肺腺癌患者血流感染哈特草螺菌的相关研究

本研究旨在分析肿瘤患者血流感染哈特草螺菌的鉴定及药敏特点,同时对相关菌株感染病例进行回顾分析,为临床治疗提供指导依据。将1例肺腺癌患者放疗后留取的血培养阳性标本进行涂片、染色、镜检,同时采用VITEK MS全自动微生物质谱检测系统、VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统和分子测序技术对该分离株进行鉴定分析,并参照其他非发酵革兰氏阴性杆菌药敏实验标准进行药敏试验。结果显示,该分离株为革兰氏阴性杆菌,在血平板上呈乳白色、胶状、凸起、无溶血菌落。VITEK MS质谱仪和分子测序技术将此菌株均鉴定为哈特草螺菌(Herbaspirillum huttiense,H.huttiense),VITEK 2 Compact将其鉴定为洋葱伯克霍尔德菌。药敏试验结果显示,该菌对氨曲南中介,对亚胺培南、美洛培南、头孢哌酮/舒巴坦钠、头孢他啶、头孢吡肟、哌拉西林/他唑巴坦和左氧氟沙星等抗菌药物均敏感。本研究报告了哈特草螺菌的生物学特征和病例的诊疗过程,强调了多种诊断技术联合应用在罕见菌鉴定中的重要性。     

快速鉴定诺卡菌的多重聚合酶链反应的建立

为快速准确鉴定诺卡菌,首先设计针对诺卡菌rpoB、secA1、16S rRNA基因的引物,利用单重聚合酶链反应(PCR)和测序验证引物的特异度,建立多重PCR鉴定系统,在同一反应体系和条件下对44株诺卡菌标准株、44株临床分离株和7株对照株进行扩增。结果显示,利用单对引物对其中2株诺卡菌(标准株DSM43003、临床株CDC 51)进行扩增,出现的条带均为与目的片段长度一致的单一条带,经测序并经基本局部比对搜索工具(BLAST)验证扩增片段为目的基因。建立的多重PCR结果显示,44株诺卡菌标准株中有43株(97.7%)、44株临床分离株中有42株(95.5%)rpoB、secA1、16S rRNA这3条片段均显示,7株对照株均未显示条带。结果提示,本研究建立的多重PCR简单、快速、灵敏度高、特异度好,适用于诺卡菌的快速鉴定。     

拟诺卡氏菌16S rRNA,gyrB,sod和rpoB基因的系统发育分析

为了更好地了解拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)各物种间的系统发育关系,该属现有有效描述种的gyrB,sod和rpoB基因的部分序列被测定,结合16S rRNA基因,对拟诺卡氏菌属进行了系统发育重建。研究发现拟诺卡氏菌属gyrB,sod和rpoB基因的平均相似性分别为87.7%、87.3%和94.1%,而16S rRNA基因的平均相似性则达到96.65%,3个看家基因均比16S rRNA具有更高的分歧度。比较基于不同基因的系统树发现,由gyrB基因得到的系统树拓扑结构与16S rRNA得到的结构在亚群上基本一致。因此,gyrB基因在拟诺卡氏菌属的系统分类上比16S rRNA基因更具优越性。     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

鲫源迟缓爱德华氏菌的分离鉴定及其毒力基因的检测

【目的】探明上海某养殖场的异育银鲫(Carassius auratus gibelio)发生死亡的病因,研究致病菌分类地位和毒力基因携带情况。【方法】通过病原菌的筛查和回感试验,确定发病原因,对16S rRNA基因、gyrB和rpoB管家基因测序,建立病原菌系统进化树,结合API-32E细菌鉴定系统对菌株的生理生化进行鉴定,综合判定致病菌的种类及其分类地位;根据已报道的7个毒力基因fimA、citC、gadB、mukF、katB、esrB和sodB序列,设计引物进行PCR扩增,研究病原菌毒力基因携带情况。【结果】致病菌GY15是导致异育银鲫发病的原因,GY15的16S rRNA、gyrB和rpoB基因与已报道的迟缓爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)相似性在99%以上,构建系统进化树和API鉴定确定该菌株为E.tarda,腹腔注射回感可导致异育银鲫死亡,半致死浓度(LD_(50))为4.26×105 CFU/m L;已报道的7种毒力基因在该致病菌中均能被检测到;药敏试验结果显示,该菌对恩诺沙星、氟苯尼考和氧氟沙星等15种药物敏感,对新霉素、四环素和复方新诺明等18种药物表现为耐药。【结论】首次报道E.tarda可感染异育银鲫,它对异育银鲫的养殖造成威胁。     

