从江香猪RARG基因多态性与繁殖性状关联分析

本实验目的是研究RARG基因SNP位点与从江香猪繁殖性状的相关性,寻找影响从江香猪繁殖性状的QTL,为分子标记辅助选择提供依据。本研究以从江香猪母猪为研究对象,利用DNA直接测序技术,筛选RARG基因SNP位点,并进行基因多样性、关联性和数量性状遗传分析研究。受试群体中,在RARG基因中发现3个SNP位点,其中A~(55)G、C~(1464)T位于intron7,C~(128)T位于exon8;关联分析发现,A~(55)G位点与初、经产母猪总产仔数、产活仔数及乳头数差异性均不显著(p0.05);C~(1464)T位点与经产母猪总产仔数、产活仔数及乳头数均呈显著性差异(p0.05),且CC基因型比CT、TT基因型多;对于C128T位点,AA基因型初产母猪的总产仔数、产活仔数及母猪乳头数均比AB、BB基因型多,且差异性均显著(p0.05);数量性状遗传分析发现,等位基因C对经产母猪总产仔数、产活仔数、乳头数的平均效应分别为0.56、0.59、0.29,CC基因型估计育种值分别为1.12、1.18、0.58;等位基因A对初产母猪总产仔数、产活仔数、乳头数的平均效应分别为0.61、0.60、0.33,AA基因型估计育种值分别为1.22、1.20、0.65。推测等位基因C和等位基因A可能为从江香猪总产仔数、产活仔数、乳头数的有利等位基因,且CC基因型和AA基因型为有利基因型。     

MyoG基因对金华猪繁殖性状的影响

用PCR-RFLP方法对金华猪I系（109头）、II系（15头）、III系（25头）的MyoG基因的第二内含子内（PCR1- MspⅠ-RFLP）和3'-端（PCR2- MspⅠ-RFLP）位点进行了多态性分析。结果表明：PCR1- MspⅠ-RFLP位点有3种基因型（AA、AB、BB）,其基因型频率分别为0.1544,0.3826,0.4631;PCR2- MspⅠ-RFLP位点只有2种基因型（MM、MN）,其基因型频率分别为0.9953和0.0047。采用SPSS程序分析MyoG基因对金华猪繁殖性状的影响。结果表明：MyoG基因对金华母猪初胎的总产仔数、二胎的产活仔数影响显著（P<0.05）,而对其他胎次组合的总产仔数、产活仔数以及初生窝重没有显著影响（P<0.05）。     

猪前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)基因的遗传变异及其与繁殖性状相关性研究

前列腺素内过氧化物酶2是花生四烯酸合成前列腺素的限速酶,在包括排卵、受精、着床、分娩等一系列生殖过程中起着重要作用,因而编码该酶的基因是影响繁殖性状的重要候选基因。通过PCR—RFLP分析前列腺索内过氧化物酶2基因在15个中外不同繁殖性能猪种中的遗传变异,结果表明,不同类型中国地方猪种和外来商业猪种往此摹因位点上存在丰富的多态性,繁殖性能相埘较好的江海型、华北型和华中型猪种中A等位基因表现为优势等位基因,卡方检验显示其基因频率分布与西方商业猪种及繁殖性能较低的高原型藏猪和华南型猪种差异均极为显著（P〈0．001）。利用二花脸x杜洛克资源家系F2群体分析该基因与繁殖性状的相关性,在180头F2代母猪群体中,未能进一步证实该基凶位点对总产仔数、产活仔数和死胎数3个繁殖性状存在显著影响（P〉0．05）,但携带优势等位基因4的个体趋向于拥有较高的总产仔数、产活仔数和偏低的死胎数,鉴于该基因的重要作用,基于全基因序列的SNP扫描和大样本群体的相关性分析仍很有必要。     

