四苯基卟啉氯化锰与ctDNA的相互作用

目的:探究非水溶性的四苯基卟啉氯化锰[(TPP)MnCl]与小牛胸腺DNA(ctDNA)的相互作用方式及机理.方法:借助紫外-可见光谱、荧光光谱和电化学等手段研究了(TPP)MnCl与ctDNA相互作用的过程.结果:两者作用后,(TPP)MnCl的紫外-可见光谱在Soret带减色30%;EB-DNA体系的荧光猝灭;(TPP)MnCl的循环伏安也明显变化.实验测得(TPP)MnCl与ctDNA的表观结合常数为9.3×105L·moL-1.结论:在实验条件下,(TPP)MnCl与ctDNA以静电结合方式相互作用.     

ctDNA与离子型表面活性剂相互作用的共振瑞利散射法研究

利用共振瑞利散射光谱(RRS)方法研究了ctDNA与离子型表面活性剂的相互作用.结果表明:阳离子表面活性剂通过静电、疏水等作用在ctDNA表面聚集,造成ctDNA的RRS大大增强;阴离子表面活性剂对吖啶橙(AO)与ctDNA的相互作用有协同作用,能使AO-ctDNA的RRS信号大大增强.     

Synthesis of N-4-butylamine acridone and its use as fluorescent probe for ctDNA

A novel N-4-butylamine acridone (BAA), which is an acridone derivative was synthesized and characterized by IR, MS and (1)H NMR. The fluorescent characteristics of BAA was investigated in detail and used as the fluorescent probe for detection of calf thymus DNA (ctDNA). It was found that DNA was able to quench the fluorescence of BAA at 426 nm with the excitation at 254 nm. Under optimal conditions, the corresponding linear response range was from 1.0 to 20.0mg/L and the limit of detections (LOD) was 0.020 mg/L (defined as S/N=3). Moreover, the interaction between BAA and ctDNA was investigated by fluorescence, absorption and viscosity measurements. The results suggested that the interaction between BAA and ctDNA is groove binding in nature.     

人血清白蛋白与镍离子相互作用的热力学研究

1　Introduction　　Serumalbuminproteinsareamongthemosthighlystudiedandappliedinbiochemistry[1～ 4].Albuministhemostabundantproteininbloodplasmaandoneofitsmainfunctionsisbasedonauniqueabilitytobindnumerousendogenousandexogenouscompounds.Duetoitsligandbindingpropertiesalbuminservesasacirculatingdepotofsomemetabolites.Thisdepoteffectisoftenmadeuseofindrugtherapy.　　Humanserumalbumin(HSA)isasinglepeptidechainconsistingof 5 85aminoacids( 6 6 5ku)asdeterminedbyaminoacidsequencestudies[5] andasde…     

A型流感病毒NS1蛋白与宿主的相互作用

A型流感病毒非结构蛋白1(nonstructural protein l, NS1)全长约为230个氨基酸,主要包括两个功能结构域,即 N-末端的RNA结合结构域和C-末端的效应结构域.NS1是一个多功能病毒蛋白,它不仅影响着该病毒其他基因的表达,更能通过与宿主细胞多种因子的相互作用干预宿主细胞的正常功能,抵抗宿主的抗病毒系统.因此, NS1被认为是A型流感病毒的一个重要毒力因子.本文综述了 NS1蛋白与宿主相互作用的最新研究进展,为进一步揭示NS1 蛋白的功能提供了参考.     

Interaction of pH-Sensitive Liposomes With Blood Components

Abstract

Avoidance of lysosomal degradation of drugs entrapped in liposomes has been one of the major efforts in liposome research. The achievement of high drug deliver}' efficiency using pH-sensitive liposomes over the pH-insensitive liposomes has greatly influenced our strategies in liposome drug delivery. The success of pH-sensitive liposomes in delivering compounds such as fluorescence dye, anti-cancer reagents, toxins and DNA to target cells with high efficiency in vitro shows a great potential to apply the same strategy to in vivo systems. Using human plasma as a simplified model for blood, we have systematically examined the interaction of pH-sensitive liposomes composed of dioleoylphosphatidyl-ethanolamine (DOPE) and oleic acid (OA) with plasma components. Our results show that the bilayer structure of liposomes in plasma depends on their sizes. Small liposomes (d<200nm) were stabilized by plasma components while the larger ones (d>600nm) were rapidly lysed upon the exposure to plasma. Such differences in their stability in plasma may derive from their differences in lipid packing which determines the surface pressure of the membrane. Using purified serum proteins, we found that albumin such as bovine serum albumin (BSA) lyse liposomes by extracting OA from the bilayer. However, BSA induced lysis could be blocked by lipoproteins including HDL, LDL and VLDL, but not by immunoglobulins. Further studies with purified components of HDL demonstrated that apoAl, not the lipids of the HDL, contains the stabilization activity. The extraction of OA from liposomes and the insertion of plasma components into the bilayer modified the bilayer properties such that plasma stabilized liposomes were no longer pH sensitive. Using dipalmitoylsuccinylglycerol (DPSG), a double-chain pH senser for DOPE liposomes, we could preserve 50% pH sensitivity after plasma treatment. The potential application of such liposomes and other essential properties of pH-sensitive liposomes for drug delivery in vivo are also discussed.     