菌种1137116S rRNA序列分析及鉴定

通过PCR方法扩增菌种11371的16S rRNA基因并测序,将序列提交GenBank(登录号:DQ531606),并与其他链霉菌属种进行比较,通过DNAStar软件得到菌种16S rRNA基因序列进化树。同时采用插片法、显微镜观察等方法对株菌11371进行形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明,11371的16S rRNA序列与其他链霉菌具有一定的同源性,结合生理、生化指标鉴定结果,进一步确定菌种为不吸水链霉菌一株新亚种(Streptomyces ahygroscopicus subsp.wuzhouensis n.sub-sp.),菌株11371 16S rRNA序列为GenBank中首例Streptomyces ahygroscopicus的16S rRNA序列。     

埃莎霉素I组分高含量、高产量基因工程菌WSJ-IA及其原株的鉴定

【目的】利用调节基因acyB2激活异戊酰基转移酶(ist)基因表达的特点, 将ist与调节基因acyB2在异戊酰螺旋霉素(埃莎霉素)Ⅰ产生菌菌株中共表达, 获得埃莎霉素Ⅰ单组分的高含量及高产量菌株WSJ-IA。本研究对其及原始螺旋霉素产生菌菌株Streptomyces spiramyceticus F21进行了初步鉴定。【方法】从形态学、培养和生理生化特征、细胞壁化学组成、16S rRNA基因序列、5个看家基因(atpD、gyrB、rpoB、recA和trpB)蛋白分析和系统发育树构建等方面对该菌株及其原株进行了鉴定。【结果】两株菌在形态培养特征、生理生化特征、细胞壁化学组成、16S rRNA基因序列和5个看家基因蛋白水平基本一致, 在系统发育树分析中同处在一个分支中。而在16S rRNA基因序列和5个看家基因蛋白水平在系统发育上它们均与已知相近菌株处于不同的分支上, 并且与不同基因的相近菌株各有不同, 其中无一报道产生螺旋霉素。【结论】Streptomyces spiramyceticus F21可能是一个产生螺旋霉素的链霉菌新种, 16S rRNA基因序列和5个看家基因蛋白序列分析可以作为埃莎霉素I基因工程菌生产过程中进行鉴别的分子标志。     

埃莎霉素Ⅰ组分高含量、高产量基因工程菌WSJ-IA及其原株的鉴定

【目的】利用调节基因acyB2激活异戊酰基转移酶(ist)基因表达的特点,将ist与调节基因acyB2在异戊酰螺旋霉素(埃莎霉素)Ⅰ产生菌菌株中共表达,获得埃莎霉素Ⅰ单组分的高含量及高产量菌株WSJ-IA。对其及原始螺旋霉素产生菌菌株Streptomyces spiramyceticus F21进行了初步鉴定。【方法】从形态学、培养和生理生化特征、细胞壁化学组成、16S rRNA基因序列、5个看家基因(atpD、gyrB、rpoB、recA和trpB)蛋白分析和系统发育树构建等方面对该菌株及其原株进行了鉴定。【结果】两株菌在形态培养特征、生理生化特征、细胞壁化学组成、16S rRNA基因序列和5个看家基因蛋白水平基本一致,在系统发育树分析中同处在一个分支中。而在16S rRNA基因序列和5个看家基因蛋白水平在系统发育上它们均与已知相近菌株处于不同的分支上,并且与不同基因的相近菌株各有不同,其中无一报道产生螺旋霉素。【结论】Streptomyces spira-myceticus F21可能是一个产生螺旋霉素的链霉菌新种,16S rRNA基因序列和5个看家基因蛋白序列分析可以作为埃莎霉素Ⅰ基因工程菌生产过程中进行鉴别的分子标志。     