五指山、二花脸和皮特兰猪的SLA-DRB基因外显子2 PCR-RFLP及PCR-SSCP多态性分析

采用PCR-RFLP法和PCR-SSCP法对17头五指山猪、28头二花脸猪以及28头皮特兰猪SLA-DRB外显子2进行分型。采用PCR-RFLP技术分型,结果显示：限制酶MspⅠ酶切可分出1种RFLP带,即M：143bp／102bp;限制酶RsaⅠ酶切可分出4种RFLP带,分别为A：141bp／93bp／11bp,B：111bp／69bp／54bp／11bp,C：180bp／54bp／11bp以及D：93bp／48bp／39bp／54bp／11bp。检测发现,五指山猪有2种RFLP带型：AA和BB,二花脸猪有3种RFLP带型：AA、BB和AB,皮特兰猪有3种RFLP带型：AA、CC和BD。比较五指山猪、二花脸猪与皮特兰猪,发现3个品种都是以A带为主,分别占到0．69、0．73和0．82,品种之间差别不显著。采用PCR—SSCP技术共分出7种标记带型,分别为αα、αδ、、ββ、γγ、αγ、δδ,βε,其中五指山猪有3种带型,分别为αα、αδ和ββ,二花脸猪有3种带型,分别为αα、γγ和αγ,而皮特兰则出现5种带型,分别为αα、δδ、αδ、βε和ββ。在3个品种猪中均存在α带,且其频率在各自品种中均最高,在五指山猪和皮特兰猪中δ带出现的频率次之,相应的在这两个猪种中杂合型αδ带型出现的频率则最高。Hardy-Weinberg平衡分析表明,二花脸猪SLA—DRB基因外显子2的RFLP带型达到平衡状态,其SSCP带型也达到平衡状态,五指山猪SLA—DRB基因外显子2的RFLP带型以及SSCP带型均未达平衡状态,皮特兰猪SLA—DRB基因外显子2的RFLP及SSCP带型大部分未达平衡状态。     

5个与猪产仔数相关基因的效应分析

为了比较不同基因对猪产仔数效应大小,在相同的大白 （158头）、长白 （224头）猪群中采用PCR-RFLP法进行了ESR、FSHβ、PRL、PRLR、NCOA1 5种与产仔数相关基因的基因型频率检测及不同基因型的总产仔数和产活仔数效应分析,结果表明,对相同母猪群产仔数影响效应最大的是PRLR和NCOA1基因,AA型比BB型母猪总产仔数高2.28~3.33头（P<0.01）,产活仔数高1.57~3.30头（P<0.01）,其次为ESR和FSHβ基因,BB型比AA型母猪总产仔数高0.55~1.18头（P<0.05,长白例外）,产活仔数高0.37~1.20头（P<0.05）。PRL基因对产仔数效应不显著。     

猪PRLR基因PCR—SSCP多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术分析了杜洛克猪、长白猪、大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种472个个体催乳素受体基因(PRLR)的多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、CC 5种基因型.在马身猪中, B等位基因为优势基因,频率为0.55;其他品种中,优势基因为A等位基因,频率分布在0.79～0.89之间;C等位基因除在大白猪频率略高外(0.20),在其他品种中频率都很低,在0～0.09之间.对AA、BB、CC三种纯合子进行克隆测序和同源序列比较,发现在扩增片段内有6处SNP,都发生在PRLR基因的第8内含子,分别是内含子8第26位、54位和99位的C→T突变,47位和68位的A→G突变,63位的G→A突变.利用最小二乘分析研究了PRLR基因型对母猪头胎总产仔数和产活仔数的影响,结果表明PRLR基因不同基因型母猪的头胎总产仔数和产活仔数差异均不显著.     