基于关联基因本体论注释的蛋白质相互作用预测

细胞中的生理活动主要是通过蛋白质 - 蛋白质之间的相互作用来调控完成 . 详尽细致的蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的解析对于理解细胞中复杂的调控、代谢和信号通路有重要的意义 . 近年来,关于新的蛋白质 - 蛋白质相互作用预测领域进展快速,这里,利用贝叶斯算法结合关联的 GO (Gene Ontology) ,来预测蛋白质的相互作用 . 利用非冗余的蛋白质相互作用数据来观察 GO 对的特性,得到 GO 关联的概率 . 通过阳性的和阴性的标准对照数据证实这个新方法可以很好地区别这两类不同的数据,显示出较好的灵敏度和非常低的假阳性预测率 . 通过与已知的高通量的实验数据比较,这个方法具有灵敏度高、速度快的优点 . 而且,运用这个新方法可以提供一些新的关于细胞内蛋白质之间相互作用的信息,为进一步的实验提供理论依据 .     

干扰素诱导蛋白P56与糖皮质激素受体的相互作用及对其转录活性的影响

糖皮质激素受体（GR）在严重创伤早期及全身性炎症反应中具有重要作用,为寻找与GR相互作用的新的蛋白质,以期调节GR的功能活性,应用酵母双杂交技术,以糖皮质激素受体配体结合区（GR-LBD）为诱饵蛋白,在人骨髓cDNA文库中筛选到42个阳性克隆.测序结果表明,其中一个克隆为干扰素诱导蛋白P56的大部分编码序列（221～1 642 bp,编码第53位至第478位氨基酸）.利用酵母双杂交实验再次验证P56与GR具有结合作用.并用PCR方法从酵母质粒中扩增出P56片段,进行GST-P56原核融合蛋白表达与纯化,及真核表达与免疫共沉淀.蛋白质结合实验表明,P56与GR-LBD在体内外有结合作用.CAT报告基因检测表明P56抑制GR的转录激活能力.     

BRD7结构功能域Bromodomain的研究以及一个新的BRD7交互作用蛋白的鉴定

溴区包含蛋白7(BRD7)是采用cDNA代表性差异分析方法克隆的一个新基因.研究证实了BRD7能够与乙酰化的组蛋白3结合,其识别位点在组蛋白3的14位氨基酸;并且证实了溴区结构域(Bromodomain)缺失型的BRD7突变体失去了与乙酰化组蛋白3的结合能力.Bromodomain是在进化上高度保守的功能结构域,该结构域在空间构象上具有鲜明的特征:包括4个左手、呈反向平行排列的“螺旋(αz,αA,αB,αC)”以及2个“连结环”(ZAloop,BCloop).通过生物信息学等综合分析,预测BRD7可能具有上述特征.依据上述分析结果,构建了BRD7的Bromodomain相关缺失突变体,通过肽段结合实验分析上述突变体与乙酰化组蛋白3结合的能力.结果表明,ZAloop与BCloop的完整性对于BRD7结合乙酰化的组蛋白3有着重要的意义.同时通过免疫荧光分析,证实了ZAloop与BCloop的完整性能够影响BRD7的亚细胞定位.最后,证实了BRD7与CBP可能存在交互作用.CBP不仅具有乙酰化转移酶活性(HATs),能够对组蛋白末端进行乙酰化修饰,并且作为一种重要的细胞转录因子广泛参与细胞的各种生物学活动.     