MALDI-TOF MS与16S rDNA方法对 弧菌科微生物的鉴定与系统分类学分析

目的比较基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)与16S rDNA方法对弧菌科微生物的鉴定及系统分类学分析能力。方法对19株弧菌科微生物,采用MALDI-TOF MS进行蛋白质图谱采集,通过对特征峰的分析,实现对微生物的鉴定和系统分类学分析;同时对19株微生物进行16S rDNA测序,用邻接法对16S rDNA序列进行鉴定和系统分类学分析,比较两种方法在弧菌科微生物鉴定和系统分类学分析中的异同。结果两种方法对19株弧菌科微生物的种属鉴定结果一致。系统分类学分析中,多株同种属的弧菌的两种方法分析结果一致,但对拟态弧菌和霍乱弧菌在树状图中的位置和亲缘关系,两种方法差异较大。结论 MALDI-TOF MS与16S rDNA均能够快速准确地鉴定弧菌科微生物,但利用MALDI-TOF MS进行系统分类学分析还有待数据库的扩大及算法的优化。     

24株鸡源丁酸梭菌的分离鉴定及耐药基因与毒力基因携带情况

[目的]旨在对鸡源丁酸梭菌进行分离鉴定与安全性评估.[方法]利用厌氧培养方法对源自汶上芦花鸡与SPF鸡粪便样品进行丁酸梭菌的分离与纯化,挑选可疑菌落进行微生物质谱鉴定,进一步通过16S rRNA基因测序进行鉴定,16S rRNA测序结果与NCBI核苷酸数据库中丁酸梭菌的16S rRNA序列进行同源性分析;同时,进行所有...     

家养及大型养殖场鸡肠道微生物菌群及四环素耐药菌多样性的比较研究

本研究分析比较了农家家养鸡与大型养殖场鸡肠道菌群组成及抗四环素抗性基因在肠道菌群中的分布情况。通过454焦磷酸法对细菌16S rRNA V3区进行测序来分析肠道菌群的组成;用平板琼脂法筛选四环素耐药菌株,对其16S rRNA基因全长测序,并与RDP (Ribosomal Database Project)数据库比对进行菌种鉴定;聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测常见四环素耐药基因。家养鸡粪便中菌群香农多样性指数为5.321±0.590,养殖场鸡为4.398±0.440,前者显著大于后者(Mann-Whitney U test,P＝0.008)。从家养鸡和养殖场鸡粪便中随机分离到69株和65株四环素耐药菌株,后者四环素耐药菌的种类多于前者。家养鸡较养殖场鸡的肠道菌群更具多样性,而抗生素抗性基因在养殖场鸡的肠道菌群中分布更广泛。结果表明,不同饲养方式对鸡的肠道菌群有影响,对抗生素抗性基因的分布也有一定影响。     

新生儿血培养检出潘多拉菌一例

潘多拉菌是一种革兰阴性非发酵菌,隶属伯克霍尔德菌属。国内潘多拉菌感染鲜有临床报道。本实验室在1例新生儿血培养中检出一株革兰阴性杆菌,经生化、药敏试验及16S rRNA基因测序等方法鉴定,确定是潘多拉菌属。     

三种琥珀螺(Succineidae)基于DNA条形码技术的分类分析

琥珀螺科的传统分类研究主要基于形态特征,由于壳相特征的趋同性以及比较形态解剖学研究基础的不足,中国琥珀螺科系统分类有待深入研究,已报道属种有待厘定。本研究运用DNA条形码技术,对新疆11个地点3种琥珀螺(Succinea daucina, Oxyloma wujiaquensis, Oxyloma sp.)的线粒体COⅠ与16S rRNA基因序列进行分析,并对三者的分类关系进行探讨。通过测序共获取COⅠ(640 bp)与16S rRNA (418 bp)基因序列各69条,其碱基组成均显示出较高的A+T比例(COⅠ:67.91%, 16S rRNA:73.15%),与目前已知琥珀螺线粒体DNA序列特征相符。基于Kimura双参数模型计算:3种琥珀螺的COⅠ基因序列(640 bp)平均种间遗传距离为0.135 6～0.171 3,平均种内遗传距离为0.006 8～0.009 2;16S rRNA基因序列(418 bp)平均种间遗传距离为0.079 3～0.148 1,平均种内遗传距离为0.003 4～0.008 9;3种琥珀螺COⅠ与16S rRNA基因的种间遗传变异均远大于种内遗传变异,存在明显的间隔。采用最大似然法构建分子系统树,结果显示本研究中不同地点的3种琥珀螺分别聚为置信度较高的分支,均有大于95%的支持度。本研究基于DNA条形码技术的分类研究结果与形态学研究结果一致。综上结果表明,COⅠ与16S r RNA基因适用于琥珀螺的物种鉴定。     