猪窝产仔数的遗传分析

对二花脸猪,大白猪及其杂交一代3个群体共计1686窝仔猪数的资料进行了遗传分析,结果表明猪总产仔数,活产仔数,20日龄仔猪数和45日龄仔猪数的遗传力分别为0．081,0．156,0．402和0．419。主效基因指数分析表明二花脸猪这4个性状均存在主效基因遗传。     

金华猪3个繁殖性状主基因的分布及其效应的研究

采用PCR RFLP技术分析了金华猪 3个品系的雌激素受体基因 (ESR)、促卵泡素 β亚基基因 (FSHβ)、催乳素受体基因 (PRLR)在金华猪 3个品系中的分布情况 ,并采用SPSS程序分析了ESR、FSHβ和PRLR 3个基因对金华猪Ⅰ系母猪繁殖性状的影响。结果表明 :ESR基因的 3个基因型AA、AB、BB在金华猪Ⅰ系、Ⅱ系和Ⅲ系中的频率分别为 0 0 2 37(AA)、0 36 0 9(AB)、0 6 15 4 (BB) ,0 (AA)、0 5 333(AB)、0 4 6 6 7(BB)和 0 2 90 9(AA)、0 6 (AB)、0 10 91(BB) ;PRLR基因的 3个基因型AA、AB、BB在金华猪Ⅰ系、Ⅱ系和Ⅲ系的频率分别为 0 2 5 6 0 (AA)、0 392 9(AB)、0 35 12 (BB) ,0 2 (AA)、0 2 6 6 7(AB)、0 5 333(BB)和 0 12 73(AA)、0 4 90 9(AB)、0 3818(BB) ,而FSHβ基因仅在金华猪Ⅰ系中存在多态性 ,且有利基因B的频率很低 ,仅为 0 0 12 0。ESR基因对金华母猪经产胎次产活仔数、所有胎次的产活仔数和总产仔数影响显著 (P <0 0 5 ) ,对金华母猪经产胎次的总产仔数的影响接近显著 (P =0 0 6 1)。B基因对产活仔数的加性效应为经产胎次 0 70头 胎 ,所有胎次 0 6 6头 胎 ;对总产仔数的加性效应为经产胎次 0 90头 胎 ,所有胎次 0 84头 胎。PRLR基因对金华母猪的各项繁殖性状都没有显著影响 (P     

雌激素受体基因和长白猪繁殖性能相关研究

通过检测612头长白母猪共2 239窝ESR基因的PvuⅡ酶切多态性,分析了不同ESR基因型和长白母猪繁殖性状的相关,以确定ESR基因在猪育种应用的可能性.头胎母猪、第2胎母猪和3胎以上母猪的资料分开统计.群体中B等位基因的频率很低,但似然比检验结果显示群体的基因频率处于哈代-温伯格连锁平衡状态.第1胎BB基因型母猪的总产仔数显著高于AA型母猪(12.05±0.82 vs 10.19±0.24)(P＜0.05),但BB基因型母猪的初生仔猪重显著低于AA型母猪(1.23±0.07vs 1.42±0.02)(P＜0.05).第3胎以上资料合并,BB基因型母猪的总产仔数显著多于AA和AB基因型母猪(11.98±0.63 vs10.90±0.48/10.92±0.51)(P＜0.05),产活仔数显著高于AA型母猪(10.31±0.58 vs 9.43±0.45)(P＜0.05);AB基因型母猪初生仔猪重显著低于AA型母猪(1.44±0.04 vs 1.48±0.04)(P＜0.05).所有资料合并,BB基因型母猪的总产仔数极显著高于AB型母猪(11.63±0.52 VS 10.63±0.42)(P＜0.01),显著高于AA型母猪(11.63±0.52 vs 10.70±0.40)(P＜0.05);BB基因型母猪的产活仔数显著高于AB和AA基因型母猪(10.15±0.50 vs 9.33±0.39/9.41±0.41)(P＜0.05).其余情况下各基因型母猪间繁殖性状间差异不显著(P＞0.05).总之,BB基因型母猪的总产仔数和产活仔数优于其他基因型母猪,但仔猪初生重较低.ESR基因可以作为遗传标记,用于本群长白猪产仔数的选择.     

