝炎HBV基因多态性。结果突变率为53.9%(34/63)。前C/C区1896位突变率最高为49.2%(31/63),1814位38.1%(24/63);BCP区1762位、1764位均为39.7%(25/63),552位突变率为14.3%(9/63)。该检测方法灵敏度高,简便易行。严格控制杂交温度及显色温度是检测操作的关键。     

中国美利奴羊H-FABP基因多态性及其与部分肉质性状相关性的研究

利用聚合酶链式反应-单链构象多态（PCR-SSCP）技术检测中国美利奴羊(Chinese Merino)心脏型脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）外显子2的单核苷酸多态性（SNPs）和遗传多态性,分析其与肌内脂肪（IMF）含量、肌纤维直径和肌纤维密度的相互关系,为该品种绵羊的分子标记辅助选择提供理论依据。结果显示,H-FABP基因外显子2有AA、AB和BB 3种基因型,AA型和BB型在778位均发生了C缺失,939位均发生了A→G转换,BB型还在789位发生了T→C转换,该突变导致所编码氨基酸发生了缬氨酸→丙氨酸的替换;BB型为IMF的优势基因型,与AB型相比差异显著(P<0.05),与AA型相比差异极显著（P<0.01);BB型对肌纤维直径存在负相关。结果提示,中国美利奴羊H-FABP基因外显子2具有多态性,该基因可能是中国美利奴羊肉质性状的主效基因,或者与控制这些性状的主效基因相连锁。     

寡核苷酸芯片在微生物检测中的应用

近几年来发展起来的基因组研究技术———基因芯片技术为微生物检测提供了一种强有力的手段。目前国内外已广泛地开展了利用寡核苷酸芯片对多种微生物 (主要是病毒和细菌 ,少量有真菌 )进行相关检测的研究 ,并在对微生物病原体检测、种类鉴定、功能基因检测、基因分型、突变检测、基因组监测等方面获得了成功。由于寡核苷酸探针具有可根据研究需要任意设计、特异性高等特点 ,寡核苷酸芯片在微生物检测中有着巨大的应用价值 ,具有广阔的应用前景。     

小鼠细胞因子相关基因表达检测寡核苷酸芯片的制备及分析

生物芯片技术用于基因表达谱研究是近年来发展起来的一项新技术 ,该方法本质上是基于对一玻璃片或膜表面上固定的ｃＤＮＡ或寡核苷酸的分子杂交 ,这一新技术可同时测定成千上万个基因的作用方式 ,几周获得的信息用其它方法可能要几年才能得到 ,是以定量方式同时监测大量基因相对表达的强有力的新方法[1 ,2 ] 。国内外目前主要采用ｃＤＮＡ芯片进行基因表达的检测 ,芯片制备所用的ＤＮＡ探针一般为已知基因ｃＤＮＡ克隆的ＰＣＲ扩增产物或ＥＳＴ的扩增产物[3～ 8] 。对基因的表达检测来说 ,ｃＤＮＡ芯片技术是一条非常适用的检测方法 ,但在有…     

四引物扩增受阻突变体系PCR快速测定绵羊 BMPR-IB基因型方法的建立

四引物ARMS PCR是检测SNP有效、快速、简便的方法.绵羊BMPR-lB基因是控制Booroola绵羊多胎性状的主效基因,此研究目的在于建立一种对BMPR-IB基因四引物ARMS PCR检测方法.根据四引物ARMS PCR技术原理,在绵羊BMPR-IB基因突变位点(A746G)设计一对特异性引物,并在突变点两侧设计一对参照引物,用来扩增含有突变点的DNA片段,可在一步PCR反应中根据电泳图谱准确判断绵羊个体的BMPR-IB基因型,对比PCR-RFLP检测结果表明,所建立的方法简单,操作简便,大大提高了检测效率.     