高取代度CMS合成新工艺研究

研究以玉米淀粉为原料,用溶煤法合成CMS(2%水溶液,DS≥0.90,η≥120.0mpa.s)的新工艺;讨论了影响其合成的几种因素,确定了最佳技术参数和工艺条件,经工业性试验,证明本法切实可行。     

人神经tau蛋白与DNA相互作用

通过凝胶阻滞实验表明,人类神经tau能够与不同来源的DNA（λDNA, 质粒DNA以及PCR产物）相结合,形成tau-DNA复合物.每分子神经tau大约与长度为6～10 bp的核苷酸片段结合.原子力显微镜直接证实了tau与线性质粒DNA相结合形成串珠样的结构.采用单克隆抗体Tau-1,进行免疫组织化学的实验显示,神经tau不但弥散地分布在SY5Y细胞系的细胞质内,同时也存在于细胞核中,并形成染色致密的斑点.以上结果提示：神经tau在细胞核中可能参与了某种重要的生物学功能.     

Syntaxin 1A 与 Munc18a 在细胞内的相互作用和定位研究

Syntaxin 1A (Syn1A) 和 Munc18a 蛋白在囊泡转运和分泌中起着至关重要的作用,然而它们在细胞中分选和转运的分子机制目前尚不清楚 . 我们用绿色荧光蛋白 (EGFP) 和红色荧光蛋白 (TDimer2) 分别标记 Syn1A 和 Munc18a ,并用荧光显微技术观察它们在 BHK-21 和 HEK293 细胞中的转运和定位 . 实验结果表明 Syn1A 主要定位在细胞质膜上,而 Munc18a 主要分布在胞浆中,但是与 Syn1A 共表达时能定位到细胞质膜上 . 删除胞浆部分的 Syn1A 蛋白不能上膜,提示其胞浆结构域在分选和定位过程中起着重要的作用 .     

计算方法研究HIV-1蛋白酶及其变异与小分子GRL-0519的相互作用

艾滋病病毒在世界范围内的传播,严重地威胁到人们的身心健康.HIV-1蛋白酶的残基变异严重地削弱了药物的治疗效果.为了研究残基变异D30N、I54M和V82A对蛋白酶结合抑制剂GRL-0519的影响,本研究进行了4个30 ns的分子动力学(MD)模拟,并采用溶解相互自由能(SIE)方法计算了蛋白酶和抑制剂的结合能.计算结果表明,极性相互作用不利于变异的蛋白酶结合抑制剂,而对于野生型的蛋白酶(WT),极性相互作用有微弱的贡献,极性相互作用是残基变异抗药性的主要原因,计算得到的总结合能与实验的数据一致.为了说明每个残基在抗药性中的贡献,采用分子力场的方法计算了每一个残基与小分子作用的范德华作用能,并分析了抑制剂与蛋白酶形成的氢键.范德华作用分析表明,V82A残基变异对结合模式的影响较小,相对于WT,D30N有5个残基的范德华贡献差异大于0.4 kcal/mol,I54M残基变异的蛋白酶有6个残基.氢键的分析说明,D30N和I54M变异丢失了几个氢键;范德华作用和氢键的分析结果与SIE的计算结果一致.研究结果为设计新的更有效的抗HIV-1蛋白酶变异的抑制剂提供了理论指导.     

苦绳（Dregea sinensis）中多氧化孕烷糖苷与免疫蛋白相互作用的研究

目的 基于化学结构特点研究植物苦绳（Dregea sinensis）中多氧孕烷糖苷的生物活性,以及化合物分子与靶蛋白分子间的作用机理。方法 本研究采用分子对接和表面等离子体共振方法,对191个多氧化孕烷糖苷类成分（>800 u）进行了免疫活性及其与免疫蛋白的动力学评价。结果 通过分子对接方法筛选出7个配体分子（6、18、23、30、78、79和80）和3个免疫相关蛋白（IL-2Rα、TLR4和TNF-α）。研究表明,化合物30和78在SPR实验中与靶蛋白IL-2Rα和TLR4具有显著的结合趋势,与IL-2Rα的结合常数K_D分别为2.41×10^-6和2.14×10^-6 mol/L,与TLR4则分别为1.96×10^-5和5.60×10^-6 mol/L。分子动力学研究进一步表征SPR阳性分子6、18、30、78和80与靶蛋白之间的相互作用基团。结论 研究揭示多氧化孕烷糖苷类成分可以通过形成氢键和Pi-Pi相互作用与靶蛋白结合。研究内容对快速评价多氧化孕烷糖苷类成分的活性具有重要意义,为揭示低丰度药效物质的潜在作用机制进行了有益探索。     

