系统生物学视野下的功能氨基酸组学

传统营养学将氨基酸作为蛋白质的构建单元来研究蛋白质和氨基酸。近年来的研究表明,氨基酸在物质代谢和免疫功能调控等方面亦发挥重要作用,并提出功能性氨基酸的概念。随着各种组学技术的不断发展,通过系统生物学的理念与方法整合组学数据,系统地分析功能氨基酸的分子作用机制、药效学、体内动态过程成为可能。为此,本文提出功能氨基酸组学的概念,指出功能氨基酸组学领域的科学问题,提出功能氨基酸组学的研究内容。研究结果可用于朝向特定目标的氨基酸组合设计。     

微生物系统生物学

系统生物学是生物学中一个新的领域，在系统水平研究和理解生物学系统。如果说分子生物学已经引领我们不断深入地理解生物学系统，系统生物学则着眼于对基因、基因产物及其功能的研究。所有这些构成了整个系统，而分子生物学知识仅构成理解系统生物学的框架。系统生物学的基本问题是，     

系统生物学--后基因组时代的生物学

随着人类基因组计划的完成,生物学已由微观的分子研究转向生物整体性研究,系统生物学应运而生。讨论了系统生物学的产生、特点、研究内容和方法。     

系统生物学

分析了生命复杂性问题的产生及其由来,从复杂性问题研究的角度对系统科学与系统生物学的含义及其相互关系进行了深入的讨论。     

面向工业生物技术的系统生物学

工业生物技术是以微生物细胞工厂利用可再生的生物原料来生产能源、材料与化学品等的生物技术,在解决资源、能源与环境等问题方面起着越来越重要的作用。系统生物学是全面解析微生物细胞工厂及其发酵过程从"黑箱"到"白箱"的重要研究方法。系统生物学借助基因组、转录组、蛋白质组、代谢组以及代谢流组等多组学数据,可解析微生物细胞工厂在RNA、蛋白与代谢物等不同水平上的变化规律与调控机制。目前,系统生物学在微生物细胞工厂的设计创建与发酵工艺优化中起着越来越重要的指导作用,许多成功应用实例不断涌现,推动着工业生物技术的快速发展。文中重点综述基因组、转录组、蛋白质组、代谢组与代谢流组以及基因组规模的网络模型等各组学技术的最新发展及其在工业生物技术尤其是菌株改造与发酵优化中的应用,并就工业生物技术中系统生物学的未来发展方向进行展望。     

系统生物学及其研究进展

介绍了系统生物学的研究思路、研究方法,并以当前国际上系统生物学研究的最新成果为例说明系统生物学的研究内容。指出系统生物学具有巨大的应用前景。     

系统生物学与还原论刍议

生命是什么？这是自古以来人们孜孜以求希冀回答的问题。在认识和探索生命现象及其本质的过程中，在自然科学界和哲学界一直存在两种针锋相对的观点：整体论（holism）和还原论（reductionism）。     

系统生物学的研究进展

系统生物学以系统的观点．运用工程和计算机技术及各种先进的生物学研究手段研究细胞中所有基因和蛋白质,来解释生命的奥秘。系统生物学是在基因组序列的基础上完成由生命密码到生命过程的研究,了解系统的结构和功能,揭示系统内部各组成成分的相互作用和运行规律。从系统生物学的产生背景、发展现状和研究目标、研究平台、研究动态等方面综述了系统生物学的研究。     

系统生物学的研究进展

21世纪是生命科学研究的新时代,是系统生物学的时代.系统生物学以系统的观点,运用工程和计算机技术和各种先进的生物学研究手段研究细胞中所有基因和蛋白质来解释生命的奥秘.系统生物学强调对生命现象要从系统和整体的层次加以研究和把握,不仅要了解系统的结构和功能,而且还要揭示出系统内部各组成成分的相互作用和运行规律,已成为当今生命科学最具活力的新兴前沿学科之一.     