BMPR-IB和BMP15基因作为小尾寒羊多胎性能候选基因的研究

以控制BooroolaMerino羊多胎性能的BMPR IB基因 ,以及影响Invedale和Hanna羊排卵数的BMP15基因作为候选基因 ,从分子水平上对小尾寒羊的多胎机制进行研究 ,分析突变位点的特性 ,并通过大规模的群体检测统计推断其遗传效应。实验结果表明 :多胎品种小尾寒羊在BMPR IB基因的相应位置上发生了与BooroolaMerino羊相同的突变 (A74 6G) ,该基因的BB基因型在小尾寒羊群体内为优势基因型 ,且小尾寒羊初产和经产母羊的BB基因型比 ++基因型分别多产 0 97羔 (P <0 0 5 )和 1 5羔 (P <0 0 1) ,推测BMPR IB基因与控制小尾寒羊多胎性能的主效基因存在紧密的遗传连锁。而BMP15基因在小尾寒羊中不存在V31D或Q2 3Ter突变 ,说明小尾寒羊的多胎遗传机制与Romney羊不同 ,因此排除了BMP15突变影响小尾寒羊排卵数的可能性。     

Development of an enzyme-labeled oligonucleotide probe for detecting the Escherichia coli attaching and effacing A gene.

Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) and enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) can produce attaching and effacing (AE) lesions on intestinal epithelium in vitro and in vivo. A gene necessary to cause the AE lesion has been identified and designated Escherichia coli attaching and effacing A (eaeA) gene. In this study, an alkaline phosphatase (ALP)-conjugated oligonucleotide probe for the eaeA gene was developed and used to detect the eaeA gene among 163 strains of classical EPEC and 25 strains of EHEC O157. The prevalence rates of eaeA gene in the strains of classical EPEC and EHEC O157 were 51.5 and 100%, respectively. The eaeA-positive rate (60.0%) in strains of class I EPEC serogroups (O26, O55, O86, O111, O119, O125, O126, O127, O128ab, and O142) was significantly higher than that (22.9%) in strains of the class II EPEC serogroups (O18, O44, O114) (P<0.01). A total of 109 eaeA-positive classical EPEC and EHEC O157 were positive for fluorescent actin staining (FAS) assay, whereas 79 eaeA-negative classical EPEC were negative. Both the sensitivity and specificity of the eaeA probe versus the FAS assay positivity were 100%. Thus, use of the ALP-conjugated oligonucleotide probe for the eaeA gene would be specific and reliable in identifying the adherence capability of EPEC and EHEC.     

Absence of evidence for linkage between Booroola gene and genetic markers at 11 sheep blood polymorphic loci

Summary. Genetic linkage between the Booroola locus ( Fec ) and 11 sheep blood polymorphic loci (i.e. Tf, Hb, CA, OLA, and A, B, C, D, M, R, F41 red cell blood groups) was investigated in six large sire families (163 informative female offspring). The six sires tested were heterozygous for the Booroola allele ( Fec^B ) and for several genetic markers. No evidence in favour of linkage was found. Moreover, depending on the marker locus considered, linkage closer than or as close as the recombination frequency of 10–30% was excluded.     

我国生物信息产业的现状及问题分析

针对我国生物信息产业的现状及存在的问题进行分析,介绍了生物信息学以及生物芯片研究的现状和新技术、生物信息产业的发展,并对生物信息产业的知识产权保护问题进行了分析和讨论。对于今后如何发展我国生物信息产业以及如何采取策略和措施提供参考。     