白色基因座(I)在中国地方猪种毛色遗传中的作用研究

通过利用PCR—RFLP和PCR—SSCP技术对中国地方猪种KIT基因内含子17、18的序列进行多态性分析。结果表明：内含子17上的替换突变(G→A)发生于毛色为白色的个体——白色五指山猪、大白猪、长白猪上,其基因型(AB型)频率分别为1、1和0．8;其他中国地方猪种的此基因型频率均为0。内含子18上的缺失突变(AGTT)也同样发生在上述3个猪种的白色个体中,其基因型(AA型)频率分别为1、1和0．93;而且同样在其他的地方品种中其基因型频率均为0。这充分证明KIT基因对于猪的白毛色有重要的调控作用,而且I基因座对于其他的经典遗传基因座有上位作用。另一方面,中国地方猪种荣昌猪虽然在表型上与引入猪种大白猪、长白猪相似(白毛色),但是在KIT基因上发生的突变完全不同,推测它们分别属于不同的毛色遗传体系。     

中国三种实验用小型猪mtDNA D—loop多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA（mtDNA)D-loop的多态性,建立各品种系猪的遗传标记,为各品种品系猪的鉴别提供依据,应用PCR对西双版纳近交系小耳猪,广西巴马小型猪,贵州小型香猪和长白猪血液总DNA样品中mtDNA D-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态,PCR扩增其mtDNA D－loop5‘端227bp高变区域,应用PCR－SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态结果显示,3种小型猪之间未见酶切长度多态,单链构象多态和序列多态,与长白猪之间表现出单链的构象多态和序列多态,本研究认为：3种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其在母系起源和进化上的一致性,亲源关系很近,应用PCR－PFLP,PCR－SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为3种实验用小型猪品种品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异。     

FUT1基因多态性及其与产仔性状的关联性研究

采用PCR-RFLP技术6个中外品种共245头猪的FUT1基因进行了研究, 结果表明, Hin 6Ⅰ位点上, 大白猪、长白猪和杜洛克猪3个外来猪种均存在多态, 且以敏感型(GG型和AG型)居多; 山西黑猪、太原花猪和马身猪3个本地猪种的所有检测样品都表现为GG型。用方差分析方法分析FUT1基因型、品种和胎次与产仔性状之间的关系, 基因型和品种对猪的总产仔数的影响显著, 胎次对总产仔数影响不显著。而基因型、品种和胎次对产活仔数影响均不显著。     

大白猪BF基因多态性与繁殖性状及胎盘效率关联研究

文章以BF基因为产仔数的候选基因, 运用PCR-RFLP方法对大白猪BF基因内含子1序列进行分析, 发现内含子1第79 bp处发生了C→T突变, 命名为BF-intron 1-C79T。所扩增PCR产物经SmaⅠ酶切后, 可分出3种基因型, 分别为CC、CT和TT。经χ²适合性检验, 大白猪群体在该位点达到了Hardy-Weinberg平衡状态。将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、初生重(BW)和胎盘效率(PE)进行关联分析, 结果发现, 初产母猪在该位点上, CC基因型比CT基因型个体的TNB和NBA均多3.10头, 但差异不显著(P>0.05); 在BW和PE上, CC基因型均高于CT基因型, 差异不显著(P>0.05)。经产母猪在该位点上, CC基因型比TT基因型个体的TNB和NBA分别多3.45头和3.92头, PE高23.80%, 均达到显著水平; 但CT基因型个体与CC和TT个体之间的TNB 、NBA和PE差异不显著(P>0.05)。因此, BF-intron 1-C79T位点可作为繁殖性状及胎盘效率的潜在分子育种标记, 具有很大的研究价值。     