卟啉化合物四-[3-甲氧基-4-(N-咔唑)]正丁氧苯基和四-[3-甲氧基-4-(N-咔唑)]正己氧苯基与小牛胸腺DNA相互作用的研究

〔四-[3-甲氧基-4-(N-咔唑)正丁氧苯基],4C4-TPP〕和〔四-[3-甲氧基-4-(N-咔唑)正己氧苯基],4C6-TPP〕是两个结构相似但侧链不同的卟啉化合物,4C6-TPP的侧链长于4C4-TPP。应用紫外吸收光谱、荧光光谱和园二色谱,研究了4C4-TPP和4C6-TPP与小牛胸腺DNA（Calf thymus, ctDNA）之间的相互作用。结果表明：4C4-TPP和4C6-TPP均以侧链插入DNA与之作用,计算二者与DNA之间的结合常数,4C6-TPP与DNA的结合常数远大于4C4-TPP与DNA的结合常数。基于4C4-TPP与4C6-TPP二者之间结构差异仅在于侧链基团,证明了侧链基团对于卟啉与DNA作用的影响不是主要决定于其空间尺寸大小,取代基化学结构是影响卟啉与DNA的相互作用的重要因素。     

Modeling Drug-Melanin Interaction With Theoretical Linear Solvation Energy Relationships

The affinity of drugs and other xenobiotic agents for melanin is a well-known phenomenon, often occurring with serious physiological consequences. For example, the interaction of anti-psychotic drugs with neuromelanin may play a pivotal role in the induction of extrapyramidal movement disorders associated with the chronic administration of phenothiazine and other neuroleptic agents. Little, however, is known about the complete nature of melanin-drug binding and the impact of these interactions on the physicochemical properties of melanin. Data, such as binding affinities, can be analyzed using recently developed computational methods that combine mathematical models of chemical structure with statistical analysis. In particular, theoretical linear solvation energy relationships provide a convenient model for understanding and predicting biological, chemical, and physical properties. By using this modeling technique, drug-melanin binding of a set of 16 compounds has been analyzed with correlation analysis and a set of theoretical molecular parameters in order to better understand and characterize drug-melanin interactions. The resulting correlation equation supports a charge transfer model for drug-melanin complex formation and can also be used to estimate binding constants for related compounds.     

Interaction 3d-and 4d-Group Metal Ions With GMP

Abstract

The interaction of 3d- and 4d- group metal ions with GMP is studied by the differential UV spectroscopy method. Ni²⁺, Co²⁺, Cu²⁺, Zn²⁺, Cd²⁺ form a chelate structure, interacting innerspherically with N7 and outerspherically with O6, while Ag⁺ binds innerspherically to N7 as well as to O6. The difference in association constants for 3d ions binding to GMP is mainly due to differences in the ion radii.     

JNK相互作用蛋白通过JNK途径影响鼻咽癌的增殖和凋亡

EB病毒编码的瘤蛋白潜伏膜蛋白（LMP1）所介导的活化蛋白（AP-1）信号转导途径在细胞增殖、分化、转化与凋亡方面发挥着重要作用.越来越多的证据表明,AP-1信号转导通路中上游激酶JNK在鼻咽癌的发生发展过程中起着重要作用.最近克隆出来的JNK相互作用蛋白(JIP-1)是一种能抑制JNK核移位的胞浆锚蛋白.为探讨JIP在LMP1调控AP-1信号通路中的作用机制,采用间接免疫荧光法和报告基因法,发现JIP通过有效地抑制磷酸化的JNK从胞浆移位入核,从而抑制LMP1上调的AP-1活性.同时,JIP导入鼻咽癌细胞中,MTT法发现JIP能够明显抑制鼻咽癌细胞的生长.进一步发现转染JIP后细胞的集落形成率与对照组相比大约降低了53.6%,也抑制了细胞. 提示JIP可明显抑制细胞的增殖作用.进一步采用流式细胞术分析,结果发现JIP引起细胞G1/S期细胞阻滞,说明JIP是抑制细胞增殖的重要调节子.进一步采用流式细胞术定量发现,转染JIP后细胞的24 h凋亡百分率由1.25%上升到8.25%,上升约6.6倍,48 h由1.04%上升到31.45%,上升约30倍. 采用激光共聚焦显微镜发现,转染JIP后细胞核发生显著变化,核质由均匀状态固缩成高凝集状态,形成了典型的胞膜体.提示JIP可有效地促进细胞凋亡.结果表明,JIP可通过抑制活化的JNK核移位,降低LMP1所介导的AP-1信号通路.并进一步发现JIP可有效地抑制细胞增殖和细胞凋亡,从而提示JIP可作为新的治疗肿瘤潜在靶分子.