汉中市中心医院细菌性痢疾志贺菌16S rRNA序列分析、毒力基因与耐药检测

目的对汉中市中心医院细菌性痢疾患者分离的70株志贺菌进行16S rRNA序列分析、毒力基因与耐药检测。方法对2018年6月至2018年12月我院收治的细菌性痢疾患者进行病原菌分离鉴定,并进行16S rRNA遗传进化分析;PCR法检测其6种毒力基因;K-B法检测其对8种抗生素的敏感性。结果 16S rRNA测序结果显示,福氏志贺菌感染率为57.14%(40/70),宋内志贺菌感染率为42.86%(30/70)。16S rRNA系统进化分析结果显示,40株福氏志贺菌与参考菌株(NR_026331.1)同源性为95.2%～99.0%,30株宋内志贺菌与参考菌株(NR_104826.1)同源性为96.3%～99.9%。毒力基因检测结果表明,70株志贺菌均可以检测出6个相关毒力基因set1A、set1B、sen、Ial、ipaH、virA,毒力基因检出率最高的为ipaH,达到100.00%,其次为Ial、virA,均达到90.00%;其中福氏志贺菌set1A、set1B、Ial基因的检出率高于宋内志贺菌,sen和virA基因的检出率低于宋内志贺菌,二者ipaH基因的检出率都为100.00%。药敏试验结果表明,70株志贺菌耐药率最高的抗生素为氨苄西林,耐药率达到80.00%,其次为强力霉素,耐药率达到75.71%,耐药率最低的为头孢吡肟,耐药率为20.00%;其中40株福氏志贺菌耐药率最高的抗生素为强力霉素,其次为氨苄西林,最低的为头孢吡肟;30株宋内志贺菌耐药率最高的抗生素为氨苄西林,其次为哌拉西林,最低的为氧氟沙星。结论 2018年下半年汉中市中心医院从细菌性痢疾患者身上分离得到的志贺菌主要为福氏志贺菌与宋内志贺菌,毒力基因检测和耐药性试验结果显示分离菌株有较强致病性,提示对细菌性痢疾的监测、防控与治疗应进一步加强。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术作为常见益生菌菌种鉴定辅助工具的研究

目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术用于常见益生菌菌株鉴定及潜在益生菌菌株筛选的可行性。方法利用16S rDNA序列分析在方法学上对MALDI-TOF MS技术的鉴定能力进行研究;通过MALDI-TOF MS技术对现有保藏菌株的鉴定结果研究MALDI-TOF MS技术的鉴定准确性及优越性。结果 MALDI-TOF MS技术具备较16S rDNA序列分析更高的菌株鉴定能力;MALDI-TOF MS技术的鉴定结果准确、稳定。结论 MALDI-TOF MS技术可以作为准确、快速、廉价及可高通量操作的菌株鉴定方法应用于常见益生菌菌株的鉴定及潜在益生菌菌株的筛选。     

青藏高原戈壁生境中一株链霉菌新种Streptomyces haixigobicum sp. nov. Qhu-G9的多相分类学鉴定及其次级代谢产物的基因组挖掘

【背景】青藏高原极端生境具有丰富的微生物资源，同时也是微生物药物的重要来源，但是大量微生物新资源尚待开发利用。【目的】对从青藏高原戈壁土壤中分离得到的一株链霉菌Qhu-G9进行多相分类鉴定及次级代谢产物生物合成潜力分析。【方法】通过16S rRNA基因扩增、测序和系统发育分析，结合形态、生理生化、细胞化学组分及基因组测序等多相分类特征，确定链霉菌Qhu-G9的分类地位。【结果】Qhu-G9与链霉菌Streptomyces dioscori A217^T和Streptomyces auranttiiacus NBRC 13017^T相似度最高，均为99.22%，结合形态观察，说明该菌是一株链霉菌。基于16S rRNA基因序列构建的系统发育树显示Qhu-G9独立成支，并且其生理生化和细胞化学成分特征与最相似模式菌存在较大差异。通过基因组测序评估了与最相似模式菌的数字DNA-DNA杂交值(digital DNA-DNA hybridization,dDDH)和平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)，发现Qhu...     