西藏小型猪F1代与F0代生长繁殖性能的比较

目的比较研究广州地区西藏小型猪F1代与F0代引入群母猪繁殖和仔猪生长性能的差异。方法观察记录西藏小型猪F1代和F0代的产仔数、产活仔数、离乳仔数、初生重、30日龄和60日龄体重。结果西藏小型猪F1代和F0代母猪其初产平均产仔数、产活仔数、离乳仔数、平均初生重、30日龄和60日龄体重分别为3.83头、2.30头;3.29头、2.20头;3.14头、3.11头;0.66 kg、0.53 kg;2.70 kg2、.30 kg;4.50 kg、4.01 kg;F1代初产仔数和离乳率均显著高于F0代。结论西藏小型猪已经适应了广州高温高湿环境,能够稳定地生长繁殖。     

猪CAST基因的遗传多态性及遗传效应分析

采用PCR—SSCP方法对猪cAST基因遗传多态性进行分析。并研究基因型与肉质性状和背膘厚的相关性。根据猪CAST基因的cDNA序列（M20160）设计7对引物。结果在F1／R1。F6／R6引物对扩增的片段上发现了多态性。并对纯合子进行测序。发现317位A—G突变。2042位G—C突变。基因型在不同猪种分布的多重比较结果表明。长白猪、大白猪和杜洛克猪与沂蒙黑猪和莱芜猪比较差异极显著（P〈0．01）。固定效应模型分析结果表明,嫩度及背膘厚基因型间差异显著（P〈0．05）,而pH值、温度及滴水损失基因型间差异不显著（P〉0．05）。最小二乘分析结果表明,不同猪种比较,屠宰12h和24h后肌肉温度、30min和1h后pH值及滴水损失差异显著（P〈0．05）;BBCC和BBDD单元型个体与其他单元型个体比较肌肉嫩度的差异显著（P〈0．01）。AACC和AADD单元型个体与其他单元型个体比较背膘厚的差异显著（P〈0．01）。因此,推测CAST基因对猪肉品质及背膘厚存在一定的影响。将CAST基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择将可以改善猪肉品质。加快猪的育种进程。     

猪整合素β1基因CRS-PCR多态性与产仔数的关联性分析

文章采用CRS-RFLP技术对长白猪、大白猪和杜洛克猪3个品种的整合素β1基因第5外显子T32207C位点及第7外显子A35230G位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析。结果表明:32207多态位点的基因型效应对3个品种的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响均不显著;35230多态位点的基因型效应对大白猪和长白猪头胎、二胎及所有胎次的TNB和NBA的影响达到显著(P<0.05)或者极显著水平(P<0.01),基因型GG、AG与AA对产仔数的影响存在差异,其效应为GG,AG>AA。可见整合素β1基因35230位点的G等位基因对大白猪和长白猪的产仔数性状有显著影响。     

影响二花脸猪高产仔性能的生理及遗传机制研究进展

二花脸猪是我国太湖流域以产仔数高而闻名于世界的优质猪种。已有的研究发现,二花脸猪排卵数高、胚胎死亡率低和子宫容积大是其高产性能的重要生理特征,通过候选基因法鉴别到其高产的重要候选基因——促卵泡素β亚基(follicular-stimulating hormone beta, FSH?),采用QTL定位方法在猪第2、6、7、8、12、13和15号染色体上定位到影响其产仔性状的QTL。但是,目前影响二花脸猪产仔数的主效基因尚不清楚。本文主要介绍了二花脸猪的高排卵数、低胚胎死亡率和高子宫容积特性对高产仔性能形成的生理作用;概括了基于传统方法鉴别出的影响二花脸猪高产仔性能的候选基因和QTL,以及基于组学方法鉴别出的二花脸猪高产候选基因;探讨了如何利用基因组、转录组、蛋白质组和功能组等多组学手段深入研究二花脸猪高产性能的成因,以期为深入解析二花脸猪高产性能的分子遗传机制提供参考。     