系统生物学对医学的影响

系统生物学是21世纪最前沿的科学之一,它是随着生命科学飞速发展而产生的一门新兴生物学分支[1],它综合数学、信息科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量的数据所包含的生物医学意义,从而使人们能够从整体上理解生物医学系统并精确、量化地预测生物医学系统的行为。随着系统生物学的发展及其理论的突破,将在疾病诊治、新药开发、预防医学方面发挥重要的作用,有助于弥补传统医学缺陷并促进其发展。     

系统生物学中的数学模型方法及其应用

综述了当前在系统生物学研究领域中常用数学模型的建立和研究方法,介绍了通量平衡分析、基元通量模式、生化系统理论,以及代谢控制分析等模型的理论基础和发展背景,讨论了这些模型之间的联系、区别,以及适用范围,并总结了这些模型在分析代谢网络结构、优化代谢途径、指导菌种改进以提高琥珀酸、色氨酸、乙醇等重要化工品生产率和转化率中的实际应用。     

生理学与基因组学:走向系统生物学

近十年来,生理学与基因组学达到了空前的融合。尽管生理基因组学还是一个非常年轻的研究领域,系统生物学概念的引入必将推进生理基因组学达到全新的水平。本文概要地叙述了这个令人振奋的生理科学的新时代给生理学家带来的机遇和挑战,并以我们自己近十年来的经验为例,讨论了怎样通过扩展和延伸生理学与基因组学的结合,从而对生物学得到系统的理解。     

微生物学与系统生物学发展

系统生物学是研究生物网络系统的科学,从基因调控网络到细胞、组织和生物体网络,阐明生物系统的构成、动力学及控制方式。系统生物学是以假说驱动的研究策略,在综合现有数据的基础上构建系统模型,根据模型提出可以检测的假说,并设计实验以验证假说,根据实验结果再修正模型,不断重复以得到正确的系统模型。在系统生物学的发展中,细菌作为一个很好的模式生物,将起到重要作用。系统生物学的发展不仅依赖于新技术的发明和应用,更有赖于以新的思路去培养新一代的生物学家。     

系统生物学——生命科学的新领域

系统生物学是继基因组学、蛋白质组学之后一门新兴的生物学交叉学科,代表21世纪生物学的未来.最近,系统生物学研究机构纷纷成立.在研究上,了解一个复杂的生物系统需要整合实验和计算方法.基因组学和蛋白质组学中的高通量方法为系统生物学发展提供了大量的数据.计算生物学通过数据处理、模型构建和理论分析,成为系统生物学发展的一个必不可缺、强有力的工具.在应用上,系统生物学代表新一代医药开发和疾病防治的方向.     

系统生物学在认知功能障碍研究中的应用

认知功能障碍可导致患者日常生活能力、社会适应能力明显下降,严重影响患者的生活质量。根据近年来众多研究显示,认知功能障碍的发生发展与基因、蛋白质、微生物等内环境因素的失调和紊乱有关。基于系统生物学的研究,梳理了近年来国内外研究学者在代谢组学、蛋白质组学、基因组学和肠道微生物组学层面对认知功能障碍的研究,并对系统生物学在认知功能障碍中的应用前景进行了展望,以期为认知功能障碍相关研究提供参考。     

代谢组研究

代谢是生命活动中所有（生物）化学变化的总称。代谢活动是生命活动的本质特征和物质基础。代谢组是生物体内源性代谢物质的动态整体。代谢组学是关于生物体内源性代谢物质的整体及其变化规律的科学。系统生物学研究的本质就是要求对研究对象的相关分子机理进行定量、普适、整体和可预测性地认识。作为全局系统生物学的基础和系统生物学的一个重要组成部分,代谢组学是以物理学基本原理为基础的分析化学、以数学计算与建模为基础的化学计量学和以生物化学为基础的生命科学等学科交叉的学科。在过去七年多的时间里,这门新兴的学科得到了迅速的发展,并已广泛地应用到了分子病理学、毒理学、功能基因组学、临床医学和环境科学等领域。本文就代谢组学的本质、代谢组分析研究方法及其应用做了概述。     

系统生物学研究及其在医学中的应用

目前,系统生物学研究已初显端倪。生物学正从分子生物学走向系统生物学,由精细的分解研究转向系统的整体研究,由还原论的研究方法过渡到系统论的研究方法。简要论述了系统生物学的产生背景、结构和内容、研究思路和方法、与医学的关系等,重点介绍系统生物学的内容和研究方法,以及在疾病治疗和药物开发中的研究进展。     

系统生物学在工业微生物研究中的应用

功能基因组学以揭示基因组的功能及调控机制为目标,是21世纪最热门的研究领域之一。近来功能基因组学领域的研究被用于工业微生物的研究中,该文对功能基因组学在工业微生物中的应用做了简单综述。     

系统生物学--从生物分子到机体反应过程

目　　录一、后基因组时代二、老生常谈的问题———定量问题三、模型与模拟四、从何着手五、结论2 0 0 3年 9月 15日 ,美国国立卫生研究院 (NIH)的官方网站上发布了这样一组消息和相关评论(Changingthefaceofbiology :NIGMSfundscentersofexcellenceatHarvardandMITseekingtou