利用16S rRNA基因同源性分析鉴定两株明串珠菌

从酸马奶中分离出2株明串珠菌KLDS 5.0301和KLDS 5.0302,对2株菌的16S rRNA基因经PCR扩增测序,将测序结果同该属内菌株的16S rRNA序列作多序列比较,并建立明串珠菌属的系统发育树.结果表明,KLDS 5.0301的16S rRNA序列同L. garlicum的同源性百分比为100%.KLDS 5.0302的16S rRNA序列同L.mesenteroides LM2菌株的16S rRNA序列的同源性百分比为99.9%.根据系统发育树的结果,将KLDS5.0301鉴定为L.garlicum,KLDS 5.0302鉴定为L.mesenteroides.菌株KLDS 5.0301和KLDS 5.0302的16SrRNA序列已经在GeneBank申请国际序列注册号,分别为DQ239691和DQ297412.     

引物应用策略：基于2对古菌16S rRNA基因通用引物对环境样品古菌多样性分析

【目的】找到适宜的16S rRNA基因通用引物应用策略,应对复杂环境微生物多样性调查,尤其目前高速发展的高通量测序技术带来的巨大挑战。【方法】用Oligocheck软件分别将两对应试的古菌16S rRNA基因通用引物与RDP(Ribosomal database project)数据库中古菌16S rRNA基因序列进行匹配比对。用两对应试引物分别构建海洋沉积物样品的古菌16S rRNA基因文库。【结果】软件匹配结果显示引物f109/r958与目的基因的匹配程度高于引物f21/r958。该结果与古菌16S rRNA基因文库RFLP分析、古菌多样性指数分析结果相吻合。数据还表明,2对引物的综合文库能更好满足该沉积物样品的古菌多样性分析。【结论】选用与数据库中目的基因匹配性高的通用引物和多个引物的联合使用,可以有效提高环境样品微生物多样性调查的分辨率。     

多重耐药鲍曼不动杆菌氨基糖苷类修饰酶与16S rRNA甲基化酶基因的研究

了解氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶基因在多重耐药鲍曼不动杆菌中的流行情况。收集2014年12月至2015年3月厦门大学附属成功医院住院患者临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌共28株,采用VIKET Compact 2全自动细菌鉴定系统进行细菌鉴定,应用纸片扩散法(K-B法)检测鲍曼不动杆菌对抗菌药物的耐药性,采用聚合酶链反应(PCR)法检测氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶基因。结果显示,多重耐药鲍曼不动杆菌除对头孢哌酮/舒巴坦耐药率为21.4%外,对其他所测药物耐药率均50%,本组28株多重耐药鲍曼不动杆菌共检出5种氨基糖苷类修饰酶基因aac(3)-Ⅰ、aac(3)-Ⅱ、aac(6')-Ⅰb、ant(3")-Ⅰ、aph(3')-Ⅰ和1种16S rRNA甲基化酶基因arm A,阳性率分别为85.7%(24株)、7.14%(2株)、67.8%(19株)、92.9%(26株)、53.6%(15株)和82.1%(23株)。氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶耐药基因是多重耐药鲍曼不动杆菌对氨基糖苷类耐药的重要原因。     

代表性差异分析比较两株来自不同地区的猪源Lactobacillus菌株

[目的]对分离自猪肠道的乳酸杆菌S1菌株进行鉴定,并比较该菌株与同种的001T菌株的基因差异.[方法]对S1菌株进行16S rRNA基因序列分析和种特异PCR检测,并且对S1菌株和Lactobacillus sobrius 001T进行代表性差异分析(Representational difference analysis,RDA).[结果]16S rRNA基因序列分析表明,与S1菌株最相似的已知菌为L.sobrius.变性梯度凝胶电泳分析显示,仔猪空、回肠细菌图谱中有一与S1菌株有相同迁移位置的优势条带,克隆、测序鉴定表明,与该条带相匹配的16S rRNA基因克隆(Clone S)的最相似已知菌也为L.sobrius.16S rRNA基因系统进化分析表明,S1菌株与Clone S和L.sobrius 16S rRNA基因序列同源性分别为99.8%和99.6%.L.sobrius特异性引物也可以扩增S1株菌的16S rRNA基因的特定片段.因此S1菌株可被确定为Lsobrius.RDA对菌株S1和同种的猪源L.sobrius 001T菌株的基因差异进行分析,未发现这两株菌的基因组差异.[结论]猪肠道乳杆酸菌S1菌株属于L.sobrius,其与猪源L sobrius 001T菌株为相似菌株.