猪UCP3基因部分编码区序列分析及其单核苷酸多态与胴体、肉质性状的遗传效应

以猪解耦联蛋白基因 3(UCP3)作为控制猪胴体与肉质性状主基因的候选基因。利用直接测序法对 4个品种猪骨骼肌中UCP3基因的部分编码区序列 (第 4外显子部分及第 5、6、7外显子全部片段 )进行比较分析 ,发现3个cSNP位点 ,其中ORF中第 84 2碱基的突变可导致相应编码氨基酸序列的改变 :甲硫氨酸→苏氨酸 ,选取此位点作为猪UCP3基因的多态位点。用PCR SSCP检测方法在 3个品种猪中进行该cSNP位点多态性片段的基因型分型 ,结果显示在 3个猪群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB) ,χ2 独立性检验结果表明 3种基因型在各品种间分布不一致 ,梅山猪同大白、长白猪分别比较差异极显著 (P <0 0 1) ;对大白×梅山资源家系F2 代 139头个体进行了该多态片段的基因型鉴定 ,并对其基因型与所检测个体相应的胴体、肉质性状采用GLM分析进行遗传效应研究 ,结果表明 :该基因对一些胴体、肉质性状有显著性影响 ,并且该基因以加性效应为主 (如 ,眼肌高度、背最长肌色值、系水力的加性效应都达显著水平 )。因此 ,推测UCP3基因可能是影响猪胴体及肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因 ,并且能够在分子标记辅助选择中用于对猪胴体、肉质性状的遗传改良及固定     

中国三种实验用小型猪线粒体DNAD-loop多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA（mtDNA）D-loop的多态性,建立各品种品系猪的遗传标记,为各品种、品系猪的鉴别提供依据。应用PCR技术分别对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪和长白猪的血液总DNA样品中mtDNAD-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态。PCR扩增其mtDNAD-loop5′端227bp高变区域,应用PCR?SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态。结果显示：三种小型猪之间未见酶切长度多态、单链构象多态和序列多态。与长白猪之间表现出单链构象多态和序列多态。本研究认为：三种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其亲源关系很近,在母系起源和进化上有一致性,应用PCR RFLP、PCR SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为三种实验用小型猪品种、品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异。 Abstract：the present study is to analyze the polymorphism of the mtDNA D-loop in three breeds of laboratory miniature pigs in China , and to establish its cytoplasmic DNA markers to distinguish among them . The polymorphism of mtDNA D-loop and its 5′-end high variable regions were detected by PCR-RFLP , PCR-SSCP and PCR-direct sequencing on Xishuangbanna Small-ear inbred pig, Guizhou miniature Xiang pig , Guangxi Bama miniature pig and Landrace.There was no polymorphism obtained among or within three breeds of Chinese laboratory miniature pigs besides Landrace. It is concluded that the polymorphism of mtDNA D-loop within the three breeds of Chinese laboratory miniature pigs is poor , These methods cannot be used to distinguish among them , but it can be used to distinguish them from Landrace.     

利用紧缩线性模型和贝叶斯模型对猪总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联研究

全基因组关联分析策略已逐渐成为家畜重要经济性状研究的强有力工具。文章使用猪60K SNP芯片对一个具多胎繁殖性状记录的商业母猪群(n=820)进行分型检测,共计57 814个SNP通过设定质控标准。主成分分析显示群体内不存在显著的群体分层现象,而后分别运用两种统计模型Compressed Mixed Linear Model(GAPIT程序包)、Bayes CPi(GenSel软件)进行第1和第2胎次总产仔数和产活仔数性状的全基因组关联分析。从两种分析方法所得结果中各取最显著的50个SNP位点进行比较:对于第1胎次总产仔数,两种方法分析结果存在31个重合SNP位点,对于第1胎次产活仔数,有20个重合SNP位点;且两种统计分析结果中最显著的SNP位点都在另一方法中得到验证。与第1胎次总产仔数显著关联的SNP位于1、2、3、7、13、16和18号染色体,与第1胎次产活仔数显著关联的SNP位于1、3、4、13和16号染色体上的11个区域内。在1、3、13和16染色体上共有5个区域同时与这两个性状显著关联。与第2胎次总产仔数和产活仔数显著关联的区域主要位于7、10、12、13、14和16号染色体的6个重叠区域内。