优良的BMPR-IB基因型可提高绵羊冷冻胚胎的受胎效果

以控制BooroolaMerino羊高繁殖力的BMPR-IB基因为候选基因,以小尾寒羊及其杂交羊、东北半细毛羊、澳洲美利奴羊、德国肉用美利奴羊、萨福克羊、特克塞尔羊、夏洛莱羊为试验对象,采用PCR-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法进行基因单核苷酸多态性(SNP)检测和基因型分析,同时研究基因对高繁殖力的影响.研究结果表明:小尾寒羊及其杂交羊、东北半细毛羊和夏洛莱羊群体中发现了与BooroolaMerino羊相同的A746G碱基突变,而小尾寒羊及其杂交羊群体的B等位基因频率明显高于其他2个品种.另外4个品种中未发现此突变.携带B等位基因的群体较非携带B等位基因群体排出更多的卵子,排卵后黄体直径较小.移植入冷冻胚胎后, 、B 和BB3种基因型群体的妊娠率分别为38.78%、45.71%和66.67%.由此推断,BMPR-IB基因突变很有可能从增加卵巢排卵数和提高胚胎着床及妊娠建立效率两个方面同时影响绵羊高繁殖力性状.所得BB型群体冻胚移植妊娠率明显高于 和B 型群体,已接近鲜胚移植水平,通过PCR-RFLP方法进行基因型分析,选用合适基因型群体作为胚胎移植受体,有可能为提高绵羊胚胎移植受胎率提供新的方向.     

Blood group and protein polymorphism gene frequencies for seven breeds of horses in the United States

Gene frequencies at 20 blood group and protein polymorphism loci ( A, C, D, K, P, Q, U, Al, Tf, Pi, Xk, Es, Gc, PGD, CA, Cat, PGM, AP, Hb and PHI ) are given for seven horse breeds in the United States (Thoroughbred, Arabian, Standard bred, Morgan, Quarter Horse, Paso Fino and Peruvian Paso). These data are used to calculate that the battery of tests is at least 96% effective for recognizing incorrect paternity in these breeds. In addition to paternity testing, these tests can be applied to studies of breed relationships.     

绝经后女性CYP19基因Val80及OPG基因A163G多态性与骨密度的相关性研究

探讨细胞色素P450 19 (CYP19) 基因Val80多态性及护骨素(OPG) 基因A163G多态性与绝经后女性骨密度 (BMD) 的关系。随机选择居住在重庆的绝经后女性200例, 采用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性法检测Val80及A163G多态性, 采用Norland公司XR-46系列双能X线骨密度仪测量股骨近端及腰椎BMD。 200名绝经后女性中Val80基因型GG、GA及AA的频率分别为19.5％、44.5％及36.0％; A163G基因型GG、GC 及CC的频率分别为: 13.0％, 42.0％及45.0％; 基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡 (P＞0.05)。协方差分析及多元逐步回归分析显示CYP19基因第3外显子Val80多态性与绝经后女性BMD无相关性 (P＞0.05)。除大转子外, A163G位点AG/GG/AG+GG基因型者股骨颈、Ward’s三角及腰椎BMD均较AA基因型者低, A163G基因型与股骨颈、Ward’s三角及腰椎BMD有相关性 (P＜0.05)。OPG基因启动子区A163G多态性分布存在明显的种族差异, 且与绝经后女性BMD有一定关联, AA型对BMD具有一定的保护作用, G等位基因是BMD降低的危险因素。     

Down-regulation of NOSII gene expression by iontophoresis of anti-sense oligonucleotide in endotoxin-induced uveitis

Transcorneoscleral iontophoresis was used to enhance ocular penetration of a 21-bp NH(2) protected anti-NOSII oligonucleotides (ODNs) (fluorescein or infrared-41 labeled) in Lewis rats. Both histochemical localization and acrylamide sequencing gels were used. To evaluate the potential to down-regulate NOSII expression in the rat model of endotoxin-induced uveitis (EIU), anti-sense NOSII ODN, scrambled ODN or saline were iontophorezed into these animals' eyes. Iontophoresis facilitated the penetration of intact ODNs into the intraocular tissues of the rat eye and only the eyes receiving ODNs and electrical current demonstrated intact ODNs within the ocular tissues of both segments of the eye. Iontophoresis of anti-NOSII ODN significantly down-regulated the expression of NOSII expression in iris/ciliary body compared to the saline or scrambled ODN treated eyes. Nitrite production was also significantly reduced in the anti-NOSII applied eyes compared to those treated with saline. Using this system, intraocular delivery of ODNs can be significantly enhanced increasing the potential for successful gene therapy for human eye diseases.